Identificación automática de ramas dendríticas y su orientación

El SOA es una herramienta automatizada que tiene una interfaz fácil de usar, para la identificación, segmentación y extracción de información morfológica importante de imágenes de redes de líneas 2D complejas. El proceso de trabajo es sencillo e intuitivo y los datos se obtienen de forma inmediata y sencilla. Además, debido a que SOA es adaptable y flexible, su capacidad analítica se puede ampliar para otras aplicaciones.

SOA se puede utilizar para el análisis de otros tipos de redes 2D, como redes de células no neurales, estructuras complejas generadas por el citoesqueleto y redes no biológicas, como nanotubos. Abra la página web, busque el SOA. zip carpeta comprimida, y descargue el archivo zip haciendo doble clic.

Descomprima la carpeta haciendo clic con el botón derecho y seleccionando extraer archivos. Observe la ruta de extracción en la ventana de opciones que se abre en el cuadro de texto dirección de destino que muestra la ruta de los archivos extraídos. A continuación, abra el archivo SOA extraído y haga doble clic en SOA.exe.

Espere a que se abra una ventana negra, después de lo cual aparecerá la aplicación. En la barra de menús de carga del visor SOA, seleccione elegir archivo, luego elija una imagen de los archivos de la computadora y haga clic en ella. Haga clic en Abrir, observe la ruta del archivo y, a continuación, haga clic en Siguiente.

Para la optimización de la segmentación en bordes, ajuste el umbral de la visualización seleccionando umbral e introduciendo un número. En las líneas de combinación, ajuste la distancia mínima que se va a combinar para la visualización seleccionando la distancia mínima que se va a combinar e introduciendo un número, y el ángulo mínimo que se va a combinar para la visualización seleccionando el ángulo mínimo que se va a combinar e introduciendo un número. Luego, haga clic en crear imagen de segmentación de vista previa y cambie los parámetros para lograr la máxima identificación de segmentos.

Si es necesario cambiar las propiedades, haga clic en el botón Cerrar ventana y reajuste el umbral en la distancia y el ángulo mínimos para fusionar. Para crear los archivos de salida, pulse Okay para visualizar las imágenes de segmentación en los gráficos de análisis. En la ventana que aparece, seleccione una ubicación donde se guardará el archivo xlsx.

Inserte un nombre de archivo, luego elija guardar y espere a que se cree y guarde el archivo xlsx con datos. Para navegar hacia adelante y hacia atrás entre las vistas definidas anteriormente, utilice los botones adelante y atrás. Active el movimiento panorámico y el zoom presionando el botón de zoom y, a continuación, mueva el mouse a la ubicación deseada.

Luego, desplácese por la figura presionando y manteniendo presionado el botón izquierdo del mouse mientras lo arrastra a una nueva posición. Suelte el botón del ratón y el punto seleccionado en la imagen aparecerá en la nueva posición. Mantenga pulsadas las teclas X o Y para restringir el movimiento de los ejes.

Para hacer zoom, mantenga presionado el botón derecho del mouse y arrástrelo a una nueva ubicación. Desplácese hacia la derecha para acercar el eje x y desplácese hacia la izquierda para alejar el eje x. Haga lo mismo con el eje y en los movimientos hacia arriba y hacia abajo.

Al hacer zoom, tenga en cuenta que el punto debajo del mouse permanece estacionario, lo que permite acercar o alejar alrededor de ese punto. Utilice las teclas modificadoras, X, Y o Control, para limitar el zoom a la conservación X, Y o relación de aspecto, respectivamente. Para activar el zoom al modo rectángulo, haga clic en el botón zoom a rectángulo.

Coloque el cursor sobre la imagen y pulse el botón izquierdo del ratón. Arrastre el ratón a una nueva ubicación mientras mantiene pulsado el botón para definir una región rectangular. Utilice la herramienta de configuración de subtramas para configurar la apariencia de la subtrama.

Para abrir un cuadro de diálogo de guardar archivo, haga clic en el botón Guardar y guarde el archivo en los formatos adecuados. Un flujo de trabajo SOA típico se aplica a una imagen 2D representativa de una red dendrítica marcada con un anticuerpo fluorescente anti-MAP2. La GUI de SOA permite la comparación de la imagen original con la imagen segmentada y proporciona monitoreo en tiempo real del efecto de cualquier cambio en la configuración de segmentación.

Las ramas dendríticas se clasifican como en crecimiento paralelo y no paralelo. Una vez que se completa el análisis, el número de ramas paralelas dentro del rango probado se extrae y se traza en un gráfico de frecuencia. Para comprender si la extensión del crecimiento paralelo entre las ramas dendríticas es aleatoria o dirigida, los resultados de este gráfico se comparan con los extraídos de la simulación de crecimiento aleatorio de líneas del mismo número que las de las ramas dendríticas en los cultivos.

El SOA mide las distancias entre las ramas paralelas, así como las longitudes de las ramas dendríticas paralelas y no paralelas y sus longitudes promedio. Para determinar si existen direcciones de crecimiento preferenciales, la SOA muestra un histograma de distribución de los ángulos de crecimiento de las ramas dendríticas, lo que permite la identificación rápida de las direcciones de crecimiento preferidas y las ramas dendríticas específicas en cada grupo. La salida SOA se puede utilizar como una base de datos para herramientas que realizan análisis más profundos y complejos.