Perfilado en todo el transcriptoma de las interacciones entre proteínas y ARN por enlace cruzado e inmunoprecipitación mediada por la purificación en tándem FLAG-Biotin

Sólo y sólo proteínas de unión controlan múltiples procesos biológicos. Este método FLAG-Biotin CLIP-seq, por lo tanto, para perfilar globalmente la disposición especial y temporal de RNAs y RBP en células de mamíferos. Este método permite la detección eficiente de ARN directos unidos a proteínas sin SDS-PAGE y los procedimientos de transferencia de membrana.

En comparación con el CLIP-seq tradicional es libre de isótopos y no requiere anticuerpo específico para proteínas. Comience por enchapar alrededor de 3 millones de células STEM embrionarias de ratón en una placa de 10 centímetros e incubarlas durante la noche. Al día siguiente, retire el medio con un vacío y trate las células con dos mililitros de 0,25% de trippsina EDTA durante dos minutos a temperatura ambiente.