Nous présentons une méthode pour générer des ADNc de l'ARNm de l'environnement. En général, l'ARN total est d'abord recueilli de l'environnement, l'ARNr est enlevé sélectivement, l'ARNm est sélectivement amplifié, et l'ADNc synthétisé à partir de la piscine ARNm enrichi est séquencé. Séquences récupérés peuvent être annotés en utilisant des techniques standard de la bioinformatique pour identifier les gènes exprimés.
Un abonnement JoVE est requis pour visualiser ce contenu. Connectez-vous ou commencez votre période d'essai gratuite.
Article de méthode
Analysant l'expression de gènes à partir communautés microbiennes marines utilisant Transcriptomique environnement
Dans cet article
Résumé
Résumé
Analogue à la métagénomique, transcriptomique de l'environnement (metatranscriptomics) récupère et les séquences des ARNm de l'environnement à partir d'un assemblage de micro sans connaissance préalable de ce que les gènes de la communauté pourrait être exprimer. Ainsi, il offre la perspective la plus impartiale sur l'expression du gène de la Communauté
Protocole
Travailler avec l'ARN
Parce RNases sont omniprésents et les ARNm se dégrader rapidement, les précautions standard pour travailler dans un environnement exempt de ribonucléase doivent être suivies et les échantillons doivent être traités ou conservés dès possible après le prélèvement.
Partie 1: environnement ARN Collection (conçu pour collecter la biomasse dans la fraction granulométrique 0,2 à 3,0 um)
Fournitures nécessaires:
Tube Masterflex
Pompe péristaltique
3 microns filtre haute capsule de volumes plissés
0,22 um ou Supor en polyc....
Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.
Discussion
L'enquête de l'expression génique par les communautés microbiennes naturelles est devenue courante ces dernières années comme un moyen d'explorer les rôles et les fonctions écologiques des micro-organismes. Utilisé en combinaison avec la détection, la quantification et la caractérisation des micro-organismes marins, des analyses d'expression génique peut être utilisé pour relier la phylogénie de fonctionner dans les communautés microbiennes naturelles. De nombreuses techniques pour cibler l'expressio.......
Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.
Remerciements
Le financement a été fourni par la Gordon and Betty Moore Foundation et subventions de la National Science Foundation accorde MCB-0702125.
....Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.
Matériaux
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires | |
|---|---|---|---|---|
| Tubes à billes PowerSoil | kit | MoBio | 12866-25-PBT | |
| Kit RNeasy Mini | kit | Qiagen | 74104 | |
| TURBO DNA-free | kit | Ambion | AM1907 | |
| Kit d'isolement d'ARNm procaryote mRNA-ONLY | kit | Epicentre Biotechnologies | MOP51010/MOP51024 | |
| KIT MICROBExpress d'enrichissement d'ARNm bactérien | kit | Ambion | AM1905 | |
| KIT MICROBEnrich | kit | Ambion | AM1901 | |
| Kit MessageAmp II-Bacteria d'amplification d'ARN | kit | Ambion | AM1790 | |
| Système universel de synthèse d'ADNc RiboClone | kit | Promega Corp. | C4360 | |
| Système Wizard de purification de l'ADN | kit | Promega Corp. | A7280 |
Références
- Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).
- Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).
- Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).
- Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).
- Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).
- Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).
- Poretsk....
Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.
Réimpressions et autorisations
