Name: Extracción de histonas de muestras clínicas para perfilado epigenético mediante espectrometría de masas (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: Aprende a extraer histonas de muestras clínicas para perfilado epigenético mediante espectrometría de masas. Este protocolo permite cuantificar hasta 50 modificaciones postraduccionales de histonas desde solo 1000 células.

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<table><tbody><tr><td><fuerte>Químicos</fuerte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Histolemon RS para Histología</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Acetonitrilo (ACN)</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>Bicarbonato de amonio (AmBic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Persulfato de amonio (APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Inhibidor de la proteasa de aprotinina</td><td>Sigma Aldrich y Sigma Aldrich;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Nucleasa de la benzonasa</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>Bisacrilamida 30% 37,5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Amortigua A 0,1 % de ácido fórmico en ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10229884</td><td>500 mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Buffer B 0,1 % ácido fórmico / 80% acetonitrilo en ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Resina C18</td><td>Merck</td><td>66883-U</td><td>47 mm de diámetro</td></tr><tr><td>Coomassie Instant Blue</td><td>Abcam</td><td>ab119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Ditioreitol (DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Leuceptina y leupepina; Inhibidor de la proteasa</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime;,N&prime;-tetrametil etilendiamina (TEMED)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Búfer de ejemplo LDS de NuPAGE</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS - Suero tamponado con fosfato & nbsp;</td><td>MicroGem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Fenoilianato (PIC)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Inhibidor de la proteasa de fluoruro de fenilmetilsulfonilo (PMSF)</td><td>Sigma Aldrich y Sigma Aldrich;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>Anhídrido propiónico (PRO)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>Histona Recombinante H3.1 Humano</td><td>New England Biolabs</td><td>M2503</td><td>1 & micro; G/& Micro; L</td></tr><tr><td>Tripsina de grado secuenciador</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>Inhibidor de la histona deacetliasa de butirato de sodio (NaBut)</td><td>Merck</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Dodecilsulfato de sodio (SDS)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Bicarbonato de trietilamonio</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Ácido trifluoroacético (TFA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28904</td><td>1x10mL</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Detergente Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td><fuerte>Kits/ Equipo/Software</fuerte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microplaca de 96 pozos</td><td>Corning</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>No pirogénico, libre de Rnase/Dnase</td></tr><tr><td>Equilibrar</td><td>Kern</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga de mesa</td><td>Laboratorio de Biofugas Hareus</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Dispositivo de Sonicación Bioruptor</td><td>Diagenodo</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sonificador Digital de Branson 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Colador celular 100 y micro; m</td><td>Halcón</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>Concentrador plus</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Homogeneizador de Dounce (por ejemplo y nbsp; Dounce, Wheaton...)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td>Triturador de tejido de 1 mL</td></tr><tr><td>Cromatografía líquida EASY-nLC 1200</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Columna HPLC C18 de EASY-Spray</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES902</td><td>2 & micro; m, 100 y 10 años; &Aring;, 75 &micro; m x 25 cm</td></tr><tr><td>Script EpiProfile2.0</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Software de Fiyi</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Motor de búsqueda MaxQuant</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mortero A (suelto)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B (apretado)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sistema Q Exactive Plus Orbitrap LC-MS/MS</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rueda giratoria</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>Escalpelo</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>Tijeras</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>Tapete de sellado</td><td>Corning</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>Compatible con automatización</td></tr><tr><td>Centrífuga de rotor basculante</td><td>Beckman coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Compacto termomezclador</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>Vórtice</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Software Xcalibur</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

extracción de histonas de muestras clínicas para perfilado epigenético mediante espectrometría de masas

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Extracción de histonas de muestras clínicas para perfilado epigenético mediante espectrometría de masas

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

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Research

Investigación

JoVE Journal

Cancer Research

Investigación del cáncer

Al combinar nativa y reticular inmunoprecipitación de cromatina con una elevada resolución Espectrometría de Masas, enfoque ChroP permite diseccionar la arquitectura proteómico compuesta de modificaciones de las histonas, variantes y proteínas no histonic sinergizantes en cromatina dominios funcionalmente distintos.

El Enfoque ChroP Combina chip y la espectrometría de masas para diseccionar Locus específicos proteómicos Paisajes de la cromatina

Este protocolo describe un flujo de trabajo totalmente integrado para la caracterización de las histonas modificaciones post-traduccionales utilizando espectrometría de masas (MS). El flujo de trabajo incluye la purificación de la histona de cultivos de células o tejidos, la derivación de histonas y la digestión, el análisis de MS utilizando cromatografía líquida de flujo nano e instrucciones para el análisis de datos. El protocolo está diseñado para dentro de 2 - 3 días.

Flujo de trabajo completo para el análisis de las histonas modificaciones post-traduccionales El uso de espectrometría de masas de abajo hacia arriba: A partir de la histona Extracción de Análisis de Datos

El propósito de este artículo es proporcionar a una guía completa y sistemática a la purificación eficiente de las histonas H3 y H4 y la cuantificación de residuos de histona acetilado.

Purificación de proteínas de histona H4, H3 y la cuantificación de las marcas acetilado histonas en las células y el tejido cerebral

El protocolo ha sido desarrollado para extraer eficazmente histonas intactas de materiales de hojas de sorgo para la elaboración de perfiles de modificaciones post-traslacionales de piedra histone que pueden servir como marcadores epigenéticos potenciales para ayudar a la ingeniería de cultivos resistentes a la sequía.

Aislamiento de histone del tejido de la hoja de sorgo para la perfilación de espectrometría de masas de arriba hacia abajo de marcadores epigenéticos potenciales

Este protocolo describe cómo se puede utilizar un sistema de cultivo celular tridimensional para modelar, tratar y analizar modificaciones de cromatina en un estado casi fisiológico.

Cuantificación a nivel global de modificaciones post-traduccionales de histonas en un modelo de cultivo celular 3D de tejido hepático

Un flujo de trabajo analítico basado en cromatografía líquida, espectrometría de movilidad de iones atrapados y espectrometría de masas de tiempo de vuelo (LC-TIMS-ToF MS/MS) para un análisis "ascendente" de alta confianza y altamente reproducible de las modificaciones e identificación de histonas en función de los parámetros principales (tiempo de retención [RT], sección transversal de colisión [CCS] y relación masa-carga [m/z] precisa).

Cribado de modificación de histonas mediante cromatografía líquida, espectrometría de movilidad de iones atrapados y espectrometría de masas de tiempo de vuelo

Este método describe una estrategia simple y rápida para la caracterización e investigación de proteoformes de histonas.

Presentación de Proteoformas de Histonas mediante electroforesis en gel 2D-TAU

Aquí presentamos un protocolo para automatizar el análisis de modificación posttraduccional de histonas unicelulares utilizando una estrategia de marcaje isotópico de dos plexos y la digestión con ArgC. Este flujo de trabajo permite un perfil cuantitativo, reproducible y de alta sensibilidad de la heterogeneidad de la cromatina y las respuestas epigenéticas a resolución de célula única.

Preparación automatizada de muestras para el análisis multiplexado de modificaciones posttraduccionales de histonas unicelulares (sc-hPTM2)

Aquí, presentamos una electroforesis en gel bidimensional (2DE) acoplada con espectrometría de masas (MS) para separar e identificar adenoma pituitario humano tejido proteoma, que presenta un patrón de 2DE buena y reproducible. Muchas proteínas se observan en cada punto de 2DE al analizar el proteoma del complejo del cáncer con el uso de MS de alta sensibilidad.

Electroforesis en Gel bidimensional juntada con métodos de espectrometría de masas para el análisis del proteoma de tejido humano Adenoma pituitario

Obtención de ADN genómico de la alta calidad de los tejidos del tumor es un primer paso esencial para el análisis de alteraciones genéticas mediante la siguiente secuencia de generación. En este artículo presentamos un método simple y rápido para enriquecer las células tumorales y obtener ADN intacto del toque de muestras de citología de impresión.

Método simple y rápido para obtener alta calidad Tumor ADN de especímenes clínicos patológicos mediante citología de impresión táctil

Aprende a extraer histonas de muestras clínicas para perfilado epigenético mediante espectrometría de masas. Este protocolo permite cuantificar hasta 50 modificaciones postraduccionales de histonas desde solo 1000 células.

Extracción de histonas de muestras clínicas para perfilado epigenético mediante espectrometría de masas

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