Étude de l’activité microbienne intestinale humaine sur les exopolysaccharides

Résumé

Source : Hu, Y. et.al., Analyse des interactions entre les endobiotiques et le microbiote intestinal humain utilisant des systèmes de fermentation in vitro bath. J. Vis. Exp. (2019)

Cette vidéo montre l’analyse de la production d’acides gras à chaîne courte par le microbiote intestinal humain en réponse aux exopolysaccharides. Cela met en lumière la séparation et la quantification des produits de fermentation microbiennes à l’aide de la chromatographie en phase gazeuse. Les résultats révèlent que les exopolysaccharides modulent les métabolites microbiens qui influencent la dynamique hôte-pathogène dans l’intestin.

Protocole

1. Effets de l’exopolysaccharide (EPS) sur la production d’acides gras à chaîne courte (SCFA) par le microbiote intestinal humain
   1. Ajoutez des surnatants fermentés (1 mL) préparés à l’étape 5,3 à 2 mL de tubes centrifuge.
   2. Ajoutez 0,2 mL d’acide métaphosphorique à 25 % (v/v) à chacun des échantillons et mélangez soigneusement les solutions par vortex.
   3. Centrifugez les mélanges à 13 000 x g pendant 20 minutes et transférez les surnatants dans des tubes frais.
   4. En même temps, préparez des solutions de 120 mM d’acides acétique, propionique, butyrique, isobutyrique, valérique et isovalérique. Ensuite, ajoutez 1 mL de chaque acide préparé à 1,2 mL d’acide métaphosphorique à 25 % (p/v) et utilisez comme cocktails standards.
   5. Filtrez les échantillons à l’aide d’une membrane de 0,22 μM.
   6. Détecter les concentrations de SCFA à l’aide de chromatographie en phase gazeuse haute performance.
      REMARQUE : Une colonne FFAP InertCap (0,25 mM x 30 m x 0,25 μM) est utilisée pour la chromatographie en phase gazeuse (GC). Les concentrations de SCFA sont ensuite quantifiées en fonction des zones de pic en utilisant la méthode standard interne à point unique dans le logiciel GC Solution.

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Filtres à membrane de 0,22 μm	Millipore	SLGP033RB	Utilisation pour filtrer les échantillons
Tamis 0,4 mm	Thermo Fischer	308080-99-1	À utiliser pour préparer des échantillons fécaux humains
Acétique	Sigma-Aldrich	71251	Exemple standard pour SCFA
Butyrique	Sigma-Aldrich	19215	Exemple standard pour SCFA
Colonne capillaire	SHIMADZU-GL	InertCap FFAP (0,25 mm × 30 m × 0,25 μm)	Utilisation de la détection SCFA
Chromatographie en phase gazeuse	Shimadzu Corporation	GC-2010 Plus	Utilisation de la détection SCFA
Isobutyrique	Sigma-Aldrich	46935-U	Exemple standard pour SCFA
Acides isovalériques	Sigma-Aldrich	129542	Exemple standard pour SCFA
Acide métaphosphorique	Sigma-Aldrich	B7350	Exemple standard pour SCFA
NaOH	Sigma-Aldrich	30620	Solution de base utilisée pour ajuster le pH des tampons
Propionique	Sigma-Aldrich	94425	Exemple standard pour SCFA
Valeric	Sigma-Aldrich	75054	Exemple standard pour SCFA