Name: Un flujo de trabajo de metaproteómica clínica implementado dentro de la plataforma Galaxy Bioinformatics para analizar las interacciones entre el huésped y el microbioma que subyacen a las enfermedades humanas (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T14:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 52 s
Description: Aprende metaproteómica clínica usando espectrometría de masas y flujos de trabajo bioinformáticos en Galaxy. Este método permite identificar péptidos microbianos para estudiar enfermedades como fibrosis quística y COVID-19.

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<meta charset="utf8"></head><body>Metaproteómica habilitada por galaxias: información sobre la interacción entre el huésped y el microbioma

<table><tbody><tr><td>Contraer colección</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versión 5.1.1</td><td>Combina una colección de lista de conjuntos de datos en un solo archivo (en el orden de la lista)</td></tr><tr><td>Concatenar conjuntos de datos</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versión 0.1.1</td><td>Concatenar archivos de la cola a la cabeza</td></tr><tr><td>Cortar</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versión 1.0.2</td><td>Cortar (seleccionar) columnas especificadas de un archivo</td></tr><tr><td>FASTA Fusionar archivos y filtrar secuencias</td> <td>únicasGalaxyP</td><td>Galaxy Versión 1.2.0</td><td>Concatenar archivos de base de datos</td></tr><tr><td>FASTA juntos FastaCLI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 4.0.41+galaxy1</td><td>Agrega secuencias señuelo a archivos FASTA</td></tr><tr><td>FASTA-to-Tablular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 1.1.0</td><td>Convertir secuencias con formato FATA a formato delimitado por tabuladores</td></tr><tr><td>Filtrar</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versión 1.1.1</td><td>Filtrar columnas usando expresiones simples</td></tr><tr><td>Filtro tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versión 3.3.0</td><td>Filtrar un archivo tabular a través de filtros de línea</td></tr><tr><td>Servidor Galaxy Europe (UE)</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://usegalaxy.eu/</td></tr> <tr><td>Grupo</td><td>GalaxyP Galaxy</td><td>Versión 2.1.4</td><td>Agrupe un archivo por una columna en particular y realice funciones de agregación</td></tr><tr><td>Parámetros de identificación</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 4.0.41+galaxy1</td><td>Establecer parámetros de identificación para SearchGUI/PeptideShaker</td></tr><tr><td>Learning Pathway: Flujos de trabajo de metaproteómica clínica dentro de Galaxy</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://training.galaxyproject.org/training-material/learning-pathways/clinical-metaproteomics.html</td></tr><tr><td>MaxQuant</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.3.0+galaxy0 (módulo de descubrimiento); Galaxy Versión 1.6.17.0+galaxy4 (Módulo de cuantificación)</td><td>Paquete de software de proteómica cuantitativa para el análisis de grandes archivos de datos de espectrometría de masas</td></tr><tr><td>MetaNovo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 1.9.4+galaxy4</td><td>Busque datos MS/MS en una base de datos FASTA (de proteínas conocidas) para producir una base de datos específica (de proteínas emparejadas) para el análisis de espectrometría de masas</td></tr><tr><td>msconvert</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 3.0.20287.2</td><td>Convertir y/o filtrar archivos de espectrometría de masas</td></tr><tr><td>MSstatsTMT</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 2.0.0+galaxy1</td><td>Paquete basado en R para la detección de proteínas diferencialmente abundantes en experimentos proteómicos basados en espectrometría de masas de escopeta utilizando el etiquetado de etiquetas de masa en tándem (TMT)</td></tr><tr><td>PepQuery2</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 2.0.2+galaxy0</td><td>Motor de búsqueda centrado en péptidos para la identificación y/o validación de péptidos conocidos y novedosos de interés</td></tr><tr><td>Agitador de péptidos</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versión 2.0.33 + galaxy1</td><td>Interpretar los resultados de SearchGUI para la identificación de proteínas</td></tr><tr><td>Descargador de base de datos de proteínas</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versión 0.3.4</td><td>Descargar secuencias de proteínas especificadas como un archivo FASTA</td></tr><tr><td>Consultar Galaxia</td><td>GalaxyP GalaxyP GalaxyP</td><td>versión 3.3.0</td><td>Cargar archivos tabulares ena&nbsp; Base de datos SQLite</td></tr><tr><td>Eliminar el inicio</td> de <td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 1.0.0</td><td>Eliminar el número especificado de líneas (de encabezado) de un archivo</td></tr><tr><td>SearchGUI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 4.0.41+galaxy1</td><td>Ejecute motores de búsqueda en las listas de picos de MGF y prepare los resultados para la entrada a Peptide Shaker</td></tr><tr><td>Seleccione</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 1.0.4</td><td>Seleccione líneas que coincidan con una expresión</td></tr><tr><td>Unipept</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 4.5.1</td><td>Recupere entradas de UniProt e información taxonómica para péptidos trípticos</td></tr><tr><td>UniProt</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versión 2.3.0</td><td>Descargue el proteoma como un archivo XML (UniProtXML) o FASTA de UniProtKB</td></tr></tbody></table>

un flujo de trabajo de metaproteómica clínica implementado dentro de la plataforma galaxy bioinformatics para analizar las interacciones entre el huésped y el microbioma que subyacen a las enfermedades humanas

A Clinical Metaproteomics Workflow Implemented within Galaxy Bioinformatics Platform to Analyze Host-Microbiome Interactions Underlying Human Disease

El protocolo general descrito aquí se demostró en archivos MS/MS obtenidos de un subconjunto de muestras de PTF21. Do et al.21 analizaron cuatro archivos MS/MS de muestras de PTF que se recogieron siguiendo los procedimientos descritos por Boylan et al.29y Afiuni-Zadel et al.30. Este flujo de trabajo prioriza las proteínas microbianas, pero ofrece la flexibilidad para la caracterización de proteínas humanas en paralelo con las...

Un flujo de trabajo de metaproteómica clínica implementado dentro de la plataforma Galaxy Bioinformatics para analizar las interacciones entre el huésped y el microbioma que subyacen a las enfermedades humanas

Clinical metaproteomics reveals host-microbiome interactions underlying diseases. However, challenges to this approach exist. In particular, the ...

a-clinical-metaproteomics-workflow-implemented-within-galaxy

Research

Investigación

JoVE Journal

Immunology and Infection

Inmunología e Infección

Este protocolo es para la extracción y concentración de proteínas y ADN de la biomasa microbiana recogida del agua de mar, seguida de la generación de péptidos trípticos adecuados para el análisis proteómico basado en espectrometría de masas en tándem.

Un Aquatic Microbial metaproteomics Flujo de trabajo: a partir de células a tríptico péptidos adecuados para el análisis basado en la espectrometría de masas en tándem

Este protocolo describe un rendimiento único para técnicas complementarias analíticas y ómicas que culmina en una caracterización totalmente emparejado de materia orgánica natural y proteómica microbiana en diferentes ecosistemas. Este enfoque permite comparaciones robustas para la identificación de rutas metabólicas y transformaciones importantes para describir la producción de gas de efecto invernadero y predecir las respuestas al cambio ambiental.

Técnicas analíticas de alta resolución complementarias solo rendimiento para caracterizar mezclas complejas de materia orgánica Natural

OpenProt es una base de datos de libre acceso que aplica un modelo policistrónico de genomas eucariotas. Aquí, presentamos un protocolo para el uso de bases de datos de OpenProt al interrogar a conjuntos de datos de espectrometría de masas. OpenProt base de datos para el análisis de experimentos de la proteómica permite para el descubrimiento de la novela y proteínas previamente indetectables.

Análisis de proteómica basada en espectrometría de masa usando la base de datos OpenProt para develar nuevas proteínas traducción de marcos de lectura abierto no-canónico

Aquí se describe un procedimiento operativo estándar simplificado para la elaboración de perfiles de microbiomas mediante la secuenciación y el análisis metagenómicos de 16S rRNA utilizando herramientas disponibles gratuitamente. Este protocolo ayudará a los investigadores que son nuevos en el campo del microbioma, así como aquellos que requieren actualizaciones sobre los métodos para lograr el perfilado bacteriano a una resolución más alta.

Análisis de microbiota utilizando PCR de dos pasos y secuenciación genética de rRNA 16S de próxima generación

Aquí, presentamos un protocolo para perfilar la interacción entre el huésped y el patógeno durante la infección por proteómica basada en espectrometría de masas. Este protocolo utiliza la cuantificación libre de etiquetas para medir los cambios en la abundancia de proteínas tanto del huésped (por ejemplo, macrófagos) como del patógeno (por ejemplo, Cryptococcus neoformans)en un solo experimento.

Flujo de trabajo de proteómica cuantitativa sin etiquetas para interacciones host-patógenos impulsadas por el descubrimiento

El protocolo presentado aquí describe una tubería completa para analizar los datos del transcriptoma de secuenciación de ARN desde lecturas sin procesar hasta análisis funcionales, incluidos los pasos de control de calidad y preprocesamiento para enfoques analíticos estadísticos avanzados.

Análisis de transcriptoma de alto rendimiento para investigar las interacciones huésped-patógeno

Un<em&gt; In vitro</em&gt; Co-infección modelo para estudiar<em&gt; Plasmodium falciparum</em&gt;-VIH-1 en las interacciones humano primario de monocitos derivados de las células inmunitarias

Los virus o vesículas extracelulares fueron inmunocapturados con nanopartículas magnéticas de 15 nm acopladas a anticuerpos que reconocen antígenos de superficie. Los viriones o vesículas capturadas se marcaron con anticuerpos fluorescentes contra otros antígenos de superficie. Los complejos resultantes se separaron en un campo magnético alto y se analizaron con citómetros de flujo convencionales activados por fluorescencia.

Flujo Virometry para analizar antigénica Spectra de viriones y extracelular Vesículas

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La tinción intracelular y citometría de flujo para identificar subconjuntos de linfocitos dentro de murino aorta, riñón y los ganglios linfáticos en un modelo de hipertensión

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Ex Vivo Infección de la Mucosa Genital tejido linfoide humano y mujer con Virus de inmunodeficiencia humana 1 y Histoculture

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