Macrodissection de tissu tumoral FFPE : une technique pour obtenir un tissu tumoral spécifique à partir d’échantillons non colorés

Résumé

Source : Sugimoto, K. et al. Analyse à l’échelle du génome de la méthylation de l’ADN dans le cancer gastro-intestinal. J. Vis. Exp. (2020)

Cette vidéo décrit une méthode de macrodissection manuelle de tissu cancéreux à partir d’échantillons de tissu non coloré afin d’obtenir un tissu cancéreux spécifique. La coupe de tissu peut être traitée davantage pour obtenir de l’ADN pour des études à l’échelle du génome sur les cancers gastro-intestinaux.

Protocole

1. Grattage des diapositives

1. Préparez le tampon de digestion/lyse avec 650 ml d’eau traitée au diéthylpyrocarbonate (DEPC), 100 ml d’acide éthylènediaminetétraacétique (EDTA), 50 ml de chlorhydrate de tris (Tris-HCL) à 2 M de pH 8,8 et 200 ml de dodécylsulfate de sodium (FDS) à 10 % (voir le tableau des matériaux).
2. Remplissez un tube en polypropylène à usage unique de 1,5 mL avec 80 μL de tampon de digestion/lyse (voir le tableau des matériaux).
3. Insérez une pointe de pipette propre dans le tampon.
4. Identifiez les tissus cancéreux de la zone tumorale les plus appropriés pour la macrodissection en fonction de la section appropriée colorée en H&E.
5. Macrodissection du tissu cancéreux sur la base de la section marquée marquée H&E.
   1. Prenez une lame de rasoir propre et grattez doucement le tissu cancéreux de la lame, en essayant de le garder en un seul morceau afin qu’il soit plus facile de travailler avec.
   2. Retirez la pointe de la pipette d’un tube en polypropylène à usage unique contenant un tampon et utilisez-la pour transférer le tissu mis au rebut dans le flacon tampon (voir la table des matériaux).
      REMARQUE : La pointe humide doit attirer le tissu, ce qui facilite le transfert.
6. Répétez l’étape 1.5 avec le reste des diapositives.
7. Une fois que tout le tissu se trouve dans le tube en polypropylène à usage unique, utilisez l’embout pour vous assurer que le tissu est complètement immergé et n’est pas collé à la paroi du tube.
8. Ajouter 20 μL d’une protéase à sérine liée à la subtilisine dans le flacon et agiter doucement pour mélanger (voir le tableau des matériaux).
9. Placez le flacon dans un bloc de chaleur à 55 °C pendant au moins 4 h ou toute la nuit. Assurez-vous de légèrement vortex après 2 h.

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
10 % de dodécylsulfate de sodium (SDS)	Qualité biologique	351-032-721 CH
Eau traitée au DEPC	Qualité biologique	Tél. : 351-068-131
Acide éthylènediaminetétraacétique (EDTA)	Corning	46-034-CL
Chlorhydrate de tris (Tris-HCL) 2 M pH 8,8	Qualité biologique	Référence 351-092-101
Protéinase K	Biolabs de la Nouvelle-Angleterre	P8107S
Tube en polypropylène (Eppendorf) à usage unique	Eppendorf	24533495