Name: Secuenciación y ensamblaje de plásmidos de lectura larga utilizando flujos de trabajo basados en secuenciación nanopore (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-07-07T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 27 s
Description: Aprende a secuenciar y ensamblar plásmidos mediante secuenciación nanopore de lectura larga utilizando Escherichia coli. Este protocolo optimiza el rendimiento de ADN y la precisión para estudios de genómica y biología molecular.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>1.5 mL Eppendorf DNA LoBind tube</td><td>Sigma Aldrich</td><td>EP022431081</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>1.5 mL tube racks</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>22-313630</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>15 mL conical tubes</td><td>FALCON</td><td>352096</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>15 mL tube racks</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>8850</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>2.0 mL microcentrifuge tubes</td><td>Fisherbrand</td><td>05-408-138</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>250 mL sterile flasks&nbsp;</td><td>PYREX</td><td>5320</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Carbenicillin</td><td>GOLD BIOTECHNOLOGY</td><td>C-103-50</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>5424R-PR-R</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Centrifuge&nbsp;</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>5810R-P-R</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Centrifuge bottles</td><td>Sigma Aldrich</td><td>B1283-4EA</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Disposable Inoculating Loops: 1 &micro;L</td><td>Fisherbrand</td><td>22-363-595</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Electronic Digital Scale</td><td>Denver Instrument</td><td>APX-2001</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Fisher Scientific&nbsp;</td><td>04-355-720</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Ethanol-resistant markers</td><td>Sharpie</td><td>37001; 37002; 37003</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Flow cell (R10.4.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>FLO-MIN114</td><td></td></tr><tr><td>Flow Cell Wash Kit&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-WSH004</td><td></td></tr><tr><td>Gloves</td><td>X-GEN</td><td>44-100M</td><td>Cualquier marca de guantes de nitrilo funciona</td></tr><tr><td>Ice bucket</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>432128</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Fisher Scientific&nbsp;</td><td>BP26184</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>MinION Sequencing Device&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>MIN-101B</td><td></td></tr><tr><td>Native Barcoding Kit 96 V14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-NBD114.96</td><td></td></tr><tr><td>NucleoBond Xtra MIDI Plasmid DNA Extraction Kit</td><td>Takara</td><td>740410.5</td><td></td></tr><tr><td>PCR tube racks</td><td>AXYGEN&nbsp;</td><td>&nbsp;R96PCRFSP</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>PCR tubes: (0.2 mL)</td><td>AXYGEN&nbsp;</td><td>PCR-02-C</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Program autocycler v0.5.2</td><td>Ryan Wick / University of Melbourne</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program bcftools v1.22</td><td>Wellcome Sanger Institute (HTSlib / Samtools team)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program bwa v0.7.19</td><td>Heng Li, originally at the Broad Institute</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program canu v2.3</td><td>University of California, Davis &amp; Pacific Biosciences collaborators</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program flye v2.9.6</td><td>University of California, San Diego (Pavel Pevzner lab)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program medaka v2.1.1</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program metamdbg&nbsp;v1.2</td><td>INRIA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program miniasm v0.3</td><td>Heng Li</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program minimap2 v2.28</td><td>Heng Li</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program minipolish&nbsp; v0.2.0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</td><td>Ryan Wick / University of Melbourne</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program porechop v0.2.4</td><td>Ryan Wick / University of Melbourne</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program racon v1.5.0</td><td>Genome Institute of Singapore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program samtools v1.22.1</td><td>Wellcome Sanger Institute (HTSlib / Samtools project)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Qubit&trade; 4 Fluorometer</td><td>Invitrogen&nbsp;</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>Qubit&trade; Assay Tubes</td><td>Invitrogen&nbsp;</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Rapid Barcoding Kit 24 and 96 V14&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-RBK114.96</td><td></td></tr><tr><td>Set of micropipettes that dispense between 1 &ndash; 10 &mu;L (P10), 2 &ndash; 20 &mu;L (P20), 20 &ndash; 200 &mu;L (P200) and 200 &ndash; 1000 &mu;L (P1000)</td><td>RAININ</td><td>17008648; 17008650; 17008652; 17008653</td><td>Las micropipetas deben estar calibradas</td></tr><tr><td>Spectrophotometer</td><td>Thermo Scientific</td><td>335905P</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Sterilized tips for 10 &mu;L, 200 &mu;L and 1000 &mu;L&nbsp;</td><td>Eclipse</td><td>1011-260-000-9; 1018-260-000; 1019-260-000-9</td><td></td></tr><tr><td>Thermal cycler C1000 Touch&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>1851196</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr><tr><td>Water bath</td><td>Thermo Scientific</td><td>51221052</td><td>Se puede reemplazar por otra marca</td></tr></tbody></table>

secuenciación y ensamblaje de plásmidos de lectura larga utilizando flujos de trabajo basados en secuenciación nanopore

Long-Read Plasmid Sequencing and Assembly Using Nanopore Sequencing-Based Workflows

Secuenciación y ensamblaje de plásmidos de lectura larga utilizando flujos de trabajo basados en secuenciación nanopore

The present study describes a workflow for nanopore sequencing designed to maximize plasmid DNA yield and sequencing accuracy. Researchers cover each step ...

long-read-plasmid-sequencing-assembly-using-nanopore-sequencing-based

Research

Investigación

JoVE Journal

Genetics

Genética

Nanopore technology para secuenciación de biomoléculas tiene amplias aplicaciones en Ciencias de la vida, incluyendo la identificación de patógenos, supervisión de la seguridad del alimento, análisis genomic, metagenomic monitoreo ambiental y caracterización de bacterias resistencia a los antibióticos. En este artículo, el procedimiento de secuenciación de ADN de suelo de metagenómica para identificación de especies utilizando la tecnología de secuenciación nanopore es demostrado.

Secuencia de la DNA Nanopore para análisis de metagenómica suelo

Secuencias de largo leer facilitan enormemente el montaje de genomas complejos y la caracterización de la variación estructural. Se describe un método para generar secuencias muy largas por plataformas de secuenciación basada en nanopore. El enfoque adopta una extracción de ADN optimizada seguida por las preparaciones de la biblioteca modificada para generar cientos de kilobases Lee con una cobertura moderada de células humanas.

Muy largo leer la secuencia para el análisis de la DNA de Genomic entero

La secuenciación de nanoporos es una tecnología novedosa que permite una secuenciación rentable en ubicaciones remotas y entornos con escasos recursos. Aquí, presentamos un protocolo para la secuenciación de mRNAs de sangre entera que es compatible con tales condiciones.

Secuenciación de ARNm de sangre entera utilizando secuenciación de nanoporos

Anteriormente validamos un protocolo para la secuenciación del virus Usutu (USUV) del genoma completo basado en amplificación en una plataforma de secuenciación de nanoporos. Aquí, describimos los métodos utilizados con más detalle y determinamos la tasa de error de la celda de flujo rincrónico R10.

Validación de la secuenciación de nanoporos del genoma completo, utilizando el virus Usutu como ejemplo

Este protocolo detalla un enfoque integral para el cultivo, la secuenciación y el ensamblaje del genoma híbrido de novo de las bacterias urinarias. Proporciona un procedimiento reproducible para la generación de secuencias completas y circulares del genoma útiles en el estudio de elementos genéticos cromosómicos y extracromosómicos que contribuyen a la colonización urinaria, la patogénesis y la diseminación de la resistencia a los antimicrobianos.

Ensamblaje híbrido del genoma de novo para la generación de genomas completos de bacterias urinarias utilizando tecnologías de secuenciación de lectura corta y larga

Aquí, presentamos un flujo de trabajo rápido y rentable para caracterizar los genomas del virus de la rabia (RABV) utilizando tecnología de nanoporos. El flujo de trabajo está destinado a apoyar la vigilancia genómica a nivel local, proporcionando información sobre los linajes circulantes del RABV y su ubicación dentro de las filogenias regionales para guiar las medidas de control de la rabia.

Secuenciación del genoma completo para la caracterización rápida del virus de la rabia mediante tecnología de nanoporos

Este protocolo describe un flujo de trabajo desde los cultivos celulares ex vivo o in vitro hasta el preprocesamiento de datos transcriptómicos para el cribado rentable de fármacos basado en transcriptomas.

Cribado de fármacos basado en transcriptómica rentable

El ensamblaje in vivo es un método de clonación independiente de la ligadura que se basa en enzimas intrínsecas de reparación del ADN en bacterias para ensamblar fragmentos de ADN por recombinación homóloga. Este protocolo es rentable y rentable, ya que se requieren pocos reactivos y la eficiencia de la clonación puede ser de hasta el 99 %.

Uso de ensamblaje in vivo para la construcción de plásmidos de alta eficiencia

Este protocolo se optimizó para la secuenciación profunda dirigida de 18 regiones de resistencia a los medicamentos en Mycobacterium tuberculosis utilizando una plataforma de secuenciación de lectura larga, seguida de un análisis con una línea de bioinformática específica para la tuberculosis diseñada para datos de lectura larga.

Secuenciación de amplicones utilizando las tecnologías de secuenciación de lectura larga

secuenciación de una sola célula es una herramienta cada vez más popular y accesible para hacer frente a los cambios genómicos en alta resolución. Proporcionamos un protocolo que utiliza la secuenciación de una sola célula para identificar alteraciones en el número de copias en las células individuales.

Detección del número de copias alteraciones Uso de Secuenciación de los organismos unicelulares

Aprende a secuenciar y ensamblar plásmidos mediante secuenciación nanopore de lectura larga utilizando Escherichia coli. Este protocolo optimiza el rendimiento de ADN y la precisión para estudios de genómica y biología molecular.

Secuenciación y ensamblaje de plásmidos de lectura larga utilizando flujos de trabajo basados en secuenciación nanopore

Explorar más videos