Analyse transcriptomique de<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</em&gt; RNA séquençage des données par le Tuxedo Suite sur le projet Galaxy

Francis R. G. Amrit; Arjumand Ghazi

doi:10.3791/55473

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Article de méthode

Analyse transcriptomique de

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DOI :

10.3791/55473

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8 avril 2017

Francis R. G. Amrit¹ , Arjumand Ghazi¹

¹Department of Pediatrics, University of Pittsburgh School of Medicine, Children's Hospital of Pittsburgh

Dans cet article

Résumé

Galaxy et David sont apparus comme des outils populaires qui permettent aux enquêteurs sans formation de bio-informatique pour analyser et interpréter les données d'ARN-Seq. Nous décrivons un protocole pour C. elegans aux chercheurs d'effectuer des expériences ARN-Seq, l' accès et de traiter l'ensemble de données en utilisant Galaxy et d' obtenir des informations biologiques significatives à partir des listes de gènes en utilisant DAVID.

Résumé

technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont révolutionné la nature de la recherche biologique. Parmi ceux-ci, l'ARN de séquençage (ARN-Seq) est devenue un outil puissant pour l'analyse de l'expression génique et cartographie transcriptome. Cependant, la manipulation des ensembles de données d'ARN-Seq nécessite une expertise informatique sophistiquée et pose des défis inhérents aux chercheurs en biologie. Ce goulot d'étranglement a été atténué par le projet Galaxy d'accès ouvert qui permet aux utilisateurs sans compétences en bio-informatique pour analyser les données d'ARN-Seq, et la base de données pour l'annotation, la visualisation et la découverte intégrée (DAVID), une analyse terme Gene Ontology (de GO) de suite qui aide tirer signification biologique de grands ensembles de données. Toutefois, pour les nouveaux utilisateurs et les amateurs de bio-informatique, l'auto-apprentissage et de familiarisation avec ces plates-formes peut prendre beaucoup de temps et intimidante. Nous décrivons un flux de travail simple qui aidera à C. elegans chercheurs pour isoler l' ARN sans fin, mener une expérience d'ARN-Seqet d'analyser les données en utilisant des plates-formes Galaxy et David. Ce protocole fournit des instructions par étapes pour l'utilisation des différents modules Galaxy pour l'accès aux données de l'END premières vérifications de contrôle de qualité, l'alignement et l'analyse de l'expression génique différentielle, guidant l'utilisateur avec des paramètres à chaque étape pour générer une liste de gènes qui peuvent être criblés pour l'enrichissement de classes de gènes ou de processus biologiques à l'aide de DAVID. Dans l' ensemble, nous prévoyons que cet article fournira des informations à C. elegans chercheurs qui entreprennent des expériences d'ARN-Seq pour la première fois ainsi que les utilisateurs fréquents en cours d' exécution d' un petit nombre d'échantillons.

Introduction

Le premier séquençage du génome humain, réalisée en utilisant la méthode didésoxynucléotide-séquençage de Fred Sanger, a 10 ans et a coûté 3 milliards $ US environ ^{^1,} ^2. Cependant, dans un peu plus d'une décennie depuis sa création, le séquençage de nouvelle génération (NGS) la technologie a permis de séquencer l'ensemble du génome humain dans les deux semaines et pour 1000 $ US. De nouveaux instruments qui permettent NGS toujours plus des vitesses de collecte de données d'séquençage avec une incroyable efficacité, ainsi que de fortes réductions des coûts, sont en train de révolutionner la biologi....