Name: Relación cuantitativa estructura-actividad, predicción de actividad y dinámica molecular de inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleótidos (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-09T12:40:00.000+00:00
Duration: 10 min 29 s
Description: Aprende diseño de fármacos asistido por computadora para identificar inhibidores no nucleósidos de la transcriptasa inversa del VIH mediante dinámica molecular y aprendizaje automático. Este método acelera el descubrimiento de nuevos tratamientos antirretrovirales.

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<table><tbody><tr><td>GaussView</td><td>GaussView</td><td></td><td>V6.1.1</td></tr><tr><td>KNIME&nbsp;</td><td>KNIME</td><td></td><td>V4.7.1</td></tr><tr><td>Schrödinger Maestro V13.6</td><td>SCHRODINGER INC.</td><td></td><td>Año de lanzamiento de la licencia 2023-2</td></tr></tbody></table>

relación cuantitativa estructura-actividad, predicción de actividad y dinámica molecular de inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleótidos

Quantitative Structure-Activity Relationship, Activity Prediction, and Molecular Dynamics of Non-nucleotide Reverse Transcriptase Inhibitors

Relación cuantitativa estructura-actividad, predicción de actividad y dinámica molecular de inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleótidos

The increasing incidence of HIV-1 drug resistance presents a challenge to the effectiveness of combination antiretroviral therapy, particularly in ...

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Research

Investigación

JoVE Journal

Chemistry

Química

Source: Scarborough, R. J., et al. Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates a reverse transcriptase (RT) assay to assess the effect of a test RNA on virus-like particle (VLP) production. Cells are co-transfected with plasmids, and RT activity is measured as a quantitative indicator of VLP output. A decrease in RT activity reflects suppression of viral gene expression by the test RNA.

Reverse Transcriptase Activity as a Marker for Virus-Like Particle Production

De alto rendimiento selectiva 2 'acilación hidroxilo analizados por extensión del cebador (FORMA) utiliza un software de predicción de estructura secundaria de producto químico nuevo sondeo de la tecnología, la transcripción inversa, electroforesis capilar y para determinar las estructuras de ARN de varios cientos a varios miles de nucleótidos en una sola resolución de nucleótidos.

ARN de predicción de estructura secundaria Utilizando SHAPE de alto rendimiento

Tres ensayos, incluyendo el efecto citopático (CPE) a base de ensayo, ensayo de dosis-respuesta y (TOA) ensayo de tiempo-de-Adición se han desarrollado, optimizado, validado y utilizado para identificar nuevos antivirales contra el virus de la lengua azul (BTV), así como para determinar el posible mecanismo de acción-de-(Ministerio de Agricultura) de antivirales recientemente identificados.

Los ensayos para la identificación de nuevos antivirales contra la fiebre catarral ovina Virus

En ensayos in vitro para medir la replicación del virus se han mejorado en gran medida por el desarrollo de virus de ARN recombinantes que expresan luciferasa u otras enzimas capaces de bioluminiscencia. A continuación te detallamos una tubería de cribado de alto rendimiento que combina dichas cepas recombinantes de virus del sarampión y chikungunya para aislar a los antivirales de amplio espectro de bibliotecas químicas.

Screening de alto rendimiento para los de amplio espectro químico Inhibidores de Virus ARN

Aquí se describe la citotoxicidad celular y ensayos de infectividad redondas individuales que permiten la detección rápida y precisa de los compuestos para determinar su citotoxicidad celular (CC 50) y los valores de IC50 contra WT y VIH-1 resistente drogas.

Detección rápida de la transcriptasa inversa del VIH y inhibidores de la integrasa

Este protocolo describe NAME, un ensayo que permite la identificación rápida de moléculas capaces de inhibir in vitro las actividades chaperonas de la proteína nucleocápside del VIH-1.

El recocido mediada nucleocápside electroforesis (NOMBRE) ensayo permite la identificación rápida del VIH-1 inhibidores de la nucleocápside

Aquí presentamos un enfoque de secuenciación profunda que proporciona una determinación imparcial de naciente 3'-termini, así como perfiles mutacionales de moléculas de ADN monocatenario. La principal aplicación es la caracterización de los nacientes DNAs complementarios retrovirales (cADN), los intermedios generados durante el proceso de transcripción inversa retroviral.

Determinante 3'-Termini y secuencias de las moléculas de ADN Viral naciente en HIV-1 Reverse transcripción en células infectadas

El objetivo del protocolo es ilustrar los diferentes ensayos relacionados con la entrada viral que se pueden utilizar para identificar los inhibidores de entrada viralcandidatos.

Uso de ensayos de entrada viral y análisis de acoplamiento molecular para la identificación de candidatos antivirales contra el coxsackievirus A16

Se han desarrollado ensayos de actividad basados en RMN para identificar y caracterizar los inhibidores de dos enzimas ribohidrolasas nucleósidos. Se proporcionan protocolos para ensayos compuestos iniciales a 500 m y 250 m, ensayos de dosis-respuesta para determinar los valores de IC50, ensayos de pantalla de contador de detergente, ensayos de pantalla de contador de dilución de salto y ensayos en células enteras de E. coli.

Ensayos de actividad basados en RMN para determinar la inhibición compuesta, valores IC50, actividad artifefectiva y actividad de células enteras de ribohidrolasas de nucleósidos

En este trabajo, describimos los protocolos utilizados en los ensayos basados en replicon y en enzimas virales para detectar inhibidores de la replicación del virus del Zika en un formato de detección de alto rendimiento.

Ensayos antivirales de alto rendimiento para detectar inhibidores de la replicación del virus del Zika

El protocolo proporciona instrucciones para modificar el ARN con sulfato de dimetilo para experimentos de perfiles mutacionales. Incluye sondeo in vitro e in vivo con dos métodos alternativos de preparación de bibliotecas.

Sondeo de la estructura del ARN con perfil mutacional de sulfato de dimetilo con secuenciación in vitro y en células

Aprende diseño de fármacos asistido por computadora para identificar inhibidores no nucleósidos de la transcriptasa inversa del VIH mediante dinámica molecular y aprendizaje automático. Este método acelera el descubrimiento de nuevos tratamientos antirretrovirales.

Relación cuantitativa estructura-actividad, predicción de actividad y dinámica molecular de inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleótidos (Video) | JoVE Journal

Relación cuantitativa estructura-actividad, predicción de actividad y dinámica molecular de inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleótidos

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