Le pH intracellulaire est étroitement régulé et des différences de pH entre le cytoplasme et les organites ont été signalées1. La régulation du pH cellulaire est cruciale pour le contrôle homéostatique des processus physiologiques qui comprennent : la synthèse des protéines, de l’ADN et de l’ARN, le trafic vésiculaire, la croissance cellulaire et la division cellulaire. Les altérations de l’homéostasie du pH cellulaire peuvent entraîner des changements fonctionnels préjudiciables et favoriser la progression de diverses maladies2. Diverses méthodes sont disponibles pour mesurer le pH intracellulaire, mais très peu d’entre elles permettent de mesurer simultanément le pH dans le cytoplasme et dans les organites. Ici, nous décrivons en détail une méthode rapide et précise pour la mesure simultanée du pH cytoplasmique et organellaire par microscopie confocale sur cellules vivantes3. Cet objectif est atteint grâce à l’utilisation de deux colorants ratiométriques sensibles au pH qui possèdent une partition sélective du compartiment cellulaire. Par exemple, SNARF-1 est compartimenté à l’intérieur du cytoplasme tandis que HPTS est compartimenté à l’intérieur des organites endosomaux/lysosomaux. Bien que le HPTS soit couramment utilisé comme indicateur de pH cytoplasmique, ce colorant peut marquer spécifiquement les vésicules le long de la voie endosomale-lysosomale après avoir été absorbées par la pinocytose3,4. À l’aide de ces sondes de détection du pH, il est possible de mesurer simultanément le pH dans les compartiments endocytaires et cytoplasmiques. La longueur d’onde d’excitation optimale du HPTS varie en fonction du pH tandis que pour le SNARF-1, c’est la longueur d’onde d’émission optimale qui varie. Après le chargement avec SNARF-1 et HPTS, les cellules sont cultivées dans différentes solutions au pH calibré pour construire une courbe standard de pH pour chaque sonde. L’imagerie cellulaire par microscopie confocale permet d’éliminer les artefacts et le bruit de fond. En raison des propriétés spectrales de l’HPTS, cette sonde est mieux adaptée à la mesure du compartiment endosomal légèrement acide ou à la démonstration de l’alcalinisation des organites endosomaux/lysosomaux. Cette méthode simplifie l’analyse des données, améliore la précision des mesures de pH et peut être utilisée pour répondre à des questions fondamentales liées à la modulation du pH lors des réponses cellulaires à des défis externes.