Name: Aislamiento de microorganismos del suelo mediante la tecnología iChip (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T13:20:00.000+00:00
Duration: 5 min 33 s
Description: Aprenda a aislar microorganismos del suelo mediante la tecnología iChip para descubrir nuevas especies con potencial como biopesticidas. Este método permite cultivar microbios previamente incultivables y desarrollar alternativas sostenibles a los fungicidas sintéticos.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Avance del método iChip para el cultivo de nuevos microorganismos

<ol><li>Newman, D. J., Cragg, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+as+sources+of+new+drugs+over+the+nearly+four+decades+from+01%2F1981+to+09%2F2019%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Prod%22%5BJournal%5D)">Natural products as sources of new drugs over the nearly four decades from 01/1981 to 09/2019.</a> J Nat Prod. 83 (3), 770-803 (2020).</li>
<li>Fouillaud, M., Dufosse, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+secondary+metabolism+and+biotechnology%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Microbial secondary metabolism and biotechnology.</a> Microorganisms. 10 (1), 123(2022).</li>
<li>Rizzetto, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+daptomycin+in+cutaneous+wound+healing%3A+A+narrative+review%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Role of daptomycin in cutaneous wound healing: A narrative review.</a> Antibiotics. 11 (7), 944(2022).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Gunjal, V., Thakare, R., Chopra, S., Reddy, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%3A+A+paving+stone+toward+a+new+class+of+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Teixobactin: A paving stone toward a new class of antibiotics.</a> J Med Chem. 63, 12171-12195 (2020).</li>
<li>Atanasov, A. G., Zotchev, S. B., Dirsch, V. M., Supuran, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+in+drug+discovery%3A+Advances+and+opportunities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Natural products in drug discovery: Advances and opportunities.</a> Nat Rev Drug Discov. 20 (3), 200-216 (2021).</li>
<li>Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phenomenon+of+microbial+uncultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The phenomenon of microbial uncultivability.</a> Curr Opin Microbiol. 16 (5), 636-642 (2013).</li>
<li>Wright, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+irresistible+newcomer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An irresistible newcomer.</a> Nature. 517, 422-444 (2015).</li>
<li>Berdy, B., Spoering, A., Ling, L., Epstein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+cultivation+of+previously+uncultivable+microorganisms+using+the+ichip%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">In situ cultivation of previously uncultivable microorganisms using the ichip.</a> Nat Protoc. 12 (10), 2232-2242 (2017).</li>
<li>Jung, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triggering+growth+via+growth+initiation+factors+in+nature%3A+A+putative+mechanism+for+in+situ+cultivation+of+previously+uncultivated+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Triggering growth via growth initiation factors in nature: A putative mechanism for in situ cultivation of previously uncultivated microorganisms.</a> Front Microbiol. 12, 537194(2021).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+ichip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of ichip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Megaw, J., Kelly, S. A., Thompson, T. P., Skvortsov, T., Gilmore, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+the+microbial+community+of+a+triassic+halite+deposit+in+Northern+Ireland%3A+An+environment+with+significant+potential+for+biodiscovery%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Profiling the microbial community of a triassic halite deposit in Northern Ireland: An environment with significant potential for biodiscovery.</a> FEMS Microbiol Lett. 366 (22), fnz242(2019).</li>
<li>Vitorino, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+and+conventional+isolation+techniques+to+obtain+planctomycetes+from+marine+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Novel and conventional isolation techniques to obtain planctomycetes from marine environments.</a> Microorganisms. 9 (10), 2078(2021).</li>
<li>Moote, P., Polo, R. O., Uwiera, R. R. E., Inglis, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+strategies+for+isolation+anaerobic+bacteria+from+the+porcine+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of strategies for isolation anaerobic bacteria from the porcine intestine.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (9), e00088-e00121 (2021).</li>
<li>Vitorino, I. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhodopirellula+aestuarii+sp.+Nov.%2C+a+novel+member+of+the+genus+rhodopirellula+isolated+from+brackish+sediments+collected+in+the+tagus+river+estuary%2C+Portugal%5BTitle%5D)+AND+%22Syst+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rhodopirellula aestuarii sp. Nov., a novel member of the genus rhodopirellula isolated from brackish sediments collected in the tagus river estuary, Portugal.</a> Syst Appl Microbiol. 45 (6), 126360(2022).</li>
<li>Ding, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hanstruepera+marina+sp.+Nov.+and+Hanstruepera+flava+sp.+Nov.%2C+two+novel+species+in+the+family+flavobacteriaceae+isolated+by+a+modified+in+situ+cultivation+technique+from+marine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Hanstruepera marina sp. Nov. and Hanstruepera flava sp. Nov., two novel species in the family flavobacteriaceae isolated by a modified in situ cultivation technique from marine sediment.</a> Front Microbiol. 13, 957397(2022).</li>
<li>Ling, L. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+antibiotic+kills+pathogens+without+detectable+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A new antibiotic kills pathogens without detectable resistance.</a> Nature. 517 (7535), 455-459 (2015).</li>
<li>Qi, Y. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery%2C+synthesis%2C+and+optimization+of+teixobactin%2C+a+novel+antibiotic+without+detectable+bacterial+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pept+Sci%22%5BJournal%5D)">Discovery, synthesis, and optimization of teixobactin, a novel antibiotic without detectable bacterial resistance.</a> J Pept Sci. 28 (11), e3428(2022).</li>
<li>Piddock, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+of+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J of Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Gong, L., Wong, C. H., Idol, J., Ngan, C. Y., Wei, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-long+read+sequencing+for+whole+genomic+DNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Ultra-long read sequencing for whole genomic DNA analysis.</a> J Vis Exp. (145), e58954(2019).</li>
<li>Covington, B. C., Xu, F., Seyedsayamdost, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+natural+product+chemist%27s+guide+to+unlocking+silent+biosynthetic+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">A natural product chemist's guide to unlocking silent biosynthetic gene clusters.</a> Annu Rev Biochem. 90, 763-788 (2021).</li>
<li>Lee, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mini+review%3A+Genome+mining+approaches+for+the+identification+of+secondary+metabolite+biosynthetic+gene+clusters+in+Streptomyces%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Mini review: Genome mining approaches for the identification of secondary metabolite biosynthetic gene clusters in Streptomyces.</a> Comput Mol Biol. 18, 1548-1556 (2020).</li>
<li>Kaeverlein, T., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolating+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microorganisms+in+pure+culture+in+a+simulated+natural+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Isolating &#34;uncultivable&#34; microorganisms in pure culture in a simulated natural environment.</a> Science. 296 (5570), 1127-1129 (2002).</li>
<li>Trcek, J., Mira, N. P., Jarboe, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptation+and+tolerance+of+bacteria+against+acetic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Adaptation and tolerance of bacteria against acetic acid.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 99 (15), 6215-6229 (2015).</li>
<li>Kurm, V., Van Der Putten, W. H., Hol, W. H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation-success+of+rare+soil+bacteria+is+not+influenced+by+incubation+time+and+growth+medium%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+One%22%5BJournal%5D)">Cultivation-success of rare soil bacteria is not influenced by incubation time and growth medium.</a> PLOS One. 14 (1), e0210073(2019).</li>
<li>Buerger, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+scout+hypothesis+and+microbial+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial scout hypothesis and microbial discovery.</a> Appl Environ Microbiol. 78 (9), 3229-3233 (2012).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Combining+isolation+chip+%28ichip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Combining isolation chip (ichip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.1-20 y micro; Puntas de pipeta L</td><td>VWR</td><td>76322-158</td><td>Paquete de 768</td></tr><tr><td>tubos de PCR de 0,2 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0337</td><td>Caja de 1000</td></tr><tr><td>pipetas monocanal de 0,5-5 mL</td><td>VWR CA11020-004</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Frasco de vidrio de 1 L</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS13951L</td><td>Debe ser esterilizable en autoclave.</td></tr><tr><td>Placas de Petri de 100 x 15 mm</td><td>VWR</td><td>25384-342</td><td>Caja de 500</td></tr><tr><td>Sellador 100% de silicona</td><td>Marineland</td><td>31003</td><td></td></tr><tr><td>1000 &micro; L puntas de pipeta multicanal</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>9401113</td><td>Estuche de 960</td></tr><tr><td>100-1000 &micro; Puntas de pipeta L</td><td>VWR</td><td>76322-164</td><td>Paquete de 768</td></tr><tr><td>100-1000 y micro; L pipeta monocanal</td><td>VWR</td><td>76169-240</td><td></td></tr><tr><td>100-1200 &micro; L pipeta multicanal</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>46300800</td><td>Debe tener 360 &micro; L capacidad de volumen.&nbsp;</td></tr><tr><td>1-10 y micro; L pipeta monocanal</td><td>VWR</td><td>76169-232</td><td></td></tr><tr><td>Puntas de pipeta de 1-5 ml</td><td>VWR</td><td>CA11020-008</td><td>Paquete de 500</td></tr><tr><td>tubos de centrífuga estériles de 15 ml</td><td>VWR</td><td>CA21008-918</td><td>Caja de 500</td></tr><tr><td>cebadores rRNA-F de 16s (AGAGTTTGATCCTGGCTCAG) &ndash; 10mM</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>51-01-19-06</td><td>10 &micro; g</td></tr><tr><td>16s cebador rRNA-R (ACGGCTACCTTGTTACGACTT) &ndash; 10mM</td><td>Tecnologías de ADN integradas</td><td>51-01-19-07</td><td>10 y micro; g</td></tr><tr><td>Perforadora de corcho de 4 mm</td><td>VWR</td><td>470121-860</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de centrífuga estériles de 50 mL</td><td>VWR</td><td>CA21008-940</td><td>Caja de 500</td></tr><tr><td>etanol al 95%</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A412-500</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Placa de 96 pocillos</td><td>VWR</td><td>10062-900</td><td>Caja de 100</td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>Cole-Parmer</td><td>UZ-01850-34</td><td>8 L, 115 VAC</td></tr><tr><td>Agar bacteriológico</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>443570010</td><td>1 kg</td></tr><tr><td>contenedor</td><td>Thomas Scientific</td><td>1216H91</td><td>5 contenedores por paquete</td></tr><tr><td>Ácidos Casamino</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>223120</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Digestión de caseína</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>211610</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Agarosa de grado electrofluorado</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>J66501.30</td><td>250 g</td></tr><tr><td>Sistema de imagen iBright FL1500</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A44115</td><td></td></tr><tr><td>Campana de flujo laminar</td><td>CleanTech</td><td>1000-6-A</td><td></td></tr><tr><td>Minion Nanopore Sequencer&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>MinIon Mk1C</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop One/One Microvolumen Espectrofotómetro UV-Vis</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND-ONE-W</td><td></td></tr><tr><td>Nucleasa</td><td>Free Water Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9937</td><td>10 x 50 mL</td></tr><tr><td>Nucleobond HMW DNA kit</td><td>Takara</td><td>740160.2</td><td></td></tr><tr><td>Toalla de papel</td><td>VWR</td><td>89402-824</td><td></td></tr><tr><td>Phusion Green Hot Start II PCR de alta fidelidad Master Mix</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>F566L</td><td>500 Reacciones</td></tr><tr><td>Almidón de patata</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>419690025</td><td>2,5 kg</td></tr><tr><td>QIAGEN CLC Genomics Workbench Software o similar</td><td>Qiagen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rapid Barcoding 24 Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-RBK114.24</td><td></td></tr><tr><td>Termociclador SimpliAmp</td><td>Applied Biosystems</td><td>A24811</td><td></td></tr><tr><td>Asas de inoculación estériles con aguja</td><td>VVWR</td><td>76534-512</td><td>Caja de 1000</td></tr><tr><td>Cuchilla quirúrgica estéril</td><td>VWR</td><td>76457-444</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Safe, o similar&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>S33101</td><td></td></tr><tr><td>Agarosa ultrapura&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>16500-500</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>VWR</td><td>76549-928</td><td>Debe alojar tubos de centrífuga de 15 y 50 ml</td></tr><tr><td>Microscopio trinocular con zoom estéreo</td><td>VWR VWR</td><td>89404-476</td><td></td></tr><tr><td>Whatman&nbsp; Nucleporo&nbsp; Membranas grabadas</td><td>Millipore Sigma</td><td>WHA113502</td><td>L x W 8&nbsp; en. x 10&nbsp; pulg., tamaño de poro 0.03&nbsp; &mu; m</td></tr></tbody></table>

aislamiento de microorganismos del suelo mediante la tecnología ichip

Isolation of Soil Microorganisms Using iChip Technology

En la Figura 1 se muestra una descripción general visual del protocolo. Un experimento exitoso de iChip modificado da como resultado al menos una placa que contiene crecimiento en menos del 25% de los pocillos, sin que se produzca ningún crecimiento en los pozos de control. Este número de pozos con crecimiento generalmente asegura que las colonias individuales estén aisladas en los pozos. Además, el número de colonias, o el número de pozos que contienen colonias, debe disminuir diez veces con cada placa subsiguiente preparada a partir de la serie de diluciones. Los resultados representativos se muestran en la Figura 2. donde las placas 7 y 8 son iChips exitosos ya que contienen crecimiento en menos del 25% de los pocillos, y el porcentaje de pocillos que contienen colonias disminuye con cada placa, como se muestra en la Tabla 1. Si todas las placas de un ensayo contienen más de una colonia por pocillo o no hay colonias en ningún pocillo, eso constituye un resultado negativo.
<img alt="Flujo de trabajo de aislamiento microbiano; placas recubiertas de silicona, tubos de centrífuga, pipeteo, cultivo." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> 
Figura 1: Resumen esquemático del uso de un iChip modificado para cultivar microbios del suelo. (A,B) Construcción de la placa (Paso 2). (C) Preparación del inóculo (Paso 3). (D,E) Configuración del iChip (Paso 4). (f) Incubación del iChip (Paso 5). (G-I) Transferencia de los aislados a medios convencionales (Paso 6). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig01large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ichip</td>
			<td>Concentración de suelo en suspensión de agar</td>
			<td>Pozos con colonias</td>
			<td>Unidades formadoras de colonias</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E</td>
			<td>5,0 x 10-6 g/ml</td>
			<td>Todo</td>
			<td>Demasiados para contarlos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>F</td>
			<td>5,0 x 10-7 g/ml</td>
			<td>Todo</td>
			<td>Demasiados para contarlos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>G</td>
			<td>5,0 x 10-8 g/ml</td>
			<td>22</td>
			<td>22</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H</td>
			<td>5,0 x 10-9 g/ml</td>
			<td>6</td>
			<td>6</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabla 1: Datos representativos de un experimento exitoso de iChip donde el número de pocillos que contienen colonias disminuye con cada dilución en serie.
<img alt="Diagramas de ensayo en microplacas; Diseño experimental para análisis bioquímico utilizando placas multipocillos." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> 
Figura 2: Resultados ejemplares de dos iChips modificados exitosos. Los iChips procedían del mismo experimento en el que (A) la placa preparada a partir de la mezcla de célula y agar G contiene 22 colonias, y (B) la placa preparada a partir de la mezcla de célula y agar H contiene seis colonias, lo que es coherente con la diferencia de dilución de 10 veces entre las mezclas. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig02large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
Se pueden visualizar las colonias a simple vista o al microscopio, como se muestra en la Figura 3A-G. Las colonias pueden estar creciendo en la superficie del agar, como se ve en la Figura 3B o incrustadas en el agar, como la colonia en la Figura 3F. Puede haber casos en los que haya dos colonias en el mismo pozo en un iChip modificado con éxito, como en la Figura 3G. En algunos casos, las colonias están lo suficientemente separadas como para que puedan ser perforadas con una aguja por separado y subcultivadas; sin embargo, es poco probable que los de la Figura 3G puedan cultivarse fácilmente como microorganismos axénicos. En la Figura 4 se muestran ejemplos de colonias transferidas desde el iChip a medios SMS convencionales.
<img alt="experimento de placa de Petri que analiza el crecimiento bacteriano en cultivo; imagen de microscopio destacando colonias." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig03.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> 
Figura 3: Vista microscópica representativa de las colonias que crecen en un iChip después de 6 semanas de incubación. (A-F) Se observan colonias individuales, a partir de las cuales se deben subcultivar, y en (G) se observan dos colonias en las proximidades, que son difíciles de obtener como cultivos axénicos. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig03large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Crecimiento de colonias bacterianas en placa de agar, experimento de microbiología, análisis de placa de Petri." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig04.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> 
Figura 4: Resultado representativo de una bacteria aislada del iChip modificado una vez que crece en una placa de agar SMS. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig04large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
La capacidad de aislar colonias del iChip modificado en placas de agar convencionales también determina el éxito del experimento. No todas las colonias que crecen en el iChip modificado sobrevivirán a la transferencia a placas convencionales. En un iChip, las colonias están expuestas a factores de crecimiento y nutrientes del suelo, lo que aumenta su cultivabilidad. Para algunos microorganismos, un período de domesticación no es suficiente para hacerlos cultivables en condiciones convencionales. La tasa de recuperación de las colonias de un iChip a las placas variará de un experimento a otro, pero algunas deben crecer en placas, ya que este método también cultivará microorganismos fácilmente cultivables. Por ejemplo, los iChips modificados de la Figura 2 contenían 28 colonias en total, y el número de colonias que crecieron en placas de agar después del subcultivo fue de 16, mientras que 12 no sobrevivieron a la transferencia. Los aislados se pueden identificar y utilizar para estudios posteriores una vez cultivados en placas de agar de tamaño completo, como se muestra en la Figura 4.
Un experimento exitoso de iChip modificado debería resultar en el aislamiento de microorganismos que difieren de los microorganismos conocidos a nivel de especie. El grado de similitud de cada aislado con los microorganismos conocidos se encuentra comparando el ADN aislado con los genomas de los microorganismos conocidos. Las puntuaciones tetra Z de los microorganismos relacionados más cercanos a cada aislado describen el porcentaje de similitud. La Figura 5 muestra que de las doce bacterias aisladas, cuatro eran especies nuevas o superiores, dos eran probablemente cepas nuevas y seis eran microorganismos conocidos. La recuperación de varias especies o cepas nuevas es consistente con los experimentos de iChip publicados anteriormente, lo que indica que esta construcción modificada de iChip no impide el aumento en la recuperación de nuevas especies11.
<img alt="Gráfico circular de análisis de novedades taxonómicas; 6 especies conocidas, 2 posibles, 4 nuevas de aislados de ichip." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig05.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 5"> 
Figura 5: Nivel de clasificación taxonómica de los aislados recuperados de un experimento con iChip. El porcentaje de similitud se determinó con base en las puntuaciones tetra Z, que describen la similitud de los aislados con bacterias conocidas, donde la similitud del &gt;99,9% indica una coincidencia de especies, la similitud del 98,9%-99,9% indica una posible nueva especie y la similitud del &lt;98,9% indica una nueva especie o superior. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig05large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>

Aislamiento de microorganismos del suelo mediante la tecnología iChip

The iChip isolation technique uses an in-situ isolation device that increases the cultivability of previously unculturable microorganisms. Microorganisms ...

isolation-of-soil-microorganisms-using-ichip-technology

Research

Investigación

JoVE Journal

Biochemistry

Bioquímica

Isotachophoresis (ITP) es una separación sólida electrocinético y técnica de preconcentración con aplicaciones que van desde la detección de la toxina a la preparación de la muestra. Se revisan los principios físicos de la PTI y la metodología de aplicación de esta técnica a dos ejemplos de aplicaciones específicas: la separación y detección de moléculas pequeñas y purificación de ácidos nucleicos a partir de lisado de cultivo celular.

El chip Isotachophoresis para separación de iones y purificación de ácidos nucleicos

Las películas de plástico con la etiqueta "biodegradable" están disponibles comercialmente para uso agrícola como coberturas. Labranza representa un método de tratamiento atractiva, pero la degradación en condiciones de campo es poco conocida. El propósito de este estudio fue desarrollar métodos para el aislamiento de hongos del suelo nativo y las bacterias que colonizan las películas de mantillo de plástico después del entierro de campo.

El aislamiento de los microorganismos del suelo nativo con potencial para romper biodegradables Mantillo películas de plástico utilizados en la agricultura

Las bacterias producen compuestos secretados que tienen el potencial de afectar a la fisiología de sus vecinos microbianos. Aquí se describe una pantalla de co-cultivo que permite la detección de este tipo de interespecies mediadas químicamente interacciones mediante la mezcla de los microbios del suelo con cepas reportero transcripcional fluorescentes de Bacillus subtilis en medios sólidos.

Usando Coculture detectar químicamente mediadas por interacciones interespecíficas

Las colonias de hongos entomopatógenos se aíslan de muestras de suelo tropical utilizando cebo Tenebrio , cebo Galleria , así como medio artificial selectivo, es decir, agar de dextrosa de papa enriquecido con extracto de levadura suplementado con cloranfenicol, tiabendazol y cicloheximida (medio CTC).

Comparación de métodos para aislar hongos entomopatógenos de muestras de suelo

Este protocolo es un método eficaz y rápido de cultivo de levaduras y el moho Aspergillus fumigatus a partir de grandes conjuntos de muestras de suelo en tan solo 7 días. Los métodos se pueden modificar fácilmente para acomodar una variedad de medios de incubación y temperaturas según sea necesario para los experimentos.

Aislamiento de levaduras y mohos cultivables de los suelos para investigar la estructura de la población de hongos

Aquí, presentamos un protocolo para el cribado de la biodiversidad del suelo para buscar cepas de hongos involucradas en la degradación de materiales recalcitrantes. En primer lugar, se aíslan cepas fúngicas capaces de crecer con ácidos húmicos o lignocelulosa. Su actividad se prueba tanto en ensayos enzimáticos como en contaminantes como hidrocarburos y plásticos.

Aislamiento y cribado de la biodiversidad del suelo para hongos involucrados en la degradación de materiales recalcitrantes

Este protocolo describe el diseño y uso de un chip de aislamiento (iChip) para el cultivo in situ de microbios recalcitrantes del suelo en su entorno natural. También describe el cultivo in situ de bacterias del suelo productoras de antimicrobianos. El protocolo se puede adaptar para recuperar bacterias de diversos nichos con otras propiedades deseables.

In situ Aislamiento y cultivo de bacterias recalcitrantes del suelo mediante un chip de aislamiento (iChip)

Este manuscrito describe un enfoque para aislar RNPs afines seleccionados formados en células eucariotas a través de un enriquecimiento específico dirigido a oligonucleótidos. Demostramos la aplicabilidad de este enfoque mediante el aislamiento de un RNP afín unido a la región no traducida retroviral 5' que está compuesta por DHX9/ARN helicasa A.

El aislamiento de los complejos de ARN-proteína afín a partir de células usando elución dirigida por oligonucleótidos

Como las mitocondrias son sólo un pequeño porcentaje de la célula de la planta, tienen que ser purificado para una gama de estudios. Las mitocondrias pueden ser aisladas de una variedad de órganos de la planta de homogeneización, seguido de centrifugación gradiente diferencial y densidad para obtener una fracción altamente purificada mitocondrial.

Aislamiento y medidas respiratoria de las mitocondrias de Arabidopsis thaliana

Aquí, presentamos un protocolo para obtener datos smFRET tricolor y su análisis con un conjunto 3D modelo de Markov ocultos. Con este enfoque, los científicos pueden extraer información cinética de sistemas complejos de la proteína, incluyendo cooperatividad o interacción correlacionadas.

Uso del traste de una sola molécula a estudiar la correlación de las interacciones proteína

Aprenda a aislar microorganismos del suelo mediante la tecnología iChip para descubrir nuevas especies con potencial como biopesticidas. Este método permite cultivar microbios previamente incultivables y desarrollar alternativas sostenibles a los fungicidas sintéticos.

Aislamiento de microorganismos del suelo mediante la tecnología iChip

Explorar más videos