Système de classification microbienne

La classification est le processus d'organisation des organismes en groupes hiérarchiquement inclusifs, fondé sur leurs similitudes phénotypiques ou leurs relations évolutives. Une espèce comprend une ou plusieurs souches, et les espèces étroitement apparentées sont regroupées en genres. Les genres sont ensuite classés en familles, les familles en ordres, les ordres en classes, et ainsi de suite, jusqu’au niveau du domaine, qui constitue le rang taxonomique le plus large, dérivé d’une combinaison de données phénotypiques et génotypiques.

La nomenclature des organismes suit le système binominal développé par Carl von Linné, selon lequel chaque organisme reçoit un nom de genre et une épithète spécifique, écrits en italique. La dénomination des nouveaux taxons microbiens est régie par le Comité international de systématique des procaryotes (ICSP en anglais), qui supervise le Code international de nomenclature des bactéries (également appelé Nomenclature bactérienne). Ce code précise les procédures formelles requises pour la validation. Un nouveau nom d’espèce doit être accompagné d’une description détaillée de ses caractéristiques distinctives ainsi que du dépôt de cultures viables dans au moins deux collections internationales. Lorsque les organismes ne peuvent pas encore être cultivés ou obtenus sous forme pure, un nom provisoire est attribué avec le préfixe « Candidatus ». Par exemple : Candidatus Pelagibacter ubique (une espèce bactérienne largement répandue mais très difficile à cultiver en laboratoire), Candidatus Heliomonas lunata (une espèce bactérienne ne pouvant être cultivée en culture pure en laboratoire). Des listes actualisées et validées de bactéries et d’archées sont disponibles sur le site Liste des noms procaryotes ayant une validité nomenclaturale (http://www.bacterio.net) et sur Nomenclature procaryote à jour (http://www.dsmz.de).

Le Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology constitue le système de classification le plus reconnu pour les bactéries et les archées. Depuis sa première édition en 1923, il est une ressource essentielle pour les microbiologistes, fournissant des informations détaillées, incluant des tableaux systématiques, des figures et des outils d’identification. Une autre ressource importante est The Prokaryotes, qui offre une perspective approfondie sur la physiologie, l’écologie, la phylogénie et la culture des organismes procaryotes.

Les collections nationales de cultures microbiennes, telles que l’American Type Culture Collection, la Belgian Coordinated Collection of Microorganisms, la Collection de l’Institut Pasteur, entre autres, jouent un rôle essentiel en systématique microbienne. Ces répertoires conservent des cultures viables dans des conditions préservant leur intégrité génétique, garantissant leur accessibilité pour la recherche et la conservation de la biodiversité. Contrairement aux spécimens muséaux traditionnels, ces cultures sont maintenues vivantes, permettant leur étude et caractérisation continues. De telles collections préservent également les souches types, servant de points de référence pour les futures comparaisons taxonomiques.