מיקרוסקופ אור הוא כלי בסיסי ביולוג של התא, שהיה צריך הבנה מעמיקה של איך זה עובד, איך זה צריך להיות מתואם עבור יישומים שונים, ואיך זה צריך להישמר כפי שנדרש כדי להשיג קיבולת מקסימלית להרכיב תמונה ורזולוציה. הרכיבים של המיקרוסקופ מתוארים בפירוט כאן.