Name: Estrategias para mejorar el cultivo de bacterias anaeróbicas del tracto gastrointestinal de pollo (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-05-10T14:30:00.000+00:00
Duration: 4 min 36 s
Description: Aprenda a aislar y cultivar bacterias anaeróbicas del intestino de pollo mediante técnicas estériles sin oxígeno. Este método permite recuperar diversas especies microbianas y estudiar el metabolismo del mio-inositol en microbiota intestinal aviar.

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<meta charset="utf8"></head><body>Estrategias de cultivo para la diversidad microbiana no cultivada en el tracto gastrointestinal de los pollos

<ol><li>Wylensek, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+collection+of+bacterial+isolates+from+the+pig+intestine+reveals+functional+and+taxonomic+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">A collection of bacterial isolates from the pig intestine reveals functional and taxonomic diversity.</a> Nat Comm. 11 (1), 6389(2020).</li>
<li>Medvecky, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole+genome+sequencing+and+function+prediction+of+133+gut+anaerobes+isolated+from+chicken+caecum+in+pure+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Geno%22%5BJournal%5D)">Whole genome sequencing and function prediction of 133 gut anaerobes isolated from chicken caecum in pure cultures.</a> BMC Geno. 19 (1), 561(2018).</li>
<li>Zenner, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early-life+immune+system+maturation+in+chickens+using+a+synthetic+community+of+cultured+gut+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">Early-life immune system maturation in chickens using a synthetic community of cultured gut bacteria.</a> mSystems. 6 (3), 1110-1128 (2021).</li>
<li>Borda-Molina, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+on+the+ileal+microbiota+of+phosphorus+and+calcium+utilization%2C+bird+performance%2C+and+gender+in+japanese+quail%5BTitle%5D)+AND+%22Animals%22%5BJournal%5D)">Effects on the ileal microbiota of phosphorus and calcium utilization, bird performance, and gender in japanese quail.</a> Animals. 10 (5), 885(2020).</li>
<li>Bonnet, M., Lagier, J. C., Raoult, D., Khelaifia, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+culture+through+selective+and+non-selective+conditions%3A+The+evolution+of+culture+media+in+clinical+microbiology%5BTitle%5D)+AND+%22New+Micro+New+Infect%22%5BJournal%5D)">Bacterial culture through selective and non-selective conditions: The evolution of culture media in clinical microbiology.</a> New Micro New Infect. 34, 100622(2020).</li>
<li>Tanaka, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+hidden+pitfall+in+the+preparation+of+agar+media+undermines+microorganism+cultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A hidden pitfall in the preparation of agar media undermines microorganism cultivability.</a> Appl Environ Microbiol. 80 (24), 7659-7666 (2014).</li>
<li>Kawasaki, K., Kamagata, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphate-catalyzed+hydrogen+peroxide+formation+from+agar%2C+gellan%2C+and+%CE%BA-carrageenan+and+recovery+of+microbial+cultivability+via+catalase+and+pyruvate%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Phosphate-catalyzed hydrogen peroxide formation from agar, gellan, and κ-carrageenan and recovery of microbial cultivability via catalase and pyruvate.</a> Appl Environ Microbiol. 83 (21), e01366-e01417 (2017).</li>
<li>Kato, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+previously+uncultured+slow-growing+bacteria+by+using+a+simple+modification+in+the+preparation+of+agar+media%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation of previously uncultured slow-growing bacteria by using a simple modification in the preparation of agar media.</a> Appl Environ Microbiol. 84 (19), e00807-e00818 (2018).</li>
<li>Lewis, W. H., Tahon, G., Geesink, P., Sousa, D. Z., Ettema, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovations+to+culturing+the+uncultured+microbial+majority%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Innovations to culturing the uncultured microbial majority.</a> Nat Rev Microbiol. 19 (4), 225-240 (2021).</li>
<li>Su, X. B., Ko, A. L. A., Saiardi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulations+of+myo-inositol+homeostasis%3A+Mechanisms%2C+implications%2C+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Biol+Regul%22%5BJournal%5D)">Regulations of myo-inositol homeostasis: Mechanisms, implications, and perspectives.</a> Adv Biol Regul. 87, 2212-4926 (2023).</li>
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<li>Kanehisa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+understanding+the+origin+and+evolution+of+cellular+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Prot+Sci%22%5BJournal%5D)">Toward understanding the origin and evolution of cellular organisms.</a> Prot Sci. 28 (11), 1947-1951 (2019).</li>
<li>Lee, S. A., Nagalakshmi, D., Raju, M. V., Rao, S. V. R., Bedford, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+phytase+superdosing%2C+myo-inositol+and+available+phosphorus+concentrations+on+performance+and+bone+mineralisation+in+broilers%5BTitle%5D)+AND+%22Animal+Nutri%22%5BJournal%5D)">Effect of phytase superdosing, myo-inositol and available phosphorus concentrations on performance and bone mineralisation in broilers.</a> Animal Nutri. 3 (3), 247-251 (2017).</li>
<li>Farhadi, D., Karimi, A., Sadeghi, G., Rostamzadeh, J., Bedford, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+a+high+dose+of+microbial+phytase+and+myo-inositol+supplementation+on+growth+performance%2C+tibia+mineralization%2C+nutrient+digestibility%2C+litter+moisture+content%2C+and+foot+problems+in+broiler+chickens+fed+phosphorus-deficient+diets%5BTitle%5D)+AND+%22Poultry+Sci%22%5BJournal%5D)">Effects of a high dose of microbial phytase and myo-inositol supplementation on growth performance, tibia mineralization, nutrient digestibility, litter moisture content, and foot problems in broiler chickens fed phosphorus-deficient diets.</a> Poultry Sci. 96 (10), 3664-3675 (2017).</li>
<li>Weber, M., Fuchs, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolism+in+the+niche%3A+A+large-scale+genome-based+survey+reveals+inositol+utilization+to+be+widespread+among+soil%2C+commensal%2C+and+pathogenic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbio+Spect%22%5BJournal%5D)">Metabolism in the niche: A large-scale genome-based survey reveals inositol utilization to be widespread among soil, commensal, and pathogenic bacteria.</a> Microbio Spect. 10 (4), e02013-e02022 (2022).</li>
<li>Kawsar, H. I., Ohtani, K., Okumura, K., Hayashi, H., Shimizu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organization+and+transcriptional+regulation+of+myo-inositol+operon+in+Clostridium+perfringens%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Organization and transcriptional regulation of myo-inositol operon in Clostridium perfringens.</a> FEMS Microbiol Lett. 235 (2), 289-295 (2004).</li>
<li>Hellinckx, J., Heermann, R., Felsl, A., Fuchs, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+binding+affinity+of+repressor+IolR+avoids+costs+of+untimely+induction+of+myo-inositol+utilization+by+Salmonella+Typhimurium%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High binding affinity of repressor IolR avoids costs of untimely induction of myo-inositol utilization by Salmonella Typhimurium.</a> Sci Rep. 7 (1), 44362(2017).</li>
<li>Yebra, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+gene+cluster+enabling+Lactobacillus+casei+BL23+to+utilize+myo-inositol%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identification of a gene cluster enabling Lactobacillus casei BL23 to utilize myo-inositol.</a> Appl Environ Microbiol. 73 (12), 3850-3858 (2007).</li>
<li>Zhang, W. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+iol+clusters+in+Lactobacillus+casei+strains%5BTitle%5D)+AND+%22World+J+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of iol clusters in Lactobacillus casei strains.</a> World J Microbiol Biotechnol. 26, 1949-1955 (2010).</li>
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<li>Peterson, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+media+on+transport+and+recovery+of+anaerobic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Effect of media on transport and recovery of anaerobic bacteria.</a> Clin Infect Dis. 25, 134-136 (1997).</li>
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<li>Huang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chicken+gut+metagenome+and+the+modulatory+effects+of+plant-derived+benzylisoquinoline+alkaloids%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The chicken gut metagenome and the modulatory effects of plant-derived benzylisoquinoline alkaloids.</a> Microbiome. 6 (1), 1-17 (2018).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+microbial+genomes+and+gene+catalog+of+the+chicken+gut+from+metagenomic+sequencing+of+high-fidelity+long+reads%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Improved microbial genomes and gene catalog of the chicken gut from metagenomic sequencing of high-fidelity long reads.</a> GigaScience. 11, 116(2022).</li>
<li>Segura-Wang, M., Grabner, N., Koestelbauer, A., Klose, V., Ghanbari, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-resolved+metagenomics+of+the+chicken+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genome-resolved metagenomics of the chicken gut microbiome.</a> Front Microbiol. 12, 726923(2021).</li>
<li>Borrelli, R. C., Fogliano, V., Monti, S. M., Ames, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+melanoidins+from+a+glucose-glycine+model+system%5BTitle%5D)+AND+%22Euro+Food+Res+Technol%22%5BJournal%5D)">Characterization of melanoidins from a glucose-glycine model system.</a> Euro Food Res Technol. 215, 210-215 (2002).</li>
<li>Ferrario, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untangling+the+cecal+microbiota+of+feral+chickens+by+culturomic+and+metagenomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Untangling the cecal microbiota of feral chickens by culturomic and metagenomic analyses.</a> Environ Microbiol. 19 (11), 4771-4783 (2017).</li>
<li>Crhanova, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+culturomics+shows+that+half+of+chicken+caecal+microbiota+members+can+be+grown+in+vitro+except+for+two+lineages+of+clostridiales+and+a+single+lineage+of+bacteroidetes%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Systematic culturomics shows that half of chicken caecal microbiota members can be grown in vitro except for two lineages of clostridiales and a single lineage of bacteroidetes.</a> Microorganisms. 7 (11), 496(2019).</li>
<li>Rubio, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lactobacilli+counts+in+crop%2C+ileum+and+caecum+of+growing+broiler+chickens+fed+on+practical+diets+containing+whole+or+dehulled+sweet+lupin+%28lupinus+angustifolius%29+seed+meal%5BTitle%5D)+AND+%22British+Poult+Sci%22%5BJournal%5D)">Lactobacilli counts in crop, ileum and caecum of growing broiler chickens fed on practical diets containing whole or dehulled sweet lupin (lupinus angustifolius) seed meal.</a> British Poult Sci. 39 (3), 354-359 (1998).</li>
<li>Bjerrum, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+composition+of+the+ileum+and+cecum+of+broiler+chickens+as+revealed+by+molecular+and+culture-based+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Poult+Sci%22%5BJournal%5D)">Microbial community composition of the ileum and cecum of broiler chickens as revealed by molecular and culture-based techniques.</a> Poult Sci. 85 (7), 1151-1164 (2006).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Ácido acético</td><td>VWR</td><td>20104.334</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>VWR</td><td>97064-332</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de amonio</td><td>Carl Roth</td><td>P726.1</td><td></td></tr><tr><td>Estación anaeróbica</td><td>Don Whitley Scientific</td><td>A35 HEPA</td><td></td></tr><tr><td>Ácido butírico</td><td>Merck</td><td>8.0045.1000</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de calcio dihidratado&nbsp;</td><td>VWR</td><td>97061-904</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga</td><td>Eppendorf</td><td>5424R</td><td></td></tr><tr><td>Lisozima de pollo (Muramidasa)</td><td>VWR</td><td>1.05281.0010</td><td></td></tr><tr><td>Cisteína</td><td>VWR</td><td>97061-204</td><td></td></tr><tr><td>Dextrosa</td><td>VWR</td><td>90000-908</td><td></td></tr><tr><td>Hidrogenofosfato dipotásico</td><td>Carl Roth</td><td>P749.1</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Carl Roth</td><td>8043.2</td><td></td></tr><tr><td>Legehennen/ Junghennenfutter</td><td>Deutsche Tiernahrung Cremer GmbH & Co. KG, D&uuml; sseldorf,</td> <td>Alemania-MagAttract</td><td></td></tr> <tr><td>HMW DNA Kit</td><td>Qiagen</td><td>67563</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de magnesio</td><td>Carl Roth</td><td>2189.1</td><td></td></tr><tr><td>Gas mezclado (80% N2 (nivel de calidad 5.0), 15% CO2 (nivel de calidad 3.0) y 5% H2 (nivel de calidad 5.0)</td><td>Westfalen Gase GmbH,</td> <td>Alemania-Mutanolysin</td><td></td></tr><tr><td>, recombinante (liofilizado)</td><td>A& A Biotechnology</td><td>1017-10L</td><td></td></tr><tr><td>Myo-inositol</td><td>Carl Roth</td><td>4191.2</td><td></td></tr><tr><td>PBS 1X</td><td>ChemSolute</td><td>8418.01</td><td></td></tr><tr><td>Fosfato de dihidrógeno de potasio</td><td>Carl Roth</td><td>3904.2</td><td></td></tr><tr><td>Ácido propiónico</td><td>Carl Roth</td><td>6026.1</td><td></td></tr><tr><td>QuantiFluor dsDNA System</td><td>Promega</td><td>E2671</td><td></td></tr><tr><td>RNAse A&nbsp;</td><td>QIAGEN Ribonucleasa A (RNasa A)&nbsp;</td><td>19101</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de sodio</td><td>VWR</td><td>27800.291</td><td></td></tr><tr><td>Resazurina sódica</td><td>VWR</td><td>85019-296</td><td></td></tr><tr><td>Tioglicolato de sodio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102933</td><td></td></tr><tr><td>Peptona de soja, sin OMG, sin animales</td><td>VWR</td><td>97064-186</td><td></td></tr><tr><td>Termociclador</td><td>Bio-Rad</td><td>T100</td><td></td></tr><tr><td>Triptona</td><td>Carl Roth</td><td>8952.1</td><td></td></tr><tr><td>Tween80</td><td>Carl Roth</td><td>9139.2</td><td></td></tr><tr><td>Mezcla de vitaminas (suplemento)</td><td>VWR</td><td>968290NL</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Star Lab</td><td>07127/92930</td><td></td></tr><tr><td>Extracto de levadura</td><td>Carl Roth</td><td>9257.05</td><td></td></tr><tr><td>&beta;-D-fructosa</td><td>VWR</td><td>53188-23-1</td><td></td></tr></tbody></table>

estrategias para mejorar el cultivo de bacterias anaeróbicas del tracto gastrointestinal de pollo

Strategies to Enhance Cultivation of Anaerobic Bacteria from Gastrointestinal Tract of Chicken

Monitoreo de las condiciones anaeróbicas durante el transporte Debido a la adición de resazurina sódica, el cambio en el color de la solución de transporte a rosa antes de la transferencia de la muestra al tubo indica una interrupción o falla en el mantenimiento de las condiciones anaeróbicas. Por lo tanto, se abstuvo de utilizar el tubo que mostraba cambio de color durante el transporte y solo se utilizaron los tubos que no mostraban cambio de color, como se puede ver en la Figura 2.
Análisis de los resultados de la secuenciación La extracción de ADN de aislados con datos de cromatograma con ruido de fondo excesivo o interrupción en la línea de base, pico con baja intensidad de señales, presencia de picos múltiples o superpuestos en una sola posición y alturas de pico inconsistentes se repitió utilizando cultivo fresco y puro, ya que indican contaminación de la muestra, amplificación desigual o problema durante el proceso de secuenciación. Al realizar la búsqueda BLAST en NCBI, la cepa que mostró el mayor porcentaje de identidad y la alta cobertura de consultas fue la cepa relacionada con nuestro aislado, lo que llevó a la identificación del aislado.
Cultivo de un amplio espectro de bacterias anaeróbicas El aislamiento de bacterias anaerobias dio como resultado más de 600 aislados obtenidos en cinco medios diferentes preparados y esterilizados en frascos separados. La identificación utilizando el gen 16S rRNA dio como resultado 15 géneros diferentes de bacterias (Figura 4). Del total de aislados, más de la mitad representan bacterias anaerobias estrictas y el resto son anaerobias facultativas.
La diversidad de aislados incluye ocho cepas, demostrando nuevas especies taxonómicas relacionadas con miembros de las familias Clostridiaceae, Lactobacillaceae y Oscillospiraceae (Tabla 5)25. Estos resultados resaltan la importancia de adherirse a las buenas prácticas en la preparación de medios de cultivo y el uso de una amplia gama de medios para el éxito de los estudios de cultivo.
Aislamiento selectivo La observación de colonias en un medio de agar mínimo sugiere la presencia potencial de bacterias anaeróbicas capaces de utilizar el IM como fuente de carbono (Figura 5). Para confirmar de manera concluyente estos hallazgos a nivel genético, se puede realizar un análisis exhaustivo a través de la secuenciación del genoma completo. Este enfoque de secuenciación permite la identificación de genes específicos asociados con el metabolismo de la IM o que contribuyen a él, incluidos iolA, iolB, iolC, iolD, iolE, iolF, iolG, iolH, iolI, iolJ, iolT y iolW.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig01.jpg"> Figura 1: Proceso de muestreo y transporte de secciones de GIT para el cultivo de bacterias anaeróbicas. 1) Las secciones se cierran antes del corte. Las líneas punteadas indican la posición de corte recomendada. 2) Transferencia de la sección muestreada a un tubo Hungate lleno de solución de transporte. 3) Reemplazo de la atmósfera de aire por inyección de solución de transporte para mantener las condiciones anaeróbicas. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig01large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig02.jpg"> Figura 2: Ilustración de tubos de Hungate que contienen muestras obtenidas de una sección de íleon de pollo. La imagen muestra el llenado adecuado de los tubos de Hungate con solución de transporte, lo que garantiza la ausencia de espacio de aire y el mantenimiento de un color uniforme en comparación con el control que no tiene muestra. La turbidez notable en los tubos de muestra se atribuye a la disolución de la digesta. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig02large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig03.jpg"> Figura 3: Pasos secuenciales en la conservación de bacterias anaerobias. 1) Recolección de biomasa de 24 h a 48 h de cultivo axénico en solución isotónica. 2) Lavado de las células bacterianas mediante el proceso de centrifugación y eliminación del sobrenadante para eliminar los medios sobrantes. 3) Repetición del proceso de lavado. 4) Disolución de pellets en medios de cultivo y solución de glicerol al 50% seguida de almacenamiento a -80 °C en crioviales estériles. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig03large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig04.jpg"> Figura 4: Distribución taxonómica de bacterias aisladas a nivel de género. El gráfico de barras apiladas muestra la diversidad de bacterias aisladas de cinco formulaciones de medios distintas, lo que enfatiza el impacto beneficioso del uso de diversas formulaciones de medios en este estudio. La formulación del medio se enumera en la Tabla 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig04large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig05.jpg"> Figura 5: Colonias bacterianas anaeróbicas en un medio de agar mínimo. Colonias bacterianas anaeróbicas que prosperan en medios mínimos de agar después de 24 h de incubación a 39 °C. El desarrollo de colonias sugiere la posible asimilación del mioinositol como fuente primaria de carbono, entre otras fuentes de carbono. Se presentan dos diluciones, (A) 10-1, que revelan un recuento de colonias que supera una enumeración práctica debido a su abundancia; y (B) 10-2, que muestra colonias distinguibles y contables, lo que facilita el análisis selectivo. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig05large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td rowspan="2">Medio</td>
			<td>1</td>
			<td>2</td>
			<td>3</td>
			<td>4</td>
			<td>5</td>
		</tr><tr><td>Medios de Peptonas</td>
			<td>Medios de polisacáridos</td>
			<td>Ácidos grasos cortos</td>
			<td>Hidratos de carbono medios</td>
			<td>Medios de bacterias sulfatoreductoras (SRB)</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">Fuente de C</td>
			<td>Dextrosa 0.2%</td>
			<td rowspan="2">Alimentos para aves de corral (2%)</td>
			<td rowspan="2">Ácido acético 0,17%, Ácido isovalérico 0,01%, Ácido propiónico 0,2%, Ácido butírico 0,2%</td>
			<td rowspan="2">Dextrosa 5%</td>
			<td rowspan="2">Na-DL-lactato, Ácido ascórbico</td>
		</tr><tr><td>Almidón 0.05%</td>
		</tr><tr><td>Fuente de N</td>
			<td>Aminoácidos de la soja (1%)</td>
			<td>-</td>
			<td>Aminoácidos de triptona y extracto de carne (0,1%)</td>
			<td>Aminoácidos de peptonas de soja (0,1%), (NH4)3 citrato (0,1%)</td>
			<td>NH4Cl (0,1%)</td>
		</tr><tr><td>Fuente de minerales</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
			<td>-</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
		</tr><tr><td>Agar-agar</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
		</tr><tr><td>Cofactor (Añadido después de la esterilización)</td>
			<td>Extracto de levadura (0,1%)</td>
			<td>-</td>
			<td>Mezcla de vitaminas (0.01%)</td>
			<td>Mezcla de vitaminas (0.01%)</td>
			<td>Extracto de levadura (0,01%)</td>
		</tr><tr><td>Inhibidores</td>
			<td>ninguno</td>
			<td>ninguno</td>
			<td>Preadolescentes 80 (1%)</td>
			<td>Menadiona (0.05%)</td>
			<td>-</td>
		</tr></tbody></table>Tabla 1: Composición de los medios de cultivo para una amplia gama de aislamiento bacteriano. Composición de cinco medios de agar, cada uno formulado de manera única en función de las variaciones en la fuente de carbono, la fuente de nitrógeno, la fuente de mineral y la incorporación de cofactores e inhibidores.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Composición</td>
			<td>Cantidad (g/L)</td>
		</tr><tr><td>Peptona de caseína</td>
			<td>17</td>
		</tr><tr><td>Peptona de soja</td>
			<td>3</td>
		</tr><tr><td>Cloruro de sodio</td>
			<td>5</td>
		</tr><tr><td>Hidrogenofosfato dipotásico</td>
			<td>2.5</td>
		</tr><tr><td>Myo-inositol</td>
			<td>2.5</td>
		</tr></tbody></table>Tabla 2: Composición del medio de enriquecimiento. Formulación de medio diseñado con una mezcla de ingredientes complejos para apoyar el crecimiento de un amplio espectro de bacterias. La cantidad de cada ingrediente se especifica en g/L.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Composición</td>
			<td>Medio mínimo de agar (g/mL)/ L</td>
			<td>Medios de caldo mínimos (g/mL)/ L</td>
		</tr><tr><td>L-cistina</td>
			<td>0.5</td>
			<td>0.5</td>
		</tr><tr><td>Cloruro de sodio</td>
			<td>0.3</td>
			<td>0.3</td>
		</tr><tr><td>Tioglicolato de sodio</td>
			<td>0.5</td>
			<td>0.5</td>
		</tr><tr><td>Hidrogenofosfato de sodio dihidratado</td>
			<td>0.53</td>
			<td>0.53</td>
		</tr><tr><td>Dihidrógeno fosfato de potasio</td>
			<td>0.41</td>
			<td>0.41</td>
		</tr><tr><td>Cloruro de amonio</td>
			<td>0.3</td>
			<td>0.3</td>
		</tr><tr><td>Cloruro de calcio</td>
			<td>0.11</td>
			<td>0.11</td>
		</tr><tr><td>Cloruro de magnesio</td>
			<td>0.1</td>
			<td>0.1</td>
		</tr><tr><td>Triptona</td>
			<td>10</td>
			<td>10</td>
		</tr><tr><td>EDTA</td>
			<td>0.00773</td>
			<td>0.00773</td>
		</tr><tr><td>Solución de oligoelementos SL7</td>
			<td>1</td>
			<td>1</td>
		</tr><tr><td>Mezcla de vitaminas</td>
			<td>0.2</td>
			<td>0.2</td>
		</tr><tr><td>Mioinositol (20 mM)</td>
			<td>3.6</td>
			<td>3.6</td>
		</tr><tr><td>Agar-agar</td>
			<td>15</td>
			<td>--</td>
		</tr><tr><td>pH (usando 1 mM HCl)</td>
			<td>6 ± 0.2</td>
			<td>6 ± 0.2</td>
		</tr></tbody></table>Tabla 3: Composición mínima del medio. El medio está formulado con mio-inositol como principal fuente de carbono.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Desnaturalización inicial</td>
			<td>95 °C</td>
			<td>4 minutos</td>
			<td>1 vez</td>
		</tr><tr><td>Desnaturalización</td>
			<td>95 °C</td>
			<td>30 s</td>
			<td></td>
		</tr><tr><td>Recocido</td>
			<td>52 °C</td>
			<td>30 s</td>
			<td>30 veces</td>
		</tr><tr><td>Extensión</td>
			<td>68 °C</td>
			<td>90 s</td>
			<td></td>
		</tr><tr><td>Extensión final</td>
			<td>68 °C</td>
			<td>10 minutos</td>
			<td>1 vez</td>
		</tr><tr><td></td>
			<td>4 °C</td>
			<td>∞</td>
			<td></td>
		</tr></tbody></table>Tabla 4: Condiciones óptimas para la amplificación del gen 16S rRNA. Los parámetros ideales de temperatura, duración y ciclo que se emplearán en el termociclador para una amplificación eficiente del gen objetivo.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Asignación de taxonomía novedosa</td>
			<td>Tamaño del genoma</td>
			<td>Contenido de GC</td>
			<td>Región intestinal</td>
			<td>Adhesión 16S </td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus galli</td>
			<td>1861581</td>
			<td>50.43</td>
			<td>cosecha</td>
			<td>OM760982</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus avium</td>
			<td>2158112</td>
			<td>48.49</td>
			<td>íleon</td>
			<td>OM760983</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus pulli</td>
			<td>1924125</td>
			<td>45.87</td>
			<td>íleon</td>
			<td>OQ831033</td>
		</tr><tr><td>Clostridium butanoliniproduce</td>
			<td>3507657</td>
			<td>28.34</td>
			<td>cosecha</td>
			<td>OQ831034</td>
		</tr><tr><td>Faecalispora anaeroviscerum</td>
			<td>2921858</td>
			<td>50.36</td>
			<td>íleon</td>
			<td>OM760984</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus viscerum</td>
			<td>1993658</td>
			<td>44.9</td>
			<td>íleon</td>
			<td>OM760986</td>
		</tr><tr><td>Ligilactobacillus hohenheimensis</td>
			<td>1381484</td>
			<td>50.47</td>
			<td>yeyuno</td>
			<td>OM760988</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus difficilis</td>
			<td>1998683</td>
			<td>47.38</td>
			<td>íleon</td>
			<td>OQ832131</td>
		</tr></tbody></table>Tabla 5. Identificación taxonómica de nuevas especies bacterianas. Las nuevas especies bacterianas aisladas e identificadas del tracto gastrointestinal de los pollos en este estudio se detallan junto con el tamaño de su genoma, el contenido de GC, la sección y la adhesión del gen 16S rRNA. Esta tabla ha sido modificada de25.

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