La technique de spectroscopie de dichroïsme circulaire pour étudier les interactions ADN-protéines

Résumé

Source : Arya, V., et al. Spectroscopie CD pour étudier les interactions ADN-Protéine. J. Vis. Exp. (2022).

Cette vidéo démontre la technique de spectroscopie de dichroïsme circulaire (CD) pour étudier les changements conformationnels se produisant dans l’ADN en présence d’une protéine de remodelage de la chromatine dépendante de l’ATP. Les changements dans les spectres CD mesurés en présence et en absence d’hydrolyse de l’ATP indiquent l’importance de l’ATP dans la capacité du remodeleur à induire des changements conformationnels dans l’ADN lié.

Protocole

1. Concentration de travail des composants de la réaction

1. Préparez fraîchement les concentrations de travail des tampons pour la CD et maintenez-les à 4 °C avant de mettre en place les réactions.
   note: Pour les réactions CD décrites dans cet article, les concentrations de travail des composants sont les suivantes : Tampon phosphate de sodium (pH 7,0) 1 mM, ATP 2 mM, ADN 500 nM, Protéine 1 μM, MgCl₂ 10 mM, EDTA 50 mM, ADAADiN 5 μM.

2. Choix et préparation des cuvettes CD

1. Collectez des spectres de CD dans des cuvettes en quartz à haute transparen....

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Sel disodique d’adénosine 5′-triphosphate hydraté	Sigmaaldrich	A2383
Cuvette CD Quartz	STARNA	21-Q-1
Spectromètre Chirascan V100 CD	Photophysique appliquée	non disponible
EDTA Sel disodique dihydraté	SRL	Référence 43272
Solution de nettoyage Hellmanex III	Hellma	Référence : 9-307-011-4-507
Chlorure de magnésium hexahydraté	Fisher scientifique	M33-500
Phosphate de sodium dibasique anhydre	Fisher scientifique	S374-500
Phosphate de sodium monobasique monohydraté	Fisher scientifique	S369-500
Lecteur de microplaques Synergy HT	BioTek	non disponible
Base Tris	Fisher scientifique	BP152-500