23 de febrero de 2024
Este protocolo describe un flujo de trabajo desde los cultivos celulares ex vivo o in vitro hasta el preprocesamiento de datos transcriptómicos para el cribado rentable de fármacos basado en transcriptomas.
La transcriptómica nos permite obtener una comprensión profunda del programa celular y su reacción ante los cambios externos. Sin embargo, a pesar de la considerable reducción de los costes de producción y secuenciación de las bibliotecas en las últimas décadas, la aplicación de esta tecnología, a la escala necesaria para el cribado de fármacos, sigue siendo inasequible, lo que dificulta el gran potencial de estos métodos. Nuestro estudio presenta un sistema rentable para el cribado de fármacos basado en transcriptoma, que combina cultivos de perturbaciones miniaturizados con transcriptómica mini-masiva.
El protocolo minimasivo optimizado proporciona una señal biológica informativa a una profundidad de secuenciación rentable, lo que permite un cribado exhaustivo de fármacos conocidos y nuevas moléculas. Uno de los beneficios clave de combinar la transcriptómica con el cribado imparcial de fármacos es la posibilidad de identificar nuevas dianas farmacológicas que no se han considerado previamente. Los enfoques convencionales de cribado de fármacos a menudo se centran en moléculas o vías diana establecidas, lo que dificulta la identificación de nuevas dianas y puede dar lugar a fármacos con efectos secundarios imprevistos y eficacia restringida.
Este estudio presenta un flujo de trabajo rentable para el cribado de medicamentos basado en el transcriptoma utilizando cultivos celulares ex vivo o in vitro. El innovador protocolo minibug combina cultivos de perturbación miniaturizados con transcriptómica avanzada para identificar eficazmente nuevos objetivos de fármacos.
Transcriptomic-based drug screening offers a scalable solution for unbiased identification of drug-induced cellular responses, addressing the limitations of conventional target-focused approaches. The mini-bulk protocol enables high-throughput, cost-efficient transcriptome profiling, supporting early discovery and lead identification across diverse compound libraries. This workflow enhances predictive confidence and portfolio triage by revealing novel mechanisms and off-target effects at scale.
This protocol integrates into the discovery continuum from early hypothesis testing through lead identification and preclinical assessment, enabling scalable, unbiased drug response profiling.