Name: Muestreo ambiental de microbios fotosintéticos y sus virus: del campo al laboratorio (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-07-03T14:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Aprenda métodos de muestreo ambiental para aislar cianofagos y sus hospederos en ecosistemas acuáticos. Esta técnica combina secuenciación de alto rendimiento, microscopía electrónica y PCR cuantitativa para caracterizar dinámicas virus-hospedero.

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<ol><li>Zhang, D., You, F., He, Y., Te, S. H., Gin, K. Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+the+first+freshwater+cyanophage+infecting+Pseudanabaena%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of the first freshwater cyanophage infecting Pseudanabaena.</a> J Virol. 94 (17), 10-1128 (2020).</li>
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<li>Ceballos, R. M., Drummond, C. G., Stacy, C. L., Padilla-Crespo, E., Stedman, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host-dependent+differences+in+replication+strategy+of+the+Sulfolobus+spindle-shaped+virus+strain+SSV9+%28aka%2C+SSVK1%29%3A+infection+profiles+in+hosts+of+the+family+Sulfolobaceae%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Host-dependent differences in replication strategy of the Sulfolobus spindle-shaped virus strain SSV9 (aka, SSVK1): infection profiles in hosts of the family Sulfolobaceae.</a> Front Microbiol. 11, 1218(2020).</li>
<li>Rippka, R., Deruelles, J., Waterbury, J. B., Herdman, M., Stanier, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generic+assignments%2C+strain+histories+and+properties+of+pure+cultures+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Generic assignments, strain histories and properties of pure cultures of cyanobacteria.</a> Microbiology. 111 (1), 1-61 (1979).</li>
<li>Kliphuis, A. M., Janssen, M., van den End, E. J., Martens, D. E., Wijffels, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light+respiration+in+Chlorella+sorokiniana%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Phycol%22%5BJournal%5D)">Light respiration in Chlorella sorokiniana.</a> J Appl Phycol. 23, 935-947 (2011).</li>
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<li>Noroozi, M., Amozegar, M. A., Rahimi, R., Shahzadeh Fazeli, S. A., Bakhshi Khaniki, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+isolation+and+preliminary+characterization+of+native+cyanobacterial+and+microalgal+strains+from+lagoons+contaminated+with+petroleum+oil+in+Khark+Island%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+J+Microorg%22%5BJournal%5D)">The isolation and preliminary characterization of native cyanobacterial and microalgal strains from lagoons contaminated with petroleum oil in Khark Island.</a> Biol J Microorg. 5 (20), 33-41 (2017).</li>
<li>Nübel, U., Garcia-Pichel, F., Muyzer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PCR+primers+to+amplify+16S+rRNA+genes+from+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">PCR primers to amplify 16S rRNA genes from cyanobacteria.</a> Appl Environ Microbiol. 63 (8), 3327-3332 (1997).</li>
<li>Tragin, M., Lopes dos Santos, A., Christen, R., Vaulot, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+and+ecology+of+green+microalgae+in+marine+systems%3A+an+overview+based+on+18S+rRNA+gene+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Perspect.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Diversity and ecology of green microalgae in marine systems: an overview based on 18S rRNA gene sequences.</a> Perspect. Phycol. 3 (3), 141-154 (2016).</li>
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<li>Marei, E. M., Elbaz, R., Hammad, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+temperate+cyanophages+using+heavy+metal-copper%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Microbiol+Res+Rev%22%5BJournal%5D)">Induction of temperate cyanophages using heavy metal-copper.</a> Int J Microbiol Res Rev. 5 (5), 472(2013).</li>
<li>Bratchkova, A., Kroumov, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microalgae+as+producers+of+biologically+active+compounds+with+antibacterial%2C+antiviral%2C+antifungal%2C+antialgal%2C+antiprotozoal%2C+antiparasitic+and+anticancer+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Microbiol+Bulgarica%22%5BJournal%5D)">Microalgae as producers of biologically active compounds with antibacterial, antiviral, antifungal, antialgal, antiprotozoal, antiparasitic and anticancer activity.</a> Acta Microbiol Bulgarica. 36 (3), 79-89 (2020).</li>
<li>Storms, Z. J., Teel, M. R., Mercurio, K., Sauvageau, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+virulence+index%3A+a+metric+for+quantitative+analysis+of+phage+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22Phage%22%5BJournal%5D)">The virulence index: a metric for quantitative analysis of phage virulence.</a> Phage. 1 (1), 27-36 (2020).</li>
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<li>Grasso, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+cyanophage-host+relationships%3A+Highlighting+cyanophages+as+a+potential+cyanobacteria+control+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22Toxins%22%5BJournal%5D)">A review of cyanophage-host relationships: Highlighting cyanophages as a potential cyanobacteria control strategy.</a> Toxins. 14 (6), 385(2022).</li>
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<li>Cai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abundant+and+cosmopolitan+lineage+of+cyanopodoviruses+lacking+a+DNA+polymerase+gene%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Abundant and cosmopolitan lineage of cyanopodoviruses lacking a DNA polymerase gene.</a> ISME J. 17 (2), 252-262 (2023).</li>
<li>Komárek, J., Kaštovský, J., Mareš, J., Johansen, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taxonomic+classification+of+cyanoprokaryotes+%28cyanobacterial+genera%29+2014%2C+using+a+polyphasic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Preslia%22%5BJournal%5D)">Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014, using a polyphasic approach.</a> Preslia. 86 (4), 295-335 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Bomba de transferencia de acero inoxidable de 1 hp</td><td>Utilitech, Charlotte, Carolina del Norte, Estados Unidos</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de 1,5 ml</td><td>www.eppendorf.com</td><td>30123611</td><td></td></tr><tr><td>Concentrador de centrifugado 10K NMWL Centricon Plus 70</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC701008</td><td></td></tr><tr><td>Matraces Erlenmeyer con deflectores de 250 ml&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450250</td><td></td></tr><tr><td>Generador inversor de 3800 vatios&nbsp;</td><td>Productos WEN, West Dundee, IL, EE. UU.</td><td>WEN 56380i</td><td></td></tr><tr><td>3K NMWL Amicon 15 mL&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC800308</td><td></td></tr><tr><td>Matraces Erlenmeyer con deflectores de 500 ml&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450500</td><td></td></tr><tr><td>Jarras de agua de 5 galones</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>80 pies de largo, 0.5 " diámetro, nailon</td><td>https://facomex.mx/producto/combo/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Un Sailfish 2660 de consola central de 26 pies de profundidad con dos motores fueraborda Yamaha de 150 hp&nbsp;</td><td>https://yamahaoutboards.com/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Acetato de amonio (CH3CO2NH4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>631618</td><td></td></tr><tr><td>Ácido bórico (H3BO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10043353</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de calcio dihidratado (CaCl2. 2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10035048</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga 5920&nbsp; R</td><td>www.eppendorf.com</td><td>5948000107</td><td></td></tr><tr><td>Ácido cítrico (C6H8O7)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>77929</td><td></td></tr><tr><td>Nitrato de cobalto (II) hexahidratado [Co(NO3)2.6H2O]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10026229</td><td></td></tr><tr><td>Manguera flexible de goma resistente al colapso</td><td>swanhose.com</td><td>CELTF58050</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de cobre (II) pentahidratado (CuSO4.5H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758998</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de centrífuga Corning de 50 ml&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS430291</td><td></td></tr><tr><td>Fosfato dipotásico (K2HPO4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758114</td><td></td></tr><tr><td>Ácido etilendiaminotetraacético disódico (Na2EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>6381926</td><td></td></tr><tr><td>DS-11 FX+_Microvolume y espectrofotómetro y florómetro</td><td>www.denovix.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Cinta adhesiva</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Tubos Eppendorf</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>EP022364120</td><td></td></tr><tr><td>Etanol</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>64175</td><td></td></tr><tr><td>Ácido etilendiaminotetraacético (EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>60004</td><td></td></tr><tr><td>Citrato de amonio férrico (C6H8O7&middot; xFe3+&middot; yNH3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185575</td><td></td></tr><tr><td>Tubo de PVC azul Flex-plus&nbsp;</td><td>www.carlonsales.com</td><td>12008-750</td><td></td></tr><tr><td>Innova S44i - Agitador de incubadora apilable</td><td>www.eppendorf.com</td><td>2231001081</td><td></td></tr><tr><td>LVEM5 Microscopía electrónica Microscope_Transmission electrónica de sobremesa (TEM)</td><td>delongamerica.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de magnesio heptahidratado (MgSO4.7 H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10034998</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de manganeso (II) tetrahidratado (MnCl2.4H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>13446349</td><td></td></tr><tr><td>Ancla de hongo recubierta de vinilo negro/30 lbs</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Placas de Petri, poliestireno</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>P5481</td><td></td></tr><tr><td>Copa de filtro de membrana de polietersulfona (PES) con 0,22 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z358193-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Copa de filtro de membrana de polietersulfona (PES) con 0,45 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z370622-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Xantogenato de etilo de potasio (C2H5OCSSK)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>140896</td><td></td></tr><tr><td>Carbonato de sodio (Na2CO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>497198</td><td></td></tr><tr><td>Dodecil sulfato de sodio [CH3(CH2)11OSO3Na]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>151213</td><td></td></tr><tr><td>Molibdato de sodio dihidratado (Na2MoO4.2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10102406</td><td></td></tr><tr><td>Nitrato de sodio (NaNO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7631994</td><td></td></tr><tr><td>Tris(hidroximetil)metil]-2-aminoetanosulfónico aci (TES) (C6H15NO6S)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7365448</td><td></td></tr><tr><td>Tritón X-100&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>Clorhidrato de Trizma (Tris-HCl)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185531</td><td></td></tr><tr><td>Bomba de vacío/presión&nbsp;</td><td>Cole-Parmer; Vernon Hills, IL, EE. UU.</td><td>EW-79204-00</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de vinilo&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de zinc heptahidratado (ZnSO4.7H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7446200</td><td></td></tr></tbody></table>

muestreo ambiental de microbios fotosintéticos y sus virus: del campo al laboratorio

Environmental Sampling of Photosynthetic Microbes and Their Viruses: From Field to Lab

Muestreo ambiental de microbios fotosintéticos y sus virus: del campo al laboratorio

Environmental sampling of photosynthetic microorganisms and their viruses plays a critical role in understanding contemporary marine and freshwater ...

environmental-sampling-photosynthetic-microbes-their-viruses-from

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Investigación

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Biología

La tasa de rotación de los virus en los sistemas marinos y de agua dulce puede ser estimado por una reducción de la recurrencia y la técnica. Los datos permiten a los investigadores a deducir las tasas de mortalidad microbiana mediada por el virus en los sistemas acuáticos.

Estimación de las tasas de producción de virus en los sistemas acuáticos

Aquí, presentamos un protocolo integral para evaluar la disponibilidad de nutrientes orgánicos e inorgánicos y la abundancia y estructura de las comunidades microbianas y virales en entornos marinos remotos.

Desentrañar los jugadores invisibles en el Océano - Guía de Campo a la química del agua y Microbiología Marina

Aquí, presentamos enfoques fenómicos para la caracterización funcional de genes de fagos putativos. Las técnicas incluyen un ensayo desarrollado capaz de monitorear el metabolismo anabólico del huésped, las placas de ensayo multifenotipo (MAP), además del método establecido de metabolómica, capaz de medir los efectos del metabolismo catabólico.

Fenómica fagos: enfoques fisiológicos para caracterizar Novela Virales Proteínas

Entender la composición biológica del material particulado ambiental es importante para el estudio de sus impactos significativos en la salud y la diseminación de la enfermedad. Aquí, utilizamos tres tipos de métodos de muestreo de bioaerosol y un análisis biológico de microbios aéreos para explorar mejor las comunidades microbianas aerotransportadas bajo diferentes condiciones ambientales.

Composición y análisis de la distribución de bioaerosoles bajo diferentes condiciones ambientales

Un proyecto de ciencia ciudadana fue diseñado para reclutar residentes de San Diego para recolectar muestras ambientales para el SARS-CoV-2. Se creó una plataforma multilingüe basada en la web para el envío de datos utilizando una interfaz de dispositivo móvil fácil de usar. Un sistema de gestión de la información de laboratorio facilitó la recolección de miles de muestras geográficamente diversas con seguimiento de resultados en tiempo real.

Hisopado del medio ambiente urbano - Una tubería para el muestreo y la detección del SARS-CoV-2 de los embalses ambientales

Esta publicación describe el diseño de fotobiorreactores de laboratorio (PBR) con regímenes de luz personalizables. El crecimiento de cianobacterias o microalgas, utilizando bicarbonato como fuente de carbono, se monitorea continuamente midiendo la producción volumétrica de oxígeno. Estos PBR facilitan comparaciones de crecimiento de laboratorio rápidas y replicadas con poca intervención del usuario durante los experimentos.

Operación de fotobiorreactores de laboratorio con mediciones de crecimiento en línea y regímenes de luz personalizables

La concentración de virus a partir de muestras ambientales de agua y aguas residuales es una tarea desafiante, llevada a cabo principalmente para la identificación y cuantificación de virus. Si bien se han desarrollado y probado varios métodos de concentración de virus, demostramos aquí la efectividad de la ultrafiltración y la floculación de leche desnatada para virus de ARN con diferentes tipos de muestras.

Concentración de partículas de virus de muestras ambientales de agua y aguas residuales mediante floculación y ultrafiltración de leche desnatada

Formas fiables y precisas de análisis de ADN desplegable en el campo son cruciales para muchas industrias. Este artículo ofrece dos métodos para el análisis microbiano ambiental en campo: 1) el aislamiento de ADN microbiano de muestras ambientales utilizando un kit de extracción biológica de campo, y 2) el análisis del ADN mediante la unidad qPCR de campo.

Análisis de ADN microbiano en el campo utilizando un kit de extracción biológica de campo y una unidad qPCR de campo

Este video muestra la técnica para extraer el ADN de las especies de microbios residentes en el intestino de termitas. La preparación de una diapositiva en fresco, que es útil para la visualización de la comunidad microbiana intestinal también se ilustra, y un recorrido por la riqueza de especies entorno intestinal es dado.

Extracción de ADN de los microbios del intestino de las termitas (Zootermopsis Angusticollis) y visualizar microbios intestinales

Este video documenta los métodos de recogida de muestras de agua marina costera y su procesamiento para diversas aplicaciones de aguas abajo como la concentración de biomasa, la purificación de ácidos nucleicos, la abundancia de células, los nutrientes y análisis de trazas de gas.

El agua de mar de muestreo y recolección

Aprenda métodos de muestreo ambiental para aislar cianofagos y sus hospederos en ecosistemas acuáticos. Esta técnica combina secuenciación de alto rendimiento, microscopía electrónica y PCR cuantitativa para caracterizar dinámicas virus-hospedero.

Muestreo ambiental de microbios fotosintéticos y sus virus: del campo al laboratorio

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