Extraction de protéines et protéolyse : une méthode pour obtenir des protéines à partir d’échantillons de tissus tumoraux de la prostate et leur digestion enzymatique en peptides

Résumé

Source : Cheng, L. C. et al. Enrichissement en phosphopeptide couplé à une spectrométrie de masse quantitative sans marquage pour étudier le phosphoprotéome dans le cancer de la prostate. J. Vis. Exp. (2018)

Cette vidéo décrit la technique d’extraction et de digestion des protéines pour obtenir des peptides à partir de tissu tumoral de la prostate. Ces peptides, après une analyse plus approfondie, peuvent aider à identifier de nouvelles cibles pour l’oncothérapie.

Protocole

1. Extraction des protéines

1. Préparez le tampon de lyse (tableau 1). (Le volume dépend du nombre d’échantillons à récolter.)
2. Prélèvement de tissus
   1. Pesez la tumeur et ajoutez 2 ml de tampon de lyse glacé pour 100 mg de tissu dans un tube à essai de culture. (En règle générale, 50 à 150 mg de poids humide de tissu sont nécessaires.)
3. Homogénéiser le lysat à l’aide d’un homogénéisateur à main ou de paillasse (impulsion 2x pendant 15 s). Nettoyez l’homogénéisateur avant le premier échantillon et entre les échantillons en utilisant successivement de l’eau de Javel à 10 %, de l’éthanol....

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Congélateur à ultra-basse température	Panasonic	MDF-U76V
Congélateur -20 °C	VWR	SCPMF-2020
Godet à rotor pivotant	ThermoFisher Scientific	75004377
Rotateur bout à bout	ThermoFisher Scientific	Réf. 415110Q
Tubes Eppendorf à faible liaison aux protéines	Eppendorf	22431081
Trypsine, traitée TPCK	Produits biochimiques de Worthington	LS003740
Lysyl endopeptidase	Wako Pure Chemical Industries, Ltd.	Référence 125-05061
Eau MilliQ			eau déminéralisée utilisée pour préparer toutes les solutions et tampons
Démantailleurs sonique	Fisher Scientific	FB-120	sonicateur
Système Polytron PT	Kinematica AG	PT 10-35 GT	Homogénéisateur