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Malgré l’importance pour la santé publique des agents pathogènes de la muqueuse (y compris le VIH), on sait relativement peu de choses sur l’immunité muqueuse, en particulier au niveau de l’appareil génital féminin (FGT). Étant donné que la transmission hétérosexuelle représente aujourd’hui le mécanisme dominant de transmission du VIH, et compte tenu de la propagation continue des infections sexuellement transmissibles (ITS), il est essentiel de comprendre l’interaction entre l’hôte et l’agent pathogène au niveau de la muqueuse génitale. Les lacunes importantes dans les connaissances sur l’immunité FGT sont en partie dues à la difficulté de collecter et de traiter avec succès des échantillons de muqueuse. Afin de faciliter les études avec une taille d’échantillon suffisante, les techniques de collecte doivent être peu invasives et efficaces. À cette fin, un protocole pour la collecte d’échantillons de cytobrosses cervicales et l’isolement ultérieur des cellules mononucléées cervicales (CMC) a été optimisé. En utilisant l’immunophénotypage basé sur la cytométrie en flux ex vivo, il est possible de quantifier avec précision et fiabilité les fréquences et les phénotypes des populations de lymphocytes/monocytes CMC. Cette technique peut être couplée à la collecte d’un lavage cervical-vaginal (CVL), qui contient des médiateurs immunitaires solubles, notamment des cytokines, des chimiokines et des anti-protéases, qui peuvent tous être utilisés pour déterminer l’environnement anti- ou pro-inflammatoire dans le vagin.