Salmonella envahit et se réplique à l’intérieur des cellules épithéliales intestinales à la fois dans les vacuoles spécifiques de Salmonella et libres dans le cytosol (hyper-réplication). Un protocole basé sur la microscopie à fluorescence à haut débit est décrit ici pour quantifier les phénotypes intracellulaires de Salmonella par deux analyses d’images complémentaires via ImageJ, atteignant une résolution et un score unicellulaires.