Nous faisons la démonstration d’un test PCR multiplex simple pour le dépistage et le typage rapides des types I-V du chromosome à cassette staphylococcique (SCCmec) pour le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, et nous fournissons certaines des étapes essentielles et des nuances procédurales qui le rendent efficace pour adapter ce test à chaque laboratoire.
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Article de méthode
PCR multiplex pour le typage des staphylocoques Cassette Chromosome Mec types I
Dans cet article
Avis d’erratum
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Résumé
Résumé
Staphylococcique Cassette Chromosome mec (CSC MEC) typage mol
Introduction
Staphylococcus aureus r
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Résultats
Ce M-PCR mis à jour permet de déterminer (classer) les types SCCmec I à V, ainsi que les principaux sous-types de SCCmec IV. Le test cible des loci uniques et spécifiques des éléments SCCmec I, II, III, IVa, IVb, IVc, IVd, IVE et V, tout en détectant simultanément le gène mecA. Une identification préliminaire des SCCmec VI et VIII est également possible, mais nécessiterait des analyses supplémentaires pour confirmation. Figure 3 illustre des exemples représent...
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Discussion
Le test PCR multiplex décrit ici fournit une méthode simple et fiable pour classer les types et les principaux sous-types deSCC mec I-V dans les staphylocoques, avec discrimination simultanée du SARM de la MSSA. Le test est robuste, facilement réalisé en une seule réaction PCR et les résultats sont faciles à interpréter. Le test a des limites en ce sens qu’il cible des loci individuels au sein de chaque typede mec SCC, mais n’offre pas de typage complexe complet de ccr et de mec , et n...
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Déclarations de divulgation
Aucun conflit d’intérêts n’a été déclaré.
Remerciements
Nous remercions T. Ito, K. Hiramatsu, R. Daum, H. de Lencastre et D. Coleman pour l’aimable cadeau de quelques souches de référence utilisées dans cette étude. Ce travail a été en partie financé par le Centre de résistance aux antimicrobiens (CAR), les Services de santé de l’Alberta à Calgary, les Services de laboratoire de Calgary et l’Université de Calgary.
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Matériaux
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| Gélose tryptique de soja | Fisher (BD) | CA90002-700 (236920) | |
| Eau distillée stérile | Life Technologies | 10977-015 | |
| Platinum Taq : avec 10x tampon PCR et 50 mM MgCl2 | Life Technologies | 10966-034 | |
| 100 mM dNTP | Life Technologies | 10297-018 | |
| Base Tris | Sigma-Aldrich | T6066 | |
| Acide borique | Sigma-Aldrich | B7901 | |
| EDTA | Life Technologies | 15576-028 | |
| Agarose | Life Technologies | 16500-500 | |
| Glycerol | Life Technologies | 15514-011 | |
| Bleu de bromophénol | Sigma-Aldrich | B8026 | |
| 1Kb+ Échelle d’ADN | Life Technologies | 10787-026 | |
| Bromure d’éthidium | Sigma-Aldrich | E7637 | |
| 1.5ml Tubes à microcentrifuger | VWR (Axygen Scientific) | 10011-700 | |
| Bâtonnets de culture | VWR | CA10805-018 | |
| Tubes PCR | Diamed | AD0210-FCN (nouveau # : DIATEC420-1250) | |
| Centrifugeuse | Eppendorf | 5417c | |
| Bloc chauffant | VWR | 13259-030 / 13259-286 | |
| Thermocycleur | Applied Biosystems (2720) | 4359659 | |
| Chambre d’électrophorèse sur gel submersible horizontale avec moule en gel | BioRad | 170-4469 | |
| Alimentation | BioRad | 164-5050 | |
| Agitateur à bascule | VWR | 40000-300 | |
| Moléculaire Imager Gel Doc System | BioRad | 1708170 |
Références
- IWG-SCC. Classification of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec): guidelines for reporting novel SCCmec elements. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (12), 4961-4967 (2009).
- Ito, T., Hiramatsu, K., Tomasz, A., de Lencastre, H., Perreten, V., Holden, M., et al. Guidelines for Reporting Novel mecA Gene Homologues. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 56 (10), 4997-4999 (2012).
- Okuma, K., Iwakawa, K., Turnidge, J. D., Grubb, W. B., Bell, J. M., O'Brien, F. G., et al. Dissemination of new methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in the community. Journal of Clinical Microbiology. 40 (11), 4289-4294 (2002).
- Kondo, Y., Ito, T., Ma, X. X., Watanabe, S., Kreiswirth, B. N., Etienne, J., et al. Combination of multiplex PCRs for staphylococcal cassette chromosome mec type assignment: rapid identification system for mec, ccr, and major differences in junkyard regions. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 51 (1), 264-274 (2007).
- Oliveira, D. C., de Lencastre, H. Multiplex PCR strategy for rapid identification of structural types and variants of the mec element in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 46 (7), 2155-2161 (2002).
- Milheirico, C., Oliveira, D. C., de Lencastre, H. Update to the multiplex PCR strategy for assignment of mec element types in Staphylococcus aureus. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 51 (9), 3374-3377 (2007).
- Milheirico, C., Oliveira, D. C., de Lencastre, H. Multiplex PCR strategy for subtyping the staphylococcal cassette chromosome mec type IV in methicillin-resistant Staphylococcus aureus: 'SCCmec IV multiplex'. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 60 (1), 42-48 (2007).
- Zhang, K., McClure, J. A., Elsayed, S., Louie, T., Conly, J. M. Novel multiplex PCR assay for characterization and concomitant subtyping of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Journal of Clinical Microbiology. 43 (10), 5026-5033 (2005).
- Zhang, K., McClure, J. A., Conly, J. M. Enhanced multiplex PCR assay for typing of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Molecular and Cellular Probes. 26 (5), 218-221 (2012).
- de Lamballerie, X., Zandotti, C., Vignoli, C., Bollet, C., de Micco, P. A one-step microbial DNA extraction method using "Chelex 100" suitable for gene amplification. Research in Microbiology. 143 (8), 785-790 (1992).
- Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J. Vis. Exp. (62), e3923(2012).
- McClure, J. A., Conly, J. M., Elsayed, S., Zhang, K. Multiplex PCR assay to facilitate identification of the recently described Staphylococcal cassette chromosome mec type VIII. Molecular and Cellular Probes. 24 (4), 229-232 (2010).
- Zhang, K., McClure, J. A., Elsayed, S., Conly, J. M. Novel staphylococcal cassette chromosome mec type, tentatively designated type VIII, harboring class A mec and type 4 ccr gene complexes in a Canadian epidemic strain of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (2), 531-540 (2009).
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Réimpressions et autorisations
Erratum
Formal Correction: Erratum: Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus
Posted by JoVE Editors on 3/19/2019. Citeable Link.
An erratum was issued for: Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus. There was a typo in Table 1.
In Table 1, the Oligonucleotide sequence for Type III-F5 was updated from:
TTCTCATTGATGCTGAAGCC
To:
GAAACTAGTTATTTCCAACGG
