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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Source : LaRiviere, W. B., et al. Détection des glycosaminoglycanes par électrophorèse sur gel de polyacrylamide et coloration à l’argent. J. Vis. Exp. (2021)
Dans cette vidéo, nous montrons une procédure de coloration combinée au bleu d’Alcian et à l’argent de fragments d’oligosaccharides de glycosaminoglycane sulfatés. Cette technique de coloration combinée amplifie considérablement les bandes de polymères de glycosaminoglycanes de différentes longueurs dans les gels de polyacrylamide.
1. Protocole de coloration à l’argent
Tableau 1 : Solutions requises pour la coloration à l’argent des glycosaminoglycanes séparés par électrophorèse sur gel de polyacrylamide. Toutes les solutions doivent être filtrées (0,22 μm) avant utilisation.
| REMARQUE : Toutes les solutions doivent être filtrées (0,22μm) avant utilisation. | |||
| solution | recette | composition | Commentaires |
| Solution de coloration au bleu d’Alcian (500mL) | Bleu Alcian 8GX en poudre | 2,5 g | Concentration souhaitée : 0,5 % p/v |
| 2 % v/v d’acide acétique glacial | 500 ml | ||
| Teinture argentée (200 mL) | Désionisée | 192,7 ml | Préparez la solution de teinture fraîche ; utilisez-la dans la semaine. |
| 7,6 M d’hydroxyde de sodium | 2 mL | Pour préparer, ajoutez 3,04 g de granules d’hydroxyde de sodium à 10 ml d’eau | |
| Hydroxyde d’ammonium | 3,3 ml | ||
| Solution de nitrate d’argent 4M | 2 mL | Pour la fabrication, ajoutez 3,397 g de nitrate d’argent à 5 ml d’eau. Ajouter goutte à goutte tout en remuant pour éviter les précipitations. | |
| Développement d’une solution (501 mL) | Désionisée | 500 ml | La solution en développement doit être rafraîchie et utilisée dans les 24 heures. |
| 2,5 % p/v d’acide citrique | 1 mL | Pour préparer, ajoutez 100 mg à 4 ml d’eau déminéralisée. L’acide citrique doit être frais. | |
| Formaldéhyde | 250μL | ||
| Solution d’arrêt (500 mL) | Désionisée | 300 ml | |
| Acide acétique glacial | 20 mL | ||
| méthanol | 90 ml | ||
| Bleu Alcian 8GX (solide) | ThermoFisher Scientific | AC400460100 | |
| Hydroxyde d’ammonium (liquide) | ThermoFisher Scientific | A669S-500 | Certifié ACS |
| Système de purification d’eau Barnstead GenPure Pro | ThermoFisher Scientific | 10-451-217PAQUET | Tout système de déionisation / purification de l’eau est un substitut acceptable |
| Acide acétique glacial (liquide) | ThermoFisher Scientific | A35-500 | Certifié ACS |
| Méthanol (liquide) | ThermoFisher Scientific | A412-500 | Certifié ACS |
| Nitrate d’argent (solide) | ThermoFisher Scientific | S181-25 | Certifié ACS |
| Hydroxyde de sodium (solide) | ThermoFisher Scientific | S392-212 | |
| Unité de filtration sous vide, à usage unique, 0,22 uM pore PES, volume de 500 ml | ThermoFisher Scientific | Référence 569-0020 | D’autres volumes et matériaux filtrants sont acceptables |
| Imageur moléculaire Gel Doc XR System | Bio-Rad | Référence 170-8170 | Tout système d’imagerie sur gel comparable est un substitut acceptable |