Name: Visualización de la dinámica microbiana del ciclo del metano en los humedales costeros (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: Aprende a visualizar la dinámica microbiana del ciclo del metano en humedales costeros mediante PCR optimizada y SIG. Este protocolo permite mapear genes como mmoX y comprender su regulación ambiental.

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<table><tbody><tr><td>Tubos de PCR de 0,2 ml</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>Tubos de PCR de 0,5 ml</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &mu; L tips</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Tip Racked or Reload System Tips Natural; 10&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>Tubo de centrífuga de 15 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu; L tips</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Tip Racked or Reload System Tips Natural; 200&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>1000 &mu; Puntas L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! 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visualización de la dinámica microbiana del ciclo del metano en los humedales costeros

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

Para comprender la distribución y abundancia de los genes relacionados con el ciclo de CH4 (mcrA, pmoA1, pmoA2 y mmoX) en los humedales costeros del sur de Texas, se analizó el eDNA extraído de cada muestra mediante cPCR y qPCR. Se seleccionaron cebadores universales para cada biomarcador para realizar cPCR a partir de estudios previos (Tabla 1)22,34,35,36,37, y se realizaron modificaciones para optimizar las temperaturas y concentraciones de recocido en fun...

Visualización de la dinámica microbiana del ciclo del metano en los humedales costeros

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

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Research

Investigación

JoVE Journal

Environment

Entorno

Análisis cytometric del flujo ha demostrado ser valioso para investigar cultivos puros y monitoreo de la dinámica de la comunidad microbiana. Presentamos tres flujos de trabajo integrales, de muestreo para análisis de datos, para cultivos puros y comunidades complejas en medio claro, así como en matrices difíciles, respectivamente.

Caracterización dinámica de microbioma-citometría de flujo basado en flujos de trabajo de cultivos puros de las comunidades naturales

Este protocolo describe un rendimiento único para técnicas complementarias analíticas y ómicas que culmina en una caracterización totalmente emparejado de materia orgánica natural y proteómica microbiana en diferentes ecosistemas. Este enfoque permite comparaciones robustas para la identificación de rutas metabólicas y transformaciones importantes para describir la producción de gas de efecto invernadero y predecir las respuestas al cambio ambiental.

Técnicas analíticas de alta resolución complementarias solo rendimiento para caracterizar mezclas complejas de materia orgánica Natural

Se presenta un protocolo para la generación de paisajes químicos dinámicos por fotólisis dentro de configuraciones microfluídicas y milifluídicas. Esta metodología es adecuada para estudiar diversos procesos biológicos, incluyendo el comportamiento móvil, la acumulación de nutrientes o la adaptación a los productos químicos de los microorganismos, tanto a nivel de una sola célula como de población.

Generación de paisajes químicos controlados y dinámicos para estudiar el comportamiento microbiano

Aquí, nuestro objetivo es visualizar la zonificación de la productividad biológica en la bahía de Narragansett, Rhode Island, con base en el modelo de balance de masa de nitrógeno. Los resultados servirán de base para la gestión de nutrientes en las regiones costeras para reducir la hipoxia y la eutrofización.

Visualización de zonas de productividad basadas en el modelo de balance de masa de nitrógeno en la bahía de Narragansett, Rhode Island

Este estudio demuestra un enfoque para medir las concentraciones de gas metano en muestras acuosas utilizando analizadores ópticos portátiles acoplados a una cámara de inyección en un circuito cerrado. Los resultados son similares a los de la cromatografía de gases convencional, presentando una alternativa práctica y de bajo coste especialmente adecuada para estudios de campo a distancia.

Medición de metano disuelto en ecosistemas acuáticos mediante un analizador de gases por espectroscopia óptica

Se describe un protocolo para la preparación de un ecosistema modelo simple que recrea el contragradiente metano-oxígeno encontrado en el hábitat natural de las bacterias aerobias oxidantes de metano, permitiendo el estudio de su fisiología en un contexto espacialmente resuelto. También se describen las modificaciones de los ensayos bioquímicos comunes para su uso con el ecosistema modelo basado en agarosa.

Ecosistema modelo basado en agarosa para el cultivo de metanótrofos en un contragradiente de metano-oxígeno

Aquí presentamos un protocolo que describe cómo muestrear especímenes de madera para la evaluación general de sus estructuras de crecimiento. Se describen las técnicas de preparación y visualización macro y microscópica necesarias para generar conjuntos de datos anatómicos y dendroecológicos de madera bien replicados y altamente resueltos.

Una Perspectiva Técnica en Modern Árbol-anillo de Investigación - Cómo superar dendroecológica y madera anatómicas Desafíos

Este manuscrito describe un enfoque automatizado de selección del tamaño del gel para purificar fragmentos de ADN para la secuenciación de próxima generación. La tecnología Ranger proporciona una automatización completa de todo el proceso de carga de gel de agarosa, análisis electroforético y recuperación de fragmentos de ADN específicos, lo que permite bibliotecas de secuenciación de próxima generación de alto rendimiento y alta calidad.

Automatizado Gel Tamaño Selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación Preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente

Se proporciona un protocolo para cuantificar los genes de ARNr 16S bacterianos y las transcripciones de los sedimentos costeros mediante PCR en tiempo real. La metodología incluye la co-extracción de ADN y ARN; preparación de ARN libre de ADN; y cuantificación de genes y transcripciones del ARNr 16S mediante RT-q-PCR, incluida la construcción de curvas estándar.

ADN-ARN simultánea extracción de los sedimentos costeros y cuantificación de 16S rRNA genes y las transcripciones de PCR en tiempo real

ácidos grasos de fosfolípidos proporcionan información sobre la estructura de las comunidades microbianas del suelo. Presentamos métodos para la extracción de muestras de suelo con una mezcla de fase única de cloroformo, el fraccionamiento de los lípidos extraídos usando columnas de extracción en fase sólida, y metanolisis para producir ésteres metílicos de ácidos grasos, que se analizan por cromatografía de gases capilar.

Extracción y análisis de ácidos grasos de fosfolípidos microbiana en suelos

Aprende a visualizar la dinámica microbiana del ciclo del metano en humedales costeros mediante PCR optimizada y SIG. Este protocolo permite mapear genes como mmoX y comprender su regulación ambiental.

Visualización de la dinámica microbiana del ciclo del metano en los humedales costeros

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