$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Nota: Les procédures animaux ont été approuvés par l'Université du Connecticut IACUC et sont conformes aux directives du NIH. Le tissu humain et l'analyse de données et les procédures étaient en conformité avec et approuvés par l'Université du Connecticut CISR et conformes aux directives du NIH.
1. Souris: Analyse des périventriculaire Cellular intégrité et la modélisation 3D du ventricule latéral
1.1) Préparation de la souris ventricule latéral mur entier Mounts
- Préparer souris ventricule latéral montures entières pour l'immunohistochimie (IHC) comme décrit précédemment 16,17.
1.2) immunohistochimie pour l'analyse de ventricule latéral
- Fix et le tissu cérébral section de la souris comme décrit précédemment 18,19.
- Brièvement, rincer souris transcardiaque avec normale, une solution saline de la température ambiante, jusqu'à ce que les organes ont éclairci (indiqué par une coloration pâle), suivis par la température ambiante paraformaldéhyde 4%(PFA) dans 0,1 M de tampon phosphate salin (PBS) jusqu'à ce que le tissu a durci.
- Retirer le cerveau du crâne. Utilisez des ciseaux de dissection iris pour couper de la base du crâne le long de la suture sagittale.
- Exposer le crâne et le cerveau retirer avec une pince. Plongez le cerveau dans 4% PFA fixateur nuit à 4 ° C. Puis laver 3 fois pendant 20 minutes avec du PBS.
- Préparer des coupes en série pour l'immunohistochimie et analyse du volume.
- Avec un scalpel microchirurgicale, faire une petite incision longitudinalement le long du cortex de l'hémisphère gauche pour permettre l'identification de l'hémisphère gauche de l'hémisphère droit lorsque les sections flottantes sont immunocolorées.
- EnCase cerveaux à 3% d'agarose pour le soutien structurel ajouté fixe pendant vibratome sectionnement. Chaud 3% d'agarose dans de l'eau distillée (p / v) jusqu'à ce que soit complètement dissous en utilisant un four micro-ondes ou plaque chauffante.
- Avec une lame de rasoir, retirer la partie caudale du cerveau au cervelet avec uncoupe coronale, laissant une surface plane et uniforme. Appliquez de la colle super à l'étape de tissus et de positionner le cerveau sur la surface fraîchement coupée avec les bulbes olfactifs vers le haut.
- Lorsque la solution d'agarose liquide est refroidi à une température juste chaud au toucher, appliquer uniformément sur le cerveau pour envelopper complètement l'ensemble du cerveau. Laisser la gélose se solidifier.
- Section agarose enfermé cerveaux coronaire sur un vibratome en 50 sections um, avec des sections placées en série dans une plaque de 24 puits contenant du PBS afin de préserver l'ordre séquentiel.
REMARQUE: généralement 12 puits sont utilisés pour un cerveau, avec prélèvement de tissus commençant 5 sections avant de voir l'émergence des ventricules latéraux commençant par le puits A1, déplacer numériquement grâce à B6 et du vélo retour à A1. Cela permet à plusieurs sections distinctes de la même cerveau pour être traitées dans le même puits. Pour latéral analyse du volume du ventricule, collection de tissus a cessé lorsque le ventricule latérals et la troisième fusion du ventricule, résultant en environ 3 sections par puits ou 36 sections au total. - Aspirer le PBS aide d'une pipette de transfert fixé avec une pointe de micropipette 20-200 pi pour que les articles flottants ne sont pas accidentellement aspirés. Block et perméabiliser les sections flottantes dans 10% de sérum, 0,1% de Triton X-100 (TX) dans du PBS (PBS-TX) pendant 1 heure à température ambiante. Utilisez 300 pi de solution par puits pour couvrir des coupes de tissus flottant librement dans une plaque de 24 puits et effectuer toutes les incubations de sections sur une plaque à bascule.
- Aspirer la solution de blocage, et incuber sections avec des anticorps primaires de PBS-TX nuit (au moins 12 heures) à 4 ° C. Pour les traces de volume du ventricule en utilisant des coupes coronales, utiliser anticorps anti-S100β pour marquer les cellules épendymaires.
- Aspirer solution d'anticorps primaire, et laver sections 3 fois pendant 10 min chacun avec PBS-TX.
- Incuber les coupes dans le noir pendant 1 h à la salle temperature avec des anticorps secondaires fluorescents, à des concentrations de 1: 1000 dans 10% de sérum, PBS-TX. Gardez sections dans l'obscurité pour toutes les étapes d'incubation restants.
- Aspirer la solution d'anticorps secondaire et incuber les sections avec 4 ', 6-diamidino-2-phénylindole dans du PBS (DAPI, 10 ug / ml) pendant 5 min à contre-coloration des noyaux cellulaires. Aspirer la solution DAPI et rincer les coupes 3 fois chacune pendant 10 minutes avec du PBS.
- Sections de montage en série sur des lames en utilisant la marque corticale de préserver gauche contre droite orientation de l'hémisphère. Air sections sèches dans la lamelle obscurité, puis en appliquant une fine couche de milieu de montage sur la lame et placer délicatement une lamelle de verre sur le dessus. Autoriser les diapositives sous une lamelle sécher toute la nuit à la température ambiante.
1.3) La segmentation de ventricule latéral pour les reconstructions 3D
REMARQUE: Effectuer le suivi des ventricules latéraux en utilisant un logiciel de cartographie sur une épifluorescence microsco deboutpe avec un étage automatisé et une caméra numérique CCD pour la détection de fluorescence.
- Allumez l'équipement de microscope à fluorescence et de lancer le logiciel de cartographie en mode de fluorescence. Ouvrez les "Options d'affichage" pour charger les barres d'outils appropriés et des panneaux d'outils d'accueil nécessaires pour le traçage. Options> Options d'affichage> Accessoires, et sélectionnez le «principal» et les barres d'outils «marqueur». Dans le même menu, sélectionnez «Caméra histogramme», «contrôle multicanal», «Réglages de l'appareil», et «l'acquisition d'images» sous «Panneaux accueil de l'outil.
- Respecter les débuts des ventricules basés sur la fluorescence de S-100β fort qui marque les cellules épendymaires qui bordent le ventricule latéral. Identifier le premier morceau de tissu contenant les ventricules latéraux.
- Créer un nouveau fichier de données et désigner un point pour le mouvement de la scène de référence en cliquant dans la fenêtre de l'image au-dessus du ventricule latéral gauche. Cherchez la petiteincision pour orienter gauche de l'hémisphère droit. Gardez le point dans un endroit cohérent par rapport aux ventricules latéraux de référence dans des dossiers de recherches pour aider lors de l'importation des contours pour la reconstruction de série.
- Sélectionnez le type approprié de présélection à partir du contour de contour dans le menu déroulant, par exemple, «Gauche Ventricule latéral. Utiliser une couleur unique pour chacun des tracés latéraux de gauche et ventricule droit. Si des changements dans le nom du contour et la couleur sont nécessaires, allez dans Options> Préférences d'affichage> Contours, puis modifier les noms des couleurs de contour ou sélectionnez «Ajouter un type Contour".
- Avec contour de la 'gauche Ventricule latéral' sélectionné, cliquez sur le long de la surface apicale de la doublure épendymaire pour commencer le contour de trace. Tracez le ventricule en continuant de cliquer successivement le long de la surface apicale.
- Pour les zones irrégulières nécessitant plus de finesse, cliquez et maintenez le bouton gauche de la souris afin de tracer les mains libres. Appuyez sur Ctrl + Z, ou aller to Options> Annuler pour annuler le point de contour précédent. Déplacez la fenêtre de traçage à l'aide des touches fléchées ou en faisant pointer un contour hors de l'écran et la fenêtre permettant de centrer automatiquement. Pour terminer le ventricule traçage clic droit et sélectionnez "Close Contour".
- Sélectionnez une nouvelle couleur de contour (type de contour) pour le ventricule latéral droit en utilisant le menu déroulant. Tracez le ventricule droit comme à l'étape 1.3.4 pour la gauche.
- Si des changements dans le nom du contour et la couleur sont nécessaires, cliquez droit sur le contour et sélectionnez Modifier le type Contour pour sélectionner la couleur appropriée.
- Ajouter marqueurs le long de la ligne médiane pour aider à aligner les contours de série pour la reconstruction 3D. Pour ajouter des marqueurs, sélectionnez le marqueur approprié (utilisez le 'X') à partir de la barre d'outils Marqueurs sur la gauche et cliquez pour les déposer sur l'écran de traçage. marqueurs d'importation ainsi que les contours de chaque section de tissu trace.
- Pour enregistrer la trace de tissus, sélectionnez Fichier> EnregistrerFichier de données Au fur et à créer un nouveau dossier et le nom du fichier. Nombre des tracés [diapo #] - [#] tissus pour faciliter l'identification de traces de coupes en série. Par exemple, la troisième section de tissu sur la deuxième diapositive a le nom de fichier '2-3' dans le répertoire pour chaque cerveau.
- Répéter les étapes 1.3.4 à 1.3.9 pour chaque section de série du tissu cérébral pour tracer les ventricules à travers la totalité du cerveau, à l'exception des régions d'adhérence de la paroi du ventricule.
- Si le ventricule a une région d'adhérence, sous-segment de la région antérieure de celles dorsal et ventral vers le site d'adhérence. Créer deux nouveaux types de contour pour chaque ventricule (par exemple, «Dorsale du ventricule gauche» et «ventrale du ventricule gauche»). Sur la première tranche de tissu à l'adhérence, des oligo le ventricule latéral avec à la fois le contour original du ventricule latéral et le nouveau dorsal et ventral contours pour assurer une reconstruction complète du ventricule peut être créé.
- Dans les sections postérieures à une ventricle mur adhérence, créer un ensemble de nouvelles couleurs de contour de la partie postérieure de chaque ventricule (par exemple, «postérieure du ventricule gauche»). Double-retracer cette première section de re-joint à la fois l'adhésion en cours et de nouveaux types de contour postérieur.
1.4) Reconstruction Ventricule latéral 3D
- Alignez et compiler des tracés de contour série des ventricules latéraux de la souris pour générer des reconstitutions en 3D et des données volumétriques.
- Ouvrir programme de reconstruction 3D. Cliquez sur Fichier> Ouvrir et sélectionnez le fichier de contour de la section première série tracée. Importez les tracés de contour du ventricule gauche et à droite ainsi que les marqueurs ajoutés.
- Pour sélectionner les contours, cliquez sur le bouton 'Sélectionner les objets de (curseur de l'icône) et sélectionnez les deux ventricules et marqueurs en tenant «Ctrl». Pour établir la position Z des contours, faites un clic droit et sélectionnez «Modifier Position Z '. Réglez la première tranche de tissu à 0 um.
- Pour enregistrer la reconstruction, sélectionnez Fichier> Enregistrer les données sous. Enregistrer après chaque importation de fichier, donc la récupération si une erreur est faite est aussi facile que de re-charger le fichier précédent.
- Pour ajouter de la prochaine tranche de tissu à la reconstruction, cliquez sur Fichier> Ajouter à afficher. Sélectionnez le fichier .DAT doit être annexée, et cochez la case 'Merge'.
- Suivez l'étape 1.4.3 pour régler à nouveau la position Z du fichier de trace nouvellement importée. Sélectionnez uniquement les contours gauche et droite nouvellement ajoutées dans la fenêtre principale pour éviter de déplacer les autres traces. Réglez chaque fichier de trace successive à 50 um de la position Z du contour précédent pour les 50 sections um. (Première contour: z = 0, deuxième contour: z = 50, troisième contour: z = 100, etc.)
- Pour ajuster la position X, Y de certains contours et des marqueurs, cliquez sur le 'Activer la traduction avec la souris' bouton et faire glisser les contours pour les aligner sur les contours des tissus précédents. Gardez la fois les contours gauche et droite de la trace actuelle sélectionnéspour permettre le mouvement synchrone.
- Pour faire tourner les traces dans le sens horaire ou antihoraire pour aligner les marqueurs de la ligne médiane, sélectionnez le bouton «Z-axe de rotation». Pour retourner contours à travers l'axe Y (si le contour gauche est sur la droite) sélectionnez les deux contours et les marqueurs importés, clic droit, sélectionnez 'Set Angle de rotation », et entrez' 180 'dans la' rotation Y '.
- Veiller à ce que les ventricules et médianes des marqueurs sont mieux alignés avant d'enregistrer le fichier de reconstruction, comme à l'étape 1.4.4.
- Répétez les étapes 1.4.5 à 1.4.9 pour chaque tranche de tissu suite jusqu'à ce que tous ont été importés et bien alignées.
- Pour afficher les données de volume de la reconstruction de série, cliquez sur Analyse> 'Marqueurs et analyse Région »et sélectionnez« Résumé 3D Contour ". Sélectionnez tous les contours dans le panneau de gauche, puis cliquez sur le bouton «Visualisation 3D 'pour afficher la reconstruction 3D finale.
2. humain: Analyse des périventriculaire Cellular intégrité et la modélisation 3D du ventricule latéral
2.1) Analyse des données d'IRM humaines
NOTE: Les protocoles sont répertoriés pour créer des reconstructions d'image 3D et la quantification volumétrique des ventricules latéraux et évaluer les changements volumétriques au fil du temps en utilisant l'analyse de superposition longitudinale. Il est important de noter que la cohérence dans la collecte de données MR (par exemple, la machine et la force de l'aimant, l'épaisseur de coupe, de l'orientation et de la résolution) et le traitement post-acquisition sont des critères extrêmement importants pour l'inclusion des ensembles de données 20.
- Segmentation ventriculaire
NOTE: ITK / à déclic est utilisé pour segmenter les ventricules de haute résolution des images IRM pondérées en T1. En variante, d'autres logiciels freeware comme Freesurfer peut être utilisé. - Ouvrir ITK / Snap, Fichier> Ouvrir une image en niveaux de gris. Sélectionnez le fichier souhaité et ouvert comme un (fichier NITFI) de fichier .nii.
- Faites défiler chaque anatplan mique, notant anomalies ventriculaires (régions sténosées, grandes ou petites cornes temporelles, etc.). Dans la palette d'outils principale cliquez sur 'Snake ROI outil'. Cliquez sur "Segment 3D '. Sélectionnez l'option 'intensité de la région ».
- Cliquez sur 'Preprocess Image'. Sélectionnez 'dessus', pour inclure les régions ci-dessous d'un certain seuil d'intensité afin de souligner le retour sur investissement en blanc. Enregistrez intensité maximale en utilisant la barre coulissante. Définissez le seuil à 15% de l'intensité maximale (record cette valeur). Réglez le paramètre de la douceur à 10. Cliquez sur 'OK', puis 'Next'.
- Ajouter 10-12 petit (taille 2) «bulles» pour chaque ventricule: deux dans la corne frontale antérieure, sept régulièrement espacées le long de la surface supérieure du corps de ventricule latéral, l'un dans la corne occipitale et un dans la corne temporale du ventricule latéral. 'Sélectionnez Paramètres' et réglez la force de courbure à 0,4. Cliquez sur l'icône Lecture pour commencer l'évolution de contour actif.
- Cliquez sur "Mise à jour Mesh 'pour visualiser la surface; vérifier "Auto-Update '. Arrêtez la segmentation lorsque toutes les zones du ventricule latéral sont inclus dans la région d'intérêt (ROI). Éviter l'inclusion du troisième ventricule. Cliquez sur «Terminer».
- Modifier manuellement l'image si nécessaire pour éliminer les régions non désirés par les méthodes suivantes (généralement besoin d'effacer les fuites troisième ventricule). Utiliser l'outil manuellement '3D Scalpel' supprimer des régions excédentaires ou manuellement utiliser l'outil «Pinceau» par «Clear Label» comme l'étiquette de dessin actif pour effacer toute inclusion au-delà de ROI.
- Enregistrer les résultats de segmentation comme une image .nii (de format de fichier 'nifti').
- Pour obtenir le volume du ventricule totale, sélectionnez «Segmentation> Volume» et de la statistique; obtenir le volume total du ventricule utilisant set étiquette de couleur.
- Représentation longitudinale de ventricules latéraux De MRIScans
REMARQUE: L'utilisationLogiciel Mango, ROI longitudinales sont superposées à démontrer qualitativement et quantitativement les variations de volume du ventricule dans les sujets de plus de temps. - Ouvrir Mango. Cliquez sur Fichier> Charger ROI du point de premier temps de retour sur investissement (de base) en VERT. File> Load ROI du deuxième point de temps de retour sur investissement RED. Enregistrer superposition longitudinale en sélectionnant Fichier> Enregistrer sous; attribuer à chaque image sous "name_ de fichier [premier point de l'âge de temps] - [Point âge seconde fois] .nii '.
- Ouvrez ITK-SNAP. Rouvrez le ROI combinée comme «l'image en niveaux de gris», en sélectionnant Segmentation> Load From Image> fichier combiné de ROI. Pour obtenir des données de volume longitudinales courent le suivant: Segmentation> Volume et statistiques> Étiquette 1 (rouge) = volume d'expansion; Etiquette 2 (vert) = volume de la sténose; Label du volume 3 (bleu) = base.
2.2) périventriculaire Human Tissue Préparation et analyse
- Consignes de sécurité pour travailler avec les tissus humains
- Obtenir appropformation à la sécurité riée (par ex., cours pathogènes à diffusion hématogène).
- Observer (universels) les précautions de sécurité standard. Porter des gants. Changer de gants avant de toucher tout équipement ou surfaces commune qui ne sont pas à usage unique. Étiqueter les articles traités systématiquement lorsque l'on travaille avec les tissus humains avec des désignations "d'utilisation des tissus humains».
- Suivez les pratiques de décontamination de tous les éléments en contact avec le tissu humain. Bleach tous les liquides contaminés pendant un minimum de 24 heures avant leur élimination, traiter les surfaces contaminées avec une serviette imbibée eau de Javel (par exemple, de paillasse) ou en plaçant objet directement dans l'eau de Javel (par exemple des pinces).
- Préparer un plan d'urgence pour le contact avec les tissus humains directement sur la peau, ce qui peut inclure tremper une serviette en papier dans l'eau de Javel et la tenue sur la zone touchée (5-10 min).
- Utilisez élimination des déchets approprié pour tous les éléments qui entrent en contact avec les tissus humains.
- Ventricule latéral Préparation Mont entiers
- Beginning avec un hémisphère intact (fixe formol à 10% et rincées avec de 0,1 M PBS), tranche de 1,5 cm d'épaisseur grâce à des coupes coronales en utilisant tout l'hémisphère grand couteau.
NOTE: Tous les protocoles de fixation nécessitent une vérification d'anticorps avant. - sections d'étiquetage avant vers l'arrière à partir de la première section contenant le ventricule latéral. Utilisez un système d'étiquetage alpha-numérique, marquage des tranches avec des lettres (avant vers l'arrière) et du paragraphe avec des numéros (de haut en bas). Éviter de perturber la surface épendymaire.
- Utilisation de scalpel microchirurgical, disséquer paroi du ventricule 1 cm de profondeur, maintenir une section continue pour l'ensemble de paroi latérale. Subdiviser mur comme nécessaire pour créer des sections de taille appropriée pour la coloration bien. section de Notch sur le côté opposé de la paroi du ventricule afin d'identifier l'orientation supérieure / inférieure.
- Effectuer l'extraction de l'antigène par incubation des coupes de tissus dans 10 mM de tampon citrate de sodium (pH 6,0) à 100 ° C pendant 10 à 20 min à l'aide d'une double boiler (temps d'incubation optimale est déterminée empiriquement). Rincer trois fois dans du PBS / 0,1% de Triton X-100 (TX-PBS).
- Bloquer dans du sérum de cheval à 10% en utilisant du PBS / PBS-TX pendant 1 heure à température ambiante.
- Incuber avec des anticorps primaires pendant 48 heures à 4 ° C. Pour visualiser la doublure de paroi du ventricule, immunocoloration montures entières avec les combinaisons d'anticorps suivantes: souris anti-β-caténine (1: 250); chèvre anti-GFAP (1: 250); de lapin anti-AQP4 (1: 400).
- Effectuez toutes les étapes ultérieures dans l'obscurité. Rincer le tissu trois fois dans du PBS, incuber avec des anticorps secondaires (1: 500) pendant 24 heures à 4 ° C ou 2 heures à la température ambiante, un autre rinçage et trois fois dans du PBS. Incuber tissu en DAPI pendant 7 min à température ambiante, puis avec un autre 3 rinçages dans du PBS.
- Préparer le tissu pour la dissection finale en couvrant un plat en bas de cire avec du parafilm. Remplissez plat avec du PBS, placer le tissu dans un plat à l'aide de pinces fines, éviter de faire contact avec la paroi épendymaire.
- Sous le microscope de dissection, fermement sécure tissu sur ses broches latérales aide. Avec un couteau de couteau microchirurgicale 22,5 °, créer des sections minces uniformes (environ 300 um d'épaisseur) de la paroi du ventricule latéral. Pour les grandes sections ou des sections à courbure difficile, coupé en petits cubes avant de couper en sections finales pour le montage et l'emplacement de la note.
- Placez délicatement côté ependyma section disséqué monter sur diapositive à l'aide de pinces fines, prenant note de l'emplacement et l'orientation régionale sur la diapositive. Couvrir avec le tissu mince couche de aquapolymount, en prenant soin d'éviter les bulles. Placez lamelle sur un tissu, ajouter aquapolymount supplémentaires nécessaires pour combler les lacunes dans lamelle.
- Placez sections montés dans sombre et sec pendant 2-3 jours à température ambiante. Conserver dans Slidebox à 4 ° C.
- Immunohistochimie et analyse histologique
- En utilisant la microscopie confocale pour voir immunohistochimie fluorescente, définir le plan focal d'imagerie à la surface du ventricule, tel que déterminé par l'utilisation of β-caténine (marqueur pour adhérentes apical jonction protéines de cellules épendymaires). Délimiter régions de couverture de la cellule épendymaire et astrogliose de surface (GFAP de coloration à la surface du ventricule).
- Pour le document et le montage de la surface du ventricule ensemble, utiliser des images qui se chevauchent pour couvrir toute la surface. Pour créer montage d'images de série, ouvrir Adobe Photoshop. Utilisez la commande Fichier> Automatisation> Photomerge de mise en page> interactif pour sélectionner les images à superposer, faisant des ajustements manuels si nécessaire.
- Créez un nouveau calque pour tracer montage pour générer la représentation caricaturale de la couverture cellulaire de ependyma intacte ou gliose de surface du ventricule. Répétez l'opération pour chaque diapositive ou ROI. Compiler toutes les sections pour reconstruire carte de paroi du ventricule et un lien vers la région correspondante sur la reconstruction IRM.