Name: In situ Aislamiento y cultivo de bacterias recalcitrantes del suelo mediante un chip de aislamiento (iChip) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-06T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 7 s
Description: Aprende a aislar bacterias recalcitrantes del suelo in situ mediante el chip de aislamiento (iChip). Este método de alto rendimiento permite recuperar microorganismos productores de compuestos bioactivos con potencial antimicrobiano.

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<ol><li>Ekkers, D. M., Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Van Elsas, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+great+screen+anomaly-a+new+frontier+in+product+discovery+through+functional+metagenomics%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The great screen anomaly-a new frontier in product discovery through functional metagenomics.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 93 (3), 1005-1020 (2012).</li>
<li>da Cunha, B. R., Fonseca, L. P., Calado, C. R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Where+have+we+come+from%2C+where+do+we+go%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Where have we come from, where do we go.</a> Antibiotics. 8 (2), 8020045(2019).</li>
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<li>Liu, X., Wang, M., Nie, Y., Wu, X. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+chip+increases+culturable+bacterial+diversity+and+reduces+cultivation+bias%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation chip increases culturable bacterial diversity and reduces cultivation bias.</a> Curr Microbiol. 78 (5), 2025-2032 (2021).</li>
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<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+iChip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of iChip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Polrot, A., Kirby, J. R., Olorunniji, F. J., Birkett, J. W., Sharples, G. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((iChip+increases+the+success+of+cultivation+of+TBT-resistant+and+TBT-degrading+bacteria+from+estuarine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22World+J+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">iChip increases the success of cultivation of TBT-resistant and TBT-degrading bacteria from estuarine sediment.</a> World J Microbiol Biotechnol. 38 (10), (2022).</li>
<li>Jung, D., Liu, L., He, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+in+situ+cultivation+in+marine+microbial+resource+mining%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Life+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Application of in situ cultivation in marine microbial resource mining.</a> Mar Life Sci Technol. 3 (2), 148-161 (2021).</li>
<li>Zhao, J., Shakir, Y., Deng, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+modified+iChip+for+the+cultivation+of+thermo-tolerant+microorganisms+from+the+hot+spring%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of modified iChip for the cultivation of thermo-tolerant microorganisms from the hot spring.</a> BMC Microbiol. 23 (1), (2023).</li>
<li>Piddock, L. J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+combining+isolation+chip+%28iChip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: combining isolation chip (iChip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
<li>Sessitsch, A., Gyamfi, S., Stralis-Pavese, N., Weilharter, A., Pfeifer, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+isolation+from+soil+for+bacterial+community+and+functional+analysis%3A+evaluation+of+different+extraction+and+soil+conservation+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">RNA isolation from soil for bacterial community and functional analysis: evaluation of different extraction and soil conservation protocols.</a> J Microbiol Methods. 51 (2), 171-179 (2002).</li>
<li>Enright, D. J., Quaal, R., Verabeehu, A., Nguyen, A., Maddox, J., Glassman, S. I. Evaluating Best Practices for Isolating Pyrophilous Bacteria and Fungi from Burned Soil. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aEnright%2C+DJ+%22bioRxiv%22">bioRxiv</a>. , (2024).</li>
<li>Nkanga, E. J., Hagedorn, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+antibiotic-producing+Streptomyces+inhabiting+forest+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrob+Agents+Chemother%22%5BJournal%5D)">Detection of antibiotic-producing Streptomyces inhabiting forest soils.</a> Antimicrob Agents Chemother. 14, 51-59 (1978).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Impresora 3D</td><td>Protolabs, EE. UU.</td><td>1631-833 Proveedor de servicios de</td><td>impresión 3D</td></tr><tr><td>Agarose&nbsp;</td><td>Himedia, India</td><td>MB002</td><td>Componente de medios</td></tr><tr><td>Casaminoácidos</td><td>Sisco, India</td><td>68806</td><td>Componente de medios</td></tr><tr><td>Caseína Digest</td><td>ASES, India</td><td>C5890</td><td>Componente de medios</td></tr><tr><td>Membrana de policarbonato</td><td>Sterlitech, EE. UU.</td><td>PCT00347100</td><td></td></tr><tr><td>Almidón de patata</td> consumible <td>Himedia, India</td><td>GM403</td><td>Componente de medios</td></tr><tr><td>PowerPoint</td><td>Microsoft, EE. UU.</td><td>N/A</td><td>Utilizado para la creación de componentes iChip diseño preliminar</td></tr><tr><td>PTC Creo</td><td>PTC, EE. UU.</td><td>N/A</td><td>Utilizado para 3D asistido por computadora modelado de componentes iChip Caldo de</td></tr><tr><td>soja tríptico</td><td>Himedia, India</td><td>M011</td><td>Medio de laboratorio</td></tr><tr><td>What3Words</td><td>What3Words, Reino Unido</td><td>N/A</td><td>Se utiliza para registrar las coordenadas de la ubicación de muestreo</td></tr></tbody></table>

in situ aislamiento y cultivo de bacterias recalcitrantes del suelo mediante un chip de aislamiento (ichip)

In Situ Isolation and Culturing of Recalcitrant Soil Bacteria using an Isolation Chip (iChip)

El iChip utilizado en este protocolo fue diseñado, impreso en 3D y ensamblado como se muestra en la Figura 1. La descripción general del protocolo descrito se muestra en la Figura 2. La muestra de suelo utilizada para el experimento se recolectó del campus de IIT Jodhpur en Rajasthan, India. La dirección única de tres palabras de la ubicación era 'comunicar, supervisar, recurrir. La ubicación elegida fue una zona semiárida con una temperatura de 40 °C el día del...

In situ Aislamiento y cultivo de bacterias recalcitrantes del suelo mediante un chip de aislamiento (iChip)

Ecosystems harbor millions of environmental microbes, some of them capable of producing biotechnologically relevant products such as enzymes, vitamins, ...

in-situ-isolation-culturing-recalcitrant-soil-bacteria-using-an

Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

Fuente: Petersen, C. et al., Aislamiento y caracterización de la microbiota natural del nematodo modelo Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)Este vídeo demuestra el aislamiento y cultivo de especies bacterianas asociadas a Caenorhabditis elegans. Una lisis basada en perlas de C. elegans, seguida de un cultivo selectivo, permite aislar diversas cepas microbianas para su análisis posterior.

Aislamiento y cultivo de Caenorhabditis elegans - Bacterias asociadas

Las películas de plástico con la etiqueta "biodegradable" están disponibles comercialmente para uso agrícola como coberturas. Labranza representa un método de tratamiento atractiva, pero la degradación en condiciones de campo es poco conocida. El propósito de este estudio fue desarrollar métodos para el aislamiento de hongos del suelo nativo y las bacterias que colonizan las películas de mantillo de plástico después del entierro de campo.

El aislamiento de los microorganismos del suelo nativo con potencial para romper biodegradables Mantillo películas de plástico utilizados en la agricultura

Las bacterias producen compuestos secretados que tienen el potencial de afectar a la fisiología de sus vecinos microbianos. Aquí se describe una pantalla de co-cultivo que permite la detección de este tipo de interespecies mediadas químicamente interacciones mediante la mezcla de los microbios del suelo con cepas reportero transcripcional fluorescentes de Bacillus subtilis en medios sólidos.

Usando Coculture detectar químicamente mediadas por interacciones interespecíficas

Técnicas de cultivo microbianas in situ del enriquecimiento o en situ pueden facilitar el aislamiento de difícil-a-cultura microbianos taxa, especialmente desde entornos de baja biomasa o geoquímicamente extremas. Aquí, describimos una configuración electroquímica sin utilizar una fuente de energía externa para enriquecer las cepas microbianas que son capaces de transporte de electrones extracelular (EET).

Preparación electroquímica autónomo para enriquecer bacterias respirando de ánodo en el sitio

Las colonias de hongos entomopatógenos se aíslan de muestras de suelo tropical utilizando cebo Tenebrio , cebo Galleria , así como medio artificial selectivo, es decir, agar de dextrosa de papa enriquecido con extracto de levadura suplementado con cloranfenicol, tiabendazol y cicloheximida (medio CTC).

Comparación de métodos para aislar hongos entomopatógenos de muestras de suelo

Este protocolo es un método eficaz y rápido de cultivo de levaduras y el moho Aspergillus fumigatus a partir de grandes conjuntos de muestras de suelo en tan solo 7 días. Los métodos se pueden modificar fácilmente para acomodar una variedad de medios de incubación y temperaturas según sea necesario para los experimentos.

Aislamiento de levaduras y mohos cultivables de los suelos para investigar la estructura de la población de hongos

Aquí, presentamos un protocolo para el cribado de la biodiversidad del suelo para buscar cepas de hongos involucradas en la degradación de materiales recalcitrantes. En primer lugar, se aíslan cepas fúngicas capaces de crecer con ácidos húmicos o lignocelulosa. Su actividad se prueba tanto en ensayos enzimáticos como en contaminantes como hidrocarburos y plásticos.

Aislamiento y cribado de la biodiversidad del suelo para hongos involucrados en la degradación de materiales recalcitrantes

Este protocolo presenta un resumen detallado de las estrategias para inocular las raíces de las plantas con microbios transmitidos por el suelo. Ejemplificado para los hongos Verticillium longisporum y Verticillium dahliae, se describen tres sistemas diferentes de infección radicular. Se destacan las aplicaciones potenciales y los posibles análisis posteriores, y se discuten las ventajas o desventajas para cada sistema.

Estrategias de inoculación para infectar las raíces de las plantas con microorganismos transmitidos por el suelo

El objetivo de este artículo es detallar las mejores prácticas para la fabricación de medios para microorganismos anaeróbicos exigentes adquiridos de un medio ambiente. Estos métodos ayudan a manejar los cultivos anaeróbicos y se pueden aplicar para apoyar el crecimiento de microorganismos no cultivados elusivos, la "materia oscura microbiana".

Un conjunto de formatos de medios simulados informados in situ para el cultivo de microorganismos anaeróbicos adquiridos en el medio ambiente

La técnica iChip hace uso de un dispositivo de aislamiento in situ barato y sencillo que aumenta las tasas de descubrimiento de nuevos microorganismos en el suelo. Los nuevos microorganismos se pueden utilizar para estudios posteriores relacionados con el microbioma del suelo o el descubrimiento de productos naturales, entre otras aplicaciones.

Aislamiento de microorganismos del suelo mediante la tecnología iChip

Aprende a aislar bacterias recalcitrantes del suelo in situ mediante el chip de aislamiento (iChip). Este método de alto rendimiento permite recuperar microorganismos productores de compuestos bioactivos con potencial antimicrobiano.

In situ Aislamiento y cultivo de bacterias recalcitrantes del suelo mediante un chip de aislamiento (iChip)

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