Puces à ADN

Une puce à ADN contient des milliers de sondes d’ADN simple brin disposées en grille sur une puce de verre ou de silicium. L’ADN d’intérêt est marqué par fluorescence et peut s’hybrider avec sa sonde complémentaire sur la puce à ADN.

Cette technique permet de mesurer simultanément les concentrations relatives de séquences d’ADNc spécifiques.

Généralement, les microréseaux d’ADN sont utilisés pour quantifier l’expression des gènes en mesurant les niveaux d’ADNc correspondant à des transcrits d’ARNm particuliers.

D’autres utilisations incluent la détection de la liaison des facteurs de transcription sur la chromatine ou l’identification des variations mononucléotidiques dans l’ADN génomique.

Les sondes à microréseaux pour mesurer l’ARNm sont des segments d’ADN simple brin correspondant à la région codante de chaque gène à analyser. Les nucléotides de la sonde peuvent être soit copiés à partir de l’ADN génomique par PCR, soit synthétisés directement sur la surface de la puce.

Ces sondes sont attachées de manière covalente à une puce formant un réseau de points, où chaque site représente une cible unique. Par conséquent, une micropuce à ADN peut analyser des dizaines de milliers de gènes.

Pour une analyse à l’échelle du génome, le contenu total de l’ARNm est isolé des cellules d’un organisme et converti en ADNc marqués par fluorescence. Lorsque cet échantillon est exposé à une puce à ADN, les sondes s’apparient à leurs ADNc complémentaires.

Le signal fluorescent à chaque endroit est directement proportionnel à la quantité d’ADNc lié, et peut être analysé par le logiciel approprié pour quantifier l’expression des gènes.

Bien que cette analyse ne donne pas les concentrations absolues des ARNm, elle peut être utilisée pour comparer leurs concentrations relatives, donc les niveaux d’expression génique, dans deux échantillons dans des conditions différentes.

Un échantillon de référence pourrait être marqué avec un fluorophore vert, tandis qu’un échantillon de test serait étiqueté rouge.

Si l’expression de l’échantillon d’essai est inférieure à celle de l’échantillon de référence, la tache apparaît en vert, tandis qu’une expression plus élevée est indiquée par une tache rouge. Le jaune indique des niveaux d’expression égaux dans les deux échantillons.