Name: Medición de la estructura, composición y cambio de entornos subacuáticos con imágenes de gran área (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 19 s
Description: Aprende un protocolo de cuatro pasos para capturar imágenes subacuáticas de gran área y analizar la complejidad estructural, composición comunitaria y demografía de ecosistemas bentónicos marinos.

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<table><tbody><tr><td>1" x 4 1/4" x 3 1/4" acetal mecanizado a medida N</td><td>/A</td><td>N/A</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Para la construcción de correderas y soportes de cámaras</td></tr> de <tr><td>polietileno de alta densidad de grado marino de 1/2"</td><td>King Starboard</td><td>N/A</td><td>1.1 Gear Preparation; Para la construcción del marco exterior de la cámara y los paneles de montaje de la cámara</td></tr><tr><td>18-8 Tornillos de cabeza plana Phillips de acero inoxidable de cabeza plana, 3/8"-16 Tamaño de rosca, 1-1/2" Preparación de</td> engranajes largos <td>McMaster-Carr</td><td>91771A628</td><td>1.1; Para el montaje del marco de la cámara</td></tr><tr><td>18-8 Tornillo de cabeza hueca de acero inoxidable, tamaño de rosca 10-24, 1-1/8" de largo</td><td>McMaster-Carr</td><td>92196A248</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Se utiliza para asegurar la placa de montaje a las manijas de</td></tr><tr><td>pesos de buceo de 1 libra</td><td>House of Scuba WBELT24</td><td>1 lb</td><td>1.2 Plot Setup; Se utiliza para los flotadores de referencia</td></tr><tr><td>200DL Carcasa subacuática para la cámara DSLR Nikon D780</td><td>Ikelite</td><td>71019</td><td>1.1 Preparación del equipo; Carcasa subacuática para cámara digital</td></tr><tr><td>Lente fija de 24 mm (AF-S NIKKOR 24 mm f/1.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>20057</td><td>1.1 Preparación del equipo; Lente gran angular para una mayor superposición de imágenes</td></tr><tr><td>250 # gris palangre poly soft</td><td>Continental Western</td><td>503086</td><td>1.2 Configuración de trazado; Para construir barras de escala. Marcadores de control de tierra para determinar la escala del modelo</td></tr> martillo <tr><td>de perforación de 3 lb</td><td>Estwing</td><td>B3-3LB</td><td>1.2 Configuración de la parcela; Se utiliza para instalar estacas de acero inoxidable en el sitio de topografía</td></tr><tr><td>3/8-16 X 18" THRD ROD W/60 DEGREE POINT 316 S/S</td><td>Ababa Bolt</td><td>37C1800ROD6/60DEG</td><td>1.2 Configuración de parcela; Para instalación permanente para marcar el sitio topográfico</td></tr><tr><td>316 Acero inoxidable Contratuerca con inserto de nailon Súper resistente a la corrosión, tamaño de rosca de 1/4"-20</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715a125</td><td>1.2 Configuración de parcela; Para barras de escala y montaje de marcos.</td></tr><tr><td>316 Contratuerca de nylon de acero inoxidable súper resistente a la corrosión, tamaño de rosca de 3/8"-16</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715A145</td><td>1.2 Configuración de parcela; Fijado a la estaca de acero inoxidable izquierda para la orientación de la parcela</td></tr><tr><td>316 tornillos de cabeza plana Phillips de acero inoxidable, tamaño de rosca 10-32, 3/8" de largo</td><td>McMaster-Carr</td><td>91500a827</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Para el montaje del marco de la cámara</td></tr><tr><td>4"x4" Rotulador Agisoft impreso en papel impermeable</td><td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>1.2 Plot Setup; Para construir baldosas de esquina. Marcadores de control del terreno para determinar la orientación del modelo</td></tr><tr><td>4"x4"x1/4" Baldosa de acero inoxidable</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuración de la parcela; Para construir baldosas de esquina. Marcadores de control de tierra para determinar la orientación del modelo</td></tr><tr><td>4 "x4" x3/4" marcador de plástico agisoft impreso personalizado polietileno de alta densidad núcleo de color</td><td>N/A</td><td>N/</td><td>A 1.2 Configuración de parcela; Para construir barras de escala. Marcadores de control de tierra para determinar la escala del modelo</td></tr><tr><td>512 GB Extreme PRO SDXC UHS-I Card - C10, U3, V30, 4K UHD, SD SanDisk</td><td></td><td>SDSDXXY-512G-GN4IN</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Tarjeta de almacenamiento de alta velocidad y gran capacidad. Se utilizan hasta 2 por cámara para el almacenamiento de imágenes</td></tr><tr><td>Disco duro externo portátil Elements de 5 TB, USB 3.0</td><td>Western Digital</td><td>WDBU6Y0050BBK-WESN</td><td>1.3 Captura de imágenes; Disco duro externo de gran volumen para almacenamiento y copia de seguridad de imágenes</td></tr><tr><td>Lente fija de 60 mm (AF-S Micro NIKKOR 60mm F2.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>2177</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Lente de zoom macro, opcional para la configuración de doble cámara</td></tr><tr><td>Acetal mecanizado y roscado para 1"x12" 3/8" 16 tirantes de soporte</td> de <td>rosca N/A</td><td>N/A</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Columnas de soporte del marco de la cámara</td></tr><tr><td>AquaMend Epoxy Putty Stick</td><td>JD Industrial Supply</td><td>470550</td><td>1.2 Configuración de la parcela; Se utiliza para instalar estacas de acero inoxidable en el sitio de la encuesta</td></tr><tr><td>Arquitectónico 6063 Canal en U de aluminio, 1/8" de espesor de pared, 1/2" de alto x 3/4" de ancho exterior</td><td>McMaster-Carr</td><td>9001k46</td><td>1.2 Configuración de parcela; Para construir barras de escala. Marcadores de control de tierra para determinar la escala del modelo Tornillos</td></tr><tr><td>Phillips de acero inoxidable Black-Oxide 18-8 con cabeza plana, rosca de 1/4"-20, 1/2" de largo</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249a537</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Para fijar el mango ikelite a la carcasa</td></tr><tr><td>Tornillos Phillips de cabeza plana de acero inoxidable Black-Oxide 18-8, rosca de 1/4"-20, 5/8" de largo</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249A539</td><td>1.2 Configuración de parcela; Para construir barras de escala. Marcadores de control de tierra para determinar la escala del modelo</td></tr><tr><td>Cuerda de acero azul</td><td>Continental Western</td><td>402020</td><td>1.2 Configuración de la parcela; Se utiliza para asegurar el flotador de buceo al bentos durante los estudios Cuerpo de la</td></tr><tr><td>cámara D780</td><td>Nikon</td><td>1618</td><td>1.1 Preparación del equipo; Modelo de cuerpo de cámara</td></tr><tr><td>DGX Tech Compass con montaje elástico y cable</td><td>Dive Gear Express</td><td>DX-9050x</td><td>1.2 Plot Setup; Para la colección de rumbos de parcela y como complemento al marco de la cámara como ayuda a la navegación</td></tr><tr><td>Ordenador de buceo - Suunto Zoop Novo</td><td>Suunto&nbsp;</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuración de la parcela; Para registrar la profundidad en las baldosas de referencia</td></tr><tr><td>Pizarra de buceo</td><td>TexWipe</td><td>TX5835</td><td>1.2 Configuración de parcela; Se utiliza para registrar metadatos de la parcela, como la profundidad de las baldosas y los números de destino codificados</td></tr><tr><td>DL 8 pulgadas Dome Port</td><td>Ikelite</td><td>75340</td><td>1.1 Gear Preparation; Puerto de cúpula para carcasa subacuática</td></tr><tr><td>FLOTADOR, ESPONJA DE PVC, 5-3/4" DE DIÁMETRO POR 3/4", ÓXIDO</td><td>Red Memphis & Twine</td><td>SB1</td><td>1.2 Configuración de parcelas; Se utiliza como referencia visual para determinar los límites de la parcela y la altura de nado del operador de cámara</td></tr><tr><td>Garmin 78s GPS</td><td>Garmin</td><td>010-00864-01</td><td>1.2 Configuración de la parcela; Se utiliza para registrar la ubicación del sitio de topografía Construcción del</td></tr><tr>modelo N<td>/A</td><td>N/A</td> 2.0 de la computadora de<td>alto rendimiento</td><td>; Para el procesamiento de nubes de puntos densas en 3D, las especificaciones recomendadas incluyen una CPU de 10+ núcleos de alta velocidad, 128 GB de RAM (64 GB como mínimo), una unidad de estado sólido de 1 TB y una GPU NVIDIA o AMD dedicada.</td></tr><tr><td>Flotador de buceo de superficie inflable</td><td>Omer</td><td>Atol 6246</td><td>1.2 Configuración de parcela; Boya marcadora de superficie de doble propósito y &nbsp;</td></tr><tr><td>Nivel de verificación cruzada de JOHNSON: No magnético, 2 1/4 pulgadas x 1 7/16 pulgadas x 3/16 pulgadas, plástico, orificio para colgar, preparación</td> de engranajes <td>Grainger</td><td>6C225</td><td>1.1 de 1 mm/m; Adición opcional al marco de la cámara como ayuda a la navegación</td></tr><tr><td>Cinta métrica larga, 1/2 pulgada x 30 m, Pumpkin</td><td>Grainger</td><td>3LJW9</td><td>1.2 Configuración de parcela; Se utiliza para configurar el área de la parcela</td></tr><tr><td>Manta reel SR. Reel</td><td>Manta Industries</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuración de la parcela; Acoplado al flotador de buceo para su uso durante los levantamientos Metashape</td></tr><tr><td>Professional License</td><td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>2.0 Model Construction; Software para el procesamiento de nubes de puntos densas</td></tr><tr><td>Acrílico transparente antideslumbrante</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuración de parcela; Para construir baldosas de esquina. Marcadores de control de tierra para determinar la orientación</td></tr><tr><td>del modelo Junta tórica 0132.45 para el sistema de puertos DL, carcasas ULTRAcompact</td><td>Ikelite</td><td>132.45</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Junta tórica para carcasa subacuática</td></tr><tr><td>O-Ring 0132.59 para DSLR & Carcasas sin espejo (tipo 1)</td><td>Ikelite</td><td>132.59</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Junta tórica para carcasa subacuática</td></tr><tr><td>Paracord o Dacron Line</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuración de parcela; Se utiliza para fijar flotadores de referencia a las pesas de buceo</td></tr><tr><td>Tornillo de cabeza plana Phillips de acero inoxidable 18-8 pasivado, avellanador de 82 grados, rosca de 1/4"-20, 1" de largo</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a542</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Panel deslizante del marco</td></tr><tr><td>Pasivado 18-8 Tornillo de cabeza plana Phillips de acero inoxidable, avellanado de 82 grados, rosca de 1/4"-20, 1-3/4" de largo</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a548</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Panel deslizante del marco</td></tr><tr><td>Tornillo de cabeza plana Phillips de acero inoxidable 18-8 pasivado, avellanador de 82 grados, rosca 10-32, 3/8" de largo</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A827</td><td>1.2 Configuración de parcela; Para construir baldosas de esquina. Marcadores de control de terreno para determinar la orientación del modelo</td></tr><tr><td>Pelican 1060 micro case</td><td>Pelican</td><td>1060-025-100</td><td>1.2 Configuración de parcelas; Carcasa para la unidad GPS que se fija al flotador de buceo inflable</td></tr><tr><td>Tornillo de mariposa de cabeza de plástico 1/4"-20 x 2"</td> <td>McMaster-Carr</td><td>91185A819</td><td>1.1 Preparación de aparejos; Úselo para asegurar la carcasa de la cámara al marco</td></tr><tr><td>Mango de liberación rápida a la derecha con extensión</td><td>Ikelite</td><td>4077.02</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Empuñadura para carcasa subacuática</td></tr><tr><td>R</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Análisis Ecológico; Software para la ejecución de scripts de complejidad estructural</td></tr><tr><td>Taglab N</td><td>/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Análisis Ecológico; Software para el análisis de segmentación</td></tr><tr><td>Trigger Extension v2 para el obturador o el botón trasero Focus</td><td>Ikelite</td><td>4077.95</td><td>1.1 Gear Preparation; Extensión de disparo para carcasa subacuática control del botón del obturador</td></tr><tr><td>Bomba de vacío con manómetro</td><td>Ikelite</td><td>47011</td><td>1.1 Preparación de engranajes; Para probar la integridad de las juntas tóricas de las carcasas de las cámaras subacuáticas</td></tr><tr><td>Viscore</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>2.0 Construcción del modelo; 3.0 Análisis Ecológico; Software para análisis ecológicos</td></tr></tbody></table>

medición de la estructura, composición y cambio de entornos subacuáticos con imágenes de gran área

Measuring the Structure, Composition, and Change of Underwater Environments with Large-area Imaging

El éxito de la recopilación de imágenes de grandes áreas sobre el terreno debería dar lugar a la creación de una reconstrucción densa de nubes de puntos con una cobertura completa de arriba hacia abajo del área de levantamiento, mientras que una redundancia inadecuada en la cobertura puede dar lugar a lagunas o a la degradación completa de la nube de puntos (Figura 4). Para un conjunto de 43 encuestas de imágenes de área grande realizadas en todo el archipiélago de Hawái en 2016, un promedio del 99,6% de las imágenes se alinearon por conjunto de datos, y el 66% de los conjuntos de imágenes tenían el 100% de las imágenes alineadas correctamente. Las imágenes recopiladas de la cámara con lente gran angular tenían un GSD promedio de 0.52 mm px-1 , mientras que las imágenes de la cámara con lente de zoom tenían un GSD promedio de 0.18 mm px-1. Estas encuestas generaron densas nubes de puntos con un tamaño medio de 557,7 millones de puntos (15 GB).
Los flujos de trabajo ecológicos descritos aquí fueron diseñados para generar datos comparables a las metodologías existentes para el monitoreo de arrecifes de coral78. Los datos ecológicos extraídos de los estudios de LAI en Hawái muestran, aparte de algunos valores atípicos, medidas de rugosidad lineal resultantes del flujo de trabajo de complejidad estructural que se alinean bien con los valores relativos en comparación con las medidas in situ de complejidad en todos los sitios81 (Figura 5A, B). Los análisis adicionales de la composición de la comunidad de LAI para medir la cobertura porcentual de los principales grupos funcionales bentónicos muestran una alineación similar en comparación con los estudios fotocuadráticos tradicionales82 (Figura 5C, D). Se utilizó un muestreo cuadrilátero para medir la densidad de invertebrados sésiles, siendo los más comunes los erizos de mar, que se resumieron como medidas categóricas de abundancia relativa. Los métodos LAI registraron regularmente niveles más altos de abundancia en relación con los métodos in situ 81 (Figura 5E, F), lo que puede deberse a la capacidad de buscar y encuestar exhaustivamente a todos los individuos dentro de un área dada en comparación con un censo visual rápido. La segmentación de las colonias de coral utilizando la ortoproyección 2D también reveló distribuciones de tamaño similares a las de los taxones de coral comunes a los métodos in situ 83 (Figura 5G, H).
Una de las principales ventajas de los estudios LAI es la capacidad de archivar y rastrear los cambios en las áreas de arrecifes a lo largo del tiempo a través del corregistro de la densa nube de puntos. Los arrecifes de coral son sustratos vivos, lo que para los estudios de LAI significa que puede ser un desafío identificar superficies permanentes, ya sean naturales o instaladas, que se puedan usar para corregistrar de manera confiable densas nubes de puntos de diferentes puntos de tiempo. El ejemplo del atolón del Milenio (Figura 6) muestra un ejemplo con alto crecimiento y pérdida estructural en el que se utilizó el flujo de trabajo de corregistro asistido para el corregistro de nubes de puntos densas a pesar de la poca o ninguna estabilidad de la superficie del arrecife a lo largo del tiempo.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig01.jpg"> 
Figura 1: Diagrama de los fotogramas de la cámara ensamblados. Vistas de ejemplo de las configuraciones de fotogramas de cámara doble (A,B) y (C,D) de una sola cámara. Las carcasas de las cámaras Ikelite se fijan al marco del panel de montaje de la cámara mediante una placa deslizante fijada a las asas de la carcasa. Los instrumentos opcionales para ayudar en la navegación, como un nivel, una brújula y una computadora de buceo, se pueden conectar al marco como se muestra en B. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig01large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig02.jpg"> 
Figura 2: Diagrama de la configuración de 100m2 de imagen de área grande. Esquema de una parcela de imagen de gran área completamente configurada de 100 m2 de área. Los marcadores de trazado temporales incluyen seis marcadores de mosaico de límite, cuatro barras de escala y cuatro flotantes de referencia. Los marcadores permanentes de la parcela incluyen dos estacas de acero inoxidable con la estaca izquierda, cuando se mira hacia la costa, incluida una tuerca de seguridad. La referencia GPS para la parcela debe tomarse por encima de la baldosa o estaca central izquierda. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig02large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig03.jpg"> 
Figura 3: Patrón de recolección de buzos. Ejemplo de (A) ruta de nado del buceador para asegurar una cobertura suficiente y superposición del área de la parcela con un amortiguador incluido y (B) disposición del buceador con el sistema de cámaras con los flotadores de referencia que proporcionan una guía para la altura de nado. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig03large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig04.jpg"> 
Figura 4: Reducción de la superposición de imágenes. La degradación de la densa nube de puntos a medida que el número de imágenes superpuestas se reduce mediante muestreo aleatorio. Cada panel muestra la densa nube de puntos generada a partir de (A) todas las imágenes, (B) 1/2, (C) 1/3, (D) 1/5 y (E) 1/10 de las imágenes originales. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig04large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2.jpg"> 
Figura 5: Extracción de datos ecológicos. Los datos candidatos extraídos de imágenes de gran área para cada uno de los flujos de trabajo ecológicos se muestran en comparación con los métodos de recopilación de datos in situ establecidos. Esto incluye (A,B) la complejidad estructural, (C,D) la composición de la comunidad (las barras de error indican error estándar), (E,F) la densidad de invertebrados y la demografía de la estructura de tamaño (G,H). Abreviatura: LAI = imágenes de área grande. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig06.jpg"> 
Figura 6: Corregistro de nubes de puntos densas. Un ejemplo de comparación visual de dos nubes de puntos densas corregistradas temporalmente. Las áreas de pérdida estructural, probablemente por daño por oleaje, se codifican visualmente en rojo, como lo indica la flecha magenta. Las áreas de adición estructural, generalmente atribuidas al crecimiento de colonias de coral, se codifican visualmente en azul, como lo indica la flecha amarilla. El flujo de trabajo de corregistro descrito aquí aún se puede usar para áreas de arrecifes tan dinámicas como las que se ven aquí, donde los puntos de control terrestre (GCP) instalados permanentemente no serían confiables debido al crecimiento excesivo o al desplazamiento. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig06large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Función de la cámara</td>
			<td>Ajuste recomendado</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centro de atención</td>
			<td>Automático</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Modo de disparo</td>
			<td>P (Automático programado) para lente gran angular</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>A (prioridad a la apertura automática), ajustada a una apertura de F8 para el objetivo macro</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Modo de liberación</td>
			<td>S (Automático con prioridad al obturador)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ajustes de enfoque automático</td>
			<td>Enfoque automático central (AF-C), punto central único (S)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Control automático de la sensibilidad ISO</td>
			<td>EN</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sensibilidad ISO máxima</td>
			<td>3200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Velocidad de obturación mínima</td>
			<td>1/320</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calidad de imagen</td>
			<td>RAW + JPEG</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Temporizador de intervalos</td>
			<td>1 s</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Balance de blancos</td>
			<td>Costumbre</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabla 1: Ajustes recomendados de la cámara. A continuación se muestra una lista de los ajustes clave de la cámara que se utilizan para optimizar la calidad de la imagen. Estos ajustes priorizan la captura de imágenes enfocadas capturadas por un operador en movimiento en condiciones de iluminación subacuática.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">Alinear fotos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Exactitud</td>
			<td>Alto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Preselección genérica</td>
			<td>No</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Límite de puntos clave</td>
			<td>5000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Límite de puntos de enlace</td>
			<td>0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coincidencia de imágenes guiada</td>
			<td>No</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adaptación del modelo de cámara</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Construya una nube densa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calidad</td>
			<td>Alto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filtrado de profundidad</td>
			<td>Leve</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcular colores de puntos</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcular la confianza de puntos</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Puntos de exportación</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tipo de archivo</td>
			<td>CAPA DE Stanford</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sistema de coordenadas</td>
			<td>Coordenadas locales (m)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Datos de origen</td>
			<td>Nube densa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guardar colores de puntos</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guardar punto normal</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ahorre confianza en los puntos</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guardar clases de puntos</td>
			<td>No</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Convertir colores a RGB de 8 bits</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Codificación binaria</td>
			<td>Sí</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabla 2: Configuración de construcción de nubes de puntos densas 3D. Una lista de configuraciones utilizadas en Agisoft Metashape para crear y exportar una reconstrucción de nube de puntos densa de alta calidad.
Archivo Complementario 1: Hoja de ruta. Ejemplo de imagen de ortomosaico marcada con características y profundidades de la parcela para ayudar a encontrar el área de la parcela para la relevización. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%201%20Roadmap.pdf" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Complementario 2: Extract_meta.py. Script ejecutado en Agisoft Metashape para exportar la pose de la cámara y la información del directorio de archivos para su uso en Viscore para consultar las imágenes originales. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%202%20extract_meta.py" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Suplementario 3: Guía de Viscore. Guía de software para Viscore, que incluye flujos de trabajo para la visualización de modelos, corregistro y análisis ecológicos. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental_3_Guide_to_Viscore_Final.pdf" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Complementario 4: Rugosity_Functions.Rmd. Script utilizado en R que contiene funciones para procesar datos de rugosidad extraídos de Viscore. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%204%20Rugosity_Functions.Rmd" target="_blank">Por favor, haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Suplementario 5: Rugosity_Analysis.Rmd. Script utilizado en R para calcular métricas de rugosidad. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%205%20Rugosity_Analysis.Rmd" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Complementario 6: Quadrat_sampling.rpl.json. Script utilizado en Viscore para el flujo de trabajo de análisis de densidad de cuadrantes. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%206%20Quadrat_sampling.repl.json" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Complementario 7: Density_taxo_lookup.json. Archivo de búsqueda de botón para ejecutar un script de muestreo de cuadrantes para agregar datos de muestreo de cuadrantes por grupo taxonómico. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%207%20Density_taxo_lookup.json" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Suplementario 8: Density_Analysis.R Script utilizado en R para agregar datos de muestreo de cuadrantes que calculan la densidad por grupo taxonómico a nivel de encuesta. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%208%20Density_Analysis.R" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Complementario 9: README.txt Ejemplo de archivo de texto que se incluirá con las imágenes originales para el archivo de datos que describe la metodología de captura de imágenes. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%209%20README.txt" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>
Legajo Complementario 10: METADATA_KAH_2016-07_03.txt Ejemplo de archivo de texto que se incluirá con las imágenes originales para el archivo de datos que contienen campos de metadatos para la encuesta LAI. Esto incluye campos para dentro de la encuesta, escala y datos de profundidad para referenciar, así como metadatos generales del sitio para el contexto geográfico. Abreviatura: LAI = imágenes de área grande. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%2010%20METADATA_KAH_2016-07_03.txt" target="_blank">Haga clic aquí para descargar este archivo.</a>

Medición de la estructura, composición y cambio de entornos subacuáticos con imágenes de gran área

Digital imaging and processing technology have evolved to facilitate the expansion of large-area imaging surveys, which increase our capacity to study the ...

measuring-structure-composition-change-underwater-environments-with

Research

Investigación

JoVE Journal

Environment

Entorno

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Desarrollo de nuevos métodos para cuantificar la densidad de peces utilizando herramientas de estéreo y vídeo subacuáticos

Topografía basada en imágenes es un método cada vez más práctico, no invasivo para el medio marino de la muestra. Presentamos el protocolo de un estudio de la cámara de caída que estima la abundancia y distribución de la Vieira del mar Atlántico (Placopecten magellanicus). Se discute cómo se puede generalizar este protocolo para su aplicación a otros macroinvertebrados bentónicos.

Métodos para los estudios basados en imágenes de macroinvertebrados bentónicos y su hábitat ejemplificado por la encuesta de la cámara de caída para la concha de peregrino de mar Atlántico

El tamaño y forma de las partículas de lodos activados son parámetros importantes que se miden utilizando diferentes métodos. Errores surgen de muestreo no representativo, imágenes subóptimas y parámetros de análisis subjetivo. Para minimizar estos errores y facilitar la medición, presentamos un protocolo especificando cada paso, incluyendo un oleoducto de software de código abierto.

Medición de la forma y el tamaño de las partículas de lodo activado inmovilizado en Agar con una tubería de Software de código abierto

Proporcionamos un protocolo detallado para realizar estudios de fotogrametría de estructura submarina a partir del movimiento para generar modelos 3D y ortomosaicos.

Una cartilla de campo para monitorear ecosistemas bentónicos utilizando fotogrametría de estructura a partir de movimiento

Aquí se presenta un protocolo para recopilar y procesar datos de fotogrametría submarina, que incluye una canalización de procesamiento de imágenes significativamente simplificada y totalmente automatizada que da como resultado salidas georreferenciadas y alineadas con series temporales listas para la extracción, el análisis y la aplicación de datos ecológicos.

Reefshape: Un sistema para la recopilación eficiente y el procesamiento automatizado de datos de fotogrametría submarina de series temporales para el monitoreo del hábitat bentónico

Un método para la determinación del contenido de ácido graso y la composición en microalgas basado en disrupción mecánica celular, extracción de lípidos a base de disolvente, de transesterificación, y la cuantificación e identificación de los ácidos grasos utilizando cromatografía de gases se describe. Un estándar interno tripentadecanoin se utiliza para compensar las posibles pérdidas durante la extracción y la transesterificación incompleta.

Análisis de contenido de ácido graso y Composición en microalgas

Más de la mitad de las proteínas son proteínas pequeñas (masa molecular &lt;200 kDa) que son difíciles tanto para formación de imágenes de microscopio electrónico y reconstrucciones tridimensionales. Tinción negativa optimizado es un protocolo robusto y de alto rendimiento para obtener imágenes de alto contraste y de pequeñas proteínas o complejos asimétricos en diferentes condiciones fisiológicas relativamente alta resolución (~ 1 nm).

Optimizado tinción negativa: un protocolo de alto rendimiento para el examen de Estructura Pequeña y asimétrica de proteínas por Microscopía Electrónica

La medición de los flujos de nutrientes y tóxicos en planta es esencial para el estudio de la nutrición y toxicidad de las plantas. Aquí, cubrimos los protocolos de radiotrazadores para la determinación de la afluencia y el eflujo en raíces de plantas intactas, utilizando flujos de potasio (K+) y amoníaco/amonio (NH3/NH4+) como ejemplos. Se discuten las ventajas y limitaciones de tales técnicas.

Flujos de nutrientes minerales y sustancias tóxicas de medición en plantas con Trazadores Radiactivos

Aprende un protocolo de cuatro pasos para capturar imágenes subacuáticas de gran área y analizar la complejidad estructural, composición comunitaria y demografía de ecosistemas bentónicos marinos.

Medición de la estructura, composición y cambio de entornos subacuáticos con imágenes de gran área

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