Name: Un nuevo flujo de trabajo para el muestreo y la digitalización de núcleos de incremento (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-09-27T14:05:00.000+00:00
Duration: 7 min 5 s
Description: Aprende un flujo de trabajo computacional para el muestreo y digitalización de núcleos de incremento usando soportes impresos en 3D y el sistema Skippy. Este método optimiza la investigación dendrocronológica en campo y laboratorio.

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<meta charset="utf8"></head><body>Protocolo para la digitalización de anillos de árboles de campo a laboratorio en estudios dendroecológicos

<ol><li>Wimmer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Arthur+Freiherr+von+Seckendorff-Gudent+and+the+early+history+of+tree-ring+crossdating%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Arthur Freiherr von Seckendorff-Gudent and the early history of tree-ring crossdating.</a> Dendrochronologia. 19 (1), 153-158 (2001).</li>
<li>McGraw, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Andrew+Ellicott+Douglass+and+the+giant+sequoias+in+the+founding+of+dendrochronology%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">Andrew Ellicott Douglass and the giant sequoias in the founding of dendrochronology.</a> Tree-Ring Res. 59 (1), 21-27 (2003).</li>
<li>Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchweingruber%2C+FH+%22Tree+Rings+and+Environment%3A+Dendroecology%22">Tree Rings and Environment: Dendroecology</a>. , Paul Haupt Publishers. Bern. (1996).</li>
<li>Amoroso, M. M., Daniels, L. D., Baker, P. J., Camarero, J. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAmoroso%2C+MM+%22Dendroecology%3A+Tree-Ring+Analyses+Applied+to+Ecological+Studies+%28Vol.231%29%22">Dendroecology: Tree-Ring Analyses Applied to Ecological Studies (Vol.231)</a>. 231, Springer. (2017).</li>
<li>Lopez-Saez, J., Corona, C., Von Arx, G., Fonti, P., Slamova, L., Stoffel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree-ring+anatomy+of+Pinus+cembra+trees+opens+new+avenues+for+climate+reconstructions+in+the+European+Alps%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">Tree-ring anatomy of Pinus cembra trees opens new avenues for climate reconstructions in the European Alps.</a> Sci Total Environ. 855, 158605(2023).</li>
<li>Björklund, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fennoscandian+tree-ring+anatomy+shows+a+warmer+modern+than+medieval+climate%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Fennoscandian tree-ring anatomy shows a warmer modern than medieval climate.</a> Nature. 620 (7972), 97-103 (2023).</li>
<li>Camarero, J. J., Colangelo, M., Rodriguez-Gonzalez, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+growth%2C+wood+anatomy+and+carbon+and+oxygen+isotopes+responses+to+drought+in+Mediterranean+riparian+forests%5BTitle%5D)+AND+%22Forest+Ecol+Manag%22%5BJournal%5D)">Tree growth, wood anatomy and carbon and oxygen isotopes responses to drought in Mediterranean riparian forests.</a> Forest Ecol Manag. 529, 120710(2023).</li>
<li>Huang, R., Xu, C., Grießinger, J., Feng, X., Zhu, H., Bräuning, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rising+utilization+of+stable+isotopes+in+tree+rings+for+climate+change+and+forest+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22JForestry+Res%22%5BJournal%5D)">Rising utilization of stable isotopes in tree rings for climate change and forest ecology.</a> JForestry Res. 35, 13(2024).</li>
<li>Schneider, L., Gärtner, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Additive+manufacturing+for+lab+applications+in+environmental+sciences%3A+pushing+the+boundaries+of+rapid+prototyping%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Additive manufacturing for lab applications in environmental sciences: pushing the boundaries of rapid prototyping.</a> Dendrochronologia. 76, 126015(2022).</li>
<li>Björklund, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scientific+merits+and+analytical+challenges+of+tree-ring+densitometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Geophys%22%5BJournal%5D)">Scientific merits and analytical challenges of tree-ring densitometry.</a> Rev Geophys. 57, 1224-1264 (2019).</li>
<li>Katzenmaier, M., Garnot, V. S. F., Björklund, J., Schneider, L., Wegner, J. D., von Arx, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+ROXAS+AI%3A+Deep+learning+for+faster+and+more+accurate+conifer+cell+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Towards ROXAS AI: Deep learning for faster and more accurate conifer cell analysis.</a> Dendrochronologia. 81, 126126(2023).</li>
<li>Gärtner, H., Lucchinetti, S., Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+sledge+microtome+to+combine+wood+anatomy+and+tree-ring+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">A new sledge microtome to combine wood anatomy and tree-ring ecology.</a> IAWA J. 36 (4), 452-459 (2015).</li>
<li>Gärtner, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+technical+perspective+in+modern+tree-ring+research+-+how+to+overcome+dendroecological+and+wood+anatomical+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">A technical perspective in modern tree-ring research - how to overcome dendroecological and wood anatomical challenges.</a> J Vis Exp. 97 (e52337), (2015).</li>
<li>Gärtner, H., Banzer, L., Schneider, L., Schweingruber, F. H., Bast, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparing+micro+sections+of+entire+%28dry%29+conifer+increment+cores+for+wood+anatomical+time-series+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Preparing micro sections of entire (dry) conifer increment cores for wood anatomical time-series analyses.</a> Dendrochronologia. 34, 19-23 (2015).</li>
<li>Gärtner, H., Schneider, L., Lucchinetti, S., Cherubini, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+workflow+for+taking+high-quality+increment+cores+-+new+techniques+and+devices%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Advanced workflow for taking high-quality increment cores - new techniques and devices.</a> J Vis Exp. (193), e64747(2023).</li>
<li>Wang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acoustic+measurements+on+trees+and+logs%3A+a+review+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Wood+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Acoustic measurements on trees and logs: a review and analysis.</a> Wood Sci Technol. 47, 965-975 (2013).</li>
<li>Steenkamp, C. J., Van Rooyen, M. W., Van Rooyen, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+non-destructive+sampling+method+for+dendrochronology+in+hardwood+species%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+For+J%22%5BJournal%5D)">A non-destructive sampling method for dendrochronology in hardwood species.</a> South Afr For J. 186, 5-7 (1999).</li>
<li>Toole, E. R., Gammage, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Damage+from+increment+borings+in+bottomland+hardwoods%5BTitle%5D)+AND+%22J+For%22%5BJournal%5D)">Damage from increment borings in bottomland hardwoods.</a> J For. 57, 909-911 (1959).</li>
<li>Grissino-Mayer, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+manual+and+tutorial+for+the+proper+use+of+an+increment+borer%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">A manual and tutorial for the proper use of an increment borer.</a> Tree-Ring Res. 59 (2), 63-79 (2003).</li>
<li>Griffin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gigapixel+macro+photography+of+tree+rings%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">Gigapixel macro photography of tree rings.</a> Tree-Ring Res. 77, 86-94 (2021).</li>
<li>, LINTAB-Precision ring by ring. , Rinntech. At
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<li>Cybis Dendrochronology. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.cybis.se/forfun/dendro/">http://www.cybis.se/forfun/dendro/</a> (2024).</li>
<li>Regent Instruments. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://regentinstruments.com">https://regentinstruments.com</a> (2024).</li>
<li>De Micco, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-annual+density+fluctuations+in+tree+rings%3A+How%2C+when%2C+where%2C+and+why%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">Intra-annual density fluctuations in tree rings: How, when, where, and why.</a> IAWA J. 37, 232-259 (2016).</li>
<li>Edwards, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-annual+climate+anomalies+in+northwestern+North+America+following+the+1783-1784+CE+Laki+eruption%5BTitle%5D)+AND+%22J+Geophys+Res+Atmos%22%5BJournal%5D)">Intra-annual climate anomalies in northwestern North America following the 1783-1784 CE Laki eruption.</a> J Geophys Res Atmos. 126, e2020JD033544(2020).</li>
<li>Levanič, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATRICS-A+new+system+for+image+acquisition+in+dendrochronology%5BTitle%5D)+AND+%22Tree-Ring+Res%22%5BJournal%5D)">ATRICS-A new system for image acquisition in dendrochronology.</a> Tree-Ring Res. 63 (2), 117-122 (2007).</li>
<li>García-Hidalgo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CaptuRING%3A+A+do-it-yourself+tool+for+wood+sample+digitization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">CaptuRING: A do-it-yourself tool for wood sample digitization.</a> Methods Ecol Evol. 13 (6), 1185-1191 (2022).</li>
<li>Rodriguez, D. R. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+wood+anatomy%2C+density+and+chemistry+profiles+to+understand+the+tree-ring+formation+in+Amazonian+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">Exploring wood anatomy, density and chemistry profiles to understand the tree-ring formation in Amazonian tree species.</a> Dendrochronologia. 71, 125915(2022).</li>
<li>Gärtner, H., Farahat, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cambial+activity+of+Moringa+peregrina+%28Forssk.%29+Fiori+in+arid+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Cambial activity of Moringa peregrina (Forssk.) Fiori in arid environments.</a> Front Plant Sci. 12, 760002(2021).</li>
<li>Gärtner, H., Lucchinetti, S., Schweingruber, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+perspectives+for+wood+anatomical+analysis+in+dendrosciences%3A+the+GSL1-microtome%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">New perspectives for wood anatomical analysis in dendrosciences: the GSL1-microtome.</a> Dendrochronologia. 32, 47-51 (2014).</li>
<li>Maeglin, R. R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMaeglin%2C+RR+%22Increment+Cores%3A+How+to+Collect%2C+Handle%2C+and+Use+Them+%28Vol.+25%29%22">Increment Cores: How to Collect, Handle, and Use Them (Vol. 25)</a>. , General Technical Report, US Department of Agriculture, Forest Service, Forest Products Laboratory Madison, WI. (1979).</li>
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<li>Cole, D. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aCole%2C+DM+%22Protection+and+Storing+Increment+Cores+in+Plastic+Straws%22">Protection and Storing Increment Cores in Plastic Straws</a>. 216, Department of Agriculture, Forest Service, Intermountain Forest and Range Experiment Station. Ogden, Utah. (1977).</li>
<li>Rossi, S., Anfodillo, T., Menardi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trephor%3A+a+new+tool+for+sampling+microcores+from+tree+stems%5BTitle%5D)+AND+%22IAWA+J%22%5BJournal%5D)">Trephor: a new tool for sampling microcores from tree stems.</a> IAWA J. 27 (1), 89-97 (2006).</li>
<li>Schneider, L., Gärtner, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+advantage+of+using+a+starch+based+non-Newtonian+fluid+to+prepare+micro+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">The advantage of using a starch based non-Newtonian fluid to prepare micro sections.</a> Dendrochronologia. 31, 175-178 (2013).</li>
<li>Gärtner, H., Nievergelt, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+core-microtome%3A+A+new+tool+for+surface+preparation+on+corse+and+time+series+analysis+of+varying+cell+parameters%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">The core-microtome: A new tool for surface preparation on corse and time series analysis of varying cell parameters.</a> Dendrochronologia. 28 (2), 85-92 (2010).</li>
<li>McCarroll, D., Pettigrew, E., Luckman, A., Guibal, F., Edouard, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blue+reflectance+provides+a+surrogate+for+latewood+density+of+high-latitude+pine+tree+rings%5BTitle%5D)+AND+%22Arct+Antarct+Alp+Res%22%5BJournal%5D)">Blue reflectance provides a surrogate for latewood density of high-latitude pine tree rings.</a> Arct Antarct Alp Res. 34 (4), 450-453 (2002).</li>
<li>Björklund, J., Seftigen, K., Kaczka, R. J., Rydval, M., Wilson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+standard+definition+and+terminology+for+Blue+Intensity+from+conifers%5BTitle%5D)+AND+%22Dendrochronologia%22%5BJournal%5D)">A standard definition and terminology for Blue Intensity from conifers.</a> Dendrochronologia. 85, 126200(2024).</li>
<li>Van den Bulcke, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+X-ray+CT+scanning+can+boost+tree+ring+research+for+earth+system+sciences%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Bot%22%5BJournal%5D)">Advanced X-ray CT scanning can boost tree ring research for earth system sciences.</a> Ann Bot. 124 (5), 837-847 (2019).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Microtomo de núcleo</td><td>WSL https://www.wsl.ch/en/services-produkte/microtomes/</td><td></td> <td>Microtomo para cortar microsecciones a partir de núcleos de incremento</td></tr><tr><td>Epson Expression 10000XL&nbsp;</td><td>Escáner plano EPSON</td><td>https://epson.com/Support/Scanners/Expression-Series/Epson-Expression-10000XL---Graphic-Arts/s/SPT_E10000XL-GA</td><td></td></tr><tr><td>Soporte GSC</td><td>Montaje impreso en 3D interno de</td><td>WSL</td><td>para fijar núcleos para el transporte, la preparación, el análisis y el almacenamiento</td></tr><tr><td>Sistema de captura de imágenes Skippy</td><td>WSL</td><td>https://www.wsl.ch/en/services-produkte/skippy/)&nbsp;</td><td>Sistema de captura de imágenes desarrollado en WSL equipado con una cámara de 61 MP (Sony Alpha 7R IV y Sony FE 90mm f/2.8 Macro)</td></tr></tbody></table>

un nuevo flujo de trabajo para el muestreo y la digitalización de núcleos de incremento 

A New Workflow for Sampling and Digitizing Increment Cores

Titular de GSC Los soportes de los núcleos se imprimen (por defecto) con una longitud de 35 cm, que corresponde casi al tamaño máximo de impresión de la impresora 3D utilizada (Original Prusa XL, volumen de construcción de 36 cm × 36 cm × 36 cm). En caso de que se tomen núcleos más largos, el soporte se puede extender con soportes adicionales conectándolos con pequeñas piezas de conexión a través de las hendiduras que están presentes en ambos extremos de todos los soportes (Figura 2A).
Al realizar trabajo de campo, el tiempo necesario para almacenar los núcleos directamente en el soporte es comparable a simplemente ponerlos en una pajita u otro material de envoltura. Aunque es necesario respetar la dirección de la fibra de cada núcleo antes de presionar el núcleo en el soporte (Figura 2), este tiempo adicional es de solo unos segundos y se puede respaldar mediante el uso de una lente. En nuestra experiencia, el tiempo adicional necesario (si lo hay) suma aproximadamente 1 minuto para 10 núcleos. Este tiempo extra mínimo también se refiere a los núcleos rotos. En lugar de colocar los núcleos rotos pieza por pieza en una pajita, estas piezas simplemente se colocan en el soporte una tras otra y se presionan.
Para garantizar el transporte seguro de los núcleos en el campo y al laboratorio, diseñamos e imprimimos una caja de transporte especial para los soportes, incluidos los núcleos (Figura 3). Los soportes se pueden colocar simplemente en la caja, donde se estabilizan mediante pequeñas protuberancias que encajan exactamente en las hendiduras de ambos extremos de los soportes. A continuación, la caja se puede cerrar mediante una tapa que se introduce en las ranuras laterales de la caja.
La ventaja real del nuevo soporte se hace evidente en el laboratorio. En lugar de sacar los núcleos de la paja (u otros recipientes), preparar soportes de madera con pista, fijar los núcleos en el soporte, transferir la etiqueta al nuevo soporte y esperar al menos unas horas hasta que el pegamento esté seco y estable para su posterior procesamiento, los núcleos en el soporte pueden (i) fijarse directamente en un micrótomo de núcleo para cortar una superficie plana o (ii) se pueden lijar directamente con un lijado máquina sin necesidad de ningún otro proceso de preparación. La eliminación de la necesidad de transferir las etiquetas a cualquier nuevo soporte evita especialmente posibles errores de transmisión.
Dado que los soportes pueden diseñarse para cualquier diámetro de núcleo, no importa si se necesitan para núcleos "estándar" de 5 mm o núcleos de 10 mm o 12 mm, ya que se toman para, por ejemplo, análisis de isótopos u otros análisis químicos.
En relación con los análisis de isótopos o químicos, la ventaja del soporte es que los núcleos se fijan sin necesidad de pegamento o medio de fijación. Por lo tanto, los núcleos no están contaminados y se pueden quitar fácilmente del soporte para análisis más específicos. Además, en lo que respecta a los análisis anatómicos de la madera, la capacidad de extraer fácilmente los núcleos del soporte permite un manejo sencillo de los núcleos para la preparación de microsecciones.
La posibilidad opcional de incrustar núcleos fijados en el soporte permite estabilizar estructuras sensibles, ya que las células con paredes celulares delgadas tienden a romperse durante el corte. Estabilizar el núcleo incrustándolo en parafina es, en muchos casos, más eficiente que simplemente agregar una solución de almidón de maíz.
Otra ventaja también aparece cuando los núcleos deben almacenarse para inspecciones posteriores o reanálisis. Los soportes pueden colocarse en estanterías especialmente diseñadas (Figura 4) y también imprimirse con una impresora 3D comparable al almacenamiento en la caja de transporte. Los soportes GSC con los núcleos se colocan en el estante tal cual y luego se pueden almacenar en cualquier lugar. La anchura de las estanterías, es decir, el número de núcleos que se pueden fijar en una sola estantería, depende del espacio disponible en una estantería o sala de almacenamiento. Los modelos de bastidor se pueden adaptar a cualquier necesidad específica e imprimir en consecuencia.
Digitalización de superficies de núcleo o disco El sistema de captura de imágenes, desarrollado en WSL (Figura 5), permite digitalizar anillos de árboles (captura de imágenes automatizada) para crear imágenes de alta resolución de núcleos o discos de incremento para respaldar una medición de ancho de anillo digital y eficiente en el tiempo. El sistema consiste en una placa fijada en una varilla roscada que mueve la muestra por debajo del objetivo (Sony FE 90 mm f/2.8 Macro) de una cámara de 61 MP (Sony Alpha 7R IV) en pasos predefinidos entre 0,1 a 1 cm. Las imágenes se toman utilizando el sistema de enfoque automático de la cámara para garantizar imágenes individuales enfocadas. La resolución de la cámara permite una resolución real de cada imagen de 6500 ppp probada con un objetivo de resolución SilverFast (USAF 1951). Esto puede sonar un poco bajo en comparación con la resolución oficial de un escáner plano con una resolución especificada de 4800 ppp. Sin embargo, al analizar imágenes del mismo objetivo tomadas con un escáner Epson XL con una resolución de 4800 ppp, las imágenes resultantes mostraron una resolución real de solo 1825 ppp (Figura 6). La alta resolución de las imágenes permite una visión clara de las células individuales y, para ello, una definición clara de los límites de los anillos capturados en las imágenes (Figura 7). Si la superficie de los núcleos o de los discos utilizados está bien preparada, no es necesario volver a la muestra original para comprobar de nuevo la estructura. Después de unir las imágenes individuales, las imágenes principales resultantes se pueden analizar utilizando el software de análisis preferido.
El sistema de captura de imágenes también permite tomar imágenes de micro secciones de hasta una longitud de 40 cm utilizando luz transmitida. Esta característica es de interés para, por ejemplo, aplicaciones dendrogeomórficas para identificar el inicio de la madera de reacción u otras características específicas en microsecciones de núcleos de árboles enteros (Figura 8).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig01v2.jpg"> Figura 1: Imágenes de escaneo de Larix decidua Mill. Anillos de árboles escaneados a diferentes resoluciones utilizando un escáner plano. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig01large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig02v2.jpg"> Figura 2: Vista esquemática del soporte GSC. (A) La abertura en ambos extremos del soporte permite conectar dos soportes con un pequeño poste para fijar núcleos más largos. Las flechas verdes indican la dirección de la presión cuando el soporte está fijado en el micrótomo central. Izquierda: Las flechas blancas indican las aberturas que permiten la circulación de aire o líquido (para incrustar). Derecha: El soporte GSC con un núcleo presionado. (B) La dirección de la fibra del núcleo debe estar en posición vertical. (C) La línea blanca indica la superficie de corte del núcleo. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig02large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig03.jpg"> Figura 3: Caja de transporte para almacenar y transportar el soporte GSC con los núcleos en el campo. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig03large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig04v2.jpg"> Figura 4: Marcos de almacenamiento para colocar los soportes GSC para el almacenamiento final en un archivo. Los marcos se pueden apilar para ahorrar espacio. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig04large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig05.jpg"> Figura 5: El sistema de captura de imágenes desarrollado en WSL. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig05large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig06.jpg"> Figura 6: Comparación de la resolución de imagen entre un escáner plano y el sistema de captura de imágenes. (A) Objetivo de resolución SilverFast (USAF 1951). (B) Imagen escaneada con un escáner plano con una resolución especificada de 4800 ppp (interpolada) y las respectivas ampliaciones de sección a continuación. (C) Imagen tomada con el sistema de captura de imágenes y las respectivas ampliaciones de sección a continuación. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig06large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig07.jpg"> Figura 7: Imagen compuesta de un molino Larix decidua . núcleo de incremento (imagen superior) y las respectivas ampliaciones de sección a continuación. Se tomaron imágenes individuales de la composición con el sistema de captura de imágenes. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig07large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67098/67098fig08.jpg"> Figura 8: Imagen compuesta de una micro sección de un núcleo de incremento completo (Larix decidua Mill.) y la respectiva ampliación de la sección. Las imágenes individuales del compuesto fueron tomadas por el sistema de captura de imágenes (luz transmitida). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67098/67098fig08large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>

Un nuevo flujo de trabajo para el muestreo y la digitalización de núcleos de incremento 

Here we present a new workflow from taking increment cores in the field, storing and transporting them to the lab, to digitizing their tree rings for ...

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Aquí presentamos un protocolo que describe cómo muestrear especímenes de madera para la evaluación general de sus estructuras de crecimiento. Se describen las técnicas de preparación y visualización macro y microscópica necesarias para generar conjuntos de datos anatómicos y dendroecológicos de madera bien replicados y altamente resueltos.

Una Perspectiva Técnica en Modern Árbol-anillo de Investigación - Cómo superar dendroecológica y madera anatómicas Desafíos

Se presenta un método de extrusión utilizando una varilla roscada calibrado, lo que permite submuestreo escala mm de núcleos de sedimentos acuáticos. toma de muestras a escala milimétrica es necesaria para caracterizar completamente la estratigrafía reciente evento en los registros de sedimentos.

Método de extrusión de sedimentos Core con una resolución milimétrica Utilizando una varilla roscada-calibrado

Este estudio presenta un método de excavación para la investigación hidrológica subterránea, geoquímica, y la heterogeneidad microbiológica de un lisímetro suelo. El lisímetro simula una ladera artificial que era inicialmente bajo condición homogénea y se había sometido a aproximadamente 5000 mm de agua durante ocho ciclos de riego en un período de 18 meses.

Lisímetro suelo de excavación para acoplados hidrológicos, geoquímicos, e investigaciones microbiológicas

Empleamos un protocolo geológico (coring) de muestreo para adquirir muestras óseas corticales de tamaño uniforme para experimentos SRμCT desde el aspecto anterior de la femora humana. Este método es mínimamente destructivo, eficiente, resulta en muestras cilíndricas que minimizan los artefactos de imagen de formas de muestra irregulares y mejora la visualización y análisis microarquiitectural.

Una guía de sección, corte y procesamiento de imágenes para adquisición y análisis de muestras óseas corticales de alto rendimiento para Micro-TC sincrotrón

Aquí, presentamos un protocolo sobre cómo evitar micro grietas en núcleos de incremento mediante la aplicación de un taladro inalámbrico con un multiplicador de par para minimizar los problemas al extraer árboles, así como su efecto en la preparación de micro secciones largas. Este protocolo también incluye un procedimiento para afilar los descorchadores en el campo.

Flujo de trabajo avanzado para tomar núcleos incrementales de alta calidad: nuevas técnicas y dispositivos

Aquí mostramos cómo procesar núcleos de árboles con una cadena de herramientas de tomografía computarizada de rayos X. A excepción de la extracción química para algunos fines, no se necesita ningún tratamiento físico de laboratorio adicional. La cadena de herramientas se puede utilizar para estimaciones de biomasa, para obtener datos MXD/ancho de anillo de árbol, así como para obtener datos cuantitativos de anatomía de la madera.

Análisis del núcleo del árbol con tomografía computarizada de rayos X

Este protocolo cubre una metodología de estudio de imágenes de área grande de cuatro pasos utilizada para extraer métricas de complejidad estructural, composición de la comunidad y demografía de la población para las comunidades de arrecifes de coral. La calidad de las imágenes recopiladas y el acceso integrado a las imágenes de origen se priorizan en cada paso del protocolo.

Medición de la estructura, composición y cambio de entornos subacuáticos con imágenes de gran área

Hemos desarrollado una metodología para la realización de cruces en Setaria viridis (S. viridis). El método consiste en la poda de la panícula antes de un tratamiento de agua caliente para matar el polen viable. Cruces se realizan siguiendo un régimen de crecimiento bien controlada y típicamente dan lugar a la recuperación de 1 a 7 cruz de polinización semillas / s por panícula.

Los métodos para realizar cruces en<em&gt; Setaria viridis</em&gt;, Un nuevo sistema de modelo para las gramíneas

Nematodos entomopatógenos son gusanos redondos habitan en el suelo que parasitan una amplia gama de insectos. Demostramos métodos de muestreo utilizados para el aislamiento de estos nematodos del suelo mediante dos técnicas: la de cebado de insectos y la trampa de Blanco modificada, para la recuperación de nematodos de muestras de suelo y cadáveres de insecto infectadas, respectivamente.

Muestreo de suelos y aislamiento de nematodos entomopatógenos (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

Este protocolo es para la extracción y concentración de proteínas y ADN de la biomasa microbiana recogida del agua de mar, seguida de la generación de péptidos trípticos adecuados para el análisis proteómico basado en espectrometría de masas en tándem.

Un Aquatic Microbial metaproteomics Flujo de trabajo: a partir de células a tríptico péptidos adecuados para el análisis basado en la espectrometría de masas en tándem

Aprende un flujo de trabajo computacional para el muestreo y digitalización de núcleos de incremento usando soportes impresos en 3D y el sistema Skippy. Este método optimiza la investigación dendrocronológica en campo y laboratorio.

Un nuevo flujo de trabajo para el muestreo y la digitalización de núcleos de incremento

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