Name: Disposición espacialmente compacta de secciones de larvas de pez cebra para análisis transcriptómico espacial (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-16T12:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 40 s
Description: Aprende a alinear y cortar larvas de Danio rerio para análisis transcriptómico espacial. Este método optimiza reactivos, reduce costos y minimiza efectos de lote en estudios de desarrollo de vejiga.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Longo, S. K., Guo, M. G., Ji, A. L., Khavari, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+and+spatial+transcriptomics+to+elucidate+intercellular+tissue+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics.</a> Nat Rev Genet. 22, 627-644 (2021).</li>
<li>Duhan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics%3A+background%2C+technologies%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges.</a> Mol Biol Rep. 51, 600(2024).</li>
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<li>Colman, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+and+targeted+sequencing+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+on+the+iSeq100+and+MiSeq%3A+A+performance%2C+ease-of-use%2C+and+cost+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Med%22%5BJournal%5D)">Whole-genome and targeted sequencing of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis on the iSeq100 and MiSeq: A performance, ease-of-use, and cost evaluation.</a> PLOS Med. 16 (4), e1002194(2019).</li>
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<li>Mohideen, M. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histology-based+screen+for+zebrafish+mutants+with+abnormal+cell+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Histology-based screen for zebrafish mutants with abnormal cell differentiation.</a> Dev Dyn. 228 (3), 414-423 (2003).</li>
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<li>Yang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decontamination+of+ambient+RNA+in+single-cell+RNA-seq+with+DecontX%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX.</a> Genome Biol. 21 (1), 57(2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Vaso de precipitados de 1 L</td><td>Pyrex</td><td>1003</td><td></td></tr><tr><td>200 proof etanol puro</td><td>Koptec</td><td>V1001</td><td></td></tr><tr><td>Ácido acético, glacial</td><td>VWR</td><td>0714</td><td>alcohol acidificado</td></tr><tr><td>Papel</td><td></td><td></td><td></td>de aluminio</tr><tr><td>Cubrecubiertas</td><td>Epredia</td><td>24X50-1.5-001G</td><td></td></tr><tr><td>Molde base desechable</td><td>Fisher HealthCare</td><td>22-363-556</td><td></td></tr><tr><td>Agua</td><td></td><td></td><td></td>destilada</tr><tr><td>Montaje DPX</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06522</td><td>Soporte para histología</td></tr><tr><td>Pellets</td><td></td><td></td><td></td>de hielo seco</tr><tr><td>Pinzas de #5SF Dumont</td><td>Fine Science Tools</td><td>11252-00</td><td></td></tr><tr><td>Eosin-Y</td><td>Epredia</td> Alcohólica <td>71204</td><td>Eosina Y 1%</td></tr><tr><td>Gill 1 Hematoxilina</td><td>Epredia</td><td>72411</td><td>hematoxilina</td></tr><tr><td>Kimwipe</td><td>Kimberly-Clark Professional</td><td>34120</td><td>toallita absorbente y sin pelusa</td></tr><tr><td>Cinta de etiquetado de laboratorio</td><td>VWR</td><td>89097-934</td><td></td></tr><tr><td>Hoja de micrótomo MX35 Ultra</td><td>Epredia</td><td>3053835</td><td></td></tr><tr><td>Microtomo Cryostat</td><td>Thermo Scientific</td><td>Microme HM 525</td><td></td></tr><tr><td>O.C.T. Compound</td><td>Fisher HealthCare</td><td>23-730-571</td><td>medio de congelación</td></tr><tr><td>Paraformaldehído</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>158127</td><td>PFA</td></tr><tr><td>marcador permanente</td><td>VWR</td><td>52877-886</td><td></td></tr><tr><td>Transportador</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SafeClear Sustituto de xileno</td><td>Fisherbrand</td><td>68551-16-6</td><td>Sustituto de xileno</td></tr><tr><td>Cuchillas de un solo filo</td><td>American Line</td><td>66-0407</td><td></td></tr><tr><td>Esteriomicroscopio</td><td>Zeiss</td><td>4350639000</td><td>Stemi 305 con LED de doble punto (4355259020) y soporte K lab (4354259010)</td></tr><tr><td>Superfrost Plus Micro Slides</td><td>VWR</td><td>48311-703</td><td></td></tr><tr><td>Pipeta</td><td></td><td></td><td></td>de transferencia</tr><tr><td>Portaobjetos Xenium V1</td><td>10X/Xenium</td><td>3000941</td><td>portaobjetos de imágenes transcriptómicas espaciales</td></tr></tbody></table>

disposición espacialmente compacta de secciones de larvas de pez cebra para análisis transcriptómico espacial

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis

En este método (Figura 1), el pez cebra se utiliza como modelo animal para sondear los patrones de expresión génica resueltos espacialmente. La criosección eficiente de larvas de pez cebra para la obtención de imágenes espaciales es un desafío. Las secciones deben ser de alta calidad para conservar la estructura del tejido y los genes detectables (Figura 4). Las secciones que contienen múltiples muestras para obtener imágenes espacialmente eficientes deben aline...

Disposición espacialmente compacta de secciones de larvas de pez cebra para análisis transcriptómico espacial

Spatial transcriptomic techniques are a sophisticated tool in biomedical research to visualize spatially registered gene expression patterns. Imaging and ...

spatially-compact-arrangement-larval-zebrafish-sections-for-spatial

Research

Investigación

JoVE Journal

Developmental Biology

Biología del Desarrollo

Todo el montaje hibridación in situ es una de las técnicas más utilizadas en la biología del desarrollo. Aquí se presenta una alta resolución de doble fluorescente en el protocolo de hibridación in situ para analizar el patrón de expresión precisa de un solo gen y para determinar la superposición de los dominios de expresión de dos genes. Se incluye un yoduro de propidio nuclear tinción de contraste para destacar la organización del tejido.

Pez cebra todo el montaje de alta resolución doble fluorescente In Situ La hibridación

Somitogenesis es un proceso de desarrollo rítmico que espacialmente los patrones de los ejes corporales de los embriones de vertebrados. Anteriormente, hemos desarrollado líneas de pez cebra transgénico que utilizan los reporteros fluorescentes para observar los genes cíclicos que impulsan este proceso. En este sentido, la cultura dispersamos las células de estas líneas y la imagen de sus oscilaciones en el tiempo en vitro.

Generación de Dispersed presomitic mesodermo Cultivos Celulares for Imaging del pez cebra Segmentación del Reloj en células individuales

Nuestro laboratorio ha desarrollado un sistema automatizado de imágenes de alto rendimiento novedoso que es útil para la detección de varios comportamientos diferentes en-7 días de edad, las larvas de pez cebra. El sistema se puede utilizar para detectar cambios sutiles en el comportamiento después de las larvas han sido expuestos a sustancias tóxicas ambientales o productos farmacéuticos.

Automatizados análisis de comportamiento de alto rendimiento en larvas de pez cebra

Se describe el uso de un sistema de video automático 3D que puede rastrear individuos y grupos de peces cebra. Como ejemplo de aplicación, exploramos los efectos del antagonista del receptor NMDA MK-801 en cardúmenes de pez cebra.

El uso de un sistema de seguimiento 3D Automatizado de Registro Individual y bajíos de adultos de pez cebra

Los procesos de desarrollo tales como la proliferación, el patrón, la diferenciación, y guía de axones se pueden modelar fácilmente en la médula espinal pez cebra. En este artículo se describe un procedimiento de montaje para los embriones de pez cebra, que optimiza la visualización de estos eventos.

La disección y de montaje lateral de embriones de pez cebra: Análisis para el Desarrollo de la médula espinal

Para analizar los perfiles de expresión de genes cardiacos durante el desarrollo del corazón del pez cebra, el ARN total tiene que ser extraído de corazones aislados. A continuación, presentamos un protocolo de recogida funcionales corazones / batiendo por disección manual de rápida a partir de embriones de pez cebra para obtener ARNm específico del corazón.

A gran escala de pez cebra embrionario del corazón Disección de Análisis transcripcional

Aquí describimos un método para reducir el tamaño de los embriones de pez cebra sin interrumpir los procesos normales de desarrollo. Esta técnica permite el estudio de la escala del patrón y la robustez del desarrollo contra el cambio de tamaño.

Reducción de tamaño quirúrgico del pez cebra para el estudio de la escala de patrón embrionario

Este protocolo describe cómo obtener imágenes combinando hibridación in situ e inmunohistoquímica de secciones embrionarias de pez cebra. La hibridación in situ se realizó antes de la criosección, seguida de tinción de anticuerpos. Es útil detectar los patrones de expresión de dos genes en el pez cebra si hay escasez de anticuerpos.

In situ Hibridación combinada con inmunohistoquímica en embriones crioseccionados de pez cebra

Aquí se presenta un protocolo para obtener imágenes in vivo de todo el cerebro de larvas de pez cebra utilizando microscopía de fluorescencia tridimensional. El procedimiento experimental incluye la preparación de muestras, la adquisición de imágenes y la visualización.

In vivo Imágenes de todo el cerebro de larvas de pez cebra usando microscopía de fluorescencia tridimensional

Aquí, describimos un método para el aislamiento intestinal de larvas de pez cebra a los 5 días después de la fertilización, para el análisis de secuenciación de ARN de una sola célula.

Aislamiento intestinal de larvas de pez cebra para la secuenciación de ARN de una sola célula

Se describe una estrategia de preparación de muestras para obtener imágenes de embriones tempranos de pez cebra dentro de un corion intacto utilizando un microscopio de lámina de luz. Analiza las diferentes orientaciones que adquieren los embriones dentro del corion en las etapas de epibolia y yema del 70% y detalla estrategias de imagen para obtener una resolución a escala celular en todo el embrión utilizando el sistema de lámina de luz.

Imágenes de microscopía de lámina de luz y estrategias de montaje para embriones tempranos de pez cebra

Aprende a alinear y cortar larvas de Danio rerio para análisis transcriptómico espacial. Este método optimiza reactivos, reduce costos y minimiza efectos de lote en estudios de desarrollo de vejiga.

Disposición espacialmente compacta de secciones de larvas de pez cebra para análisis transcriptómico espacial

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