La bactérie intracellulaire obligatoire Chlamydia fait peser un lourd fardeau sur la santé publique mondiale. C. trachomatis est la principale cause bactérienne d’infection sexuellement transmissible et également la principale cause de cécité évitable dans le monde. Un déterminant essentiel du succès de l’infection des cellules hôtes par la chlamydia est la capacité de la bactérie à manipuler la signalisation de la cellule hôte à partir d’un nouveau compartiment vacuolaire appelé inclusion. De l’intérieur de l’inclusion, Chlamydia acquiert les nutriments nécessaires à sa croissance développementale de 2 à 3 jours, et elle sécrète en outre un panel de protéines effectrices sur la face cytosolique de la membrane de la vacuole et dans le cytosol de l’hôte. Cependant, les lacunes dans notre compréhension de la biologie de Chlamydia présentent des défis importants pour la visualisation et l’analyse de ce compartiment intracellulaire. Récemment, une stratégie d’imagerie inverse permettant de visualiser l’inclusion à l’aide de cellules hôtes exprimant la GFP a été décrite. Cette approche exploite rationnellement l’imperméabilité intrinsèque de la membrane d’inclusion aux grosses molécules telles que la GFP. Dans ce travail, nous décrivons comment les cellules hôtes exprimant la GFP ou la mCherry sont générées pour la visualisation ultérieure des inclusions de chlamydia. De plus, il a été démontré que cette méthode se substitue efficacement aux méthodes coûteuses de dénombrement basées sur les anticorps, peut être utilisée en tandem avec d’autres marqueurs fluorescents, tels que Chlamydia exprimant la GFP, et peut être exploitée pour obtenir des données quantitatives clés sur la croissance des membranes d’inclusion à partir d’une gamme d’espèces et de souches de Chlamydia.