Pathogénie bactérienne et interactions avec l'hôte

Source : Jung, A. L., et al. Vésicules membranaires externes de Legionella pneumophila : isolement et analyse de leur potentiel pro-inflammatoire sur les macrophages. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre l’isolement des vésicules de membrane externe (OMV) de Legionella pneumophila grâce à la centrifugation séquentielle, à la filtration stérile et à l’ultracentrifugation. Les OMV purifiés, enrichis en protéines membranaires et lipopolysaccharides, conviennent aux études d’interaction...

Commencez par des tubes contenant le stade persistant non réplicatif, ou NRP, de Mycobacterium tuberculosis, qui présente une couche externe épaissie.Ajoutez des billes de verre dans un tube et secouez-le pour perturber mécaniquement la couche externe des mycobactéries, améliorant ainsi la perméabilité.Ensuite, transférez la suspension mycobactérienne battue par la perle dans un tube frais.Ajoutez de la rifampicine marquée par fluorescente, un antibiotique antituberculeux, aux suspensions...

Commencez par une suspension d’E. pathogène aviaire. coli ou APEC dans le milieu de croissance.L’APEC est une bactérie à Gram négatif qui infecte la volaille en pénétrant par les voies respiratoires.Après avoir percé la couche muqueuse, les APEC adhèrent aux cellules épithéliales, se multiplient localement et perturbent la barrière épithéliale pour pénétrer dans la circulation sanguine. La bactérie se propage ensuite à plusieurs organes, provoquant une infection systémique.Ajouter un volume...

Source : Spiesz, E. M., et al., Patterning tridimensionnel of Engineered Biofilms with a Do-it-yourself Bioprinter. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre une méthode pour comparer des motifs d’alginates imprimés en 3D contenant soit des souches bactériennes témoins, soit génétiquement modifiées. La souche d’essai produit des fibres de curli lors de l’induction, qui renforcent la structure d’hydrogel d’alginate. Après un traitement par solution chélante de calcium, seul le schéma de test reste...

Source : Tay, S. B., et al. Perturbation antivirulente des biofilms pathogènes utilisant des lactonases modifiées pour l’extinction du quorum. J. Vis. Exp. (2016)La vidéo démontre une méthode pour quantifier la biomasse de biofilm dans une bactérie pathogène, en comparant des témoins non traités à des échantillons traités avec une enzyme quorum-quenching. L’enzyme perturbe la signalisation bactérienne lors de l’incubation précoce, réduisant l’adhésion cellulaire. Après lavage et incubation...

Source : Schlafer, S, et Frost Kristensen, M. Surveillance du pH extracellulaire dans des biofilms inter-royaumes à l’aide de la microscopie confocale. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la culture de biofilms inter-règnes de Streptococcus mutans et Candida albicans dans des conditions de type oral pour modéliser les interactions bactériennes-fongiques, permettant d’étudier la synergie microbienne, l’adhésion médiée par le glucan et la virulence acidogénique dans la pathogenèse orale.

Source : Kurz, D. L., et al. Plateforme microfluidique pour étudier le bioclogging dans des milieux poreux. J. Vis. Exp. (2022)La vidéo montre l’utilisation d’un dispositif microfluidique pour étudier la formation de biofilms. Une suspension bactérienne est introduite dans le microcanal, suivie d’une incubation pour permettre le développement du biofilm. Le débit est ensuite repris, et la surveillance de la pression ainsi que l’imagerie sont utilisées pour détecter la formation de biofilms et...

Source : Perinbam, K., et Siryaporn, A. Un test rapide de virulence bactérienne basé sur l’image, utilisant des amibes. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre une méthode rapide basée sur l’image pour évaluer la virulence bactérienne en incubant des amibes avec des bactéries attachées à la surface ou planctoniques, en appliquant un coussinet d’agarose calcéine-acétoxyméthyl (calcein-AM), et en imageant la fluorescence pour détecter les dommages aux cellules hôtes.

Source : Bucher, T., et al. Méthodologies pour l’étude des biofilms de B. subtilis comme modèle de caractérisation des inhibiteurs de biofilms de petites molécules. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre un test de formation de pellicule utilisant Bacillus subtilis pour évaluer des inhibiteurs de petites molécules qui perturbent la synthèse matricielle et le développement du biofilm, fournissant un modèle pour cribler des composés qui inhibent sélectivement la croissance associée à la surface...

Source : Bucher, T., et al. Méthodologies pour l’étude des biofilms de B. subtilis comme modèle de caractérisation des inhibiteurs de biofilms de petites molécules. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo montre comment l’intégrité de la matrice de biofilms influence la résistance bactérienne à l’éthanol en comparant les unités formant des colonies dans des biofilms non traités et perturbés par les inhibiteurs. La réduction des UFC dans les échantillons traités par inhibiteurs démontre que la matrice...

Source : Beaudoin, T., et al. Visualisation des effets des crachats sur le développement du biofilm à l’aide d’un modèle de verre de couverture à chambre. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre l’utilisation d’un verre de couverture à chambre pour étudier l’effet des facteurs de l’héscorte de la mucoviscidose issue du patient sur le développement du biofilm bactérien.

Commencez par une suspension bactérienne dans un milieu nutritif.Ajoutez la suspension à une plaque multi-puits et incubez.Les nutriments contenus dans le milieu facilitent la croissance et l’attachement bactérien.Les bactéries adhérées sécrètent des substances polymériques extracellulaires composées de polysaccharides, de protéines et d’ADN pour former une couche de biofilm.Lavez-le plusieurs fois avec un tampon pour éliminer les bactéries non liées.Inversez la plaque pour éliminer le liquide...

Source : Hu, Y., et al. Analyse des interactions entre les endobiotiques et le microbiote digestif humain à l’aide de systèmes de fermentation in vitro dans les bains de baignoire. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre l’utilisation de la chromatographie en couche fine (TLC) pour évaluer la dégradation des exopolysaccharides (EPS) par le microbiote fécal humain. Les fragments d’EPS dans les surnatants de fermentation sont séparés selon leur taille et leur polarité à l’aide de la TLC, puis...

Source : Schumacher, D., et Sogaard-Andersen, L. Imagerie par cellules vivantes par fluorescence du cycle cellulaire végétatif complet de la bactérie sociale à croissance lente Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’utilisation de l’imagerie des cellules vivantes pour suivre les origines des chromosomes marqués par fluorescence lors de la division cellulaire bactérienne. Il capture la dynamique de la ségrégation chromosomique à l’aide de la microscopie à contraste de...

Source : Tokunou, Y. et al., Détection électrochimique de l’effet isotopique cinétique du deutérium sur le transport extracellulaire d’électrons chez Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’assemblage et le fonctionnement d’un modèle de réacteur électrochimique conçu pour simuler la formation de biofilms sur les surfaces d’électrodes. La stimulation électrochimique contrôlée favorise l’adhésion microbienne, conduisant au développement progressif d’un biofilm...

Source : Naji, A., et al. Étude du stress oxydatif causé par les streptocoques du groupe Mitis chez Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’utilisation de SKN-1 marqué par une protéine fluorescente verte chez C. elegans pour surveiller le stress oxydatif en suivant la fluorescence verte. Les vers exposés à S. gordonii présentent une forte fluorescence nucléaire, confirmant un stress induit par les agents pathogènes, tandis que ceux nourris avec E. coli présentent une...

Source : Nielsen, T. B., et al., Modèle d’aspiration oropharyngée murine de pneumonie bactérienne associée au ventilateur et d’acquisition hospitalière. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la procédure consistant à acheminer des bactéries à travers l’oropharynx jusqu’aux poumons d’une souris anesthésiée afin d’induire une infection pulmonaire et de déclencher une réponse immunitaire.

Source : Zhao, K., et al. Un modèle in vitro pour étudier l’effet de la thérapie photodynamique médiée par l’acide 5-aminolevulinic sur le biofilm de Staphylococcus aureus . J. Vis. Exp. (2018)La vidéo présente un protocole de thérapie photodynamique pour évaluer les effets antibactériens sur les biofilms bactériens Gram-positifs. Les biofilms sont divisés en quatre groupes : deux reçoivent un précurseur photosensible, et deux reçoivent un tampon. Tous sont incubés dans l’obscurité, suivis...

Source: Escudero, J. A., et.al. Testing the Role of Multicopy Plasmids in the Evolution of Antibiotic Resistance. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates how escalating cefazidime exposure is used to compare the survival of three E. coli strains with different copies of the ampicillin resistance gene. It shows that only the strain with a multicopy plasmid survives at higher drug levels, highlighting how increased gene copy number accelerates resistance evolution.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the phage-mediated transfer of donor DNA carrying an excisable antibiotic resistance cassette into Escherichia coli. The integrated cassette replaces the target gene via homologous recombination, resulting in a stable gene deletion.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method for studying host-pathogen interactions using a micro-parallel plate flow chamber seeded with human primary endothelial cells. Following endothelial cell activation by an ionophore and perfusion with fluorescently labeled bacteria, the cells release von Willebrand factor (VWF), which binds bacterial adhesins under shear...

Source: Holt-Torres, P. S. et al. Evaluation of Antimicrobial Activities of Nanoparticles and Nanostructured Surfaces In Vitro. J. Vis. Exp. (2023)This video demonstrates the use of the focused-contact exposure method to evaluate the antibacterial activity of nanostructured surfaces. It outlines the steps involved in establishing direct contact between bacteria and the nanostructured surface, incubation, bacterial collection, and colony counting to assess viability.

Source: Dubois, V., et al. Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the procedure of co-culturing amoebae with mutant bacterial strains to evaluate their intracellular survival and identify virulence markers through differences in colony counts.

Source : Nagre, N., et al. Phagocytose des macrophages alvéolaires et élimination bactérienne chez la souris. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo montre l’évaluation de la phagocytose médiée par récepteur du complément en utilisant des globules rouges de mouton opsonisés avec IgM et complément, suivie de leur captation par les macrophages de souris. L’étendue de la phagocytose est quantifiée en mesurant un produit chromogénique bleu formé par oxydation catalysée par hémoglobine du diaminofluorène.

Source : Zhang, S., et al. Voie subarachnoïde intracrânienne de l’infection pour l’étude des rôles de Streptococcus suis biofilms dans la méningite dans un modèle d’infection murine. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo montre la détection de l’expression génique cible dans le cerveau d’une souris infectée par des bactéries. L’ARN est extrait, traité avec une enzyme dégradant l’ADN, puis rétrotranscrit en ADNc. L’ADNc est amplifié par cycle thermique avec des amorces spécifiques à chaque gène,...

Source : Radulovic, K., et al. Injections de lipopolysaccharides dans des souris pour imiter l’entrée de produits d’origine microbienne après une rupture de la barrière intestinale. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo présente une procédure étape par étape pour injecter des lipopolysaccharides (LPS) intrapéritonéalement chez des souris afin d’induire une inflammation systémique.

Prenez des cultures de cellules rénales de porc, dont une pré-traitée avec un inhibiteur qui augmente le pH lysosomal, altérant ainsi la dégradation autophagique-lysosomal.Ajoutez des bactéries pathogènes et centrifugez pour renforcer le contact hôte-pathogène.Incuber pour permettre l’invasion bactérienne et l’internalisation dans les vésicules endocytaires.Les bactéries intériorisées consomment les nutriments de l’hôte pour se répliquer, déclenchant un stress métabolique.Ce stress active...

Prenez une culture adhérente de macrophages murins.Traitez bien le test avec un tampon contenant Wnt5A, une molécule de signalisation, et le contrôle uniquement avec un tampon.Infecter avec un pathogène bactérien et incuber.Dans les cellules testées, Wnt5A active une cascade de signalisation qui améliore la réorganisation du cytosquelette pour stimuler l’absorption bactérienne dans les phagosomes, tandis que les cellules témoins dépourvues de ce signal internisent moins de bactéries.Lavez pour...

Source : In, J. G., et al. Monocouches de colonoïdes humaines pour étudier les interactions entre agents pathogènes, commensaux et épithélium intestinal de l’hôte. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo illustre la procédure de culture de cellules épithéliales dérivées du côlon sur un système Transwell recouvert de collagène afin de générer une monocouche productrice de mucus qui modélise la barrière intestinale et permet des études d’interaction hôte-pathogène.

Source : Luukinen, H., et al. Modéliser la tuberculose chez le poisson-zèbre adulte infecté par Mycobacterium marinum . J. Vis. Exp. (2018).

Source : Sigal, N., et al. Purification de l’ARN à partir de Listeria monocytogenes cultivée intracellulairement dans des cellules macrophages. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre l’extraction d’ARN à partir de Listeria monocytogenes isolée sur des macrophages murins infectés. Le protocole préserve l’ARN, lyse les cellules à l’aide du phénol-chloroforme et de la chaleur, et sépare l’ARN par centrifugation. Le sel et l’éthanol, combinés à l’incubation à froid, favorisent la précipitation de...

Source : Vonaesch, P. et al., Analyse immunofluorescence de la formation de granules de stress après un défi bactérien sur les cellules de mammifères. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre l’infection des cellules épithéliales par la bactérie pathogène Shigella flexneri et la réponse cellulaire de l’hôte qui en résulte. Les protéines effectrices bactériennes perturbent la traduction de l’hôte, déclenchant la formation d’organites sans membrane appelés granules de stress, qui reflètent la...

Commencez par une culture cellulaire immunitaire infectée par des bactéries pathogènes qui forment des corps d’inclusion intracellulaires.L’infection bactérienne altère la voie de présentation de l’antigène dans les cellules immunitaires.Prenez une culture non infectée comme témoin.Ensuite, ajoutez un antigène protéique modèle et incubez.Les cellules immunitaires internalisent, traitent et présentent les peptides modèles dérivés de l’antigène sur les molécules MHC-I.Après l’incubation, lavez...

Source : Chetrit, D., et al. Application de l’imagerie à cellules vivantes et de la tomographie cryo-électronique pour résoudre les caractéristiques spatiotemporales du système de sécrétion dot/icm de Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo montre la préparation et l’imagerie de bactéries pathogènes marquées par fluorescence. Les tampons d’agarose sont d’abord préparés et positionnés dans un cadre adhésif. Une suspension de bactéries génétiquement modifiées exprimant une...

Source : Winston, J. A., et al. Modèle murin traité par Cefoperazone de souche cliniquement pertinente de Clostridium difficile R20291. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre la procédure d’inoculation des souris pré-traitées par antibiotiques avec des spores de Clostridium difficile afin d’établir un modèle murien d’infection pour étudier la pathogenèse et les réponses de l’hôte.

Source : Winston, J. A. et al. Modèle murin traité par Cefoperazone de souche cliniquement pertinente de Clostridium difficile R20291. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre la quantification de Clostridium difficile dans des échantillons fécaux issus d’un modèle murin infecté à l’aide de techniques de culture sélective. Il décrit les procédures de collecte d’échantillons, de traitement anaérobie, de dilution en série et d’énumération des colonies afin d’évaluer la colonisation bactérienne et...

Source: Berens, C. et al. Applying an Inducible Expression System to Study Interference of Bacterial Virulence Factors with Intracellular Signaling. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the use of immunoblotting to assess apoptosis inhibition by the bacterial effector protein CaeB in human cells. It outlines the steps for detecting apoptotic markers following doxycycline-induced expression of pro-apoptotic proteins in host cells expressing the effector.

Source: Yuan, Z., et al. Bronchoalveolar Lavage Exosomes in Lipopolysaccharide-induced Septic Lung Injury. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates an in vivo mouse model for inducing and analyzing acute lung injury (ALI) using intraperitoneal administration of bacterial lipopolysaccharide. The inflammatory cascade triggered by alveolar macrophages and neutrophils leads to epithelial and endothelial barrier disruption, allowing fluid and immune cells to accumulate in the alveoli. Alveolar...

Source: Li, T., et al. Studying Effects of Cigarette Smoke on Pseudomonas Infection in Lung Epithelial Cells. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates how cigarette smoke extract weakens antimicrobial defense in lung epithelial cells by reducing AMP production, leading to increased bacterial invasion. The procedure measures intracellular bacterial load to assess the impact of smoke exposure on host-pathogen interactions.

Source: Ahn, J. J., et al., Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the preparation of mouse splenocyte cultures from Listeria monocytogenes-infected mice for downstream cytokine analysis. It includes ex vivo bacteria-derived antigen stimulation and sample processing to study T cell responses.

Source: Barbero, A. M., et al. Fluorescence Assays for the Study of Mycobacterium tuberculosis Interaction with the Immune Receptor SLAMF1. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the procedure for labeling host immune receptors that bind bacterial surface antigens, enabling their detection through flow cytometry.

Source: Zhang, C. et al. Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the quantification of intracellular survival of a methicillin-resistant bacterial pathogen in mouse peritoneal macrophages. It outlines the steps involved in infection, extracellular bacterial clearance, host cell lysis, and colony enumeration to assess bacterial survival within host macrophages.

Source: Gutiérrez, S., et al., Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the magnetic isolation of phagosomes containing biotin–streptavidin bead–coated bacteria from infected macrophages. The protocol includes buffer treatments, cell disruption, magnetic separation, and washing to yield purified phagosomes for analysis.

Source : Mills, B., et al., Dépistage optique de nouvelles sondes bactériennes spécifiques sur tissu pulmonaire humain ex vivo par endomicroscopie laser confocale. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo démontre l’imagerie en temps réel de Staphylococcus aureus marqué par fluorescence fluorescente dans les tissus en suspension et pulmonaires à l’aide d’une microscopie à fluorescence confocale fibreuse.

Source : Ng, K. M., Tropini, C. Visualisation des interactions microbiote-hôte intestinal via l’hybridation fluorescente in situ , coloration des lectines et imagerie. J. Vis. Exp. (2021).Cette vidéo illustre la procédure d’hybridation in situ par fluorescence (FISH) pour colorer le microbiote intestinal dans le tissu intestinal de la souris en hybridant des sondes fluorescentes en ARNr bactérien (acide ribonucléique ribonucléique) et en contre-colorant les structures de l’hôte pour une analyse...

Source : Siva-Jothy, J. A., et al., Infection bactérienne orale et déplongement chez Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo illustre la procédure pour surveiller la déversation bactérienne chez Drosophila en transférant une mouche infectée à travers plusieurs tubes contenant de la nourriture, en récupérant les bactéries éliminées et en quantifiant les colonies viables par dilution et plaque en série.

Source : de Vries, C. R., et al., Un modèle d’inoculation retardée de l’infection chronique de la plaie par Pseudomonas aeruginosa . J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo présente une technique d’imagerie bioluminescente pour surveiller la progression de l’infection bactérienne dans un modèle murin vivant. Des bactéries pathogènes conçues avec le système rapporteur luxABCDE émettent de la lumière au site d’infection, permettant la visualisation des bactéries métaboliquement actives. En imageant la...

Source : Shi, J., et al. Dépistage et identification des suppresseurs de silencieux d’ARN à partir des effecteurs sécrétés de pathogènes des plantes. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre un essai de co-infiltration permettant d’identifier les protéines effectrices pathogènes qui suppriment le silence de l’ARN dans Nicotiana benthamiana 16c. Un reporter fluorescent et un gène effecteur candidat sont délivrés dans les feuilles des plantes via Agrobacterium. Normalement, le silence de l’ARN...

Source : Niu, L., et al. Visualisation de la mort cellulaire lytique des macrophages lors d’une infection mycobactérienne chez les embryons de poisson-zèbre par microscopie intravitale. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’utilisation de la microscopie confocale intravitale pour visualiser la mort des cellules lytiques des macrophages chez les embryons de poisson-zèbre après une infection par Mycobacterium marinum .

Source : Seman, B. G., et.al. Modèle d’imagerie néonatale de septicémie bactérienne à Gram négatif. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’isolement des neutrophiles et des monocytes inflammatoires des rate de souris néonatales et leur application dans un test luminescent tuant les bactéries. Il couvre la dissociation mécanique, la lyse des globules rouges, l’enrichissement cellulaire à base de billes magnétiques, l’incubation bactérienne et la protection antibiotique. Les lectures de...

Source : Choi, Y. S., et al. Détection in situ de bactéries dans des tissus incorporés dans la paraffine à l’aide d’une sonde d’ADN marquée par digoxine ciblant l’ARNr 16S. J. Vis. Exp. (2015).Cette vidéo démontre la détection in situ de bactéries dans des sections de tissu gingival de souris à l’aide de sondes d’ADN marquées par digoxine ciblant l’ADN bactérien. La section est incubée avec la sonde. Des anticorps conjugués à la phosphatase alcaline spécifiques à la digoxine sont ajoutés. Les...

Source : Valentine, M. E., et al., Génération de mutants de délétion génique dans le cadre chez Pseudomonas aeruginosa et test de l’atténuation de la virulence dans un modèle simple d’infection chez la souris. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’utilisation d’une approche d’imagerie basée sur la bioluminescence pour surveiller l’infection bactérienne dans un modèle murin vivant. L’imagerie séquentielle bioluminescente et par rayons X permet la visualisation en temps réel et la...

Source : Luyts, N., et al. Suivi longitudinal des infections urinaires et leur traitement chez la souris par imagerie bioluminescente. J. Vis. Exp. (2021).Cette vidéo montre l’induction et le suivi de l’infection des voies urinaires dans un modèle murin utilisant l’E. coli bioluminescente injectée dans la vessie, où se produisent l’adhésion, l’invasion et la réplication intracellulaire bactérienne. La lumière émise par l’opéron bioluminescent sert de marqueur en temps réel de la charge...

Source : O’Brien, V. P., et al., Infection urinaire récurrente d’Escherichia coli déclenchée par l’exposition à la vessie vaginale à Gardnerella vaginalis chez la souris. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’utilisation de la microscopie électronique à balayage pour visualiser la colonisation bactérienne et les interactions hôte-pathogène dans l’épithélium de la vessie d’un modèle murin pré-infecté.

Source : Bernut, A., et al., Déchiffrer et imager la pathogenèse et le cordon de Mycobacterium abscessus chez les embryons de poisson-zèbre. J. Vis. Exp. (2015).Cette vidéo démontre un protocole pour isoler et quantifier Mycobacterium abscessus à partir d’un embryon de poisson-zèbre infecté. La procédure consiste en l’euthanasie de l’embryon, la lyse tissulaire et l’homogénéisation pour libérer les bactéries, suivies de centrifugation et de resuspension dans un tampon de tensioactif. Enfin, la...

Source : Bernut, A., et al. Déchiffrer et imager la pathogenèse et le cordon de Mycobacterium abscessus chez les embryons de poisson-zèbre. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo démontre un protocole utilisant des embryons transgéniques de poisson-zèbre exprimant des macrophages fluorescents et infectés par la souche rugueuse fluorescente Mycobacterium abscessus pour visualiser les interactions hôte-pathogène. Elle révèle comment le cordon extracellulaire permet l’évasion immunitaire, favorisant la...

Commencez par un échantillon d’eau contaminée susceptible de contenir des coliformes fécals, y compris E. coli.Effectuer une dilution en série dans de l’eau distillée pour réduire la turbidité et la charge microbienne.Mélangez l’échantillon dilué désiré avec le milieu nutritif et chargez-le dans une puce microfluidique.Utilisez la filtration sous vide pour capturer les bactéries sur une membrane située dans le canal serpentin de la puce.Ajoutez un milieu nutritif dans la chambre supérieure et...

Source : Makowski, Ł., et al. Imagerie cellulaire vivante du cycle de vie du prédateur bactérien Bdellovibrio bacteriovorus à l’aide de microscopie à fluorescence en accéléré. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo démontre l’imagerie fluorescente en accéléré de Bdellovibrio bacteriovorus s’attaqueant à E. coli immobilisé sous un coussinet d’agarose, permettant une visualisation en temps réel de la réplication intracellulaire et de la libération de la progéniture pour étudier la prédation bactérienne...

Source : Tay, S. B., et.al. Perturbation antivirulente des biofilms pathogènes utilisant des lactonases modifiées pour l’extinction du quorum. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre le processus d’inhibition de la formation de biofilms en introduisant une enzyme qui perturbe la signalisation cellulaire bactérienne. Cette enzyme empêche les bactéries de produire des substances polymériques extracellulaires, réduisant ainsi le développement de biofilms sur une micro-vaiselle à fond de verre.

Source : Collins, A. J., et al., Établissement de cultures binaires stables de saccharibactéries symbiotiques à partir de la cavité orale. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo démontre l’utilisation de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour détecter les saccharibactéries dans une culture binaire avec des Actinomyces. Le protocole décrit l’amplification de l’ADN et l’électrophorèse sur gel afin de confirmer une interaction stable hôte-parasite.

Source : Matthysse, A. G. Adhérence des bactéries aux surfaces végétales mesurée en laboratoire. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo démontre l’évaluation de l’attachement bactérien aux racines des plantes à l’aide de la microscopie à contraste de phase. Des échantillons de racines de semis incubés avec des bactéries sont d’abord montés pour vérifier la présence de bactéries libres. Les échantillons sont ensuite lavés pour éliminer les bactéries faiblement attachées et remontés à l’aide d’une...

Source : Matthysse, A. G. Adhérence des bactéries aux surfaces végétales mesurée en laboratoire. J. Vis. Exp., (2018)Cette vidéo illustre un protocole pour mesurer la colonisation racinaire des semis de tomates par des bactéries pathogènes sauvages et déficientes en cellulose. Les décomptes viables de bactéries fortement adhérentes montrent une meilleure adhésion et formation de microcolonies par la souche sauvage, soulignant le rôle de la cellulose dans la colonisation racinaire stable.

Source : Brown, A. O., et Orihuela, C. J. Visualisation de Streptococcus pneumoniae dans les microlésions cardiaques et remodelage cardiaque subséquente. J. Vis. Exp. (2015)La vidéo montre l’immunocoloration de sections de tissu cardiaque de souris fixées chimiquement pour visualiser les bactéries pathogènes localisées dans les microlésions induites par l’infection. Le processus comprend le lavage des tissus, la perméabilisation membranaire, le blocage des sites non spécifiques, le marquage des...

Source : Specker, J. T., et al. Investigation de la coopération microbienne par imagerie par spectrométrie de masse des colonies bactériennes cultivées sur l’agar et dans les tissus lors d’une infection. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre l’utilisation de la spectrométrie de masse assistée par la désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI) pour visualiser la distribution des acides aminés dans les tissus intestinaux de souris infectées par Clostridioides difficile, seule ou en...

Source : Bucher, T., et al., Méthodologies pour l’étude des biofilms de B. subtilis comme modèle pour caractériser les inhibiteurs de biofilms de petites molécules. J. Vis. Exp.(2016)Cette vidéo montre la préparation de colonies biofilmées bactériennes matures pour l’imagerie haute résolution. Il couvre les étapes de fixation, déshydratation, montage et revêtement métallique afin de préserver et visualiser la morphologie du biofilm.

Source : Beaudoin, T., et al. Visualisation des effets des crachats sur le développement du biofilm à l’aide d’un modèle de verre de couverture à chambre. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo présente une méthode in vitro pour évaluer comment la mucoviscidose dérivée du patient influence la formation de biofilms bactériens. Grâce à des lames de chambre, à la coloration fluorescente et à la microscopie confocale, elle révèle une épaisseur accrue, une architecture modifiée et une biomasse viable plus...

Prenons des tubes avec un support contenant un composite de nanoparticules, conçu à partir d’une combinaison de métaux de transition et de carbone.Introduire les bactéries pathogènes Gram-positives et Gram-négatives résistantes aux antibiotiques dans des tubes séparés comme échantillons d’analyse.Inclure les bactéries non traitées comme témoins négatifs et les bactéries traitées par antibiotiques comme témoins positif.Incubez les échantillons en secouant.Chez les bactéries à Gram négatif, la...

Source : Bratton, B. P., et al., Imagerie tridimensionnelle des cellules bactériennes pour des représentations cellulaires précises et une localisation précise des protéines. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre la méthode d’acquisition et d’analyse d’images de fluorescence tridimensionnelles des cellules bactériennes afin d’étudier l’organisation des protéines au niveau de la cellule unique.

Source : Le, T. A. N. , et al., Mesurer les effets des bactéries et des substances chimiques sur la perméabilité intestinale de Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo présente un test basé sur la fluorescence pour quantifier la perméabilité intestinale chez C. elegans exposée à Pseudomonas aeruginosa. Comparés aux témoins nourris avec Escherichia coli, les vers traités par agents pathogènes présentent une fuite accrue de fluorophores dans la cavité corporelle, indiquant des...

Source : O’Brien, V.P. et al. Infection urinaire récurrente d’Escherichia coli déclenchée par l’exposition à la vessie vaginale à Gardnerella vaginalis chez la souris. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la préparation d’un inoculum de Gardnerella vaginalis pour établir un modèle murin d’infection urinaire récurrente.

Source : Lenhard, A. et al. Un modèle murin pour la transition de Streptococcus pneumoniae de colonisateur à agent pathogène après une co-infection virale récapitule une maladie aggravée par l’âge. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo présente un modèle de co-infection chez la souris dans lequel le virus de la grippe déclenche la transition de Streptococcus pneumoniae d’un colonisateur à un agent pathogène. Il décrit les étapes impliquées dans la colonisation bactérienne, l’infection virale et la...

Source : Lenhard, A., et al. Un modèle murin pour la transition de Streptococcus pneumoniae de colonisateur à agent pathogène après une co-infection virale récapitule une maladie aggravée par l’âge. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre le traitement des poumons chez une souris co-infectée par une bactérie pathogène et un virus. Le triturage, l’homogénéisation et le plaquage du tissu pulmonaire permettent de quantifier la charge bactérienne, ce qui indique la propagation bactérienne aux poumons...

Source : Cross, T., et al., Une technique d’enrichissement optimisée pour l’isolement des espèces de bactériophages arthrobacters à partir d’isolats d’échantillons de sol. J. Vis. Exp.(2015)Cette vidéo montre la préparation d’une culture bactérienne pour la production de bactériophages. Il couvre les étapes d’inoculation d’une bactérie du sol dans une fiole déflectée, la promotion d’une croissance uniforme par aération et secouement, et la surveillance de la densité cellulaire à l’aide de...

Source : Conover, M. S. et al., Établissement et caractérisation des infections urinaires et de la CAUTI dans un modèle murin. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo montre la détection de communautés bactériennes intracellulaires (IBC) dans le tissu vésique de souris infecté par Escherichia coli exprimant β-galactosidase. Après fixation tissulaire, perméabilisation et coloration avec X-gal, les CCI apparaissent sous forme de points bleus sous un microscope disséquant, confirmant l’invasion bactérienne...

Source : Wang, Y., et al. In Vivo Étude de la thérapie antimicrobienne par lumière bleue pour les infections multi-résistantes aux brûlures d’Acinetobacter baumannii à l’aide d’imagerie par bioluminescence. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre comment établir une infection par brûlure dans un modèle murin en appliquant un bloc en laiton chauffé suivi d’un inoculum bactérien pathogène. Les bactéries colonisent la matrice extracellulaire exposée et forment un biofilm, permettant des études in...

Source : Wang, Y., et al. In Vivo Étude de la thérapie antimicrobienne par lumière bleue pour les infections multi-résistantes aux brûlures d’Acinetobacter baumannii à l’aide d’imagerie par bioluminescence. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la procédure d’imagerie des infections de brûlures chez des souris inoculées avec Acinetobacter baumannii portant un opéron bioluminescent. Il démontre comment l’oxydation du substrat catalysée par la luciférase produit une lumière proportionnelle à la...

Source : Barbero, A. M., et.al. Analyses de fluorescence pour l’étude de l’interaction de Mycobacterium tuberculosis avec le récepteur immunitaire SLAMF1. J. Vis. Exp. ( (2025)Cette vidéo présente un test basé sur la fluorescence pour étudier l’interaction entre un récepteur macrophage et les antigènes Mycobacterium tuberculosis . Les antigènes marqués fluorescentement sur une couche de couverture sont incubés avec des extraits de protéiques de macrophages, réticulés, marqués par anticorps, et...

Source : Li, J., et al. Développement d’un modèle larvaire d’infection par le poisson-zèbre pour Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020).Cette vidéo illustre la procédure de microgavage, où une larve de poisson-zèbre anesthésiée est immobilisée dans de l’agarose et injectée par voie orale avec une bactérie pathogène à l’aide d’une aiguille guidée par un traceur. L’accouchement non invasif imite l’infection naturelle, permettant d’analyser la réplication bactérienne, la libération de...

Source : Rufián, J. S., et.al. Analyse unicellulaire de l’expression des gènes de Pseudomonas syringae dans les tissus végétaux. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre une méthode d’infiltration sous vide pour introduire un pathogène bactérien dans les feuilles d’Arabidopsis . L’approche utilise une suspension bactérienne préparée et des impulsions sous vide pour permettre une entrée uniforme à travers les stomates, entraînant une infection foliaire contrôlée.

Source : Casanova, A., et al. Essais basés sur la microscopie pour le criblage à haut débit des facteurs de l’hôte impliqués dans l’infection par Brucella des cellules hela. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre l’imagerie à haut débit de l’infection par Brucella abortus dans les cellules épithéliales avec un knockdown STING médié par le SIRNA afin d’étudier le rôle de la détection de l’ADN cytosolique dans la réplication bactérienne intracellulaire et la réponse immunitaire innée de l’hôte.

Source : Miquel Guennoc, C., et al. Nouvelle méthode d’analyse qualitative multi-échelle des biofilms bactériens sur des colonies fongiques filamenteuses utilisant la microscopie confocale et électronique. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la préparation d’une culture fongique sur des membranes de cellophane traitées pour soutenir la formation de colonies et la croissance radiale. Il montre ensuite la culture et la préparation des cellules bactériennes du sol pour des tests d’interaction.

Source : Harris, S. L., et al. Surveillance de la colonisation bactérienne et de l’entretien des racines d’Arabidopsis thaliana dans un système hydroponique flottant. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre un protocole pour surveiller la colonisation de bactéries associées aux racines sur des semis d’Arabidopsis thaliana cultivés dans un système sans sol. Après la colonisation, les bactéries sont déplacées par sonication, puis diluées, placées et incubées pour former des colonies reflétant...

Source: Calatayud Arroyo, M., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a method to evaluate the viability of anaerobic oral bacteria using fluorescent dyes and flow cytometry. It begins with culturing bacteria in oxygen-free broth, followed by resuspending a single colony from a blood agar plate. After incubation and dilution, the culture is stained with membrane-permeable and...

Source: Jackson, L., et al. Visualization of Pseudomonas aeruginosa within the Sputum of Cystic Fibrosis Patients. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in situ visualization of Pseudomonas aeruginosa within chemically cleared cystic fibrosis sputum using fluorescent labeling and confocal microscopy to reveal bacterial localization and biofilm structure.

Source: Hunt, A. M. A., et al. Come to the Light Side: In Vivo Monitoring of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Infections in Chronic Wounds in a Diabetic Hairless Murine Model. J. Vis. Exp.(2017).This video demonstrates the procedure for assessing infection clearance and healing progression in a wounded diabetic mouse using bioluminescent and microscopic images.

Source: Liu, X., et al. Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method to assess the bacterial load in Arabidopsis thaliana leaves infected with Pseudomonas syringae. Leaf discs from infected leaves are homogenized, serially diluted, and plated onto nutrient-rich agar to promote bacterial colony formation. Colony counts are then used to...

Source: Ahn, J. J., et al. Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)The video demonstrates bacterial load measurement in spleen and liver tissues isolated from mice infected with an intracellular bacterial pathogen. Bacteria, accumulated within tissue-resident phagocytes during systemic infection, are released using detergent-based lysis and mechanical disruption. Serial dilutions of the homogenates are plated on...

Source : Siva-Jothy, J. A., et al. Infection bactérienne orale et extirpation chez Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (2018)La vidéo montre l’infection buccale de Drosophila melanogaster par des bactéries pathogènes. Cela inclut la préparation de fioles infectées et le transfert de mouches affamées pour permettre l’ingestion bactérienne. La procédure capture la colonisation intestinale, suivie de la stérilisation de surface et de l’homogénéisation des mouches. Enfin, il montre la...

Source : Mueller, A., et al. Un modèle expérimental pour étudier la coinfection tuberculose-paludisme sur la transmission naturelle de Mycobacterium tuberculosis et Plasmodium berghei. J. Vis. Exp. (2014)Cette vidéo montre l’administration en aérosol de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) à la souris en utilisant un système de chambre à base de nébuliseur pour induire une infection pulmonaire, fournissant un modèle contrôlé et reproductible pour étudier la transmission aérienne de la tuberculose...

Source : de Vries, C. R., et.al. Un modèle d’inoculation retardée de l’infection chronique de la plaie de Pseudomonas aeruginosa . J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre l’inoculation retardée de Pseudomonas aeruginosa luminescente dans une souris portant deux plaies dorsales d’épaisseur complète recouvertes d’un pansement de film transparent. Cela facilite la formation de biofilms et l’établissement d’infections chroniques. Un suivi régulier de la bioluminescence permet de quantifier la charge...

Source : Liu, X., et al. Un test oral bactérien avec des moustiques traités aux antibiotiques. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre l’appauvrissement du microbiote intestin naturel chez les moustiques à l’aide d’une solution contenant des antibiotiques en saccharose. Cela est suivi d’une recolonisation contrôlée avec une suspension bactérienne délivrée via un système d’alimentation membranaire afin d’établir une population bactérienne définie dans l’intestin du moustique.

Source : Seman, B. G., et al. Un modèle d’imagerie néonatale de septicémie bactérienne à Gram négatif. J. Vis. Exp. (2020)La vidéo présente un modèle murin néonatal pour étudier l’infection systémique à l’aide de bactéries bioluminescentes encapsulées. Les nouveau-nés sont injectés avec des suspensions bactériennes à forte ou faible dose et sont renvoyés à leur mère pour des soins postnataux. Les bactéries encapsulées échappent à la détection immunitaire précoce, se propagent systémiquement et...

Source : Shi, J., et al., Dépistage et identification des suppresseurs de silencieux d’ARN à partir des effecteurs sécrétés de pathogènes végétaux. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la procédure de préparation d’une culture d’Agrobacterium tumefaciens en induisant l’expression génique de virulence avec de l’acétosyringone, suivie d’un retrait antibiotique par lavage et resuspension, afin de générer une suspension prête à la transformation destinée à la transmission des gènes dans les tissus...

Source : Behera, R.K. et al., Une méthode basée sur la fluorescence pour étudier la régulation génétique bactérienne dans les tissus infectés. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre la préparation de cultures hémolytiques de Staphylococcus aureus pour standardiser la croissance bactérienne et obtenir une synchronisation métabolique pour les études d’interaction hôte-pathogène.

Source : Shi, J., et al., Dépistage et identification des suppresseurs de silencieux d’ARN à partir des effecteurs sécrétés de pathogènes végétaux. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la procédure de préparation d’une culture d’Agrobacterium tumefaciens en induisant l’expression génique de virulence avec de l’acétosyringone, suivie d’un retrait antibiotique par lavage et resuspension, afin de générer une suspension prête à la transformation destinée à la transmission des gènes dans les tissus...

Source : Chen, Y., et al. Évaluation de la virulence et de la pathogenèse de l’infection par Aeromonas dans un modèle de Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre un test de survie utilisant C. elegans pour modéliser la pathogenèse d’Aeromonas , où l’ingestion orale de la bactérie entraîne une infection intestinale et une mortalité, permettant une évaluation quantitative de la virulence bactérienne dans un système hôte vivant.

Commençons par des souris immunodéficientes porteuses de tumeurs sous-cutanées de xénogreffe dérivées de cellules cancéreuses colorectales humaines.Administrez par voie orale Pediococcus pentosaceus, une bactérie lactique sûre à la consommation et conçue pour sécréter une protéine anticancéreuse, à la souris traitée.Administrez du sérum physiologique à la souris témoin.Tolérantes à l’acide, ces bactéries survivent à l’environnement acide de l’estomac et atteignent l’intestin.Là, ils colonisent...

Commencez par des souris porteuses de tumeurs solides implantées sous la cutâne dans la cuisse.Injectez aux souris via la veine de la queue une souche modifiée non virulente de Salmonella typhimurium.Les bactéries circulent dans la circulation sanguine et s’accumulent sélectivement dans le microenvironnement tumoral hypoxique et immunodéprimé.Ils portent un plasmide codant pour un peptide de fusion thérapeutique composé d’un peptide pénétrant dans la cellule et du domaine cible mitochondrial...

Source : Chen, Y., et al. Évaluation de la virulence et de la pathogenèse de l’infection par Aeromonas dans un modèle de Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo présente le test de toxicité liquide de C. elegans avec Aeromonas, une méthode utilisée pour évaluer la virulence bactérienne en mesurant la survie des vers dans un environnement liquide limité en nutriments. Le test révèle une pathogénicité spécifique à la souche basée sur l’étendue des dommages et de la mortalité...

Source : Nag, D., et al. Quantification de la colonisation de Vibrio cholerae et de la diarrhée dans le modèle du poisson-zèbre adulte. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre un protocole pour quantifier la charge bactérienne intestinale chez un poisson-zèbre adulte infecté par une souche résistante aux antibiotiques de Vibrio cholerae. Après l’euthanasie et la dissection, le tube intestinal est isolé, homogénéisé avec des billes de verre et traité pour libérer les bactéries. L’homogénéate...

Source : Nag, D., et.al. Quantification de la colonisation de Vibrio cholerae et de la diarrhée dans le modèle du poisson-zèbre adulte. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre l’inoculation de poissons-zèbres adultes avec une souche pathogène de Vibrio cholerae afin d’étudier la colonisation intestinale et les issues de la maladie. Il montre comment les toxines bactériennes perturbent l’intégrité intestinale, entraînant des fuites de liquides, une sécrétion de mucus et une diarrhée aqueuse avant...

Source : Patras, K. A., Doran, K. S. Un modèle murin de colonisation vaginale du groupe B de Streptococcus . J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre la préparation et l’inoculation vaginale d’une souris femelle traitée aux hormones et une sreptocoque du groupe B pour modéliser l’infection. Il explique comment cultiver et préparer les bactéries, administrer l’inoculum dans la lumière vaginale et garantir le succès de l’infection.

Source : Patras, K. A. & Doran, K. S. Un modèle murin de colonisation vaginale du groupe B de Streptococcus . J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo démontre la quantification de la charge vaginale de Streptococcus du groupe B (GBS) dans un modèle murin à l’aide de prélèvements et de culture chromogénique. Il décrit les étapes impliquées dans la collecte des échantillons, le plaquage et le comptage des colonies pour quantifier la charge de GBS dans la lumière vaginale de la souris.

Source : Conover, M. S., et al., J. Établissement et caractérisation des infections urinaires et de la maladie des urines dans un modèle murin. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo montre la procédure pour assembler et implanter un cathéter transurétral chez une souris femelle, suivie d’une inoculation bactérienne pour établir une infection urinaire associée au cathéter et étudier les interactions hôte-pathogène médiées par biofilm.

Source : Flores, E., et al. Utilisation du protozoaire Paramecium caudatum comme véhicule pour les infections alimentaires chez les larves de poisson-zèbre. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo démontre la méthode pour établir un modèle d’infection intestinale bactérienne d’origine alimentaire chez les larves de poisson-zèbre en les nourrissant avec des paramecia infectées par E. coli fluorescent.

Source : Wang, Y., et al. Investigation in vivo de la luminothérapie bleue antimicrobienne pour les infections multi-résistantes à la brûlure d’Acinetobacter baumannii à l’aide d’imagerie par bioluminescence. J. Vis. Exp. (2017)Cette vidéo montre la procédure pour traiter les infections de brûlures causées par des bactéries bioluminescentes et résistantes aux médicaments chez la souris à l’aide d’une thérapie par lumière bleue, suivie d’imagerie par bioluminescence pour surveiller l’efficacité...

Source : Ditkowski, B., et al. Un modèle in vitro d’un système de perfusion à plaques parallèles pour étudier l’adhésion bactérienne aux tissus greffés. J. Vis. Exp. (2019).Cette vidéo démontre la méthode d’utilisation d’une chambre de flux à plaques parallèles pour perfuser des bactéries marquées fluorescentement sur les tissus de greffe vasculaire, permettant une analyse contrôlée de l’adhésion bactérienne et de la pathogénie précoce en conditions de cisaillement.

Source : Beernink, B. M. et al. Agroinoculation directe des semis de maïs par injection avec des clones infectieux du virus de la mosaïque de la queue de renard et du virus de la mosaïque de la canne à sucre. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo montre la délivrance médiée par Agrobacterium de clones viraux recombinants dans les semis de maïs pour la mise en silence génétique. Il décrit le processus d’infection à Agrobacterium , la propagation systémique du virus et les changements phénotypiques liés...

Source : Gupta, K., et al. Injection intra-rénale d’Escherichia coli dans un modèle rat de pyélonephrite. J. Vis. Exp. (2017).Cette vidéo montre l’injection intrarénale d’E. coli dans le bassin rénal d’un rat anesthésié pour induire une infection rénale localisée, modélisant ainsi une pyélonephrite aiguë. Il met en lumière les étapes chirurgicales clés et les techniques aseptiques nécessaires pour établir un modèle d’infection in vivo reproductible pour une analyse en aval.

Source : Behera, R. K., et al. Une méthode basée sur la fluorescence pour étudier la régulation des gènes bactériens dans les tissus infectés. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre une méthode de préparation du tissu rénal infecté de souris, de coloration de l’ADN et de détection de l’expression génique bactérienne à l’aide de doubles rapporteurs fluorescents. Le rouge marque toutes les bactéries, et le vert met en avant les cellules sensibles à l’infection.

Source : Brzozowski, R. S. et al. Microscopie à fluorescence à cellules vivantes pour étudier la localisation des protéines subcellulaires et les changements morphologiques cellulaires chez les bactéries. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre la microscopie à fluorescence à cellules vivantes pour visualiser les changements morphologiques en temps réel chez les bactéries. Il décrit les étapes impliquées dans l’imagerie, l’acquisition en accéléré et la déconvolution pour obtenir des images...

Source : McMullen, P. D., Freitag, N. E. Évaluation de l’invasion bactérienne des cellules cardiaques en culture et de la colonisation cardiaque chez des souris infectées à l’aide de Listeria monocytogenes. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo montre l’injection de Listeria monocytogenes dans la veine caudale d’une souris pour établir une infection systémique. Il montre la circulation bactérienne, la colonisation des organes et la quantification de la charge bactérienne dans le cœur par...

Source : Zhan, Y., et al. Le photoblanchiment permet l’imagerie à super-résolution de l’anneau FtsZ chez la Cyanobactérie Prochlorococcus. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo illustre la procédure de photoblanchiment des pigments dans les cellules cyanobactériennes en utilisant la lumière xénon dans des conditions froides afin d’améliorer l’imagerie de fluorescence des protéines régulant la croissance.

Source : Zhang, M. et al., Tests rapides de susceptibilité antimicrobienne par imagerie par diffusion Raman stimulée de l’incorporation de deutérium dans une seule bactérie. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo démontre l’application de la microscopie à diffusion Raman stimulée pour évaluer la susceptibilité aux antibiotiques en suivant l’activité métabolique marquée au deutérium. En surveillant les signaux carbone-deutérium, la méthode permet la détection rapide de populations bactériennes...

Source : Hiroyasu, A., D et al., Extraction d’hémocytes de larves de Drosophila melanogaster pour infection microbienne et analyse. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre la procédure pour établir une infection bactérienne chez les larves de Drosophila en les plaçant dans une gouttelette bactérienne et en les piquant avec une aiguille en tungstène. Les larves sont ensuite incubées sur une plaque agar rainurée et riche en nutriments pour étudier les interactions hôte-pathogène.

Source : Hiroyasu, A., et al. Extraction d’hémocytes de larves de Drosophila melanogaster pour infection microbienne et analyse. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’imagerie confocale haute résolution des hémocytes de Drosophila melanogaster infectés par Coxiella burnetii afin de visualiser la localisation des agents pathogènes en 3D, permettant une analyse détaillée de la dynamique intracellulaire des infections et des interactions hôte-pathogène.

Source : Rufián, J. S., et al. Analyse unicellulaire de l’expression des gènes de Pseudomonas syringae dans les tissus végétaux. J. Vis. Exp. (2022).Cette vidéo démontre une méthode d’analyse de l’expression génique dans des bactéries pathogènes extraites de plantes au niveau unicellulaire en utilisant un facteur de transcription marqué fluorescentement. L’imagerie confocale révèle une hétérogénéité dans l’expression des gènes de virulence, mettant en lumière la diversité fonctionnelle au sein...

Source: Montefusco-Pereira, C. V. et al. P. aeruginosa Infected 3D Co-Culture of Bronchial Epithelial Cells and Macrophages at Air-Liquid Interface for Preclinical Evaluation of Anti-Infectives. J. Vis. Exp.(2020)This video demonstrates a co-culture model of bronchial epithelial cells and macrophage-like cells at the air-liquid interface to study host-pathogen interactions. Pathogenic bacterial infection compromises epithelial membrane integrity, triggering macrophage-like cell activation and...

Source: Nguyen, J. Q., et. al. Intratracheal Inoculation of Fischer 344 Rats with Francisella tularensis. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the procedure of intratracheal inoculation in an anesthetized rat, involving catheter placement, bacterial delivery into the trachea, and subsequent lung infection establishment for studying host-pathogen interactions.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates an in vivo method for analyzing shear-dependent bacterial adhesion in a live mouse model. Following surgical preparation and catheterization, the mesenteric vasculature is exposed for real-time imaging under a fluorescence microscope. Perfusion with an ionophore and fluorescently labeled bacteria reveals how shear stress triggers...

Source: Poore, K., et al. Epithelial Cell Infection Analyses with Shigella. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates an in vitro assay to assess Shigella invasion and intracellular replication in human colonic epithelial monolayers. It highlights steps for infection, antibiotic selection, host cell lysis, and recovery of intracellular bacteria for downstream analysis.

Source: Zhang, C., et al., Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)The video demonstrates the isolation of kidneys containing Staphylococcus aureus-infected macrophages, followed by tissue homogenization to release intracellular bacteria. It quantifies bacterial persistence within macrophages in control and antibiotic-treated groups by counting colony-forming units.

Source: Berthold, A., et al. Cultivation Methods of Spirochetes from Borrelia burgdorferi Sensu Lato Complex and Relapsing Fever Borrelia. J. Vis. Exp.(2022)This video demonstrates the cultivation of pathogenic spirochetes from infected skin tissue to model dermal infection. It highlights their localization in the dermis, interaction with the extracellular matrix, and survival during selective culture conditions.

Source : Morgan, E., et al. Nettoyage sélectif des nématodes sauvages Caenorhabditis pour enrichir les bactéries du microbiome intestinal. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo illustre un protocole pour isoler les bactéries intestinales d’intérêt provenant des vers sauvages de Caenorhabditis . Les vers sont d’abord affamés puis lavés pour éliminer les bactéries résiduelles de leur lumière de surface et intestinale tout en préservant les microbes cibles. Après nettoyage de surface et plusieurs étapes...

Source : Petersen, C. et al., Isolement et caractérisation du microbiote naturel du nématode modèle Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre l’isolement et la culture d’espèces bactériennes associées à Caenorhabditis elegans. Une lyse par billes de C. elegans, suivie d’une culture sélective, permet d’isoler diverses souches microbiennes pour une analyse ultérieure.

Source : Liu, X., et al. Un test oral bactérien avec des moustiques traités aux antibiotiques. J. Vis. Exp. (2020)Cette vidéo montre la dissection de l’intestin moyen du moustique pour isoler les bactéries intestinales. Le moyen de l’intestin est extrait du tube digestif, homogénéisé pour libérer les bactéries, puis placé sur de l’agar nutritif pour cultiver des colonies bactériennes.

Prenez une souris témoin avec un microbiote intestinal normal et une souris expérimentale avec un microbiote intestinal appauvri. Cette déplétion compromet l’intégrité de la barrière digestive.Cela permet aux bactéries de translocer à travers le vaisseau sanguin jusqu’au tissu hépatique.Injectez aux deux souris le virus de l’hépatite B ou le plasmide du VHB pour induire une infection par le VHB dans le tissu hépatique.Chez la souris témoin, le lymphocyte T détecte une cellule hépatique infectée...

Commencez par une culture de biocapteurs bactériens suspendue dans un milieu.Ces bactéries modifiées produisent un facteur de transcription qui, en se liant à un métabolite fécal spécifique, active un promoteur associé à un gène rapporteur fluorescent.À cette culture, ajoutez un échantillon de selles humaines filtré contenant des métabolites, tels que le lactate, impliqués dans les interactions hôte-microbiome.Diluez ce mélange avec un milieu frais pour maintenir un volume de réaction...

Commencez par un modèle de rat avec des points de suture attachés autour de ses dents molaires supérieures pour soutenir la colonisation bactérienne.Étalez à plusieurs reprises les points d’une bactérie pathogène orale responsable de maladies des gencives à l’aide d’une solution gélatineuse.Les bactéries colonisent la gencive autour des points de suture.La colonisation déclenche une inflammation et endommage les tissus.Les bactéries libèrent des toxines qui diffusent à travers les tissus...

Source : Yang, E., et al. Isolement de communautés bactériennes intracellulaires uniques générées à partir d’un modèle murien d’infection urinaire pour une analyse monocellulaire en aval. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’isolement manuel de cellules épithéliales individuelles contenant des communautés bactériennes intracellulaires à partir de vessie infectée de souris à l’aide de micropipetage buccal, permettant une analyse monocellulaire en aval des populations viables d’E. coli...

Source : Chen, Y. et al., Évaluation de la virulence et de la pathogenèse de l’infection par Aeromonas dans un modèle de Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre un test de nécrose musculaire chez C. elegans (Caenorhabditis elegans) utilisant des souches pathogènes d’Aeromonas . En nourrissant des vers exprimant des protéines fluorescentes vertes (GFP) sur des plaques ensemencées dans Aeromonas, le test modélise l’infection bactérienne et révèle des lésions tissulaires...

Source : Hu, Y. et.al., Analyse des interactions entre les endobiotiques et le microbiote intestinal humain utilisant des systèmes de fermentation in vitro bath. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre l’analyse de la production d’acides gras à chaîne courte par le microbiote intestinal humain en réponse aux exopolysaccharides. Cela met en lumière la séparation et la quantification des produits de fermentation microbiennes à l’aide de la chromatographie en phase gazeuse. Les résultats révèlent...

Source : Lo, C.-B., et al. Fibrose intestinale induite par une infection chronique à Salmonella. J. Vis. Exp. (2019)La vidéo démontre la quantification de la charge bactérienne dans un modèle murin d’infection chronique par Salmonella typhimurium résistante à la streptomycine. Après l’euthanasie et la dissection stérile, les tissus cæcals et spléniques sont prélevés, homogénéisés avec des billes d’acier pour libérer des bactéries, puis dilués en série. Les dilutions sont placées sur de l’agar...

Source : Figueroa, D. et al. Production et visualisation de sphéroplastes et protoplastes bactériens pour caractériser la localisation des peptides antimicrobiens. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo montre la préparation des sphéroplastes à partir de bactéries à Gram négatif en forme de bâtonnet. Les bactéries se développent en présence d’un antibiotique pour former des filaments allongés. Ces derniers sont lavés avec une solution hypertonique et traités avec un tampon de lyse pour retirer la...

Source : Sigal, N., et al. Purification de l’ARN à partir de Listeria monocytogenes cultivée intracellulairement dans des cellules macrophages. J. Vis. Exp. (2016).Cette vidéo montre l’isolement de bactéries pathogènes intériorisées à partir de macrophages dérivés de la moelle osseuse infectés (BMDM). Les bactéries sont laissées s’attacher aux cellules de l’hôte, et les bactéries non attachées sont emportées. Après l’internalisation, un antibiotique est ajouté pour éliminer les bactéries non...

Source : Temkin, M. I. et al. Tests de co-culture à haut débit pour l’étude des interactions microbiennes. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo montre un test in vitro visant à étudier les interactions microbiennes entre Corynebacterium propinquum et Staphylococcus en coculture.

Source : Madenspacher, J. H. et Fessler, M. B. Une méthode non invasive et techniquement non intensive pour l’induction et le phénotypage de la pneumonie bactérienne expérimentale chez la souris. J. Vis. Exp. (2016)Cette vidéo montre le processus de quantification de la charge bactérienne dans la rate d’une souris infectée afin d’évaluer la gravité de l’infection. La rate homogénéisée est diluée en série et placée pour déterminer la charge bactérienne totale. Les données résultantes fournissent...

Prenez des cultures de cellules épithéliales de la vessie urinaire humaine dans une plaque multipuits.Incubez la culture témoin avec des cloaces Enterobacter sauvages, une bactérie pathogène aux piles et des structures semblables à des poils à la surface bactérienne.La sous-unité FimH du pili se lie au récepteur de la cellule hôte, ancrant les bactéries sauvages à la cellule hôte.Incuber la culture expérimentale avec une cloaque mutante d’Enterobacter dépourvue de FimH.Sans FimH, les bactéries...

Prenez des suspensions d’une souche résistante aux antibiotiques d’une bactérie pathogène.Traiter une suspension avec un composé antibiotique court perturbant la membrane et l’autre avec à la fois le composé court et un composé plus long intercalant la membrane.Incubez les deux suspensions avec agitation. Ces composés imitent la structure de la bicouche lipidique, permettant leur insertion spontanée dans les membranes bactériennes.Le composé court ne couvre qu’une partie de l’épaisseur de la...

Source : Brown, A. O., et al. Visualisation de Streptococcus pneumoniae dans les microlésions cardiaques et le remodelage cardiaque qui en subséquente. J. Vis. Exp. (2015).Cette vidéo démontre la visualisation microscopique des microlésions bactériennes dans le tissu cardiaque de la souris. Le cœur d’une souris infectée par Streptococcus pneumoniae est prélevé, lavé et fixé avant d’être traité pour obtenir des césariennes. Ces sections sont colorées à l’hématoxyline et à l’éosine et examinées...

Source : Pava-Ripoll, et al. Détection de pathogènes bactériens d’origine alimentaire à partir de mouches de saleté individuelles. J. Vis. Exp. (2015)Cette vidéo démontre une méthode basée sur la PCR qui amplifie l’ADN bactérien cible à partir d’échantillons enrichis de mouches à l’aide de comprimés spécifiques à chaque pathogène, permettant la détection en temps réel de la fluorescence et l’analyse de la courbe de fusion pour confirmer la présence d’agents pathogènes d’origine alimentaire chez...

Source : Calatayud Arroyo, M., et al. Évaluation de la viabilité d’un consortium bactérien synthétique à l’interface intestin-microbe in vitro. J. Vis. Exp. (2018).Cette vidéo présente un modèle intestin-microbe in vitro pour étudier la viabilité bactérienne. Une co-culture de cellules Caco-2 et HT29-MTX est incubée avec des bactéries pré-traitées dans des conditions digestives simulées. L’intégrité de la barrière épithéliale est évaluée à l’aide de résistance électrique transépithéliale, et...

Source : Chen, H., et al. Détection spécifique et précise du pathogène de la verdissement, candidat liberibacter spp., à l’aide de la PCR conventionnelle sur des échantillons de tissu de feuilles d’agrumes. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo montre l’extraction de l’ADN génomique total à partir de tissu foliaire d’agrumes infecté par une bactérie pathogène. Le protocole permet une récupération fiable de l’ADN pour la détection en aval basée sur PCR du pathogène limité par le phloème.

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024).This video demonstrates the in vivo interaction between T4 bacteriophage and E. coli in the murine intestine, and the fecal spot plating method to quantify their coexistence by measuring bacterial colonies and phage plaques.

Source: Alshehri, M. et. al., Organotypic Tissue Model Systems for Investigating Host-Pathogen Interactions In Vitro. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates a co-culture model using multi-species oral biofilms and human oral epithelium. It highlights epithelial immune activation and enables the downstream analysis of host-pathogen interaction.