Name: Una guía paso a paso para el aislamiento y análisis de la superficie foliar y el ARN apoplásico utilizando rosetas de Arabidopsis (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Aprende a aislar ARN extracelular de la superficie foliar y apoplasto en Arabidopsis mediante electroforesis de alta resolución y análisis Illumina. Este método permite estudiar la dinámica del ARN en respuesta a estrés biótico.

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<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Marcador de escalera de ssRNA de 14-30 nt</td><td>Takara</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de microcentrífuga de 1,5 ml</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>Jeringa sin aguja de 10 ml</td><td>BD</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de halcón de 15 ml</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>Gel de urea TBE-PROTEAN al 15%, 10 pocillos/12 pocillos, 30 &micro; L/20 &micro; L</td><td>Bio-Rad</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>Insertos de bandeja de 36 celdas</td><td>Mercado de la hoja verdadera</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Solución de acrilamida y bis-acrilamida al 40%, 37.5:1</td><td>Bio-Rad</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>Macetas redondas de 4 pulgadas</td><td>Mercado de la hoja verdadera</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tubos de halcón de 50 ml</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>Jeringa sin aguja de 50 ml</td><td>BD</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>Placa de 96 pocillos fondo negro</td><td>Grenier</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.22 &mu; Filtro de jeringa M</td><td>Pall</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.45 &mu; Filtro de jeringa M</td><td>Pall</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>Persulfato de amonio (APS)&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Referencia A3678</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de calcio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C1016</td><td></td></tr><tr><td>Cloroformo (sin ARNasa)</td><td>Macron Fine Chemicals</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>Domos de plástico transparente</td><td>Hummert Internacional</td><td>11 3348</td><td>Se puede utilizar cualquier cúpula de plástico para cubrir las plantas y mantener la humedad</td></tr><tr><td>Bastón con punta de algodón grado médico</td><td>Uline</td><td>S-21102</td><td></td></tr><tr><td>Etanol (sin ARNasa)</td><td>Laboratorios Decon, Inc.</td><td>2716GEA</td><td></td></tr><tr><td>Cafetera French Press, 24 fl oz</td><td>Pico de nieve</td><td>CS-111</td><td></td></tr><tr><td>Bandeja de cultivo sin agujeros 10 x 20</td><td>Mercado de la hoja verdadera</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cubo de hielo&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech, Spongex</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Thermo Scientific</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>Rotor de ángulo fijo JA-14</td><td>Beckman Coulter; modelo: JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>Toallitas Kimwipes</td><td>KCWW, Kimberly-Clark</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Cargador de ssRNA de rango bajo</td><td>NEB</td><td>N0364S</td><td></td></tr><tr><td>MES hidrata</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M8250</td><td></td></tr><tr><td>Lector de microplacas</td><td>BioTek</td><td>&nbsp; Sinergia H1</td><td></td></tr><tr><td>Miracle-Gro</td><td>Miracle-Gro</td><td>24-8-16</td><td>Es un alimento vegetal para todo uso. Dependiendo de la fuente de suelo utilizada para cultivar las plantas, se puede ajustar la aplicación.</td></tr><tr><td>Frasco centífugo Nalgene 250 ml (sin tapón)</td><td>Nalgene</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>Toallas de papel</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ParaFilm&nbsp; Película de laboratorio M</td><td>Parafilm</td><td>S-25929</td><td></td></tr><tr><td>Vaso de precipitados de plástico (500 ml)</td><td>Uline</td><td>S-21658</td><td></td></tr><tr><td>Glucógeno libre de ARNasa (20 mg/ml)</td><td>Thermo Scientific</td><td>R0561</td><td></td></tr><tr><td>Fungicida biológico RootShield Plus WP</td><td>BioWorks</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>Tijeras</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silwet L-77</td><td>Laboratorios de fitotecnología</td><td>S7777</td><td>Se puede utilizar cualquier marca de Silwet L-77. Sin embargo, Silwet pierde su eficacia con el paso del tiempo. Es ideal reemplazarlo una vez al año.</td></tr><tr><td>Cloruro de sodio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>Brocha de nylon suave para el pelo</td><td>NOS. Suministro de arte</td><td>No. 6</td><td></td></tr><tr><td>Botella de spray</td><td>Uline</td><td>S-7272</td><td>Se puede usar cualquier botella de spray, pero la configuración del spray debe estar en la ducha.</td></tr><tr><td>Sungro Mezcla de Cultivo Profesional</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mezcla de propagación Sungro</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tinción en gel de ácido nucleico SYBR Gold (concentrado 10,000x en DMSO)</td><td>Thermo Scientific</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Thermo Scientific</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>Reactivo TRIzol</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>Agua ultrapura sin DNASA/ARNASA</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>Urea</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>Cámara de vacío, 0.20 pies cúbicos</td><td>SP Scienceware - Productos Bel-Art - H-B Instrument</td><td>Referencia F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>Bomba de vacío, 3.5 CFM</td><td>Productos de vacío ideales</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>Balanza</td><td>Escali</td><td>WBB480535</td><td>Esto es solo un ejemplo. Se puede utilizar cualquier báscula.</td></tr></tbody></table>

una guía paso a paso para el aislamiento y análisis de la superficie foliar y el arn apoplásico utilizando rosetas de arabidopsis

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

Una guía paso a paso para el aislamiento y análisis de la superficie foliar y el ARN apoplásico utilizando rosetas de Arabidopsis

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

a-stepwise-guide-to-isolation-analysis-leaf-surface-apoplastic-rna

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Investigación

JoVE Journal

Immunology and Infection

Inmunología e Infección

Este video muestra un procedimiento para aislar protoplastos intactos los tejidos de 14 días de edad, las plántulas de Arabidopsis. Dado que los protoplastos aislados permanecen intactos por lo menos durante 96 horas y están aislados de plantas en vez de un mes de edad, las plantas adultas, este procedimiento acelera pruebas que requieren protoplastos intactos.

El aislamiento de protoplastos a partir de tejidos de 14 días de edad de las plántulas Arabidopsis thaliana</em

Análisis específico de célula de<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Hojas usando citometría de flujo

Se presenta un método eficiente y simple para aislar embriones en las primeras etapas de desarrollo...

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Este protocolo describe un método fácil para extraer y fraccionar transcripciones de tejidos vegetales sobre la base del número de ribosomas unidos. Permite una estimación global de la actividad de traducción y la determinación del estado de traducción de ARNm específicos.

Un método fácil para la planta de perfiles de polisomas

Aquí, presentamos un protocolo de captura interactome aplicado a Arabidopsis thaliana protoplastos hoja mesófilo. Este método depende crıticamente de la reticulación UV in vivo y permite el aislamiento e identificación de proteınas de unión a mRNA de plantas desde un entorno fisiológico.

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Aquí, presentamos un protocolo para el estudio de comportamiento de crecimiento de planta y especialmente los fenotipos de una manera reproducible. Mostramos cómo proporcionar al mismo tiempo condiciones luz estable y variable. Análisis adecuados dependen de suficientes números de muestra y evaluaciones estadísticas válidas.

Análisis del comportamiento de crecimiento de Arabidopsis thaliana en diferentes calidades de luz

Aquí, presentamos un método de cribado modificado que se puede utilizar ampliamente para examinar rápidamente los supresores de silenciamiento de ARN en patógenos vegetales.

Detección e identificación de supresores de silenciamiento de ARN de efectos secretos de patógenos vegetales

La traducción de la purificación de afinidad ribosoma (TRAP) ofrece la posibilidad de diseccionar programas de desarrollo con un procesamiento mínimo de órganos y tejidos. El protocolo produce ARN de alta calidad a partir de células dirigidas con una subunidad ribosomal etiquetada con proteína fluorescente verde (GFP). Las herramientas de análisis aguas abajo, como qRT-PCR o RNA-seq, revelan perfiles de expresión específicos del tejido y del tipo de célula.

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La viabilidad y efectividad de los métodos scRNA-seq de alto rendimiento anuncian una era unicelular en la investigación de plantas. Aquí se presenta un procedimiento robusto y completo para aislar tipos específicos de células de raíz de Arabidopsis thaliana y la posterior construcción y análisis de la biblioteca del transcriptoma.

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Aprende a aislar ARN extracelular de la superficie foliar y apoplasto en Arabidopsis mediante electroforesis de alta resolución y análisis Illumina. Este método permite estudiar la dinámica del ARN en respuesta a estrés biótico.

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