Secuenciación ultrarrápida de próxima generación basada en amplicones en el cáncer de pulmón no escamoso y no microcítico
8 de septiembre de 2023
El aumento de los biomarcadores moleculares que se deben probar para el tratamiento del cáncer de pulmón de células no pequeñas no escamosas (NS-NSCLC) ha impulsado el desarrollo de métodos de detección molecular rápidos y fiables. Describimos un flujo de trabajo para la evaluación de la alteración genómica en pacientes con NSCLC-NSCLC utilizando un enfoque de secuenciación ultrarrápida de nueva generación (NGS).
Hoy en día, las terapias dirigidas para el cáncer de pulmón de células no pequeñas requieren la detección rápida de múltiples alteraciones genómicas. Por lo tanto, es crucial para una atención óptima, ya que las biopsias torácicas suelen ser pequeñas y contienen pocas células tumorales. Por lo tanto, presentamos un flujo de trabajo de secuenciación de próxima generación ultrarrápido que se implementa para el diagnóstico rutinario de cáncer de pulmón de células no pequeñas en el laboratorio de patología.
En la actualidad, la NGS dirigida mediante diferentes tamaños de panel, las pruebas de secuenciación de un gen mediante RT-PCR, la PCR digital, la hibridación fluorescente in situ y la inmunohistoquímica son los diferentes métodos utilizados para detectar alteraciones moleculares. Sin embargo, la mayoría de estos métodos pueden consumir tiempo y material tisular, lo que lleva a un diagnóstico tardío y a un riesgo de esfuerzo tisular. El reto consiste en detectar de forma eficiente múltiples alteraciones moleculares mientras se ahorran materiales y se responde a un diagnóstico de velocidad.
El flujo de trabajo proporciona al oncólogo torácico información completa sobre el tumor, incluido el diagnóstico histológico, el estado de PD-L1 y las aberraciones genómicas a las que se puede dirigir. Permite una rápida toma de decisiones sobre el tratamiento para una selección óptima de la terapia. Nuestro protocolo identifica todas las dianas moleculares clave en oncología torácica basándose en las recomendaciones de la ESMO, la NCCN y la ASCO, y ofrece resultados oportunos incluso con tamaños de muestra pequeños y ADN/ARN limitados.
De este modo, el sistema automatizado redujo la carga de trabajo de los técnicos con solo tres horas de manipulación en el laboratorio húmedo. Nuestro objetivo es centrarnos en las caracterizaciones rápidas y exhaustivas de perfiles genómicos de tumores mediante el desarrollo de un gran panel de NGS para muestras de tejido y plasma en el futuro. Sin embargo, se necesitan urgentemente estrategias más avanzadas para detectar numerosas alteraciones moleculares en muestras pequeñas y muestras citológicas utilizando paneles grandes.
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Descripción general
Este estudio aborda la necesidad urgente de detección rápida de alteraciones genómicas en el cáncer de pulmón no microcítico no escamoso (NS-NSCLC) para orientar terapias dirigidas. Se presenta un protocolo de secuenciación de próxima generación (NGS) ultrarrápido como solución para el análisis eficiente de muestras pequeñas de biopsia.
Componentes Clave del Estudio
Área de Investigación
- Oncología
- Diagnóstico molecular
- Secuenciación de nueva generación
Antecedentes
- Las terapias dirigidas para el NS-NSCLC dependen de la detección oportuna de alteraciones genómicas.
- Los métodos tradicionales de biopsia a menudo producen muestras pequeñas, lo que complica el análisis.
- Se necesita un enfoque integral para pruebas rápidas con el fin de mejorar la atención al paciente.
Métodos Utilizados
- Secuenciación de próxima generación (NGS) ultrarrápida
- Análisis de muestras fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE)
- Procesos automatizados de purificación y secuenciación
Resultados principales
- El flujo de trabajo identifica mutaciones genéticas clave y fusiones de forma eficiente en cuanto al tiempo.
- Se logró una alta sensibilidad para detectar diversas alteraciones genómicas.
- Se realizó un perfilado molecular completo en 259 pacientes con NS-NSCLC.
Conclusiones
- Este estudio demuestra un nuevo estándar para el perfilado genómico rápido en el CCR-EP.
- Proporciona información crítica para estrategias de tratamiento personalizadas en oncología.
Preguntas frecuentes
Relevancia Ejecutiva para la Industria
La secuenciación de nueva generación (NGS) basada en amplicones ultra rápida permite un perfilado molecular rápido y completo del cáncer de pulmón no microcítico no escamoso (NS-NSCLC) a partir de muestras de biopsia pequeñas y diversas. Esta capacidad responde a la creciente demanda de detección oportuna de alteraciones genómicas accionables, apoyando la selección de terapias de precisión y reduciendo los retrasos diagnósticos. La integración de estos flujos de trabajo en el punto crítico del diagnóstico mejora la confianza predictiva y la toma de decisiones en oncología torácica.
Aplicaciones Estratégicas en I+D de Biotecnología Farmacéutica
Descubrimiento Temprano y Validación de Blancos
- Permite la identificación robusta de alteraciones genómicas con acciones clínicas en el NS-NSCLC.
- Apoya la validación funcional de dianas mediante la detección de mutaciones conductoras y fusiones génicas.
- Facilita la reducción de riesgos biológicos mediante la caracterización molecular exhaustiva.
- Mejora la confianza predictiva en las pruebas de hipótesis terapéuticas posteriores.
Desarrollo de Pruebas y Tamizaje
- Proporciona perfiles moleculares estandarizados y reproducibles adecuados para flujos de trabajo diagnósticos de alto rendimiento.
- Ofrece resultados cuantitativos para SNV, INDEL, CNV y fusiones, lo que favorece la preparación del ensayo.
- Reduce el consumo de tejido y el tiempo de procesamiento, permitiendo una triage eficiente de muestras.
- Prepara datos moleculares validados para su integración en plataformas de cribado y biomarcadores.
Investigación Traductacional y Preclínica
- Alinea el perfilado molecular con estrategias de biomarcadores traslacionales en oncología torácica.
- Garantiza la continuidad desde el descubrimiento diagnóstico hasta la selección y validación de modelos preclínicos.
- Apoya decisiones de avance ajustadas al riesgo mediante la provisión de datos genómicos integrales.
- Posibilita la reducción mecanicista de riesgos en el desarrollo de nuevas terapias para el NS-NSCLC.
Integración de la Línea de Producción y Flujo de Trabajo
Este flujo de trabajo ultrarrápido de NGS conecta el descubrimiento diagnóstico con la investigación traslacional, apoyando la identificación rápida de candidatos principales y la validación preclínica en carteras de NS-NSCLC.
- Biología del Descubrimiento: Acelera la verificación de hipótesis y la aclaración de vías al permitir el análisis genómico multiplexado.
- Selección: Proporciona resultados moleculares cuantitativos y reproducibles para el desarrollo de ensayos y la evaluación de compuestos.
- Análisis: Genera datos detallados sobre variantes, fusiones y número de copias para la comparación entre diferentes condiciones y el apoyo en la toma de decisiones.
- Investigación Traductiva: Facilita la alineación de biomarcadores y la selección de modelos preclínicos basada en la genómica tumoral del mundo real.
- Reutilización Empresarial: Establece una plataforma escalable y automatizada para el perfilado molecular continuo en diversos tipos de muestras.
Impacto Operativo y Empresarial
- Valor científico: Aumenta la confianza predictiva y reduce la ambigüedad mecanicista en la selección de dianas.
- Valor operativo: Estandariza y acelera el diagnóstico molecular con requisitos mínimos de tejido.
- Valor estratégico: Permite decisiones más rápidas de avance/no avance y optimiza la asignación de recursos en las líneas de oncología.
- Impacto en la cartera: Apoya la priorización ajustada al riesgo y el avance de candidatos a terapias dirigidas.
Consideraciones de Implementación
- Requiere experiencia en patología molecular e interpretación de datos de secuenciación de nueva generación (NGS).
- Depende de instrumentación automatizada y software integrado para análisis genómico.
- Exige estandarización entre equipos para el procesamiento de muestras y la presentación de datos.
- Debe adaptar los protocolos según el tamaño de la muestra y los tipos de tejido, incluyendo especímenes citológicos.
- El tiempo de respuesta y la sensibilidad se ven influenciados por la calidad de la muestra y las limitaciones del material de entrada.
Preguntas frecuentes sobre biofármacos
Chapters in this video
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Introduction
2:11
Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using Automated Purification Instrument (API)
4:42
Amplicon‐Based Next‐Generation Sequencing of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer
5:50
Sequencing Analysis of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer Using Integrated Genomic Viewer Software
