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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Etiquetage du domaine extracellulaire d'une protéine membranaire avec un fluorophore sensible au pH, superecliptic pHluorin (SEP), permet la localisation subcellulaire, l'expression et le trafic à déterminer. les protéines d'imagerie septembre marqué avec un total de microscopie par fluorescence par réflexion interne (TIRFM) permet la quantification des niveaux de protéine dans la membrane du RE et le plasma périphérique.
Comprendre protéine membranaire traite, l'assemblage et l'expression nécessite une approche qui établit une distinction entre ceux qui résident dans des organites intracellulaires et ceux localisés sur la membrane plasmique. Les mesures classiques basées sur la fluorescence manquent de la capacité de distinguer des protéines membranaires résidant dans différents organites. Méthodologies de pointe dépassent les méthodes traditionnelles de couplage des fluorophores sensibles au pH à la microscopie par fluorescence par réflexion interne totale (TIRFM). illumination FRBR excite l'échantillon jusqu'à environ 150 nm à partir de l'interface verre-échantillon, diminuant ainsi fond, augmenter le rapport signal sur bruit, et l'amélioration de la résolution. Le volume d'excitation dans TIRFM englobe la membrane plasmique et à proximité des organites tels que l'ER périphérique. Superecliptic pHluorin (SEP) est une version sensible au pH de la GFP. Génétiquement codant septembre dans le domaine extracellulaire d'une protéine membranaire d'intérêt positionne sur le fluorophorele côté luminal du RE et dans la région extracellulaire de la cellule. Septembre est fluorescent lorsque le pH est supérieur à 6, mais reste dans un état d'arrêt à des valeurs de pH inférieures. Par conséquent, les récepteurs marqués avec une fluorescence septembre lorsqu'il réside dans le réticulum endoplasmique (RE) ou lors de l'insertion dans la membrane plasmique (PM), mais pas quand il se trouve dans une vésicule de trafic ou d'autres organites tels que l'appareil de Golgi. Le pH extracellulaire peut être ajustée pour dicter la fluorescence des récepteurs sur la membrane plasmique. La différence de fluorescence entre les images TIRF à pH extracellulaire neutre et acide pour la même cellule correspond à un nombre relatif des récepteurs sur la membrane plasmique. Ceci permet une mesure simultanée de récepteurs résidant intracellulaires et membranaires plasmiques. événements unique d'insertion des vésicules peuvent également être mesurés lorsque le pH extracellulaire est neutre, ce qui correspond à un faible pH vésiculaire de trafic fusionner avec la membrane plasmique et la transition vers un état fluorescent. Cette versatiltechnique de e peut être exploitée pour étudier la localisation, l'expression et le trafic des protéines membranaires.
Les changements dans l' expression du récepteur, la distribution et l' assemblage ont été connectés à une grande variété de maladies, y compris la maladie d'Alzheimer, la maladie de Parkinson, la fibrose kystique et la toxicomanie 1, 2, 3, 4, 5. Par exemple, la nicotine et d' autres ligands nicotiniques influencent le trafic des récepteurs nicotiniques de l' acétylcholine (nAChR) conduisant à des changements dans le trafic, l' expression et la régulation positive 1, 2, 5, 6, 7, 8, 9, 10. La nicotine augmente le nombre total de nAChR assemblés dans une cellule, le trafic augmente vers la membrane plasmique, und modifie l'assemblage de sous-unités pour favoriser une version haute sensibilité de certains sous-types. Résoudre des changements distincts dans le trafic, l'assemblage et l'expression des récepteurs dans un modèle de la maladie fournit des détails cruciaux mécanistes qui sont essentielles pour définir des cibles de médicaments. Une approche idéale serait rapidement différencier les récepteurs intracellulaires et ceux localisés sur la membrane plasmique. Cela est particulièrement difficile dans les cas où une majorité d'une protéine particulière réside intracellulaire, comme avec nAChR. Puisque la majorité des nAChR sont localisées dans le réticulum endoplasmique, les mesures traditionnelles manquent la résolution spatio-temporelle nécessaire pour identifier la localisation et la traite des changements le long de la voie sécrétoire. Trafic de récepteurs et d' expression des études de nAChR ont principalement été réalisées en utilisant radioligand de liaison 11, des essais de biotinylation 12, western blot 13, ou immunoprécipitation techniq ues 12. Celles-ci dépendent de la spécificité de liaison d'une molécule rapporteur ou la fixation des cellules et ne sont pas capables de distinguer simultanément entre résident de la membrane plasmique et les récepteurs intracellulaires. Par conséquent, les études de montage de canal ionique et vésiculaires dynamique ont largement compté sur les bas-débit techniques électrophysiologiques 14.
résolution spatiale et temporelle supérieure est possible avec les progrès de la microscopie par fluorescence. Molécules reporters codés génétiquement, tels que la protéine fluorescente verte (GFP) et ses variantes, d' éliminer les problèmes de liaison non spécifiques et d' augmenter la sensibilité 15. Une variante sensible au pH de la GFP, connu sous superecliptic pHluorin (SEP), peut être utilisé pour exploiter les différences de pH inhérentes entre les compartiments à l' intérieur d' une cellule pour déterminer la localisation 5, 7, 8,ref "> 9, 16, 17, 18. septembre fluoresce lorsque le pH est supérieur à 6, mais reste dans un état d' arrêt à un pH inférieur. Par conséquent, les récepteurs marqués avec SEP sur leur côté luminal sont détectés lorsqu'ils sont présents dans le réticulum endoplasmique ( ER) ou lors de l'insertion dans la membrane plasmique (PM), mais pas quand il se trouve dans une vésicule de traite. la manipulation du pH extracellulaire en contact avec des récepteurs sur la membrane plasmique modifie par conséquent la fluorescence et donc la détection de ces récepteurs. Si la même cellule, séquentiellement imagée à la fois à un pH extracellulaire neutre et un pH inférieur à 6, la différence entre les images est attribuée à des récepteurs situés sur la membrane plasmatique. Ceci permet une mesure simultanée de intracellulaire (ER périphérique) et les récepteurs de la membrane plasmique résidentes 5, 7, 8 p>, 9. événements unique d'insertion des vésicules peuvent également être résolus lorsque le pH extracellulaire est neutre. Une fois qu'un faible trafic vésiculaire pH fusionne avec la membrane plasmique, la partie luminale de la vésicule est exposée à la solution extracellulaire neutre, ce qui provoque une transition détectée comme une rafale de fluorescence de 7, 18, 19, 20. Septembre permet la mesure des récepteurs localisés à la membrane plasmique et réticulum endoplasmique périphérique, et fournit un moyen de mesurer le trafic des récepteurs entre ces régions subcellulaires 5, 7, 18.
Pour obtenir une résolution plus élevée à la membrane plasmique, avec un récepteur codé génétiquement septembre est imagée par microscopie de fluorescence à réflexion interne totale (TIRFM). Cette méthode est particulièrementutile si la plupart des récepteurs sont localisés dans les régions intracellulaires, puisque TIRFM augmente la visibilité de la membrane plasmique. TIRFM permet également la résolution de la dynamique de trafic de vésicules individuelles portant des récepteurs SEP-marqués lors de l'insertion dans le PM. La réflexion totale interne se produit à l'interface des matériaux ayant différents indices de réfraction, par exemple entre une cellule et une lamelle couvre- objet en verre 21, 22. Septembre fluoresce lorsqu'il est irradié par excitation à 488 nm, qui est orientée pour obtenir une réflexion interne totale à l'interface de la solution de verre et de la cellule. Cela produit une onde évanescente qui pénètre environ 150 nm dans l'échantillon, seulement fluorophores passionnantes dans ce volume. Seulement septembre contenant des récepteurs dans un environnement de pH neutre dans cette plage d'excitation sont détectés, correspondant à celles se trouvant sur la membrane plasmique ou réticulum endoplasmique périphérique. Depuis la détection est limitée to excitation par l'onde évanescente, la fluorescence de fond de la région intracellulaire est réduite , et le rapport signal sur bruit est augmenté de 21, 22. En outre, étant donné que le rayonnement ne pénètre pas la majeure partie de la cellule, le photovieillissement est réduite au minimum qui permet l'imagerie des cellules vivantes au cours du temps. En conséquence, TIRFM couplé avec génétiquement codé septembre fournit la haute résolution et la sensibilité requise pour la mesure de localisation et de trafic dynamique subcellulaire des récepteurs membranaires le long de la voie sécrétoire.
1. Culture cellulaire et transfection
2. imagerie de cellules vivantes par Total EnRéflexion externe Fluorescence Microscopy (TIRFM)
3. Analyse de l'image et de traitement de données
Septembre incorporation dans un récepteur permet la détection directe de ce récepteur dans une cellule vivante. Couplé à TIRFM, ce qui permet d'évaluer les niveaux d'expression relatifs à la membrane plasmique et la distribution des récepteurs à l'intérieur des emplacements subcellulaires dans la région de l'excitation TIRF. Simples événements de trafic de vésicules peuvent également être résolus.
Niveaux d'expression relative de Receptors SEP-marqués sur membrane plasmique
Septembre fluorescence après excitation est dicté par le pH de la solution environnante. Quand septembre est fusionné avec les récepteurs de résidents de la membrane plasmique, le pH extracellulaire peut être manipulé pour activer cette fluorescence ou désactiver 5, 7, 8, 9, 17. Lorsque ee pH de la solution extracellulaire est physiologique 7,4, des récepteurs à la fois la membrane plasmique et le reticulum endoplasmique dans la région d'excitation en fluorescence TIRF. La solution extracellulaire peut alors être échangé avec une solution autrement identique de pH 5,4. Cela provoque la membrane plasmique résidente SEP transition vers un état d'arrêt, ce qui signifie toute la fluorescence observée est maintenant du réticulum endoplasmique. La figure 2 montre un exemple des cellules imagées à la fois à pH 7,4 (A) et un pH de 5,4 (B). Le nombre relatif des récepteurs sur la membrane plasmique par rapport au réticulum endoplasmique périphérique dans la région d'excitation TIRF est ensuite calculée mathématiquement en soustrayant la densité intégrée de la fluorescence à partir de pH 5,4 qu'à pH 7,4, représenté sur la figure 2C. Cette densité intégrée de la membrane plasmatique calculée correspond au nombre relatif des récepteurs septembre marqués situés sur la membrane plasmique, et à l'intérieur de l'excitation TIRFle volume. Comme la membrane plasmique et à proximité endoplasmique réticulum périphérique sont en cours de préférence excités par TIRF, la comparaison de la distribution subcellulaire entre les récepteurs localisés dans ces régions, et non la totalité de la région intracellulaire de la cellule.
Répartition subcellulaire des récepteurs SEP-étiquetés
Le trafic des récepteurs peut être mesurée en comparant le rapport entre les récepteurs situés sur la membrane plasmatique par rapport au réticulum endoplasmique. Diviser la membrane plasmique densité intégrée par la densité totale intégrée à un pH de 7,4, multipliée par 100, donne un pourcentage relatif de récepteurs septembre marqués situés sur la membrane plasmatique 5, 7. En tant que témoin, brefeldine A peut être ajouté à des cellules de perturber le trafic intracellulaire des protéines. Lorsque bréfeldine A est présent, la quasi-totalité de l'rece détectéeptors dans la région de la FRBR excitation seront limitées au réticulum endoplasmique, résultant en un% PM inférieur. En outre, muté (Δ508-I539T) régulateur transmembranaire de la fibrose kystique (Δ508-I539T-CFTR) peut être utilisé comme témoin positif. En présence d'disponibles dans le commerce VX-809, l'expression Δ508-I539T CFTR sur la surface de la cellule augmente de 2 à 3 fois.
Simple Events Vésicule insertion
Septembre ne fluoresce photoblanchiment ou dans le bas pH d'une vésicule de transport, mais regagne fluorescence lors de l' exposition à un pH de 7,4 à extracellulaire de la membrane plasmatique 7, 16, 18. les événements d'insertion sont visualisées sous forme d'une salve de fluorescence à la membrane plasmique qui dure au moins 3 images (600 ms), ce qui correspond à la pleine fusion de la vésicule de transport dans la membrane plasmique, comme le montre la figure 3. Avant une insertion (figure 3B), aucune rafale discernable est présent. Une augmentation de l'intensité de la fluorescence est considérée comme la vésicule de transport arrive (figure 3C), la diffusion à travers la membrane (Figure 3D - 3G) jusqu'à ce que l' incorporation dans la fluorescence de la masse de la cellule (figure 3H - 3I).

Figure 1: Schéma de Microscope FRBR. Cette configuration TIRF utilise un laser à SSAD 488 nm pour l'excitation septembre, la fibre couplée à un moteur pas à pas pour régler l'angle critique du faisceau d'excitation en traduisant le faisceau à travers l'ouverture arrière de l'objectif. Les cellules sont imagées par un NA objectif 60X, 1,49 immersion dans l'huile. Emission est détectée en utilisant une charge d'électrons multipliant dispositif couplé.fichiers / ftp_upload / 55466 / 55466fig1large.jpg "target =" _ blank "> S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Figure 2: Expression et le trafic sur la membrane plasmique. Une cellule exprimant N2a α3-sep nAChR / β4-wt à pH 7,4 (A) montre les récepteurs situés sur la membrane plasmatique et réticulum endoplasmique. À un pH de 5,4 (B), des récepteurs sur la membrane plasmique , ne sont pas fluorescentes, de sorte que seuls les récepteurs résidant réticulum endoplasmique sont visibles. La différence entre la densité intégrée à un pH de 7,4 et à pH 5,4 (C) correspond à des récepteurs localisés dans la membrane plasmique. S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Les auteurs n’ont aucun conflit d’intérêts à déclarer.
Etiquetage du domaine extracellulaire d'une protéine membranaire avec un fluorophore sensible au pH, superecliptic pHluorin (SEP), permet la localisation subcellulaire, l'expression et le trafic à déterminer. les protéines d'imagerie septembre marqué avec un total de microscopie par fluorescence par réflexion interne (TIRFM) permet la quantification des niveaux de protéine dans la membrane du RE et le plasma périphérique.
Ce travail a été soutenu en partie par le National Institute on Drug Abuse T32 DA 016176, le National Institute on Drug Abuse DA 038817 et le National Institute on Drug Abuse DA 040047.
| Fioles de culture cellulaire | |||
| avec capuchon filtrant, stériles, Greiner Bio One, 75 cm2 | VWR | 82050-856 | |
| Boîtes de Pétri à fond en verre de 35 mm, stériles | Cell E& G | GBD00002-200 | |
| Poly-D-lysine | vwr | 215017510 | |
| Dulbecco Modified Eagle Medium&lrm ; (DMEM), Glycémie élevée | Fisher Scientific | 11-965-084  ; | |
| Opti-MEM I Sérum Réduit | Medium Gibco / Fisher Scientific | 31-985-088 | |
| Sérum de veau fœtal, certifié, origine américaine, standard (filtré stérilement)  ; | Gibco / Fisher Scientific | 16-000-044 | |
| TrypLE Express Enzyme (1x), sans rouge de phénol | Fisher Scientific | 12604-021 | |
| Solution de pénicilline-streptomycine | VWR | 45000-652 | |
| Leibovitz’s L-15 Medium, sans rouge de phénol | Gibco / Fisher Scientific | 21083027 | |
| Lipofectamine | facultative Fisher Scientific | 11668030 | Mélanger délicatement ; Ne pas vortex |
| Chlorure de sodium | Fisher Scientific | BP358-1 | |
| Chlorure de potassium | Fisher Scientific | P217-10 | |
| Chlorure de magnésium | Fisher Scientific | BP214-500 | |
| Chlorure de calcium | Fisher Scientific | C79-500 | |
| HEPES | Fisher Scientific | BP310-500 | |
| D-Glucose | Fisher Scientific | D16-1 | |
| Huile d’immersion objective  ; | Olympus | Type F | |
| Nom | Entreprise | >Numéro de catalogue | Commentaires |
| Equipment | |||
| Microscope | Olympus | IX81 | |
| Appareil photo | Andor | iXon Ultra 897 | |
| Objectif à immersion dans l’huile 60X, 1.49 NA | Olympus | APON 60XOTIRF | |
| Platine motorisée | Prior | IXPROXY | |
| Actionneur motorisé (moteur pas à pas) | Thorlabs | ZST213 | |
| MetaMorph (ou autre programme d’imagerie) | Metamorph | ||
| 488 nm laser | Market Tech | ||
| Fibre | monomodeThorlabs | SM450 | |
| Miroirs | Thorlabs | BB1-E01 | |
| Dichroïque 488 nm LP | Semrock | Di02-R488-25x36 | |
| Filtre passe-bande, 488 nm | Semrock | LL01-488-12.5 | |
| Filtre passe-bande, 525/50 | Semrock | FF03-525/50-25 |