Name: Monitorización espaciotemporal rápida y eficiente de la metilación normal y aberrante de la citosina en embriones intactos de pez cebra (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-08-18T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 16 s
Description: Aprende a monitorizar la metilación de citosina en embriones intactos de pez cebra mediante un protocolo rápido y rentable. Este método automatizado permite detectar alteraciones epigenéticas por exposición química con mayor flexibilidad experimental.

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El apoyo a la investigación fue proporcionado por una beca de la División de Graduados de la UCR a SAB, una beca del Programa de Capacitación NRSA T32 (T32ES018827) a SAB, y una subvención de los Institutos Nacionales de Salud (R01ES027576) y el Proyecto de Nacimiento del Instituto Nacional de Alimentos y Agricultura (1009609) del USDA al DCV.

Los criadores adultos fueron manejados y tratados de acuerdo con un protocolo de uso de animales aprobado por el Comité Institucional de Cuidado y Uso de Animales (IACUC) (# 20180063) en la Universidad de California, Riverside.
1. Recolección de embriones de pez cebra y exposición química
<ol><li>Agregue trampas de reproducción en el tanque a los tanques que contengan peces cebra machos y hembras adultos sexualmente maduros y reproductivamente viables. Agregue al menos tres trampas por tanque de 6 L al menos 12 h antes de la recolección a ~ 9:00 AM, que es el tiempo aproximado de fertilización y desove de los huevos dentro de los tanques.</li>
	<li>Prepare una solución de exposición fresca en la mañana de la recolección. La solución de exposición se prepara utilizando una pipeta de 5 ml y añadiendo 5,0 ml de agua del sistema libre de partículas a una placa de Petri de vidrio de 60 mm.</li>
	<li>Luego, use una pipeta microcapilar de vidrio de 10 μL para transferir 10 μL de vehículo (dimetilsulfóxido o DMSO) o solución madre química al agua del sistema en el plato de vidrio.</li>
	<li>Agite la placa de Petri de vidrio para asegurarse de que la solución madre se disipe. Agregue otros 5.0 ml de agua del sistema a la placa de Petri de vidrio. Agite la placa de Petri de vidrio para homogeneizar la solución de exposición.</li>
	<li>Repita para cada grupo de tratamiento en réplicas de cuatro para obtener cuatro réplicas por tratamiento.</li>
	<li>Después de que se hayan preparado las soluciones de exposición, tape los platos de vidrio con tapas de vidrio para minimizar la evaporación.</li>
	<li>Mientras retira las trampas de reproducción de cada tanque, permita cuidadosamente que el agua dentro de cada trampa drene hacia el tanque antes de retirarla de los tanques. Asegúrese de que las trampas permanezcan con el lado derecho hacia arriba.</li>
	<li>Transfiera las trampas de cría al fregadero del laboratorio y enjuáguelas con una botella de chorro llena de agua de ósmosis inversa (OI) en una red de peces previamente empapada en lejía al 10% y enjuagada con agua. Enjuague los embriones hasta que todos los desechos se eliminen y solo queden embriones limpios.</li>
	<li>Transfiera los embriones de la red de pesca utilizando una botella de chorro llena de agua RO a una placa de Petri de plástico de 100 mm. Clasifique aleatoriamente 50 embriones vivos a las 0,75 h después de la fertilización (hpf) y elimine el exceso de agua RO.</li>
	<li>Usando una microespátula, coloque los embriones clasificados en la solución de tratamiento. Todos los embriones deben estar dentro del vehículo o solución de tratamiento no antes de las 9:45 AM. Agite los platos de vidrio para asegurarse de que los embriones estén recubiertos uniformemente dentro de la solución de tratamiento.</li>
	<li>Después de configurar cuatro platos replicados (N = 50 por réplica) para cada grupo de tratamiento, coloque la tapa de vidrio encima de los platos de exposición y transfiera todos los platos a una incubadora con temperatura controlada a 28 °C hasta 2 hpf, 4 hpf, 6hpf, 8 hpf o 10 hpf.</li>
	<li>Preparar paraformaldehído fresco al 4% (PFA) al menos 4 h antes de la terminación de la exposición y almacenar a 4 °C.<ol><li>Encienda la placa calefactora a 115 °C, haga 20 ml de solución salina tamponada con fosfato (PBS) (2 ml de 10x PBS + 18 ml de agua RO) en un tubo de centrífuga de 50 ml y pese 800 mg de paraformaldehído.</li>
		<li>Dentro de una campana extractora de humos químicos, transferir 1x solución de PBS a un erlenmeyer de 250 ml, añadir 800 mg de paraformaldehído y, a continuación, añadir 2 μL de NaOH de 10 N. Coloque un termómetro dentro del matraz, coloque el matraz en la placa caliente y observe la temperatura mientras remueve.</li>
		<li>Cuando la temperatura alcance los 62-65 °C, retire el PFA al 4% de la placa caliente y deje que se enfríe a temperatura ambiente (RT). Conservar el PFA al 4% a 4 °C.</li>
	</ol></li>
	<li>Una vez finalizada la duración de la exposición, retire los embriones de la incubadora y transfiera todos los embriones vivos a un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml. Aspirar la solución de exposición residual con una pipeta de 1 ml. No aspire ningún embrión.</li>
	<li>Agregue 500 μL de PFA refrigerada al 4% a un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml y mezcle los embriones en PFA al 4% invirtiendo varias veces. Permita que los embriones se fijen en 4% de PFA durante la noche. NOTA: No se recomienda permitir que los embriones permanezcan en PFA durante más de 12 h.</li>
</ol>2. Decorionación de embriones
<ol><li>Al día siguiente, aspire el PFA al 4%, resuspenda los embriones en 1x PBS y pipete suavemente hacia arriba y hacia abajo durante 30 s. Si es necesario, detener el protocolo en este paso y almacenar los embriones en 1x PBS a 4 °C durante un máximo de 48 h.</li>
	<li>Usando una pipeta de transferencia de plástico, transfiera cuidadosamente los embriones fijos a un plato de vidrio lleno de agua RO y agite suavemente durante 30 s. Repita este paso una vez más.</li>
	<li>Use agujas de jeringa con un aumento de 5.0x usando un microscopio estereoscópico estándar para descorionar manualmente todos los embriones. Haga esto usando la punta de la aguja para perforar el corion y despegarlo suavemente de la yema y la masa celular4.</li>
	<li>Una vez que los embriones hayan sido descorionados, use una pipeta microcapilar de vidrio para transferir hasta 25 embriones intactos a una canasta de inmunoquímica (IHC) y coloque la cesta IHQ en una placa de 96 pocillos. Use una pipeta de 1 ml para aspirar el agua RO de cada pocillo.</li>
</ol>3. Inmunohistoquímica con anticuerpos específicos 5-mC
<ol><li>Resuspender los embriones en 500 μL de tampón de bloqueo (1x PBST + 2% de suero de oveja + 2 mg/ml de albúmina de suero bovino) por pocillo, y envolver la placa con parafilm y papel de aluminio para protegerlos de la luz. Incubar a 4 °C durante 4 h en un agitador orbital (100 rpm).</li>
	<li>Retire la envoltura de parafilm y el aluminio y use una pipeta de 1 ml para aspirar el tampón de bloqueo de cada pocillo. Reemplácelo con 500 μL de una dilución 1:100 de anticuerpo monoclonal de ratón anti-5-mC en el tampón de bloqueo. Incubar todos los embriones con anticuerpos primarios, excepto un subconjunto de embriones de control del vehículo que se incubarán con el tampón de bloqueo para tener en cuenta el ruido de fondo. Tenga cuidado de no interrumpir la integridad de los embriones, ni de aspirar embriones durante este paso.</li>
	<li>Vuelva a envolver la placa en parafilm y papel de aluminio y deje que la placa se incube a 4 °C durante la noche en un agitador orbital (100 rpm).</li>
	<li>Al día siguiente, retire la solución de anticuerpos primarios de cada pocillo y reemplácela con 1x PBS + 0.1% Tween-20 (1x PBST). Lave cada pocillo tres veces con 1x PBST durante 15 minutos por lavado en un agitador orbital (100 rpm).</li>
	<li>Reemplace 1x PBST con una dilución 1:500 del anticuerpo IgG anti-ratón de cabra en el tampón de bloqueo e incube todos los embriones con el anticuerpo secundario. Deje que la placa se incube a 4 °C durante la noche en un agitador orbital (100 rpm).</li>
	<li>Al día siguiente, retire el anticuerpo secundario y lave la solución residual tres veces con 1x PBST durante 15 minutos por lavado en un agitador orbital (100 rpm). NOTA: El protocolo se puede detener aquí hasta 48 h si las cestas IHC se almacenan en pozos limpios llenos de 1x PBS.</li>
	<li>Use una pipeta de 1 ml para aspirar 1x PBST de cada pocillo y coloque la canasta IHC en una placa de Petri de vidrio llena de agua RO. Bajo un microscopio estereoscópico estándar, clasifique aleatoriamente los embriones intactos en una placa de 96 pocillos, lo que resulta en un embrión por pocillo.</li>
	<li>Con una pipeta de 1 ml, retire toda el agua RO de los pocillos individuales y reemplácela con 200 μL de 1x PBS. Centrifugar la placa durante 3 min a 1 x g.</li>
</ol>4. Imágenes automatizadas de embriones dentro de placas de 96 pocillos
<ol><li>Imagen de los embriones con un objetivo 2x bajo luz transmitida y FITC utilizando un sistema de detección de alto contenido (Tabla de materiales). NOTA: Una imagen fluorescente de cada embrión fue capturada automáticamente usando el aumento mencionado anteriormente y un filtro FITC19.<ol><li>Seleccione Enfoque automático para asegurarse de que el enfoque de la cámara está en la parte inferior de la placa y desplazado por el grosor inferior.</li>
		<li>Seleccione una longitud de onda FITC con una duración de exposición de 100 ms y configure el enfoque automático en láser con un desplazamiento Z. Observe y confirme la adquisición adecuada de imágenes en varios pozos antes de comenzar la adquisición de placas. NOTA: El instrumento adquiere automáticamente imágenes de todos los pocillos seleccionados que contienen embriones. Una placa de 96 pocillos requirió aproximadamente 30 minutos para la adquisición de imágenes y el almacenamiento de datos. Durante el período de adquisición, la temperatura interna dentro del sistema de imágenes se mantuvo en RT.</li>
	</ol></li>
	<li>Después de la adquisición de imágenes, realice análisis de datos utilizando el sistema de detección de alto contenido y un procedimiento de análisis de imágenes automatizado personalizado. Seleccione cada embrión en la placa de 96 pocillos para analizar el área total y la intensidad integrada de fluorescencia. NOTA: El análisis incluyó proporcionar imágenes que contenían superposiciones de puntos de datos del análisis.</li>
	<li>A continuación, tabule los puntos de datos y expórtelos desde el sistema de detección de alto contenido yendo a Medir y seleccionando Open Data Log en una hoja de cálculo. Las partes de adquisición de placas y análisis de datos se representan en la Figura 1.</li>
</ol>5. Análisis de datos
<ol><li>Cargue la hoja de cálculo exportada en un programa informático donde se utiliza el paquete deployer (dplyr) para ordenar, sumar datos para cada pozo y filtrar por número de pozo. El paquete writexl se utiliza para exportar los datos sumados a una hoja de cálculo. El código de programa 5mC se muestra en el archivo complementario 1.</li>
</ol>

<ol><li>Zhang, H. -Y., Xiong, J., Qi, B. -L., Feng, Y. -Q., Yuan, B. -F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+existence+of+5-hydroxymethylcytosine+and+5-formylcytosine+in+both+DNA+and+RNA+in+mammals%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Communications%22%5BJournal%5D)">The existence of 5-hydroxymethylcytosine and 5-formylcytosine in both DNA and RNA in mammals.</a> Chemical Communications. 52 (4), 737-740 (2016).</li>
<li>Huang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formation+and+determination+of+the+oxidation+products+of+5-methylcytosine+in+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Science%22%5BJournal%5D)">Formation and determination of the oxidation products of 5-methylcytosine in RNA.</a> Chemical Science. 7 (8), 5495-5502 (2016).</li>
<li>Avila-Barnard, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tris%281%2C3-dichloro-2-propyl%29+phosphate+disrupts+the+trajectory+of+cytosine+methylation+within+developing+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Research%22%5BJournal%5D)">Tris(1,3-dichloro-2-propyl) phosphate disrupts the trajectory of cytosine methylation within developing zebrafish embryos.</a> Environmental Research. 211, 113078(2022).</li>
<li>Dasgupta, S., Cheng, V., Volz, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utilizing+zebrafish+embryos+to+reveal+disruptions+in+dorsoventral+patterning%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Protocols%22%5BJournal%5D)">Utilizing zebrafish embryos to reveal disruptions in dorsoventral patterning.</a> Current Protocols. 1 (6), 179(2021).</li>
<li>Vliet, S. M. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maternal-to-zygotic+transition+as+a+potential+target+for+niclosamide+during+early+embryogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicology+and+Applied+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Maternal-to-zygotic transition as a potential target for niclosamide during early embryogenesis.</a> Toxicology and Applied Pharmacology. 380, 114699(2019).</li>
<li>Kupsco, A., Dasgupta, S., Nguyen, C., Volz, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+alterations+in+DNA+methylation+precede+Tris%281%2C3-dichloro-2-propyl%29phosphate-induced+delays+in+zebrafish+epiboly%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Science+%26+Technology+Letters%22%5BJournal%5D)">Dynamic alterations in DNA methylation precede Tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate-induced delays in zebrafish epiboly.</a> Environmental Science & Technology Letters. 4 (9), 367-373 (2017).</li>
<li>Dasgupta, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complex+interplay+among+nuclear+receptor+ligands%2C+cytosine+methylation%2C+and+the+metabolome+in+driving+tris%281%2C3-dichloro-2-propyl%29phosphate-induced+epiboly+defects+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Science+%26+Technology%22%5BJournal%5D)">Complex interplay among nuclear receptor ligands, cytosine methylation, and the metabolome in driving tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate-induced epiboly defects in zebrafish.</a> Environmental Science & Technology. 53 (17), 10497-10505 (2019).</li>
<li>McGee, S. P., Cooper, E. M., Stapleton, H. M., Volz, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+zebrafish+embryogenesis+is+susceptible+to+developmental+TDCPP+exposure%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Health+Perspectives%22%5BJournal%5D)">Early zebrafish embryogenesis is susceptible to developmental TDCPP exposure.</a> Environmental Health Perspectives. 120 (11), 1585-1591 (2012).</li>
<li>Geiman, T. M., Muegge, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation+in+early+development%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Reproduction+and+Development%22%5BJournal%5D)">DNA methylation in early development.</a> Molecular Reproduction and Development. 77 (2), 105-113 (2010).</li>
<li>Wossidlo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5-Hydroxymethylcytosine+in+the+mammalian+zygote+is+linked+with+epigenetic+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">5-Hydroxymethylcytosine in the mammalian zygote is linked with epigenetic reprogramming.</a> Nature Communications. 2 (1), 1-8 (2011).</li>
<li>Rottach, A., Leonhardt, H., Spada, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation-mediated+epigenetic+control%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cellular+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">DNA methylation-mediated epigenetic control.</a> Journal of Cellular Biochemistry. 108 (1), 43-51 (2009).</li>
<li>Egger, G., Liang, G., Aparicio, A., Jones, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetics+in+human+disease+and+prospects+for+epigenetic+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Epigenetics in human disease and prospects for epigenetic therapy.</a> Nature. 429 (6990), 457-463 (2004).</li>
<li>Ooi, S. K. T., O'Donnell, A. H., Bestor, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammalian+cytosine+methylation+at+a+glance%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">Mammalian cytosine methylation at a glance.</a> Journal of Cell Science. 122 (16), 2787-2791 (2009).</li>
<li>Baylin, S. B., Jones, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+decade+of+exploring+the+cancer+epigenome-biological+and+translational+implications%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">A decade of exploring the cancer epigenome-biological and translational implications.</a> Nature Reviews Cancer. 11 (10), 726-734 (2011).</li>
<li>Robertson, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation+and+chromatin-unraveling+the+tangled+web%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">DNA methylation and chromatin-unraveling the tangled web.</a> Oncogene. 21 (35), 5361-5379 (2002).</li>
<li>Robertson, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation+and+human+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">DNA methylation and human disease.</a> Nature Reviews Genetics. 6 (8), 597-610 (2005).</li>
<li>Greenberg, M. V. C., Bourc'his, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diverse+roles+of+DNA+methylation+in+mammalian+development+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">The diverse roles of DNA methylation in mammalian development and disease.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 20 (10), 590-607 (2019).</li>
<li>Yuan, B. -F., Feng, Y. -Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+the+analysis+of+5-methylcytosine+and+its+oxidation+products%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Recent advances in the analysis of 5-methylcytosine and its oxidation products.</a> Trends in Analytical Chemistry. 54, 24-35 (2014).</li>
<li>Lantz-McPeak, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental+toxicity+assay+using+high+content+screening+of+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Applied+Toxicology%22%5BJournal%5D)">Developmental toxicity assay using high content screening of zebrafish embryos.</a> Journal of Applied Toxicology. 35 (3), 261-272 (2015).</li>
</ol>

Los autores declaran que no tienen intereses financieros o relaciones personales contradictorias conocidos que podrían haber parecido influir en el trabajo reportado en este documento.

Durante este protocolo, hay algunos pasos que son críticos. En primer lugar, al descorionar embriones, es importante apuntar la aguja lejos del tejido del embrión / saco vitelino / masa celular, ya que estas porciones del embrión en desarrollo son muy frágiles y fáciles de perforar. En segundo lugar, al transferir embriones marcados a pocillos individuales, use una pipeta de vidrio para transferir embriones, ya que se adherirán a una pipeta de plástico. En tercer lugar, cuando realice IHC de montaje completo, asegúrese d...

Las modificaciones enzimáticas impulsan la metilación activa y la desmetilación de la citosina en 5-metilcitosina (5-mC) y la posterior oxidación de 5-mC en 5-hidroximetilcitosina, 5-formilcitosina y 5-carboxilcitosina 1,2. El fosfato de tris(1,3-dicloro-2-propil) (TDCIPP) es un retardante de llama ampliamente utilizado en los Estados Unidos que se ha demostrado previamente que altera la trayectoria de la metilación de la citosina después de la exposición embrionaria temprana desde 0,75 horas después de la fertilización (hpf) hasta la gastrulación temprana (6 hpf)3,4,5,6,7,8 . Dentro de los vertebrados, el 5-mC y sus derivados modificados son críticos para regular el desarrollo embrionario temprano9. La fertilización de un embrión desencadena la desmetilación del ADN parental, seguida de la degradación del ARNm materno, la activación del genoma cigótico y la remetilación del genoma cigótico9. Los procesos biológicamente relevantes que utilizan la metilación de la citosina incluyen la modificación de histonas, el reclutamiento de maquinaria transcripcional, la metilación del ARN, la reprogramación epigenética y la determinación de la estructura de la cromatina10,11. La metilación de la citosina también se conserva entre las especies de vertebrados, lo que subraya la importancia de comprender e investigar cómo la metilación aberrante de la citosina puede afectar la trayectoria del desarrollo de un organismo11. Además, el desarrollo in utero es sensible a la exposición materna y tiene el potencial de causar resultados adversos tales como consecuencias fenotípicas inmediatas, efectos a largo plazo sobre la susceptibilidad a enfermedades adultas y efectos transgeneracionales de marcas epigenéticas hereditarias12,13,14.
Largos tramos de pares citosina-guanina, o islas CpG, han sido los focos primarios de los investigadores que tienen como objetivo caracterizar la dinámica de la metilación de la citosina a través del genoma15,16,17. Las estrategias basadas en bisulfito, como la secuenciación de bisulfito del genoma completo, la secuenciación de bisulfito de representación reducida y la secuenciación de amplicón de bisulfito, representan el estándar de oro para interrogar la metilación de citosina a resolución de pares de bases. Sin embargo, los enfoques basados en la secuenciación tienen un costo prohibitivo y, como tales, excluyen la capacidad de monitorear la metilación de la citosina en las etapas de desarrollo, múltiples concentraciones por producto químico y replicar embriones por tratamiento. Además, los enfoques basados en la secuenciación no proporcionan información sobre la localización espacial, que es fundamental para comprender los tipos de células potencialmente afectadas y las áreas dentro de un embrión en desarrollo. De manera similar, los ensayos globales de metilación del ADN, como el análisis de restricción dependiente de la metilación, los inmunoensayos ligados a enzimas (ELISA) de 5-mC y la cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS) de 5-metil-2'-desoxicitidina (5-mC) se basan en homogeneizados celulares o tisulares y, como tales, excluyen la capacidad de monitorear la localización y magnitud de la metilación de citosina en el espacio y el tiempo dentro de especímenes intactos12,18.
Debido a la facilidad de las imágenes automatizadas in vivo , las manipulaciones genéticas, el rápido tiempo de desarrollo ex utero y la cría durante la embriogénesis, los embriones de pez cebra continúan siendo ampliamente utilizados como modelos fisiológicamente intactos para descubrir vías mediadas por xenobióticos que contribuyen a resultados adversos durante el desarrollo embrionario temprano. Por lo tanto, utilizando anticuerpos disponibles comercialmente específicos para 5-mC, el siguiente protocolo describe una estrategia rentable para el monitoreo espaciotemporal rápido y eficiente de la metilación de la citosina dentro de embriones individuales e intactos de pez cebra aprovechando la inmunohistoquímica de montaje completo (IHC), imágenes automatizadas de alto contenido y procesamiento eficiente de datos utilizando lenguaje de programación antes del análisis estadístico.
Según el conocimiento actual, este método es el primero en monitorear 5-mC dentro de embriones intactos de pez cebra. El método permite la detección de la metilación del ADN dentro de la masa celular y también tiene la capacidad de detectar la metilación de la citosina de los ARNm maternos localizados en la yema durante la transición materna a cigótica. En general, este método será útil para la identificación rápida de sustancias químicas que tienen el potencial de interrumpir la metilación de la citosina in situ durante la reprogramación epigenética.

<table><tbody><tr><td>Tubos de microcentrífuga de 1,5 ml</td><td>Fisher Scientific</td><td>540225</td><td></td></tr><tr><td>10-&micro; L pipeta microcapilar de vidrio</td><td>Fisher Scientific</td><td>211762B</td><td></td></tr><tr><td>Placa de Petri de plástico de 100 mm</td><td>Fisher Scientific</td><td>08757100D</td><td></td></tr><tr><td>10x solución salina tamponada con fosfato&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP399500</td><td></td></tr><tr><td>pipeta de 1 ml&nbsp;</td><td>Matraz</td> Erlenmeyer Fisher Scientific <td>13690032</td><td></td></tr><tr><td>de 250 ml</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB501250</td><td></td></tr><tr><td>pipeta de 5 ml</td><td>Fisher Scientific</td><td>13690033</td><td></td></tr><tr><td>placas de Petri de vidrio de 60 mm con tapa</td><td>Fisher Scientific</td><td>08747A</td><td></td></tr><tr><td>Placa de 96 pocillos</td><td>Fisher Scientific</td><td>720089</td><td></td></tr><tr><td>AlexaFluor 488 conjugada de cabra anti-ratón IgG anticuerpos&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>A21121</td><td></td></tr><tr><td>Albúmina sérica bovina</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP67110</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2311</td><td></td></tr><tr><td>Placa calefactor&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>1110016SH</td><td></td></tr><tr><td>Trampas de cría en tanque</td><td>Aquatic Habitats</td><td>N/A</td><td>Este producto ya no está disponible tras la adquisición de Aquatic Habitats por parte de Pentair. Los investigadores pueden usar tanques de cría estándar fuera del sistema disponibles de múltiples proveedores.</td></tr><tr><td>ImageXpress Micro XLS Sistema de cribado de alto contenido de campo amplio</td><td>Dispositivos moleculares</td><td>N/A</td><td>Cualquier sistema de cribado de alto contenido equipado con luz transmitida y filtro FITC será adecuado.</td></tr><tr><td>Cesta de inmunoquímica (IHC)</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Fabricada internamente utilizando tubos de microcentrífuga a los que se les ha quitado la parte cónica y se les ha colocado la parte inferior con malla, con el tamaño adecuado para placas de 24 o 48 pocillos.</td></tr><tr><td>MetaXpress 6.0.3.1658&nbsp;</td><td>Dispositivos moleculares</td><td>N/A</td><td>Cualquier software capaz de cuantificar el área total y la intensidad integrada de la fluorescencia será adecuado.</td></tr><tr><td>Microespátula</td><td>Fisher Scientific</td><td>2140115</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo monoclonal anti-5-mC de ratón</td><td>Millipore Sigma</td><td>MABE146</td><td></td></tr><tr><td>NaOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP359-500</td><td></td></tr><tr><td>Agitador orbital&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>50998290</td><td></td></tr><tr><td>Parafilm&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>1337412</td><td></td></tr><tr><td>Paraformaldehído&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>18612139</td><td></td></tr><tr><td>Pipeta de transferencia de plástico</td><td>Fisher Scientific</td><td>1368050</td><td></td></tr><tr><td>Rstudio</td><td>RStudio</td><td>N/A</td><td>RStudio es un software de código abierto y se puede descargar en https://www.rstudio.com.</td></tr><tr><td>Suero de oveja</td><td>Millipore Sigma</td><td>S3772-5ML</td><td></td></tr><tr><td>Microscopio estereoscópico</td><td>Leica 10450103</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Incubadora con control de temperatura&nbsp;</td><td>Fisher Scientific PR505755L</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tween-20&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>P7949-500ML</td><td></td></tr></tbody></table>

monitorización espaciotemporal rápida y eficiente de la metilación normal y aberrante de la citosina en embriones intactos de pez cebra

Rapid and Efficient Spatiotemporal Monitoring of Normal and Aberrant Cytosine Methylation within Intact Zebrafish Embryos

La metilación de la citosina está altamente conservada en todas las especies de vertebrados y, como impulsor clave de la programación epigenética y el estado de la cromatina, desempeña un papel crítico en el desarrollo embrionario temprano. Las modificaciones enzimáticas impulsan la metilación activa y la desmetilación de la citosina en 5-metilcitosina (5-mC) y la posterior oxidación de 5-mC en 5-hidroximetilcitosina, 5-formilcitosina y 5-carboxilcitosina. La reprogramación epigenética es un período crítico durante el desarrollo en el útero , y la exposición materna a sustancias químicas tiene el potencial de reprogramar el epigenoma dentro de la descendencia. Esto puede causar resultados adversos como consecuencias fenotípicas inmediatas, efectos a largo plazo sobre la susceptibilidad a enfermedades en adultos y efectos transgeneracionales de marcas epigenéticas hereditarias. Aunque la secuenciación basada en bisulfito permite a los investigadores interrogar la metilación de la citosina a la resolución del par de bases, los enfoques basados en la secuenciación son prohibitivos y, como tales, excluyen la capacidad de monitorear la metilación de la citosina en las etapas de desarrollo, múltiples concentraciones por sustancia química y replicar embriones por tratamiento. Debido a la facilidad de las imágenes automatizadas in vivo , las manipulaciones genéticas, el rápido tiempo de desarrollo ex utero y la cría durante la embriogénesis, los embriones de pez cebra continúan siendo utilizados como un modelo fisiológicamente intacto para descubrir vías mediadas por xenobióticos que contribuyen a resultados adversos durante el desarrollo embrionario temprano. Por lo tanto, utilizando anticuerpos específicos de 5-mC disponibles comercialmente, describimos una estrategia rentable para el monitoreo espaciotemporal rápido y eficiente de la metilación de citosina dentro de embriones individuales e intactos de pez cebra aprovechando la inmunohistoquímica de montaje completo, imágenes automatizadas de alto contenido y procesamiento eficiente de datos utilizando lenguaje de programación antes del análisis estadístico. Según el conocimiento actual, este método es el primero en detectar y cuantificar con éxito los niveles de 5 mC in situ dentro de embriones de pez cebra durante el desarrollo temprano. El método permite la detección de la metilación del ADN dentro de la masa celular y también tiene la capacidad de detectar la metilación de la citosina de los ARNm maternos localizados en la yema durante la transición materna a cigótica. En general, este método será útil para la identificación rápida de sustancias químicas que tienen el potencial de interrumpir la metilación de la citosina in situ durante la reprogramación epigenética.

El objetivo general de este protocolo es determinar si un tratamiento afecta la abundancia relativa de 5 mC mediante la evaluación del área total y la intensidad relativa de la fluorescencia dentro de embriones fijos y marcados de pez cebra. Después de completar el protocolo, se puede usar un microscopio estereoscópico de fluorescencia para determinar primero si la IHC de montaje completo fue exitosa. Cuando los embriones marcados se observan bajo un filtro FITC o GFP, un resultado positivo se indica mediante una señal F...

Este artículo describe un protocolo para el monitoreo espaciotemporal rápido y eficiente de la metilación de citosina normal y aberrante dentro de embriones intactos de pez cebra.

Monitorización espaciotemporal rápida y eficiente de la metilación normal y aberrante de la citosina en embriones intactos de pez cebra

Cytosine methylation is highly conserved across vertebrate species and, as a key driver of epigenetic programming and chromatin state, plays a critical ...

Este protocolo ofrece un método relativamente rápido y rentable, así como una adquisición y análisis automatizados, lo que produce un cribado de baja sensibilidad de la 5-metilcitosina, que es un biomarcador epigenético común. La principal ventaja de esta técnica radica en la flexibilidad que ofrece un diseño experimental que los usuarios pueden optimizar a su modelo y etapa de desarrollo. Esta técnica se puede utilizar para detectar cómo la exposición química altera la abundancia relativa de 5-metilcitosina dentro de un organismo en desarrollo, lo que normalmente solo podría hacerse a través de costosos métodos de alta trpA, como la secuenciación.Este método es útil para cualquier investigación que tenga como objetivo utilizar métodos NCG para comprender las alteraciones epigenéticas de la 5-metilcitosina en respuesta a estímulos ambientales. Comience preparando una solución de exposición fresca en la mañana de la recolección. Agregue cinco mililitros de agua libre de partículas al sistema a una placa de Petri de vidrio de 60 milímetros.Luego use una pipeta de vidrio microcapilar de 10 microlitros para transferir 10 microlitros de dimetilsulfóxido o solución madre química al agua

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Research

Investigación

JoVE Journal

Developmental Biology

Biología del Desarrollo

Somitogenesis es un proceso de desarrollo rítmico que espacialmente los patrones de los ejes corporales de los embriones de vertebrados. Anteriormente, hemos desarrollado líneas de pez cebra transgénico que utilizan los reporteros fluorescentes para observar los genes cíclicos que impulsan este proceso. En este sentido, la cultura dispersamos las células de estas líneas y la imagen de sus oscilaciones en el tiempo en vitro.

Generación de Dispersed presomitic mesodermo Cultivos Celulares for Imaging del pez cebra Segmentación del Reloj en células individuales

El pez cebra, un pequeño pez tropical, se ha convertido en un modelo popular para el estudio de la función de genes durante el desarrollo de vertebrados y la enfermedad. La expresión temporal y espacial de los genes diana se puede determinar...

Alta resolución todo el montaje de<em&gt; In Situ</em&gt; La hibridación en embriones de pez cebra para estudiar la expresión génica y la función

Los niveles de proteína en células y tejidos son a menudo estrechamente regulada por el equilibrio de la producción y eliminación de proteínas. Utilizando fluorescencia Decay Después Fotoconversión (FDAP), la cinética de eliminación de proteínas pueden ser medidos experimentalmente in vivo.

Medición de la estabilidad de proteínas en la sala de embriones de pez cebra Utilizando fluorescencia Decay Después Fotoconversión (FDAP)

La mitosis es crítica para todo organismo vivo y los defectos a menudo conducen al cáncer y trastornos del desarrollo. Utilizando este protocolo de imagen y el pez cebra como sistema modelo, los investigadores pueden visualizar la mitosis en un organismo vertebrado vivo y la multitud de defectos que surgen cuando los procesos mitóticos son defectuosos.

La observación de la división mitótica y dinámica en un embrión de pez cebra en vivo

Los protocolos descritos aquí permiten el estudio de las propiedades eléctricas de las células excitables en las condiciones fisiológicas más no invasivas mediante el empleo de embriones de pez cebra en un sistema in vivo junto con un indicador de voltaje genéticamente codificado (GEVI) basado en la transferencia de energía por resonancia fluorescente (FRET) expresado selectivamente en el tipo de célula de interés.

Potencial de membrana de la neurona motora de Biosensing en los embriones vivos de pez cebra

Se implementó una combinación de las técnicas de microscopía con largo excitación de fluorescencia de varios fotones de longitud de onda del láser ópticas avanzadas para capturar imágenes de alta resolución, tridimensionales en tiempo real de la migración de la cresta neural en Tg (sox10:EGFP) y los embriones de pez cebra de Tg (foxd3:GFP).

La proyección de imagen de lapso tiempo multi-Photon para visualizar el desarrollo en tiempo real: visualización de la migración de las células de cresta Neural en embriones de pez cebra

Pez cebra han utilizado recientemente como un sistema de modelo en vivo para el estudio de tiempo de replicación del ADN durante el desarrollo. Aquí está detallada de los protocolos para el uso de embriones de pez cebra para sincronización de replicación de perfil. Este protocolo puede ser fácilmente adaptado para el estudio de la sincronización de replicación en mutantes, tipos de células individuales, modelos de la enfermedad y otras especies.

Perfiles de sincronización de replicación de ADN utilizando el pez cebra como un sistema de modelo en Vivo

Demostramos un método que aprovecha la microscopía confocal de barrido rápido para realizar imágenes en vivo de las células de la microglía en el tectum óptico del pez cebra en desarrollo, lo que permite el análisis de la dinámica de estas células in vivo.

Imagen en vivo y caracterización de la dinámica de la microglía en el embrión de pez cebra

Se describe una estrategia de preparación de muestras para obtener imágenes de embriones tempranos de pez cebra dentro de un corion intacto utilizando un microscopio de lámina de luz. Analiza las diferentes orientaciones que adquieren los embriones dentro del corion en las etapas de epibolia y yema del 70% y detalla estrategias de imagen para obtener una resolución a escala celular en todo el embrión utilizando el sistema de lámina de luz.

Imágenes de microscopía de lámina de luz y estrategias de montaje para embriones tempranos de pez cebra

Las rasopatías son síndromes genéticos multisistémicos causados por la hiperactivación de la vía RAS-MAPK. Las variantes potencialmente patógenas que están a la espera de validación surgen continuamente, mientras que la escasa evidencia preclínica limita el tratamiento. Aquí, describimos nuestro protocolo in vivo para probar y validar los niveles de activación de ERK asociados a RASopatía y su modulación farmacológica durante la embriogénesis mediante imágenes FRET en vivo en pez cebra...

Un protocolo eficiente para evaluar la modulación de la actividad de ERK en modelos tempranos de síndrome de Noonan de pez cebra mediante microscopía FRET en vivo e inmunofluorescencia

Este estudio establece un método sensible de imagen basado en inmunofluorescencia para cuantificar la metilación global del ADN en corazones embrionarios individuales de pez cebra. Este enfoque supera el reto del material tisular limitado y evita la necesidad de conversión de bisulfito.

Detección de metilación global del ADN en los corazones de larvas de pez cebra

Aprende a monitorizar la metilación de citosina en embriones intactos de pez cebra mediante un protocolo rápido y rentable. Este método automatizado permite detectar alteraciones epigenéticas por exposición química con mayor flexibilidad experimental.

Monitorización espaciotemporal rápida y eficiente de la metilación normal y aberrante de la citosina en embriones intactos de pez cebra (Video) | JoVE Journal

Monitorización espaciotemporal rápida y eficiente de la metilación normal y aberrante de la citosina en embriones intactos de pez cebra

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