Análisis semiautomatizado de la amplitud y latencia máximas para formas de onda de respuesta auditiva del tronco encefálico utilizando R

Las respuestas auditivas del tronco encefálico se recopilan rutinariamente para determinar los umbrales de audición. La forma de onda ABR contiene información adicional sobre la actividad del tronco encefálico, pero anteriormente, muchos investigadores han tenido que analizarlos manualmente. Los scripts de R funcionan con el software de R en el marco RStudio para semiautomatizar el análisis de forma de onda ABR.

Son gratuitos y fáciles de usar. Nuestra esperanza es que el análisis rutinario de la forma de onda ABR permita estudios posteriores para evaluar la relevancia de este procesamiento auditivo precognitivo en el diagnóstico. Para comenzar, exporte la respuesta auditiva del tronco encefálico o la grabación ABR como un archivo ASCII.

Para IHS, abra el programa informático, cargue el archivo de interés y muestre las formas de onda deseadas en una página. En la pestaña de datos, seleccione Guardar página como ASCII para obtener un archivo txt. Después de asignar un nombre al archivo de datos correctamente con un ID, registre el ID y la información del sujeto en un archivo de metadatos denominado info.

csv, asegurándose de no incluir ninguna información como el genotipo, sexo, edad o tratamiento en el ID.Repita los pasos con todos los archivos a analizar como archivos ID separados y obtenga los metadatos. Descargue e instale los programas R y RStudio desde sus respectivos sitios web. Luego instale las bibliotecas requeridas, tidyverse, Shiny, Plotly y Zoo, con los comandos requeridos en la ventana de comandos de RStudio.

A continuación, descargue los scripts findpeaks. r y see_trace_click. r desde White Lab GitHub, así como la hora del archivo asociada.csv.

Cree una nueva carpeta llamada Carpeta de prueba para colocar todos los archivos ASCII, info. csv, y tiempo.csv. Dentro de la carpeta de prueba, cree una subcarpeta denominada ASCII Folder y coloque los archivos ASCII.

Abra los findpeaks. r script en RStudio haciendo clic derecho en la pestaña del script en la barra de herramientas para seleccionar el directorio de trabajo establecido y establecerlo en Carpeta de prueba. En la ventana de script, haga clic en Fuente en la parte superior derecha de la barra de herramientas para cargar el programa.

A continuación, en la ventana de comandos, utilice los comandos para analizar las formas de onda en los modos de procesamiento individual y por lotes. Cargue los datos de la forma de onda para el individuo específico usando el comando. A continuación, en la ventana abierta de see_trace_click.

r script en RStudio, haga clic en el botón Ejecutar aplicación en el encabezado y espere a que aparezca una nueva ventana interactiva. En el cuadro de la parte superior izquierda, introduzca el nivel de sonido para la forma de onda que requiere revisión y busque la forma de onda que se muestra en la ventana. Mueva el cursor alrededor de la forma de onda para revelar la latencia y la amplitud en cualquier punto.

Para registrar los datos de latencia y amplitud, haga clic en el pico correcto y luego copie / pegue los datos en el archivo csv. Repita el proceso para registrar los datos del valle después de un pico inmediato y calcule la medición de amplitud restando la amplitud del valle de la amplitud del pico en la celda de la hoja de cálculo. Transferir lo verificado.

csv a una nueva subcarpeta denominada Peak Data en la carpeta de prueba para anexar los datos. A continuación, combine los metadatos ejecutando el comando. Para realizar un análisis estadístico de los datos compilados, utilice una prueba de normalidad como la prueba de Shapiro-Wilk para evaluar la distribución de los datos mediante la ejecución de la función.

Si la prueba de Shapiro-Wilk no es significativa, significa que el conjunto de datos tiene una distribución normal. Por lo tanto, evalúe los datos con una prueba paramétrica como ANOVA ejecutando la función. Si la prueba de Shapiro-Wilk es menor que P es igual a 0,05, utilice la prueba de suma de rangos de Kruskal-Wallis u otra medida no paramétrica apropiada.

Finalmente, muestre las formas de onda promedio ejecutando el comando. En la respuesta de forma de onda del estímulo de clic de 75 decibelios para un ratón F1 joven, los picos y valles se identificaron automáticamente con findpeaks.r. Las formas de onda entre 5 y 75 decibelios se obtienen de los picos y picos identificados manualmente.

r fueron comparados. Los promedios se trazan como líneas pesadas con la región sombreada representando una desviación estándar y los resultados obtenidos por findpeaks. r se correlaciona fuertemente con los resultados manuales.

Al intentar este procedimiento, recuerde establecer el directorio de trabajo, ya que es muy crucial. El script de R designa picos y valles en función de las ventanas de latencia para el ABR del ratón implementado con la hora. CSV.

Esto puede ser modificado por los usuarios para cuantificar otras formas de onda EEG.