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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Source : Wilson W.A., Méthodes spectrophotométriques pour l’étude du métabolisme du glycogène eucaryote. J. Vis. Exp. (2021).
Cette vidéo décrit un test spectrophotométrique pour l’estimation de l’activité de la glycogène synthase. La méthode repose sur la réduction de l’absorbance du NADH avec le temps et indique l’activité de la glycogène synthase.
1. Détermination de l’activité de la glycogène synthase
Tableau 1 : Solutions mères nécessaires au dosage de l’activité de la glycogène synthase.
| composant | Itinéraire | ||
| 50 mM Tris pH 8,0 | Dissoudre 0,61 g de base Tris dans ~ 80 mL d’eau. Réfrigérer à 4 °C. Ajuster le pH à 8,0 avec du HCl et augmenter le volume à 100 mL avec de l’eau. | ||
| Tampon HEPES de 20 mM | Dissoudre 0,477 g de HEPES dans ~ 80 mL d’eau. Ajustez le pH à 7,0 avec du NaOH et augmentez le volume à 100 ml avec de l’eau. | ||
| 132 mM tampon Tris/32 mM KCl pH 7,8 | Dissoudre 1,94 g de base Tris et 0,239 g de KCl dans ~90 mL d’eau. Ajustez le pH à 7,8 avec du HCl et augmentez le volume à 100 ml avec de l’eau. | ||
| 0,8 % p/v Glycogène d’huître | Pesez 80 mg de glycogène d’huître et ajoutez-le à l’eau. Porter le volume final à 10 ml avec de l’eau et réchauffer doucement/mélanger pour dissoudre complètement le glycogène. | ||
| 100 mM UDP-glucose | Dissoudre 0,31 g de glucose UDP dans l’eau et porter le volume final à 1 mL. Conserver dans des aliquotes, congelé à -20 °C. Stable pendant plusieurs mois. | ||
| 50 mM d’ATP | Dissoudre 0,414 g d’ATP dans ~ 13 mL d’eau. Ajustez le pH à 7,5 avec du NaOH et augmentez le volume à 15 mL avec de l’eau. Conserver dans des aliquotes congelées à -20 °C. Stable pendant plusieurs mois. | ||
| 100 mM Glucose-6-phosphate pH 7,8 | Dissoudre 0,282 g de glucose-6-phosphate dans ~ 7 à 8 mL d’eau. Ajustez le pH à 7,8 avec du NaOH. Augmentez le volume à 10 mL avec de l’eau. Conserver congelé dans des aliquotes à -20 °C. Stable pendant au moins six mois. | ||
| 40 mM de phosphoénolpyruvate | Dissoudre 4 mg de phosphoénolpyruvate dans 0,5 mL de tampon HEPES de 20 mM pH 7,0. Conserver à -20 °C. Stable pendant au moins 1 semaine. | ||
| 0,5 M MnCl2 | Dissoudre 9,90 g de MnCl2 dans un volume final de 100 mL d’eau. | ||
| Kinase NDP | Reconstituer la poudre lyophilisée avec suffisamment d’eau pour donner une solution à 1 U/μl. Préparez des aliquotes, congelez-les dans de l’azote liquide et conservez-les à -80 °C. Stable pendant au moins 1 an. | ||
Tableau 2 : Composition du mélange réactionnel pour le dosage de l’activité de la glycogène synthase.
| composant | Volume (μl) |
| 160 mM tampon Tris/32 mM KCl pH 7,8 | 250 |
| Eau | 179 |
| 100 mM de glucose-6-phosphate, pH 7,8 | 58 |
| 0,8 % p/v de glycogène d’huître | 67 |
| 50 mM d’ATP | 80 |
| 4 mM de NADH | 80 |
| 100 mM UDP-glucose | 28 |
| 40 mM de phosphoénolpyruvate | 20 |
| 0,5 M MnCl2 | 8 |
| Volume final | 770 |
| Amylopectine (sans amylose) provenant du maïs cireux | Fisher Scientific | A0456 | |
| amylose | Biosynth Carbosynth | YA10257 | |
| ATP, sel disodique | MilliporeSigma | A3377 | |
| D-Glucose-1,6-bisphosphate, sel de potassium | MilliporeSigma | Référence G6893 | |
| D-glucose-6-phosphate, sel de sodium | MilliporeSigma | G7879 | |
| Glucose-6-phosphate déshydrogénase, grade I, de levure | MilliporeSigma | 10127655001 | |
| Glycogène de type II provenant de l’huître | MilliporeSigma | Référence G8751 | |
| Hexokinase | MilliporeSigma | 11426362001 | |
| Cuvettes en méthacrylate, 1,5 mL | Fisher Scientific | Tél. : 14-955-128 | Le méthacrylate est nécessaire car certaines procédures sont effectuées à 340 nm ou moins |
| β-Nicotinamide, adénine dinucléotide, phosphate, sel de sodium | MilliporeSigma | N0505 | |
| β-Nicotinamide adénine dinucléotide, sel disodique réduit | MilliporeSigma | Référence 43420 | |
| Nucléoside 5'-diphosphate kinase | MilliporeSigma | N0379 | |
| Phosphoénolpyruvate, sel monopotassique | MilliporeSigma | Réf. P7127 | |
| Phosphoglucomutase du muscle du lapin | MilliporeSigma | Réf. P3397 | |
| Phosphorylase A du muscle de lapin | MilliporeSigma | Réf. P1261 | |
| Enzymes pyruvate kinase/déshydrogénase lactique du muscle de lapin | MilliporeSigma | Réf. P0294 | |
| UDP-glucose, sel disodique | MilliporeSigma | Référence U4625 |