Name: Análisis de interacciones entre endobióticos y microbiota de tripa humana utilizando sistemas de fermentación de bañoin in vitro (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-08-23T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 s
Description: Aprende a analizar interacciones entre endobióticos y microbiota intestinal humana mediante sistemas de fermentación in vitro. Este protocolo permite el cribado de alta capacidad y minimiza la interferencia del metabolismo del huésped.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Este estudio fue financiado por la National Nature Science Foundation of China (No. 31741109), la Hunan Natural Science Foundation (No. 2018JJ3200), y el programa de construcción de disciplina característica aplicada en la Universidad de Ciencia e Ingeniería de Hunan. Agradecemos a LetPub (www.letpub.com) por su asistencia linguística durante la preparación de este manuscrito.

Este protocolo sigue las directrices del comité de ética de la Universidad de Ciencia e Ingeniería de Hunan (Hunan, China) y la Universidad Zhejiang Gongshang (Zhejiang, China).
1. Preparación de bacterias
<ol><li>Preparación de caldo medio bifidobacterium<ol>
<li>Combinar los siguientes componentes en 950 ml de agua destilada: extracto de carne, 5 g/L; Extracto de levadura, 5 g/L; peptona de caseína, 10 g/L; tono de soja, 5 g/L; glucosa, 10 g/L; K2HPO4, 2.04 g/L; MgSO4x 7H2O, 0,22 g/L; MnSO4. H20, 0,05 g/L; NaCl, 5 g/L; Tween 80, 1 mL; solución salina, 40 mL (CaCl2.2H2O, 0,25 g/L; KH2PO4, 1 g/L; NaHCO3, 10 g/L; NaCl, 2 g/L); y resazurina, 0,4 ml (2,5 mg/L). Ajuste el pH a 6,8 con 2 M NaOH.</li>
<li>Autoclave a 121 oC durante 15 min y dejar que el caldo se enfríe a temperatura ambiente (RT) en condiciones anaeróbicas (10% H2, 10% CO2, 80% N2). Añadir cisteína-HCl esterilizada por filtro (0,5 g/L) y mupirocina (5 mg/L) al medio.</li>
</ol>
</li>
<li>Añadir una alícuota (50 l) de Bifidobacterium longum congelado a un tubo de cultivo con 5 ml de caldo medio de bifidobacterium en condiciones anaeróbicas, luego cultivar en una incubadora anaeróbica durante 24 h a 37 oC.</li>
</ol>2. Preparación de SEP bifidobacterianos
<ol><li>Preparación del medio de agar PYG<ol>
<li>Combine lo siguiente: peptona, 20 g/L; Extracto de levadura, 10 g/L; glucosa, 5 g/L; NaCl, 0,08 g/L; CaCl2, 0.008 g/L; MgSO4x 7H2O, 0,08 g/L; K2HPO4, 0,04 g/L; KH2PO4, 0,04 g/L; NaHCO3, 0,4 g/L; agar, 12 g/L. Ajuste el pH a 7.2 utilizando 10 M NaOH.</li>
<li>Autoclave el soporte a 121 oC durante 15 min y enfríe a 50 oC. A continuación, por 1 L de medio, añadir 0,5 ml de solución de vitamina K1 esterilizada por filtro (1 g de vitamina K1 disuelta en 99 ml de etanol al 99%), 5 ml de solución de hemino (0,5 g de hemino disuelto en 1 ml de 1 mol/L NaOH , entonces llevado hasta 100 mL con agua destilada), y 0,5 g de cisteína-HCl.</li>
<li>Antes de verter las placas PYG, añadir filtro-esterilizado 5-bromo-4-cloro-3-indolyl -D-galactopiranoside (X-Gal, 0.06 g/L), LiCl-3H2O (5,7 g/L) y mupirocina (5 mg/L) al medio. NOTA: X-Gal y LiCl.3H2O permiten la identificación de colonias B. longum en placas a través de cambios de coloración.</li>
</ol>
</li>
<li>Inocular 20 oC de cepas de B. longum (paso 1.2) a placas PYG y colocar en una incubadora anaeróbica a 37 oC durante 72 h.</li>
<li>Recoger colonias bacterianas mucoide de las placas PYG usando una cuchara de pesaje, luego resuspender completamente en 10 ml de solución salina tamponada de fosfato (PBS) utilizando un oscilador de vórtice. NOTA: Las mezclas bacterianas y EPS deben ser resuspendidas completamente por vórtice o pipeteando hacia arriba y hacia abajo repetidamente hasta que las fibras se disuelvan completamente en PBS.</li>
<li>Centrifugar la suspensión a 6.000 x g durante 5 min.</li>
<li>Transfiera cuidadosamente los sobrenadores a un nuevo tubo centrífugo y mezcle completamente con tres volúmenes de etanol frío 99% por inversión y mezcla repetidas.</li>
<li>Centrifugar la mezcla a 6.000 x g durante 5 min y eliminar completamente los sobrenadores.</li>
<li>Retire los precipitados de los tubos centrífugos raspando y secando los extractos de EPS durante la noche utilizando un vacío de velocidad.</li>
</ol>3. Preparación del medio de fermentación
<ol><li>Preparación de la cultura básica media VI<ol>
<li>Combine lo siguiente: peptona, 3 g/L; triptona, 3 g/L; Extracto de levadura, 4,5 g/L; mucina, 0,5 g/L; sales biliares No. 3, 0,4 g/L; NaCl, 4,5 g/L; KCl, 2,5 g/L; MgCl2x 6H2O, 4,5 g/l; 1 mL Tween 80; CaCl2.6H2O, 0,2 g/L; KH2PO4, 0,4 g/L; MgSO4x 7H2O, 3,0 g/L; MnCl2x 4H2O, 0,32 g/L; FeSO4x 7H2O, 0,1 g/L; CoSO4x 7H2O, 0,18 g/L; CaCl2x 2H2O, 0,1 g/l; ZnSO4x 7H2O, 0,18 g/L; CuSO4x 5H2O, 0,01 g/L; y NiCl2s6H2O, 0,092 g/L. Ajuste el pH a 6,5 con 1 M HCl.</li>
<li>Preparar la hemicina y la cisteína como se hace en la sección 2.1 y añadir después de autoclave y enfriamiento.</li>
</ol>
</li>
<li>Preparar medios de cultivo que contengan diferentes fuentes de carbono con un medio base VI. Antes del autoclave, añadir 8 g/L de fibras Bif EPS a medio VI, compuesto por el grupo VI_Bif. Además, añadir 8 g/L de almidón a medio VI para representar el grupo VI_Starch. Por último, el medio VI sin adición de una fuente de carbono se utiliza como control (grupo VI). NOTA: Bif EPS y almidón se disuelven primero en agua caliente utilizando un agitador magnético, luego se mezclan con un medio VI preparado.</li>
<li>Autoclave todos los medios a 121 oC durante 15 min y dejar enfriar a RT.</li>
<li>Transfiera una submuestra (5 ml) de cada medio a los tubos de cultivo en una incubadora anaeróbica, y almacene el medio restante a 4 oC.</li>
</ol>4. Preparación de muestras fecales humanas
<ol><li>Recoger muestras fecales frescas inmediatamente después de la defecación fresca de voluntarios humanos adultos sanos usando recipientes de heces, y posteriormente utilizar para la preparación de lodos. NOTA: Antes de la recolección de la muestra, todos los voluntarios deben ser examinados para asegurar que no reciban antibióticos, probióticos, o tratamientos prebióticos durante al menos 3 meses antes de donar muestras. Además, todos los donantes deben proporcionar consentimiento informado y por escrito.</li>
<li>Transfiera una muestra fecal fresca (1 g) a 10 ml de PBS anaeróbico de 0,1 M (pH 7,0) en vasos de vidrio y, a continuación, utilice varillas de vidrio para preparar una suspensión del 10% (p/v).</li>
<li>Utilice un tamiz de 0,4 mM para filtrar la suspensión fecal. A continuación, utilice una submuestra de la suspensión filtrada para inocular los experimentos de fermentación del cultivo por lotes y almacene el resto a -80 oC para análisis posteriores. NOTA: Los pasos 4.2–4.3 se llevan a cabo en una cámara anaeróbica.</li>
</ol>5. Fermentación por lotes in vitro
<ol><li>Añadir lodos fecales filtrados (500 l) al medio de fermentación preparado en el paso 3.2 dentro de una cámara anaeróbica, luego incubar a 37 oC.</li>
<li>Recoger 2 ml de muestras fermentadas a 24 h y 48 h en la cámara anaeróbica y luego centrifugar fuera de la cámara a 6.000 x g durante 3 min.</li>
<li>Transfiera cuidadosamente los sobrenadores a un nuevo tubo centrífugo que se utilizará para el análisis de degradación de polisacáridos y las mediciones de ácidos grasos de cadena corta (SCFA).</li>
<li>Almacene los gránulos de centrifugación a -80 oC y, posteriormente, utilícelos para la extracción de ADN genómico bacteriano.</li>
</ol>6. Degradación de EPS por microbiota fecal humana
<ol><li>Cargar 0,2 l de sobrenatantes fermentados en placas de aluminio tLC con gel de sílice pre-revestido-60, luego secar con un secador de pelo.</li>
<li>Desarrollar las placas en 20 ml de una solución de ácido fórmico/n-butanol/agua (6:4:1, v:v:v) y secar con un secador de pelo.</li>
<li>Remoje las placas en el reactivo de orcinol para teñir, luego seque con un secador de pelo.<ol>
<li>Preparar reactivos de orcinol disolviendo 900 mg de Liquenol en 25 ml de agua destilada y añadiendo 375 ml de etanol. Posteriormente, el ácido sulfúrico concentrado debe añadirse lentamente y mezclar la solución a fondo.</li>
</ol>
</li>
<li>Caliente las placas a 120 oC durante 3 minutos en un horno de hornear y evalúe la degradación de las EPS midiendo las bandas TLC.</li>
</ol>7. Efectos de las EPS en la microbiota intestinal humana
<ol><li>Congele congele las muestras fecales originales preparadas en el paso 4.3 y las muestras fermentadas preparadas en el paso 5.4.</li>
<li>Extraiga el ADN genómico bacteriano (ADN) de todas las muestras utilizando un kit de extracción de ADN genómico bacteriano de heces siguiendo las instrucciones del fabricante.</li>
<li>Determine las concentraciones de ADN, las integridades y las distribuciones de tamaño utilizando un microespectrofotómetro y una electroforesis de gel de agar.</li>
<li>Realizar PCR de genes rRNA bacterianos 16S a partir del ADNg extraído utilizando las siguientes imprimaciones delanteras y inversas descritas anteriormente12: -imprimación de avance (imprimación de código de barras 338F): ACTCCTACGGGAGGCAGCA -imprimación inversa (806R): GGACTACHVGGGTWTCTAAT Utilice las siguientes condiciones de ciclor térmico:<ol>
<li>94oC durante 5 min.</li>
<li>94oC para 30 s.</li>
<li>55oC para 30 s.</li>
<li>72oC durante 1 min.</li>
<li>Repetir 2–4 para 35 ciclos</li>
<li>72oC durante 5 min.</li>
<li>4 oC mantener hasta retirar del ciclor térmico.</li>
</ol>
</li>
<li>Llevar a cabo la secuenciación de alto rendimiento de productos de PCR en una empresa de secuenciación de ADN utilizando análisis de comunidad microbiana de ultra alto rendimiento.</li>
<li>Obtenga secuencias limpias y de alta calidad utilizando la canalización de análisis de secuencias de Quantitative Insights into Microbial Ecology (QIIME)13.</li>
<li>Definir unidades taxonómicas operativas (OTU) para secuencias genéticas de rRNA 16S con similitud de nucleótidos superior al 97% utilizando herramientas bioinformáticas como la suite de software Mothur14.</li>
<li>Elija una secuencia representativa de cada OTU y utilice el clasificador RDP junto con la base de datos taxonómica SILVA para clasificar las secuencias representativas15.</li>
<li>Calcule la cobertura de Good, las métricas de diversidad alfa (incluido el índice Simpson y Shannon) y la riqueza (número observado de OTU) utilizando las herramientas bioinformáticas16.</li>
</ol>8. Efectos de las EPS en la producción de SCFA por microbiota intestinal humana
<ol><li>Añadir supernatores fermentados (1 ml) preparados en tubos centrífugos de 5,3 a 2 ml.</li>
<li>Añadir 0,2 ml de ácido metafosfórico al 25% (p/v) de ácido metafosfórico a cada una de las muestras y mezclar a fondo las soluciones mediante vórtice.</li>
<li>Centrifugar las mezclas a 13.000 x g durante 20 min y transferir los sobrenadores a tubos frescos.</li>
<li>Concomitantemente, preparar soluciones de 120 mM ácidos acéticos, propónicos, butíricos, isobutíricos, valerico y isovalerico. A continuación, añadir 1 ml de cada ácido preparado a 1,2 ml de 25% (p/v) de ácido metafosfórico y utilizar como cócteles estándar.</li>
<li>Filtrar las muestras utilizando una membrana de 0,22 m.</li>
<li>Detectar concentraciones de SCFA mediante cromatografía de gases de alto rendimiento de acuerdo con los protocolos descritos anteriormente11,17. NOTA: Se utiliza una columna InertCap FFAP (0,25 mM x 30 m x 0,25 m) para la cromatografía de gases (GC). A continuación, las concentraciones de SCFA se cuantifican en función de las áreas pico utilizando el método estándar interno de un solo punto en el paquete de software GC Solution.</li>
</ol>

<ol><li>Maarten, V. D. G., Blottière Hervé, M., Doré, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Humans+as+holobionts%3A+implications+for+prevention+and+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Humans as holobionts: implications for prevention and therapy.</a> Microbiome. 6 (1), 81(2018).</li>
<li>Allen, A. P., Dinan, T. G., Clarke, G., Cryan, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+psychology+of+the+human+brain-gut-microbiome+axis%5BTitle%5D)+AND+%22Social+and+Personality+Psychology+Compass%22%5BJournal%5D)">A psychology of the human brain-gut-microbiome axis.</a> Social and Personality Psychology Compass. 11 (4), e12309(2017).</li>
<li>Arora, T., Bäckhed, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+gut+microbiota+and+metabolic+disease%3A+current+understanding+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Internal+Medicine%22%5BJournal%5D)">The gut microbiota and metabolic disease: current understanding and future perspectives.</a> Journal of Internal Medicine. 280, 39-349 (2016).</li>
<li>Maurice, C., Haiser, H., Turnbaugh, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xenobiotics+shape+the+physiology+and+gene+expression+of+the+active+human+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Xenobiotics shape the physiology and gene expression of the active human gut microbiome.</a> Cell. 152 (1-2), 39-50 (2013).</li>
<li>Carmody, R. N., Turnbaugh, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host-microbial+interactions+in+the+metabolism+of+therapeutic+and+diet-derived+xenobiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Investigation%22%5BJournal%5D)">Host-microbial interactions in the metabolism of therapeutic and diet-derived xenobiotics.</a> Journal of Clinical Investigation. 124 (10), 4173-4181 (2014).</li>
<li>Lu, K., Mahbub, R., Fox, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xenobiotics%3A+interaction+with+the+intestinal+microflora%5BTitle%5D)+AND+%22ILAR+Journal%22%5BJournal%5D)">Xenobiotics: interaction with the intestinal microflora.</a> ILAR Journal. 56 (2), 218-227 (2015).</li>
<li>Taguer, M., Maurice, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+complex+interplay+of+diet%2C+xenobiotics%2C+and+microbial+metabolism+in+the+gut%3A+implications+for+clinical+outcomes%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Pharmacology+%26+Therapeutics%22%5BJournal%5D)">The complex interplay of diet, xenobiotics, and microbial metabolism in the gut: implications for clinical outcomes.</a> Clinical Pharmacology & Therapeutics. 99 (6), 588-599 (2016).</li>
<li>Anubhav, D., Meenakshi, S., Shankar, G. T., Mande, S. S., Wilson, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xenobiotic+metabolism+and+gut+microbiomes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Xenobiotic metabolism and gut microbiomes.</a> PLoS One. 11 (10), e0163099(2016).</li>
<li>Koppel, N., Rekdal, V. M., Balskus, E. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+transformation+of+xenobiotics+by+the+human+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Chemical transformation of xenobiotics by the human gut microbiota.</a> Science. 356 (6344), 1246-1257 (2017).</li>
<li>Hidalgo-Cantabrana, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+overview+and+biological+functions+of+exopolysaccharide+biosynthesis+in+Bifidobacterium+spp%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Genomic overview and biological functions of exopolysaccharide biosynthesis in Bifidobacterium spp.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (1), 9-18 (2014).</li>
<li>Liu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+bifidobacteria-produced+exopolysaccharides+on+human+gut+microbiota+in+vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Microbiology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Effects of bifidobacteria-produced exopolysaccharides on human gut microbiota in vitro.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. , 1-10 (2018).</li>
<li>Tang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbial+profile+is+altered+in+primary+biliary+cholangitis+and+partially+restored+after+UDCA+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">Gut microbial profile is altered in primary biliary cholangitis and partially restored after UDCA therapy.</a> Gut. 67 (3), 534-541 (2018).</li>
<li>Kuczynski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+QIIME+to+analyze+16S+rRNA+gene+sequences+from+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Protocols+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Using QIIME to analyze 16S rRNA gene sequences from microbial communities.</a> Current Protocols in Microbiology. 27 (1), 1-28 (2012).</li>
<li>Hiltemann, S. D., Boers, S. A., van der Spek, P. J., Jansen, R., Hays, J. P., Stubbs, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Galaxy+mothur+Toolset+%28GmT%29%3A+a+user-friendly+application+for+16S+rRNA+gene+sequencing+analysis+using+mothur%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Galaxy mothur Toolset (GmT): a user-friendly application for 16S rRNA gene sequencing analysis using mothur.</a> GigaScience. , giy166 (2018).</li>
<li>Wang, Q., Garrity, G. M., Tiedje, J. M., Cole, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Na%C3%AFve+Bayesian+classifier+for+rapid+assignment+of+rRNA+sequences+into+the+new+bacterial+taxonomy%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Naïve Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy.</a> Applied and Environmental Microbiology. 73 (16), 5261-5267 (2007).</li>
<li>Schloss, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introducing+mothur%3A+open-source%2C+platform-independent%2C+community-supported+software+for+describing+and+comparing+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75 (23), 7537-7541 (2009).</li>
<li>Bai, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+study+on+the+in+vitro+effects+of+pseudomonas+aeruginosa+and+seaweed+alginates+on+human+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">Comparative study on the in vitro effects of pseudomonas aeruginosa and seaweed alginates on human gut microbiota.</a> Plos One. 12 (2), e0171576(2017).</li>
<li>Zhang, Z., Xie, J., Zhang, F., Linhardt, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thin-layer+chromatography+for+the+analysis+of+glycosaminoglycan+oligosaccharides%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Thin-layer chromatography for the analysis of glycosaminoglycan oligosaccharides.</a> Analytical Biochemistry. 371, 118-120 (2007).</li>
<li>Simon, J. C., Marchesi, J. R., Mougel, C., Selosse, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host-microbiota+interactions%3A+from+holobiont+theory+to+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Host-microbiota interactions: from holobiont theory to analysis.</a> Microbiome. 7 (5), (2019).</li>
<li>Postler, T. S., Ghosh, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+the+Holobiont%3A+how+microbial+metabolites+affect+human+health+and+shape+the+immune+system%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metabolism%22%5BJournal%5D)">Understanding the Holobiont: how microbial metabolites affect human health and shape the immune system.</a> Cell Metabolism. 26 (1), 110-130 (2017).</li>
<li>Kramer, P., Bressan, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Humans+as+superorganisms%3A+how+microbes%2C+viruses%2C+imprinted+genes%2C+and+other+selfish+entities+shape+our+behavior%5BTitle%5D)+AND+%22Perspectives+on+Psychological+Science%22%5BJournal%5D)">Humans as superorganisms: how microbes, viruses, imprinted genes, and other selfish entities shape our behavior.</a> Perspectives on Psychological Science. 10 (4), 464-481 (2015).</li>
<li>Malfertheiner, P., Nardone, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota%3A+the+forgotten+organ%5BTitle%5D)+AND+%22Digestive+Diseases%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota: the forgotten organ.</a> Digestive Diseases. 29 (6), (2011).</li>
<li>Andoh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+gut+microbiota+is+a+new+organ+in+our+body%5BTitle%5D)+AND+%22The+Japanese+journal+of+Gastro-Enterology%22%5BJournal%5D)">The gut microbiota is a new organ in our body.</a> The Japanese journal of Gastro-Enterology. 112 (11), 1939-1946 (2015).</li>
<li>Mika, A., Van, W. T., González, A., Herrera, J. J., Knight, R., Fleshner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exercise+is+more+effective+at+altering+gut+microbial+composition+and+producing+stable+changes+in+lean+mass+in+juvenile+versus+adult+male+f344+rats%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Exercise is more effective at altering gut microbial composition and producing stable changes in lean mass in juvenile versus adult male f344 rats.</a> PLoS One. 10 (5), e0125889(2015).</li>
<li>Hugenholtz, F., de Vos, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mouse+models+for+human+intestinal+microbiota+research%3A+a+critical+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Cellular+and+Molecular+Life+Sciences%22%5BJournal%5D)">Mouse models for human intestinal microbiota research: a critical evaluation.</a> Cellular and Molecular Life Sciences. 75 (1), 149-160 (2018).</li>
<li>Takagi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single-batch+fermentation+system+to+simulate+human+colonic+microbiota+for+high-throughput+evaluation+of+prebiotics%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">A single-batch fermentation system to simulate human colonic microbiota for high-throughput evaluation of prebiotics.</a> PLoS One. 11 (8), e0160533(2016).</li>
<li>Ning, T., Gong, X., Xie, L., Ma, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota+analysis+in+rats+with+methamphetamine-induced+conditioned+place+preference%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota analysis in rats with methamphetamine-induced conditioned place preference.</a> Frontiers in Microbiology. 8 (1), 1620(2017).</li>
</ol>

Los autores declaran que no tienen conflictos de intereses. Las cifras fueron citadas en Yin et al. 11.

Se han realizado progresos significativos hacia la comprensión de la composición y las actividades de la microbiota intestinal humana en la última década. Como consecuencia de estos estudios, ha surgido el concepto holobionte, que representa las interacciones entre los huéspedes y las comunidades microbianas asociadas, como entre los seres humanos y su microbiota intestinal19,20. Además, los seres humanos son incluso ahora considerados como superorganismos<sup cl...

La microbiota intestinal desempeña un papel importante en el funcionamiento de los intestinos humanos y en la salud del huésped. En consecuencia, la microbiota intestinal se ha convertido recientemente en un objetivo importante para la prevención y la terapia de enfermedades1. Además, las bacterias intestinales interactúan con las células intestinales anfitrionas y regulan los procesos fundamentales del huésped, incluidas las actividades metabólicas, la disponibilidad de nutrientes, la modulación del sistema inmunitario e incluso la función cerebral y la toma de decisiones2,3 . Los endobióticos tienen un potencial considerable para influir en la composición bacteriana y la diversidad de la microbiota intestinal. Así, las interacciones entre endobióticos y microbiota intestinal humana han atraído una creciente atención de la investigación4,5,6,7,8,9.
Es difícil evaluar las interacciones entre los endobióticos y la microbiota intestinal humana in vivo debido a la bioética y las limitaciones económicas. Por ejemplo, los experimentos que investigan las interacciones entre los endobióticos y la microbiota intestinal humana no se pueden realizar sin el permiso de la Administración de Alimentos y Medicamentos, y el reclutamiento de voluntarios es costoso. En consecuencia, los modelos animales se utilizan a menudo para tales investigaciones. Sin embargo, el uso de modelos animales es limitado debido a las diferentes composiciones de microbiota y diversidad en las comunidades asociadas a los animales frente al ser humano. Un método in vitro alternativo para explorar las interacciones entre los endobióticos y la microbiota intestinal humana es a través del uso de experimentos de cultivo por lotes.
Los exopolisacáridos (SEP) son prebióticos que contribuyen significativamente al mantenimiento de la salud humana10. Los SAE distintos que consisten en diferentes composiciones y estructuras monosacáridos pueden exhibir funciones distintas. Los análisis anteriores han determinado la composición de los SAE Bif, que son el xenobiótico representativo al que se dirige en el actual estudio11. Sin embargo, efectos metabólicos asociados al huésped no se han considerado con respecto a la composición y diversidad EPS.
El protocolo descrito aquí utiliza la microbiota fecal de 12 voluntarios para fermentar Bif EPS. La cromatografía de capa delgada (TLC), la secuenciación de alto rendimiento del gen rRNA 16S y la cromatografía de gases (GC) se utilizan en combinación para investigar las interacciones entre los SSA y la microbiota intestinal humana. Las ventajas distintivas de este protocolo en comparación con los experimentos in vivo son su bajo costo y evitar los efectos de interferencia del metabolismo del huésped. Además, el protocolo descrito se puede utilizar en otros estudios que investigan interacciones entre endobióticos y microbiota intestinal humana.

<table><tbody><tr><td>0,22 y micro; m filtros de membrana</td><td>Millipore</td><td>SLGP033RB</td><td>Uso para filtrar muestras</td></tr><tr><td>Tamiz de 0,4 mm</td><td>Thermo Fischer</td><td>308080-99-1</td><td>Uso para preparar muestras fecales humanas</td></tr><tr><td>5-bromo-4-cloro-3-indolil &beta;-D-galactopiranósido (X-Gal)</td><td>Solarbio</td><td>X1010</td><td>Uso para preparar placa de color</td></tr><tr><td>Acetic</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>71251</td><td>Muestra estándar para agar SCFA</td></tr><tr><td></td><td>Solarbio</td><td>YZ-1012214</td><td>El componente de</td></tr><tr><td>la cámara anaeróbica</td> media <td>Electrotek&nbsp;</td><td>AW 400SG</td><td>Cultivo y fermentación de bacterias</td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>SANYO</td><td>MLS-3750</td><td>Úselo para autoclave</td></tr><tr><td>Bacto soytone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>70178</td><td>El componente del horno de</td></tr><tr><td>horneado</td> medio <td>Shanghai Yiheng Scientific Instruments Co., Ltd</td><td>DHG-9240A</td><td>Úselo para calentar y hornear</td></tr><tr><td>Extracto de carne de res</td><td>Solarbio</td><td>G8270</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Bifidobacterium longum Reuter</td><td>ATCC</td><td>ATCC&reg; 51870&comercio;</td><td>gérmenes</td></tr><tr><td>Sales biliares</td><td>Solarbio</td><td>YZ-1071304</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Butyric</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>19215</td><td>Muestra estándar para SCFA</td></tr><tr><td>CaCl2</td><td>Solarbio</td><td>C7250</td><td>Solución salina del medio</td></tr><tr><td>Columna capilar</td><td>SHIMADZU-GL</td><td>InertCap FFAP (0,25 mm &veces; 30 m &veces; 0,25 &mu; m)</td> <td>Utilizado para la detección de SCFA</td></tr><tr><td>Peptona de caseína</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39396</td><td>El componente de la</td></tr><tr><td>centrífuga</td> media <td>Thermo Scientific</td><td>Sorvall ST 8</td><td>Uso para la centrifugación</td></tr><tr><td>CoSO4.7H2O</td><td>Solarbio</td><td>C7490</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>CuSO4.5H2O</td><td>Solarbio</td><td>203165</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Cisteína-HCl</td><td>Solarbio</td><td>L1550</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td>Úselo para preparar vitamina K1</td></tr><tr><td>FeSO4.7H2</td><td>O Solarbio</td><td>YZ-111614</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Ácido fórmico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>399388</td><td>Utilizado para TLC</td></tr><tr><td>Cromatografía de gases</td><td>Shimadzu Corporation</td><td>GC-2010 Plus</td><td>Se utiliza para la detección de SCFA</td></tr><tr><td>Vaso de precipitados de vidrio</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB10050</td><td>Se utiliza para la preparación de lodos</td></tr><tr><td>Glucosa</td><td>Solarbio</td><td>G8760</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Haemin</td><td>Solarbio</td><td>H8130</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>HCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>30721</td><td>Solución básica utilizada para ajustar el pH de los tampones</td></tr><tr><td>Isobutírico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>46935-U</td><td>Muestra estándar para</td></tr><tr><td>ácidos isovaléricos</td> SCFA <td>Sigma-Aldrich</td><td>129542</td><td>Muestra estándar para AGCC</td></tr><tr><td>K2HPO4</td><td>Solarbio</td><td>D9880</td><td>Solución salina de</td></tr><tr><td>KCl</td> medio <td>Solarbio</td><td>P9921</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>KH2PO4</td><td>Solarbio</td><td>P7392</td><td>Solución salina del medio</td></tr><tr><td>LiCl.3H2O</td><td>Solarbio</td><td>C8380</td><td>Úselo para preparar placas de color</td></tr><tr><td>Extracto de carne</td><td>Sigma-Aldrich-Aldrich</td><td>70164</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Ácido metafosfórico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>B7350</td><td>Muestra estándar para SCFA</td></tr><tr><td>MgCl2.6H2O</td><td>Solarbio</td><td>M8160</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>MgSO4.7H2O</td><td>Solarbio</td><td>M8300</td><td>Solución salina del</td></tr><tr>sistema<td>MISEQ</td><td>Illumina</td><td>MiSeq 300PE</td><td>Secuenciación de ADN</td></tr><tr><td>MnSO4. H20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M8179</td><td>Solución salina de medio</td></tr><tr><td>Mupirocina</td><td>Solarbio</td><td>YZ-1448901</td><td>Antibiótico</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Solarbio</td><td>YZ-100376</td><td>Solución salina de medio</td></tr><tr><td>NaHCO3</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>792519</td><td>solución salina de medio</td></tr><tr><td>NanoDrop ND-2000</td><td>NanoDrop Technologies</td><td>ND-2000</td><td>Determinar las concentraciones de ADN</td></tr><tr><td>NaOH</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>30620</td><td>Solución básica utilizada para ajustar el pH de los tampones</td></tr><tr><td>n-butanol</td><td>ChemSpider</td><td>71-36-3</td><td>Se utiliza para TLC</td></tr><tr><td>NiCl2</td><td>Solarbio</td><td>746460</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Orcinol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>447420</td><td>Se utiliza para preparar reactivos</td></tr> <tr><td>de orcinolPropionic</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>94425</td><td>Muestra estándar para SCFA</td></tr><tr><td>QIAamp DNA Stool Mini Kit</td><td>QIAGEN</td><td>51504</td><td>Extracto de ADN genómico bacteriano</td></tr><tr><td>Polvo de PBS listo para usar</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td>A610100-0001</td><td>Se utiliza para preparar la suspensión lipídica</td></tr><tr><td>Resazurin</td><td>Solarbio</td><td>R8150</td><td>Equipo anaeróbico</td></tr><tr><td>Concentrador de vacío</td><td>de velocidad LABCONCO</td><td>CentriVap</td><td>Uso para preparar EPSs</td></tr><tr><td>Almidón</td><td>Solarbio</td><td>YZ-140602</td><td>Uso para la fuente de carbono</td></tr><tr><td>Ácido sulfúrico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>150692</td><td>Se utiliza para preparar reactivos</td></tr> <tr>de orcinol<td>T100 PCR</td><td>BIO-RAD</td><td></td> 1861096 <td>amplificación de PCR</td></tr><tr><td>Láminas de aluminio TLC</td><td>MerckMillipore</td><td>116835</td><td>utilizado para TLC</td></tr><tr><td>tripticasa Peptona</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z699209</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Triptona</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T7293</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>Tween 80</td><td>Solarbio</td><td>T8360</td><td>Solución salina del medio</td></tr><tr><td>Valeric</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>75054</td><td>Muestra estándar para SCFA</td></tr><tr><td>Vitamina K1</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>V3501</td><td>El componente del</td></tr><tr><td>medio Oscilador de vórtice</td><td>Scientific Industries</td><td>Vortex.Genie2</td><td>Uso para el vorticing</td></tr><tr><td>Extracto de levadura</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Y1625</td><td>El componente del medio</td></tr><tr><td>ZnSO4.7H2O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z0251</td><td>El componente del medio</td></tr></tbody></table>

análisis de interacciones entre endobióticos y microbiota de tripa humana utilizando sistemas de fermentación de bañoin in vitro

Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems

Los microorganismos intestinales humanos se han convertido recientemente en un objetivo importante de la investigación en la promoción de la salud humana y la prevención de enfermedades. En consecuencia, las investigaciones de interacciones entre endobióticos (por ejemplo, fármacos y prebióticos) y la microbiota intestinal se han convertido en un importante tema de investigación. Sin embargo, los experimentos in vivo con voluntarios humanos no son ideales para tales estudios debido a la bioética y las limitaciones económicas. Como resultado, se han utilizado modelos animales para evaluar estas interacciones in vivo. Sin embargo, los estudios de modelos animales siguen estando limitados por consideraciones de bioética, además de diferentes composiciones y diversidades de la microbiota en animales frente a humanos. Una estrategia de investigación alternativa es el uso de experimentos de fermentación por lotes que permiten evaluar las interacciones entre endobióticos y microbiota intestinal in vitro. Para evaluar esta estrategia, se utilizaron exopolisacáridos bifidobacterianos (Bif) como xenobiótico representativo. Luego, las interacciones entre Bif EPS y la microbiota intestinal humana se investigaron utilizando varios métodos como la cromatografía de capa delgada (TLC), el análisis de composición de la comunidad bacteriana con secuenciación de alto rendimiento del gen rRNA 16S y la cromatografía de gases de ácidos grasos de cadena corta (SCFA). Aquí se presenta un protocolo para investigar las interacciones entre los endobióticos y la microbiota intestinal humana utilizando sistemas de fermentación por lotes in vitro. Es importante destacar que este protocolo también se puede modificar para investigar las interacciones generales entre otros endobióticos y la microbiota intestinal.

La producción de EPS mucoide se pudo observar en cultivos B. longum en placas PYG después de la incubación anaeróbica durante 72 h (Figura1A). La centrifugación de los raspaduras de cultivo, seguida de la precipitación de etanol y el secado, dio lugar a la recolección de EPS similares a la celulosa (Figura1B). Las EPS secas y el almidón soluble se utilizaron entonces como fuentes de carbono para cultivos de fermentación. TLC se utilizó para la separació...

Aquí se describe un protocolo para investigar las interacciones entre los endobióticos y la microbiota intestinal humana utilizando sistemas de fermentación por lotes in vitro.

Análisis de interacciones entre endobióticos y microbiota de tripa humana utilizando sistemas de fermentación de bañoin in vitro

Human intestinal microorganisms have recently become an important target of research in promoting human health and preventing diseases. Consequently, ...

Nuestro protocolo puede ser ampliamente utilizado para un alto rendimiento y un cribado rápido de las interacciones entre los endobióticos y la microbiota intestinal humana. Bajo costo y evitación de efectos de interferencia del metabolismo del huésped. Este procedimiento tiene el potencial de ser utilizado en el diagnóstico.En primer lugar, disolver EPS BIF y almidón individualmente en agua caliente en un agitador magnético para hacer tanto la concentración de ocho gramos por litro. En el medio de cultivo básico preparado, VI, añada 100 mililitros de la solución BIF EPS para hacer la solución de cultivo VI BIF. Añadir 100 mililitros de la solución de almidón para hacer la solución de almidón VI de cultivo.Autoclave los dos medios con fuente de carbono, y el medio sin fuente de carbono como control, a 121 grados Celsius durante 15 minutos. Deja que se enfríen a temperatura ambiente y agregue heno y cisteína. Transfiera una submuestra de cinco mililitros de cada medio a tubos de cultivo.Y almacenar en una incubadora anaeróbica. Almacene los medios restantes en cuatro grados centígrados. Para preparar la muestra fecal humana, transfiera un gramo de muestra fecal fresca a 10 mililitros de 0,1 PBS anaeróbicos molares a pH siete en un vaso de precipitados de vidrio.A continuación, utilice una varilla de vidrio para agitarlo y lograr una suspensión. En una cámara anaeróbica, añadir 500 microlitros de la suspensión fecal filtrada en los tres medios de fermentación preparados, individualmente. Luego, incubar a 37 grados centígrados.Después de 24 horas y 48 horas, recoger dos mililitros de muestras fermentadas en la cámara anaeróbica. Y luego centrifugar fuera de la cámara a 6000 veces G, durante tres minutos. Transfiera cuidadosamente los sobrenadantes a nuevos tubos de centrífuga que se utilizarán para el análisis de degradación de polisacáridos y mediciones de ácidos grasos de cadena corta.Almacene los pellets de centrifugación a 80 grados centígrados. Cargue 0,2 microlitros de los sobrenadantes fermentados en cada placa de aluminio pre-revestida de gel de sílice 60 TLC y gire para esparcir. Luego usa un secador de pelo con aire caliente para secar.Sumergir un extremo de las placas muestreadas en 20 mililitros de ácido fórmico:n-butanol: solución de agua durante varios minutos, hasta que la electroforesis se extienda casi hasta el otro extremo. A continuación, saque los platos con fórceps y séquelos con un secador de pelo. A continuación, remoje los platos en el reactivo orcinol durante dos minutos para teñir.Y seca otra vez. Transfiera los platos a un horno de horno a 120 grados Centígrados para calentar durante tres minutos. A continuación, tome fotografías de la placa para evaluar la degradación de LA EPS midiendo bandas TLC.Para estudiar los efectos de la EPS en la producción de SCFA, añada un mililitro de sobrenadantes fermentados a tubos de centrífuga de dos mililitros y añada 0,2 mililitros de 25 peso/volumen por ciento de ácido metafosfórico a cada muestra. Vortex para mezclar a fondo las soluciones. Centrifugar las mezclas a 13.000 veces G durante 20 minutos.Mientras tanto, preparar soluciones de 120 ácidos acéticos mili evolucionadosos, propiónicos, butíricos, isobutíricos, valericos e isovalericos en tubos. A continuación, agregue un mililitro de cada ácido preparado a un tubo que contenga 1,2 mililitros de 25 por ciento de peso/volumen por ácido metafosfórico. Y cárguelos en la botella de muestra del instrumento de cromatografía de gases como cócteles estándar.Saque los tubos de la centrífuga y transfiera los sobrenadantes a tubos frescos. Utilice una jeringa equipada con filtro de 0,22 micras para filtrar los sobrenadantes en nuevos tubos para el análisis de la cromatografía de gases. En este estudio, la producción de EPS mucoide se observó en cultivos de bifidobacterium longum en placas PYG, después de la incubación anaeróbica durante 72 horas.La centrifugación de los raspaduras de cultivo, seguida de la precipitación y el secado del etanol, dio lugar a la recolección de EPS similares a la celulosa. El análisis de TLC reveló que la tasa de degradación del almidón por microbiota fecal humana era más rápida que la de la EPS BIF. El Análisis de Coordenadas Principales muestra la cultura VI BIF, y los grupos de almidón de cultivo VI, agrupados por separado entre sí, lo que indica que la disponibilidad de EPS y almidón da forma diferencial a las comunidades bacterianas fecales humanas.El análisis discriminante lineal sobre el tamaño del efecto muestra que los géneros collinsella, coprococcus, parabacteroides y rodopseudomonas fueron significativamente más abundantes en el cultivo DE muestras de BIF VI que en el cultivo VI muestras de almidón. Además, las mediciones de GC muestran SCFAs que se midieron a partir de cultivos de fermentación incluyeron ácidos acéticos, propionicos, isobutíricos, butíricos, isovalericos y valericos. Después de la fermentación durante 24 horas y 48 horas, cinco de las seis concentraciones de SCFA fueron similares y no estadísticamente diferentes entre el cultivo VI BIF, el almidón de cultivo VI y los grupos de cultivo VI.Sin embargo, las concentraciones de ácido propriónico fueron significativamente más altas en el grupo de cultivo VI BIF que en el grupo de almidón VI de cultivo, después de 48 horas de fermentación. Realice este experimento en condiciones anaeróbicas y, a continuación, transfiera las muestras fijas a una incubadora anaeróbica lo antes posible. Algunos de los reactivos TLC son peligrosos.Debes tener cuidado de usarlos.

analysis-interactions-between-endobiotics-human-gut-microbiota-using

Research

Investigación

JoVE Journal

Immunology and Infection

Inmunología e Infección

Fuente: Ahmadi, S., et al. Un modelo de cultivo lotado in vitro para estimar los efectos de los regímenes intervencionistas sobre la microbiota fecal humana. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demuestra un método para modelar la fermentación microbiana intestinal incubando muestras de heces con fibra fermentable dietética bajo condiciones anaeróbias para estudiar la producción de metabolitos por microbiota intestinal.

In vitro Modelo de cultivo por lotes para imitar la fermentación del colon por microbiota intestinal humana

Fuente: Hu, Y., et al. Análisis de las interacciones entre endobióticos y microbiota intestinal humana utilizando sistemas de fermentación in vitro en baños. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demuestra el uso de la cromatografía de capa delgada (TLC) para evaluar la degradación de exopolisacáridos (EPS) por la microbiota fecal humana. Los fragmentos de EPS en los sobrenacionantes de fermentación se separan según su tamaño y polaridad usando TLC, y luego se visualizan como bandas de colores tras una...

Realización de cromatografía de capa delgada para evaluar la degradación de exopolisacáridos bacterianos

Fuente: Hu, Y. et.al., Análisis de interacciones entre endobióticos y microbiota intestinal humana utilizando sistemas de fermentación en baños in vitro. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demuestra el análisis de la producción de ácidos grasos de cadena corta por la microbiota intestinal humana en respuesta a exopolisacáridos. Esto pone de relieve la separación y cuantificación de los productos de fermentación microbiana mediante cromatografía de gases. Los resultados revelan que los...

Investigación de la actividad microbiana intestinal humana en exopolisacáridos

En este video, describimos la metodología para establecer un sistema de cultivo de órganos intestinales ex vivo para estudiar las interacciones entre fragmentos de tejido intestinal de ratón y bacterias intestinales específicas. El dispositivo consta de dos pares de puertos de entrada-salida, el primero que conecta la luz del tejido intestinal y suministra la suspensión bacteriana específica en él, y el segundo que suministra continuamente medios a los pocillos del dispositivo para mantener la...

Un sistema de cultivo de órganos intestinales ex vivo para estudiar las interacciones entre el huésped y la microbiota

Se describe un protocolo in vitro de co-cultivo microbioma intestinal y vellosidades intestinales durante un periodo prolongado utilizando un sistema de microphysiological gut-on-a-chip humano.

Co-cultivo de estar con microbioma intestinal humana microconstruidos Villi en una Gut-on-a-Chip dispositivo de microfluidos

Interacciones de host-microbio intestinal fueron evaluadas usando un nuevo enfoque que combina una comunidad oral sintético, en vitro la digestión gastrointestinal y un modelo del epitelio del intestino delgado. Presentamos un método que puede ser adaptado para evaluar invasión celular de patógenos y biofilms multiespecies, o incluso para probar la supervivencia de las formulaciones probióticas.

Evaluar la viabilidad de un consorcio bacteriano sintético en la interfaz de Host-microbio In Vitro Gut

Aquí, presentamos un protocolo para el cultivo de la microbiota intestinal de la Colón in vitro, utilizando una serie de biorreactores que simulan las condiciones fisiológicas del tracto gastro intestinal.

La aplicación Advanced In Vitro cultivo tecnología para estudiar la Microbiota del intestino humano

Este protocolo describe un sistema in vitro de fermentación de cultivo por lotes de microbiota fecal humana, utilizando inulina (un prebiótico bien conocido y uno de los moduladores de microbiota más ampliamente estudiados) para demostrar el uso de este sistema en la estimación de efectos específicos de sobre la composición de la microbiota fecal y las actividades metabólicas.

Un modelo de cultivo por lotes In Vitro para estimar los efectos de los regímenes intervencionistas en la microbiota fecal humana

Este artículo presenta un método único para analizar las interacciones huésped-microbioma utilizando un nuevo sistema de cultivo de órganos intestinales para experimentos ex vivo.

Un sistema de cultivo de órganos intestinales intestinales para analizar las interacciones huésped-microbiota

Este protocolo detalla el ensamblaje de matrices de mini-biorreactores que se utilizarán para el cultivo de flujo continuo de comunidades fecales complejas en condiciones anaeróbicas. También discutimos los métodos de ensamblaje, inoculación y muestreo de los reactores para su posterior análisis.

Conjunto de biorreactor para el cultivo continuo de comunidades fecales complejas

El Minibioreactor Array (MBRA) es un sistema de cultivo de flujo continuo, personalizable y de alto rendimiento que permite el cultivo de comunidades microbianas complejas, lo que respalda experimentos paralelos para estudiar la dinámica del microbioma, las interacciones terapéuticas y las respuestas microbianas a factores ambientales.

Protocolo actualizado para el montaje y uso de la matriz de minibiorreactores (MBRA)

Aprende a analizar interacciones entre endobióticos y microbiota intestinal humana mediante sistemas de fermentación in vitro. Este protocolo permite el cribado de alta capacidad y minimiza la interferencia del metabolismo del huésped.

Análisis de interacciones entre endobióticos y microbiota de tripa humana utilizando sistemas de fermentación de bañoin in vitro (Video) | JoVE Journal

Análisis de interacciones entre endobióticos y microbiota de tripa humana utilizando sistemas de fermentación de bañoin in vitro

Explorar más videos