Name: EasyFiji: Una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en Fiyi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 9 s
Description: Aprende a procesar imágenes de fluorescencia con EasyFiji, una interfaz gráfica intuitiva para Fiji (ImageJ) que simplifica el análisis de datos biológicos. Ideal para científicos que buscan eficiencia.

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<ol><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Mutterer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Custom+toolbars+and+mini+applications+with+Action+Bar%5BTitle%5D)+AND+%22Figshare%22%5BJournal%5D)">Custom toolbars and mini applications with Action Bar.</a> Figshare. 10 (m9), (2017).</li>
<li>Levet, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+open-source+software+for+bioimage+analysis%3A+opportunities+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Developing open-source software for bioimage analysis: opportunities and challenges.</a> F1000Res. 10, 302(2021).</li>
<li>Aaron, J. S., Taylor, A. B., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+co-localization-co-occurrence+versus+correlation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">Image co-localization-co-occurrence versus correlation.</a> J Cell Sci. 131 (3), (2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Watanabe, T., Hahn, K., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perceptually+accurate+display+of+two+greyscale+images+as+a+single+colour+image%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Perceptually accurate display of two greyscale images as a single colour image.</a> J Microsc. 268 (1), 73-83 (2017).</li>
<li>Mary, H., Brouhard, G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMary%2C+H+%22KymographBuilder%22">KymographBuilder</a>. , https://imagej.net/plugins/kymograph-builder (2016).</li>
<li>Schanda, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchanda%2C+J+%22Colorimetry%3A+understanding+the+CIE+system%22">Colorimetry: understanding the CIE system</a>. , Wiley Interscience. Hoboken. (2007).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Miura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bleach+correction+ImageJ+plugin+for+compensating+the+photobleaching+of+time-lapse+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Bleach correction ImageJ plugin for compensating the photobleaching of time-lapse sequences.</a> F1000Res. 9, 1494(2020).</li>
<li>Reid, R. C. Jr, Shapley, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brightness+induction+by+local+contrast+and+the+spatial+dependence+of+assimilation%5BTitle%5D)+AND+%22Vision+Res%22%5BJournal%5D)">Brightness induction by local contrast and the spatial dependence of assimilation.</a> Vision Res. 28 (1), 115-132 (1988).</li>
<li>Stauffer, W., Sheng, H., Lim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EzColocalization%3A+an+ImageJ+plugin+for+visualizing+and+measuring+colocalization+in+cells+and+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">EzColocalization: an ImageJ plugin for visualizing and measuring colocalization in cells and organisms.</a> Sci Rep. 8 (1), 15764(2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Aaron, J., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-free+quantification+and+visualization+of+colocalization+in+fluorescence+images%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Model-free quantification and visualization of colocalization in fluorescence images.</a> Cytometry A. 93 (5), 504-516 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Sitio de GitHub de EasyFiji</td><td>Código abierto</td><td></td><td>https://github.com/stjude/EasyFiji</td></tr><tr><td>Foro Image.sc EasyFiji</td><td>Código abierto</td><td></td><td>https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617</td></tr><tr><td>Sitio ImageJ.net EasyFiji</td><td>Código abierto</td><td></td><td>https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start</td></tr><tr><td>FIJI Software</td><td>Código abierto</td><td></td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>VLC Media Player</td><td>Código abierto</td><td></td><td>https://www.videolan.org/vlc/</td></tr></tbody></table>

easyfiji: una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en fiyi

EasyFiji: A Graphical Interface for User-Friendly Fluorescence Image Processing in Fiji

EasyFiji: Una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en Fiyi

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) is an extensive and extensible open-source image processing package widely employed by the bioimage analysis community. ...

easyfiji-graphical-interface-for-user-friendly-fluorescence-image

Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

Los estreptomyces se caracterizan por un ciclo de vida complejo que ha sido experimentalmente difícil de estudiar por medios biológicos celulares. Aquí presentamos un protocolo para realizar microscopía de fluorescencia time-lapse del ciclo de vida completo mediante el cultivo de Streptomyces venezuelae en un dispositivo microfluídico.

Fluorescencia-lapse de imágenes de la completa<em&gt; S. venezuelae</em&gt; Ciclo de Vida El uso de un dispositivo de microfluidos

La microscopía de fluorescencia de lámina de luz es una excelente herramienta para obtener imágenes del desarrollo embrionario. Permite la grabación de vídeos de largo lapso de tiempo de embriones vivos en condiciones casi fisiológicas. Demostramos su aplicación para obtener imágenes del desarrollo del ojo del pez cebra a través de amplias escalas espacio-temporales y presentamos una línea para la fusión y deconvolución de conjuntos de datos multivista.

Utilización de hojas de luz de microscopía de fluorescencia a la imagen de ojo de pez cebra Desarrollo

Imágenes de la morfogénesis de los embriones de insectos con microscopía de fluorescencia basada en la hoja de luz se ha convertido en estado de la técnica. Este protocolo describe y compara tres técnicas de montaje adecuadas para los embriones Tribolium castaneum, introduce dos nuevos líneas transgénicas medida muy adecuado para imágenes en vivo, discute los controles de calidad esenciales e indica limitaciones experimentales actuales.

Microscopía de fluorescencia de vida o fijadas y teñidas a base de hoja de luz<em&gt; Tribolium castaneum</em&gt; Los embriones

Aquí presentamos un protocolo para la combinación de dos técnicas de procesamiento de muestra, alta presión de congelación y procesamiento de las muestras asistida por microondas, seguido por la resina mínima inclusión para la adquisición de datos con un ion enfocado viga microscopio electrónico (FIB-SEM). Así lo demuestran con una muestra de nervio tibial de ratón y elegans de Caenorhabditis.

Preparación de muestras biológicas por congelación de alta presión, realce del contraste asistida por microondas y mínima inclusión de proyección de imagen de volumen

Aquí, presentamos un protocolo para la sola partícula seguimiento análisis de imagen que permite la evaluación cuantitativa de los coeficientes de difusión, tipos de movimiento y racimo de tamaños de partículas solo detectados por microscopía de fluorescencia.

Procesamiento de imagen protocolo para el análisis de la difusión y del tamaño del clúster de receptores de membrana por microscopía de fluorescencia

El objetivo general del protocolo es preparar más de un millón de gotas de femtoliter ordenadas, uniformes, estables y biocompatibles sobre un sustrato plano de 1 cm2 que se puede utilizar para la síntesis de proteínas libres de células.

Un arreglo de gotas Femtoliter para la síntesis masiva de proteínas paralelas a partir de moléculas de ADN únicas

Presentamos un flujo de trabajo de libre disposición construido para la exploración rápida y el análisis preciso de cuerpos celulares en compartimentos celulares específicos en imágenes de microscopía de fluorescencia. Este flujo de trabajo fácil de usar está diseñado en el software de código abierto Icy y también utiliza funcionalidades ImageJ. La canalización es asequible sin conocimientos en el análisis de imágenes.

Analizador de Subestructuras: Un flujo de trabajo amigable para el usuario para la exploración rápida y el análisis preciso de los cuerpos celulares en imágenes de microscopía de fluorescencia

Los primordios de hojas de maíz están profundamente enfundados y enrollados, lo que los hace difíciles de estudiar. Aquí, presentamos métodos para preparar secciones transversales y montajes enteros desenrollados de primordios de hojas de maíz para imágenes fluorescentes y confocales.

Métodos mejorados para preparar secciones transversales y montajes enteros desenrollados de primordios de hojas de maíz para imágenes de fluorescencia y confocales

Este método describe un protocolo de inmunofluorescencia y un canal de cuantificación para evaluar la distribución de proteínas con patrones de organización nuclear variados en linfocitos T humanos. Este protocolo proporciona orientación paso a paso, comenzando con la preparación de la muestra y continuando con la ejecución de análisis semiautomatizados en Fiji, concluyendo con el manejo de datos por parte de un cuaderno de Google Colab.

Una línea versátil para analizar los cambios dinámicos en los cuerpos nucleares en una variedad de tipos de células

La combinación de blanqueo iterativo-extendido-multiplexidad (IBEX) y un ensayo comercial de etiquetado de nucleótidos (Click-iT EdU) permite la detección y categorización de tipos de células en división en procesos altamente dinámicos en secciones fijas de tejido murino congelado. Además, una novedosa canalización de procesamiento de imágenes de código abierto proporciona adquisición y análisis de imágenes de alto rendimiento.

Flujo de trabajo de imágenes y análisis de alto rendimiento para evaluar los fenotipos de las células de la piel y los estados de proliferación en muestras de tejido

Aprende a procesar imágenes de fluorescencia con EasyFiji, una interfaz gráfica intuitiva para Fiji (ImageJ) que simplifica el análisis de datos biológicos. Ideal para científicos que buscan eficiencia.

EasyFiji: Una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en Fiyi

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