EasyFiji: Una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en Fiyi

Si alguna vez usas Fiji, sabes lo poderoso que es y lo rápido que puedes perderte en todos estos menús y ajustes. EasyFiji elimina el esfuerzo del procesamiento de imagen con botones sencillos, deslizadores y herramientas inteligentes que simplemente funcionan. Es Fiyi, pero amable.

La forma recomendada de instalar EasyFiji es a través del sitio de actualizaciones de Fiji. Solo tienes que hacer clic en la ayuda, actualizar, gestionar actualizar sitio y escribir EasyFiji. Recuerda hacer clic aquí, aplicar y cerrar.

Aplica cambios y luego reinicia EasyFiji. Los usuarios avanzados también podían optar por descargar los archivos JAR desde la página web de GitHub. Para el ajuste del canal de color, podemos abrir cualquier imagen multicanal y, usando la pestaña de color del canal, podemos elegir diferentes tablas de búsqueda aquí.

Podemos elegir rojo, verde, azul, extra, o podemos elegir el negro para desactivar el canal específico. Podemos usar todos los canales para mostrar todos los colores de los canales, o podemos usar cada canal para mostrar solo un canal específico. Para los deslizadores de ganancia, podemos hacer que las imágenes sean más brillantes.

Si la imagen es demasiado oscura, podemos hacerlo más brillante. Y para el desplazamiento, podemos poner la intensidad mínima en la imagen. Así que podemos ajustar el color de todos los canales o solo los canales específicos.

Para la vista de canal, abre la imagen de interés. Esta es una imagen multicanal. Así que cada canal individual tiene diferentes intensidades y una ubicación.

Para el botón de Colocalización, creará las imágenes RGB usando dos canales. Resalta regiones donde ambos canales tienen intensidades similares mostrando esos píxeles en amarillo. El botón FFMerge también combina dos canales en una pantalla RGB, pero de forma diferente.

Aquí, cada canal permanece igual de visible. Esto facilita la interpretación de las regiones solapadas sin perder el equilibrio de los canales. El botón FGMerge superpone uno o más canales a un canal de escala verde.

Es útil al combinarlas con imágenes en escala verde como DIC o EM. Los canales se conservan gracias al tamaño del canal en escala verde, el contraste general puede ofrecerte una calidad de imagen mucho mejor. Aquí tienes otro ejemplo de imágenes usando FGMerge. Para las vistas de pila, el plugin EasyFiji ofrece funciones como proyección de máxima intensidad, vistas ortogonales en corte y el kymograph.

Pestaña de procesamiento de imágenes. Abre una imagen, haz clic en el botón de grabar para empezar el comando de grabación. La función suave aplicará un desenfoque gaussiano, la función de reducción de ruido aplicará un filtro mediano, y el botón de nitido aplicará una máscara 2D de desenfoque, y el fondo del sujeto aplicará la señal de bola rodante y el algoritmo de bola rodante para eliminar fondo.

Y la tabla de consulta aplicada cambiará la ganancia y el desplazamiento según lo especificado en el panel de visualización. Aquí podríamos ver, después de aplicar este comando de procesamiento, que la calidad de imagen mejora mucho. Aquí mostraré un ejemplo de cómo usar el botón de Corrección Local para aplicar un factor de corrección de modo que la intensidad media de cada fotograma se vuelva local al valor de la curva de ajuste.

La corrección local y global puede aplicarse secuencialmente al mismo conjunto de datos. Aquí muestra el perfil de intensidad antes y después de la corrección de lejía. Pudimos ver que la señal ha sido corregida.

Aquí mostramos diferentes opciones de ahorro. El panel de guardado está orientado a casos de uso para un no experto en seleccionar el formato de archivo correcto para su uso. Podemos guardar las imágenes como un conjunto de datos en bruto.

Contendrá toda la información de la imagen. Podemos guardar como JPEG para la presentación, o podemos guardar las imágenes en formato PNJ. Y también podemos guardar la pila de imágenes como películas.

El panel de información de imagen, este panel muestra metadatos de adquisición específicos del proveedor de forma legible para las imágenes adquiridas de este tipo. Después de este vídeo, deberías tener un buen entendimiento de cómo usar este plugin para visualizar y procesar imágenes biomédicas. Nuestro propósito al desarrollar EasyFiji es hacer que el análisis de imágenes sea más fácil, rápido y accesible para los científicos de la vida.

Ya sea que estés cartografiando contraste, aplicando filtros o explorando metadatos de imágenes, EasyFiji está aquí para hacer que tu trabajo con Fiji sea más fluido y agradable.