El huésped mamífero representado por el cuerpo humano contiene una gran cantidad de microorganismos. Estos microorganismos están ampliamente distribuidos en la boca, el tracto digestivo, el intestino y la sangre del huésped y tienen diferentes efectos en la salud del huésped. La cavidad oral alberga una gran cantidad de microbios que pueden modular la susceptibilidad del huésped a las infecciones. Microbios como los estreptococos (por ejemplo, S. mitis/oralis, S. pseudopneumoniae y S. infantis) y Prevotella spp. colonizan la cavidad oral, formando una biopelícula multiespecie en la superficie de la lengua que causa mal aliento y funciona como un reservorio microbiano para la infección microbiana. Estos patógenos pueden infectar el hueso maxilar infiltrándose en los ligamentos periodontales que sostienen la raíz del diente en el hueso maxilar. La caracterización de estos microbios aislados del cuerpo del huésped es a menudo un proceso tedioso, particularmente cuando los microbios exhiben rasgos individuales que requieren un tratamiento específico y condiciones de crecimiento. Los microbios, como los patógenos Helicobacter pylori, Clostridium difficile y Fusobacterium nucleatum, prosperan en el duro entorno del intestino, con requisitos específicos de oxígeno, nutrientes y crecimiento, lo que presenta un desafío en los procesos de caracterización, particularmente en la investigación de la patogenicidad de estos microbios. Por lo tanto, se necesita un método estandarizado de aislamiento e investigación de estos microorganismos para que los científicos y los profesionales de la medicina desarrollen nuevos tratamientos médicos.
Este protocolo utiliza microbios que prosperan en la matriz ósea de las ratas. Tradicionalmente, con la excepción del sistema óseo representado por la mandíbula, donde la presencia de dientes hace que la matriz ósea sea más susceptible a la infección queotros huesos, generalmente se cree que el hueso sano del huésped es un ambiente estéril. Sin embargo, los estudios han encontrado que los microorganismos ingresan a la circulación sistémica a través de la pared intestinal, afectando en última instancia la mineralización ósea2. Como prueba de concepto, utilizamos el protocolo descrito para caracterizar las propiedades bioquímicas de aislados microbianos del fémur y la tibia de ratas SD sanas (Corynebacterium stationis, Staphylococcus cohnii subsp. y Enterococcus faecalis). Estos aislados microbianos se seleccionaron porque el hueso es un entorno cerrado e hipóxico, y la caracterización de estos microbios a partir del hueso puede ser una tarea difícil. Diversos artículos han detallado los procesos utilizados en el estudio de estos microbios; Sin embargo, son pocos los que proporcionan un protocolo completo para identificar microorganismos aislados del huésped.
Al establecer las condiciones de cultivo adecuadas, los requisitos de oxígeno del microbio deben comprenderse mediante el uso de medio de tioglicolato fluido (FTM). Los microbios con diferentes requisitos de oxígeno forman capas estratificadas en el líquido FTMtransparente 3. Sobre la base del perfil de estratificación, se utiliza el requerimiento de oxígeno del microbio para investigar el crecimiento de las células. Los microbios que prosperan en la superficie del líquido FTM son aerobios obligados, mientras que los microbios que crecen en el fondo son anaerobios obligados. Los microbios que crecen como una suspensión en el líquido FTM son anaerobios facultativos o aerotolerantes. La tasa de crecimiento microbiano se establece observando la fase de crecimiento exponencial de las células microbianas. A continuación, se compara el perfil de crecimiento con la formación de biopelículas del microbio. Las biopelículas están compuestas en gran medida por múltiples especies que afectan directa e indirectamente a la salud de las demás. Durante este proceso, las interacciones beneficiosas entre las comunidades microbianas seleccionan la unión, proporcionando una estructura espacial que favorece la evolución de las interacciones recíprocas activas. Por ejemplo, el cocultivo de Paenibacillus amylolyticus y Xanthomonas retroflexus exhibe interacciones simbióticas facultativas en un ambiente estático, promoviendo un rápido crecimiento de biopelículas13. Los microbios se adaptan a los tejidos del huésped a través de la formación de biopelículas para una localización sostenida, protegiéndose contra entornos hostiles y evadiendo el sistema inmunológico del huésped 4,5,6,7. Las biopelículas suelen ser estructuras densas y multicapa que ayudan a los microorganismos a resistir los estímulos subcríticos externos; por ejemplo, E. faecalis en la pulpa dental mejora su resistencia a los antibióticos al aumentar la formación de biopelículas cuando se enfrenta a subconcentraciones de tetraciclina y vancomicina8.
La quimiotaxis permite que los microorganismos se muevan de acuerdo con gradientes químicos, y las vías de señalización están ampliamente distribuidas en una variedad de bacterias patógenas. Algunos microorganismos patógenos migran a sitios específicos, bajo la guía de señales químicas, para causar enfermedades infecciosas14. Por ejemplo, Xanthomonas spp. expresan 19 proteínas quimiorreceptoras y 11 flagelinas en el huésped, lo que desencadena la unión bacteriana y, en última instancia, la ulceración15. También hay proteínas específicas en las bacterias (proteínas de unión a pectina) que guían la migración específica de las bacterias a los nutrientes, lo que puede conducir a un mejor crecimiento16. Esto también es crítico para las bacterias que pueden existir en ambientes pobres en nutrientes. Las células microbianas a menudo dependen de la motilidad quimiotáctica para atraerse a un entorno de crecimiento propicio mientras evaden otras células depredadoras y toxinas que dañan la viabilidad celular. Sobre la base de enfoques de agar blando previamente establecidos para determinar la quimiotaxis, desarrollamos un método difusible para generar un gradiente de quimioatrayente para probar la quimiotaxis microbiana.
En este trabajo se describen los métodos para determinar las condiciones de crecimiento, la formación de biopelículas y el tropismo químico de las bacterias, utilizando como ejemplos Corynebacterium stationis, Staphylacoccus cohnii, Enterococcus faecalis, Staphylacoccus aureus ATCC 25923 y Enterococcus faecalis V583 (ver Figura 1). La optimización de las condiciones de crecimiento microbiano utiliza FTM para determinar los requisitos de oxígeno del microbio, mientras que la formación de biopelículas utiliza superficies de vidrio como soporte sólido y la masa de biopelícula se contratiñe con violeta cristalino. El tropismo químico del microbio se basa en su comportamiento quimiotáctico, donde a través de la impresión 3D (Figura Suplementaria S1), se utiliza un método estandarizado para generar un reservorio químico para el quimioatrayente en una matriz de agar suave (Figura Suplementaria S2).