Análisis de la herencia epigenética transgeneracional en C. elegans mediante un reportero fluorescente e inmunoprecipitación de cromatina (ChIP)

Este protocolo describe un ensayo de interferencia de ARN y ChIP para estudiar la herencia epigenética del silenciamiento inducido por ARNi y las modificaciones asociadas a la cromatina en C. elegans.

La investigación en nuestro laboratorio examina cómo las proteínas asociadas a la cromatina, las modificaciones de las histonas y los factores de la vía del ARN pequeño trabajan juntos en el contexto del desarrollo y la herencia epigenética transgeneracional. El ensayo de herencia de ARN, utilizando un reportero GFP, se ha convertido en una herramienta muy poderosa. Este protocolo describe cómo estandarizar la preparación, el puntaje y el paso de gusanos, y la preparación de muestras de ChIP, lo que puede ayudar a generar resultados reproducibles.

Uno de los retos experimentales cuando se estudian los transgenes expresados en la línea germinal es aislar los efectos en la línea germinal del animal. Actualmente estamos utilizando animales enteros para ChIP, pero en el futuro nos gustaría desarrollar ensayos para examinar la cromatina, específicamente en la línea germinal. Nuestro laboratorio está interesado en la metilación de histonas y las proteínas que reconocen estas marcas.

En el futuro, nos gustaría investigar la interacción entre estos lectores de cromatina y las pequeñas vías de ARN en el contexto de la herencia de ARNi en los transgenes y la regulación de las secuencias endógenas.