Comparaison des variations du nombre de copies et des SNP

Des variations génomiques telles que l’ajout ou la suppression de segments d’ADN sont couramment observées dans une population. Les variations génomiques d’une population peuvent survenir en raison de modifications nucléotidiques uniques dans l’ADN ou de modifications structurelles des chromosomes.

La variation du nombre de copies ou CNV est un terme générique qui définit les variations structurelles impliquant des segments d’ADN de plus de 1 kilo paire de bases.

Si le segment chromosomique impliqué contient un gène, les CNV peuvent augmenter le nombre de copies de ce gène par duplication et insertion ou le diminuer par délétion, ce qui entraîne un génotype nul.

Par conséquent, certaines personnes peuvent avoir deux copies ou même plus d’un gène, ou aucune copie du tout. Par exemple, certaines personnes d’ascendance génétique européenne peuvent porter deux copies du gène du groupe sanguin rhésus, RHD, tandis que d’autres peuvent n’en avoir qu’une et d’autres aucune.  

La CNV peut affecter les phénotypes qui dépendent du nombre de copies de gènes fonctionnels. Dans les régions euro-américaines et asiatiques où les régimes à base d’amidon sont courants, la population présente un nombre de copies plus élevé du gène AMY1, un gène impliqué dans le métabolisme de l’amidon.

Les CNV sont également liés à plusieurs maladies telles que le psoriasis, la maladie de Parkinson et les troubles du comportement comme l’autisme et la schizophrénie.

Alors que les CNV couvrent généralement de grandes variations de séquences d’ADN, les polymorphismes mononucléotidiques ou SNP sont des substitutions aléatoires d’une seule base que l’on trouve dans tout le génome.

De telles substitutions de bases se produisent une fois tous les 1000 nucléotides, mais tous ne sont pas qualifiés de SNP. En général, seule une variation nucléotidique que l’on trouve chez plus de 1 % de la population est appelée SNP.

Les SNP peuvent conférer diverses maladies telles que le diabète ou le cancer. Par exemple, chez les patients atteints d’anémie falciforme, une substitution d’une seule base de l’adénine à la thymine dans un locus spécifique du gène de la bêta-globine provoque des globules rouges en forme de faucille.