Name: Detección de fármacos basados en células para inhibidores de la 4B cisteína peptidasa relacionada con la autofagia (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-06-30T12:10:00.000+00:00
Duration: 9 min 51 s
Description: Aprende a desarrollar un ensayo basado en luciferasa para monitorear la actividad de la proteasa ATG4B en células, facilitando el cribado de alto rendimiento para identificar inhibidores de la autofagia en cáncer y enfermedades neurodegenerativas.

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Este trabajo contó con el apoyo de la financiación básica del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido para la Subvención de la Unidad Universitaria MRC-UCL Ref MC_U12266B, la Subvención de la Plataforma de Demencia del MRC del Reino Unido MR/M02492X/1, el Cáncer de Páncreas del Reino Unido (referencia de la subvención 2018RIF_15) y el programa de Apoyo a la Aceleración Terapéutica de la UCL, con el apoyo de la financiación de MRC Confidence in Concept 2020 UCL MC/PC/19054. El plásmido que codifica la ActinLC3dNGLUC (pMOWS-ActinLC3dNGLUC) se obtuvo del Dr. Robin Ketteler (Departamento de Medicina Humana, Facultad de Medicina de Berlín).

Análisis de cribado de alto rendimiento para el inhibidor de la autofagia de la peptidasa de cisteína 4B

<ol><li>Kocaturk, N. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autophagy+as+a+molecular+target+for+cancer+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Pharmaceutical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Autophagy as a molecular target for cancer treatment.</a> European Journal of Pharmaceutical Sciences. 134, 116-137 (2019).</li>
<li>Fu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+ATG4+in+cancer+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Targeting ATG4 in cancer therapy.</a> Cancers. 11 (5), 649(2019).</li>
<li>Towers, C. G., Thorburn, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Therapeutic+targeting+of+autophagy%5BTitle%5D)+AND+%22EBioMedicine%22%5BJournal%5D)">Therapeutic targeting of autophagy.</a> EBioMedicine. 14, 15-23 (2016).</li>
<li>Agrotis, A., Ketteler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+ATG4B+as+drug+target+for+treatment+of+solid+tumours-the+knowns+and+the+unknowns%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">On ATG4B as drug target for treatment of solid tumours-the knowns and the unknowns.</a> Cells. 9 (1), 53(2019).</li>
<li>Levy, J. M. M., Towers, C. G., Thorburn, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+autophagy+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Targeting autophagy in cancer.</a> Nature Reviews Cancer. 17 (9), 528-542 (2017).</li>
<li>Kimmelman, A. C., White, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autophagy+and+tumor+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metabolism%22%5BJournal%5D)">Autophagy and tumor metabolism.</a> Cell Metabolism. 25 (5), 1037-1043 (2017).</li>
<li>Tran, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Context-dependent+role+of+ATG4B+as+target+for+autophagy+inhibition+in+prostate+cancer+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+and+Biophysical+Research+Communications%22%5BJournal%5D)">Context-dependent role of ATG4B as target for autophagy inhibition in prostate cancer therapy.</a> Biochemical and Biophysical Research Communications. 441 (4), 726-731 (2013).</li>
<li>Pengo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+kinases+and+phosphatases+that+regulate+ATG4B+activity+by+siRNA+and+small+molecule+screening+in+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Cell+and+Developmental+Biology%22%5BJournal%5D)">Identification of kinases and phosphatases that regulate ATG4B activity by siRNA and small molecule screening in cells.</a> Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6, 148(2018).</li>
<li>Kauffman, K. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Delipidation+of+mammalian+Atg8-family+proteins+by+each+of+the+four+ATG4+proteases%5BTitle%5D)+AND+%22Autophagy%22%5BJournal%5D)">Delipidation of mammalian Atg8-family proteins by each of the four ATG4 proteases.</a> Autophagy. 14 (6), 992-1010 (2018).</li>
<li>Tanida, I., Sou, Y. -S., Minematsu-Ikeguchi, N., Ueno, T., Kominami, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Atg8L%2FApg8L+is+the+fourth+mammalian+modifier+of+mammalian+Atg8+conjugation+mediated+by+human+Atg4B%2C+Atg7+and+Atg3%5BTitle%5D)+AND+%22The+FEBS+Journal%22%5BJournal%5D)">Atg8L/Apg8L is the fourth mammalian modifier of mammalian Atg8 conjugation mediated by human Atg4B, Atg7 and Atg3.</a> The FEBS Journal. 273 (11), 2553-2562 (2006).</li>
<li>Agrotis, A., Pengo, N., Burden, J. J., Ketteler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Redundancy+of+human+ATG4+protease+isoforms+in+autophagy+and+LC3%2FGABARAP+processing+revealed+in+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Autophagy%22%5BJournal%5D)">Redundancy of human ATG4 protease isoforms in autophagy and LC3/GABARAP processing revealed in cells.</a> Autophagy. 15 (6), 976-997 (2019).</li>
<li>Nguyen, T. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Atg8+family+LC3%2FGABARAP+proteins+are+crucial+for+autophagosome-lysosome+fusion+but+not+autophagosome+formation+during+PINK1%2FParkin+mitophagy+and+starvation%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Atg8 family LC3/GABARAP proteins are crucial for autophagosome-lysosome fusion but not autophagosome formation during PINK1/Parkin mitophagy and starvation.</a> The Journal of Cell Biology. 215 (6), 857-874 (2016).</li>
<li>Ketteler, R., Tooze, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATG4%3A+More+than+a+protease%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">ATG4: More than a protease.</a> Trends in Cell Biology. 31 (7), 515-516 (2021).</li>
<li>Zhang, L., Li, J., Ouyang, L., Liu, B., Cheng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+roles+of+Atg4+proteases+from+autophagy+modulation+to+targeted+cancer+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Letters%22%5BJournal%5D)">Unraveling the roles of Atg4 proteases from autophagy modulation to targeted cancer therapy.</a> Cancer Letters. 373 (1), 19-26 (2016).</li>
<li>Fernández, ÁF., López-Otín, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+functional+and+pathologic+relevance+of+autophagy+proteases%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Clinical+Investigation%22%5BJournal%5D)">The functional and pathologic relevance of autophagy proteases.</a> The Journal of Clinical Investigation. 125 (1), 33-41 (2015).</li>
<li>Maruyama, T., Noda, N. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autophagy-regulating+protease+Atg4%3A+structure%2C+function%2C+regulation+and+inhibition%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Autophagy-regulating protease Atg4: structure, function, regulation and inhibition.</a> The Journal of Antibiotics. 71 (1), 72-78 (2017).</li>
<li>Ketteler, R., Seed, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitation+of+autophagy+by+luciferase+release+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Autophagy%22%5BJournal%5D)">Quantitation of autophagy by luciferase release assay.</a> Autophagy. 4 (6), 801-806 (2008).</li>
<li>Ketteler, R., Sun, Z., Kovacs, K. F., He, W. -W., Seed, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+pathway+sensor+for+genome-wide+screens+of+intracellular+proteolytic+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">A pathway sensor for genome-wide screens of intracellular proteolytic cleavage.</a> Genome Biology. 9 (4), 64(2008).</li>
<li>Luft, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+Gaussia+luciferase+in+bicistronic+and+non-conventional+secretion+reporter+constructs%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Application of Gaussia luciferase in bicistronic and non-conventional secretion reporter constructs.</a> BMC Biochemistry. 15, 14(2014).</li>
<li>Ketteler, R., Glaser, S., Sandra, O., Martens, U. M., Klingmüller, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+transgene+expression+in+primitive+hematopoietic+progenitor+cells+and+embryonic+stem+cells+efficiently+transduced+by+optimized+retroviral+hybrid+vectors%5BTitle%5D)+AND+%22Gene+Therapy%22%5BJournal%5D)">Enhanced transgene expression in primitive hematopoietic progenitor cells and embryonic stem cells efficiently transduced by optimized retroviral hybrid vectors.</a> Gene Therapy. 9 (8), 477-487 (2002).</li>
</ol>

Los autores no tienen conflictos de intereses que revelar.

Este protocolo describe un ensayo de genes reporteros basado en células para la identificación de inhibidores de ATG4B. La identificación de los aciertos primarios se basa en la actividad de la luciferasa en el tratamiento de las células que expresan el marco de lectura abierto de longitud completa de LC3B entre la β-actina y el dNGLUC. Algunas ventajas de este ensayo son que es sensible, altamente cuantitativo y no invasivo, ya que puede detectar dNGLUC sin lisar las células. En este trabajo se presenta un protocolo det...

La autofagia es un proceso metabólico conservado que permite a las células mantener la homeostasis intracelular y responder al estrés degradando el contenido celular envejecido, defectuoso o innecesario a través de los lisosomas 1,2,3. En algunas condiciones fisiopatológicas, este proceso actúa como una respuesta celular crucial a la privación de nutrientes y oxígeno, lo que resulta en nutrientes y lípidos reciclados, lo que permite que las células se adapten a sus necesidades metabólicas 2,3,4. La autofagia también se ha identificado como una respuesta al estrés celular relacionada con varias enfermedades, como trastornos neurodegenerativos, infecciones por patógenos y varios tipos de cáncer. La función de la autofagia en el cáncer es compleja y depende del tipo, el estadio y el estado del tumor. Puede suprimir la tumorigénesis a través de la degradación autofágica de las células dañadas, pero también puede promover la supervivencia de los tumores avanzados al mejorar la supervivencia celular durante condiciones estresantes, como la hipoxia, la privación de nutrientes y el daño citotóxico 2,4,5,6.
Varios estudios han demostrado que la inhibición de la autofagia proporciona un beneficio como estrategia contra el cáncer. Así, la inhibición de pasos críticos, como la formación de autofagosomas o su fusión con el lisosoma, podría ser un método eficaz para el control del cáncer 2,4,5,6. Cada vez hay más pruebas que demuestran que ATG4B está implicado en ciertas condiciones patológicas, y ha ganado atención como una posible diana anticancerígena 2,3,4. Por ejemplo, se observó que las células de cáncer colorrectal y las células de cáncer de mama positivas para el receptor 2 del factor de crecimiento epidérmico humano (HER2) tenían niveles de expresión de ATG4B significativamente más altos que las células normales adyacentes 2,4. En las células de cáncer de próstata, la inhibición de ATG4B dio lugar a una susceptibilidad específica de la línea celular a la quimioterapia y la radioterapia7. Recientemente, ha surgido evidencia sólida de que el adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) es particularmente vulnerable a la inhibición de ATG4B. Por ejemplo, en un modelo de ratón modificado genéticamente, se demostró que la pérdida intermitente de la función de ATG4B reduce el crecimiento tumoral de PDAC y aumenta la supervivencia 3,4. En general, ATG4B está altamente sobreexpresado en algunos tipos de cáncer, se relaciona con la progresión del tumor y se relaciona con la resistencia a la terapia contra el cáncer 2,4,8.
Las proteasas de cisteína ATG4 en mamíferos tienen cuatro miembros de la familia, ATG4A-ATG4D. Estas proteínas exhiben cierta selectividad hacia la familia de proteínas LC3/GABARAP (ATG8) 9,10,11 y pueden tener funciones adicionales no relacionadas con su actividad proteasa12,13. Además, ATG4 funciona en la regulación de un nuevo tipo de modificación postraduccional, la ATG8-ilación de proteínas11,12. Si bien ATG4B y su sustrato principal LC3B son los más estudiados, está surgiendo un panorama que sugiere un papel complejo para cada miembro de la subfamilia en la regulación de los procesos autofágicos y no autofágicos. Esto se corrobora aún más por una compleja red de modificaciones postraduccionales que regulan la actividad de ATG4B a través de la fosforilación, acetilación, glicosilación y nitrosilación 9,10,11,12,13.
Se han publicado varios inhibidores conocidos de ATG4B 2,4,14,15. Si bien estos son adecuados como herramientas de investigación, su perfil farmacodinámico, selectividad o potencia aún no los han desarrollado como candidatos preclínicos 4,16. En general, existe una necesidad urgente de identificar compuestos más potentes y selectivos. A menudo, los compuestos son buenos inhibidores bioquímicos de la función de las proteínas, pero su eficacia en los ensayos basados en células es pobre. Existen múltiples ensayos para monitorizar la actividad de ATG4B, incluyendo métodos bioquímicos y ensayos basados en células4. Anteriormente hemos desarrollado un ensayo simple, basado en luminiscencia y de alto rendimiento para monitorear la actividad de ATG4B en las celdas 8,17. Este ensayo utiliza una proteína luciferasa de Gaussia princeps (GLUC) que es estable y activa en el medio extracelular y puede ser liberada induciblemente de las células en respuesta a la actividad proteolítica ATG4B18,19.
En esta construcción reportera, dNGLUC está ligada al citoesqueleto de actina de las células. Se puede introducir un enlazador específico de proteasa entre el anclaje de β-actina y dNGLUC, haciendo que la secreción dependa de la escisión del enlazador. Utilizamos el marco de lectura abierto de longitud completa de LC3B entre β-actina y dNGLUC, para poder monitorizar la escisión de LC3B17,18,19. Aunque el mecanismo de secreción de dNGLUC es poco conocido, es específico para monitorizar la actividad de ATG4B, no depende de la autofagia global como ocurre en las células knockout de ATG5 y está mediado por mecanismos no convencionales que no requieren un péptido señal clásico 4,18,19. Hemos utilizado con éxito este reportero para cribar moléculas pequeñas y bibliotecas de siRNA, y hemos identificado nuevos reguladores de la actividad de ATG4B, como las proteínas quinasasAkt 8. En este trabajo se describe un protocolo detallado para el uso de este reportero de luciferasa en un formato de cribado semiautomático y de alto rendimiento.

<table><tbody><tr><td>50 y micro; L Puntas desechables - No filtradas, puras, anidadas 8 pilas (pila pasiva)</td><td>Tecan</td><td>30038609</td><td>Rack desechable de 96 puntas</td></tr><tr><td>BioTek MultiFlo</td><td>BioTek</td><td></td><td>dispensador a granel</td></tr><tr><td>Coelenterazine</td><td>Santa Cruz Biotechnology</td><td>sc-205904</td><td>sustrato</td></tr><tr><td>Columbus Software de análisis de imágenes</td><td>Perkin Elmer</td><td>Versión 2.9.1</td><td>software de análisis</td></tr><tr><td>de imágenes DPBS (1x)</td><td>Gibco</td><td>14190-144</td><td></td></tr><tr><td>Microplaca de polipropileno de 384 pocillos calificada para eco, transparente, no estéril</td><td>Beckman Coulter</td><td>001-14555</td><td>Placa de 384PP</td></tr><tr><td>EnVision II</td><td>Lector de placas de luminiscencia</td><td>Perkin Elmer</td><td></td></tr><tr><td>Biblioteca de selección rápida (96 pocillos)-L3600-Z369949-100&micro; L</td><td>Selleckchem</td><td>L3600</td><td>Selleckchem</td></tr><tr><td>FMK9A</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-100522</td><td></td></tr><tr><td>Greiner FLUOTRAC 200 Placas de 384 pocillos</td><td>Greiner Bio-One</td><td>781076</td><td>negro-sólido Placas de 384 pocillos Software de</td></tr><tr><td>imagen Harmony Perkin</td><td>Elmer</td><td>Versión 5.1</td><td>software de imagen</td></tr><tr><td>Hoechst 33342, Triclorhidrato, Trihidrato - 10 mg/mL Solución en agua</td><td>ThermoFisher</td><td>H3570</td><td>Hoechst 33342</td></tr><tr><td>Labcyte Serie Echo 550 con software Echo Cherry Pick</td><td>Labcyte/Beckman Coulter</td><td></td><td>dispensador de líquido acústico a nanoescala</td></tr><tr>Agua <td></td><td></td><td>Milli-Q</td> agua <td>desionizada</td></tr><tr><td>Sistema de cribado de alto contenido Opera Phenix</td><td>Microscopio automatizado</td><td>Perkin Elmer</td><td></td></tr><tr><td>Solución de paraformaldehído al 4% en PBS</td><td>Santa Cruz Biotecnología</td><td>sc-281692</td><td></td></tr><tr><td>PhenoPlate 384 pocillos, negro, ópticamente transparente de fondo plano, tratado con cultivo de tejidos, tapas</td><td>Perkin Elmer</td><td>6057300</td><td>CellCarrier-384 Ultra PN</td></tr><tr><td>pMOWS-ActinLC3dNGLUC</td><td></td><td></td><td>Obtenido del Dr. Robin Ketteler (Departamento de Medicina Humana, Facultad de Medicina de Berlín)</td></tr><tr><td>Infección por polibreno / Reactivo de transfección</td><td>Merck</td><td>TR-1003-G</td><td>polibreno</td></tr><tr><td>Dihidrocloruro de puromicina, 98%, Thermo Scientific Chemicals</td><td>ThermoFisher</td><td>J61278.ME</td><td>Puromicina</td></tr><tr><td>Robot Tecan Freedom EVO 200</td><td>Tecan</td><td></td><td>plataforma robótica de manipulación de líquidos</td></tr><tr><td>X-tremeGENE HP REACTIVO DE TRANSFECCIÓN DE ADN</td> Roche <td>Merck</td><td>6366244001</td><td>reactivo de transfección de ADN</td></tr></tbody></table>

detección de fármacos basados en células para inhibidores de la 4b cisteína peptidasa relacionada con la autofagia

Cell-Based Drug Screening for Inhibitors of Autophagy Related 4B Cysteine Peptidase

Cada vez hay más pruebas de que el flujo autofágico alto se relaciona con la progresión tumoral y la resistencia a la terapia contra el cáncer. El ensayo de proteínas individuales de autofagia es un requisito previo para las estrategias terapéuticas dirigidas a esta vía. Se ha demostrado que la inhibición de la proteasa de autofagia ATG4B aumenta la supervivencia general, lo que sugiere que ATG4B podría ser una posible diana farmacológica para el tratamiento del cáncer. Nuestro laboratorio ha desarrollado un ensayo selectivo basado en luciferasa para monitorizar la actividad de ATG4B en células. Para este ensayo, el sustrato de ATG4B, LC3B, se marca en el extremo C-terminal con una luciferasa secretable del copépodo marino Gaussia princeps (GLUC). Este reportero está unido al citoesqueleto de actina, manteniéndolo así en el citoplasma de las células cuando no se separa. La escisión mediada por ATG4B da lugar a la liberación de GLUC por secreción no convencional, que luego puede monitorizarse mediante la recolección de sobrenadantes de cultivos celulares como correlato de la actividad celular de ATG4B. En este trabajo se presenta la adaptación de este ensayo basado en luciferasa al cribado automatizado de alto rendimiento. Describimos el flujo de trabajo y la optimización para un análisis ejemplar de alto rendimiento de la actividad celular de ATG4B.

En una publicación anterior8, utilizamos con éxito este ensayo para cribar bibliotecas de moléculas pequeñas y siRNA e identificamos nuevos reguladores de ATG4B. A continuación, describimos el protocolo y los resultados representativos de este reportero de luciferasa en un formato de cribado semiautomatizado y de alto rendimiento. La Figura 8 muestra un ejemplo del análisis de datos brutos tanto para los núcleos celulares como para la luminiscencia. Un resultado típic...

Aquí, describimos un protocolo detallado para el uso de un ensayo reportero basado en luciferasa en un formato de cribado semiautomatizado de alto rendimiento.

Detección de fármacos basados en células para inhibidores de la 4B cisteína peptidasa relacionada con la autofagia

Growing evidence has shown that high autophagic flux is related to tumor progression and cancer therapy resistance. Assaying individual autophagy proteins ...

El objetivo principal de la investigación en mi laboratorio es comprender la regulación de la autofagia y, en particular, del proteico cisteína ATG4 y utilizar este conocimiento para desarrollar inhibidores de moléculas pequeñas que se dirijan a esta vía, en particular para enfermedades como el cáncer de páncreas. Utilizamos tecnologías de cribado de alto contenido y alto rendimiento para identificar dianas farmacológicas, así como candidatos a fármacos, y nos centramos en la familia de la cisteína proteasa ATG4 porque creemos que es una muy buena diana farmacológica para diversas formas de cáncer. Hemos estado estudiando a los miembros de la familia ATG4 durante bastante tiempo.Hicimos descubrimientos significativos sobre la disfunción de esta familia de proteínas y células. También hemos identificado nuevos mecanismos postraduccionales de regulación de los miembros de la familia ATG4 y actualmente estamos desarrollando inhibidores de moléculas pequeñas y también activadores de la familia ATG4 para enfermedades como el cáncer y la neurodegeneración. No hay muchos ensayos para monitorizar la actividad de la proteasa ATG4 en las células.Así que fuimos uno de los primeros en desarrollar un ensayo basado en luciferasa para monitorizar esta actividad. Y nuestro ensayo es bastante inusual porque utiliza frases secretadas, digamos, por lo que no necesitamos licenciar las células y podemos adaptar este protocolo fácilmente a los métodos de detección de alto rendimiento y a la automatización del laboratorio. Nos hemos centrado en la proteasa de la proteína B ATG4 desde hace bastante tiempo.Hemos generado líneas celulares knockout de los miembros de la familia ATG4. Hemos identificado nuevos mecanismos de regulación postraduccional de ATG4 y, en última instancia, también hemos identificado varios compuestos novedosos de moléculas pequeñas que podrían inhibir e incluso activar la proteasa ATG4 B. En el futuro, nos gustaría continuar trabajando con los miembros de la familia ATG4.Creemos que es mucho lo que se desconoce actualmente y que aún queda por descubrir. Por ejemplo, actualmente no se comprende por completo cómo estas proteínas regulan la autofagia en las neuronas. También nos gustaría centrar nuestro trabajo en la validación de estos compuestos de moléculas pequeñas que hemos identificado y, potencialmente, utilizar activadores en enfermedades neurodegenerativas.

cell-based-drug-screening-for-inhibitors-autophagy-related-4b

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Investigación

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Biología

La autofagia es un proceso ubicuo que permite a las células para degradar y reciclar las proteínas y orgánulos. Aplicamos microscopía de fluorescencia avanzada para visualizar y cuantificar la pequeña, pero, cambios físicos esenciales asociados con la inducción de la autofagia, incluyendo la formación y distribución de autofagosomas y lisosomas, y su fusión en autolisosomas.

Análisis cuantitativo de la autofagia mediante microscopía de fluorescencia avanzada 3D

Para contrarrestar la diseminación de patógenos, células huésped reorganizar su citoesqueleto de compartimentar bacterias e inducir la autofagia. Uso de la infección por Shigella de las células de cultivo de tejidos, de acogida y determinantes de patógenos subyacentes este proceso se identifican y se caracteriza. El uso de modelos de pez cebra de la infección por Shigella, el papel de las moléculas y mecanismos descubiertos son investigados in vivo.

El uso de<em&gt; Flexneri Shigella</em&gt; Para estudiar las interacciones Autophagy Citoesqueleto

En este sentido, se utilizó la citometría de flujo de imágenes multiespectrales con una característica analítica que compara imágenes detalladas de 3 marcadores de autofagia y cuantifica su co-localización, junto con el recuento de puntos LC3, para medir la autofagia de una manera objetiva, cuantitativa y estadísticamente robusta.

Evaluación del flujo autofágico midiendo la co-localización de LC3, p62 y LAMP1 usando citometría de flujo de imágenes multiespectrales

Presentados aquí son dos técnicas de investigación de interacción de proteínas anticuerpo-basado: la inmunofluorescencia y la inmunoprecipitación. Estas técnicas son convenientes para el estudio de interacciones físicas entre proteínas para el descubrimiento de nuevos componentes de vías de señalización celulares y para la dinámica de la proteína de comprensión.<br...

Estudio de las interacciones proteína-proteína en la autofagia investigación

Mitofagia, el proceso de claro dañaado las mitocondrias, es necesario para el mantenimiento de la homeostasis y salud mitocondrial. Este artículo presenta algunas de la mitofagia últimos métodos de detección en células humanas, Caenorhabditis elegansy los ratones.

In Vitro e In Vivo la detección de la mitofagia en células humanas, C. Elegansy los ratones

Aquí se describe un protocolo simple y bien validado para medir la actividad de autofagia secuestro a granel en células de mamíferos. El método se basa en cuantificar la proporción de lactato deshidrogenasa (LDH) en fracciones celulares de sedimentables en comparación con los niveles de LDH celulares total.

El ensayo de secuestro del lactato deshidrogenasa, Es un método Simple y confiable para determinar la actividad de autofagia secuestro a granel en células de mamíferos

Este papel utiliza un ensayo basado en la citometría de flujo para las bibliotecas de la pantalla de inhibidores químicos para la identificación de los inhibidores y los objetivos que influyen en la del receptor de células T de señalización. Los métodos descritos aquí pueden ampliarse también para proyecciones de alto rendimiento.

Identificación de mediadores del Receptor de células T de señalización a través de la proyección de las bibliotecas del inhibidor químico

Se presenta un protocolo detallado para la generación de microarrays de proteínas humanas autoensamblados para el cribado de inhibidores de la quinasa.

Detección de inhibidores de la quinasa en microarrays de proteínas humanas autoensamblados

En este estudio, presentamos estrategias basadas en inhibidores y siRNA para interferir con el flujo autofágico en las células dendríticas infectadas por el virus del herpes simple tipo-1 (HSV-1) basadas en monocitos.

electroporación de siRNA para modular la autofagia en el virus del herpes simple tipo 1-Células dendríticas derivadas de monocitos infectados

El objetivo de este protocolo es determinar los niveles autofágicos en el cáncer de páncreas y las células acinares pancreáticas a través de la inmunofluorescencia LC3 y la cuantificación de puntos LC3.

Evaluación de los niveles de autofagia en dos modelos diferentes de células pancreáticas utilizando inmunofluorescencia LC3

Aprende a desarrollar un ensayo basado en luciferasa para monitorear la actividad de la proteasa ATG4B en células, facilitando el cribado de alto rendimiento para identificar inhibidores de la autofagia en cáncer y enfermedades neurodegenerativas.

Detección de fármacos basados en células para inhibidores de la 4B cisteína peptidasa relacionada con la autofagia

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