| 2-mercaptoéthanol (bêta-mercaptoéthanol ; BME) | Sigma Aldrich | M3148-100ml | |
| 2-propanol (alcool isopropylique/isopropanol), bioréactif | Agarose Sigma Aldrich | I9516 | |
| , Bio-Rad Agarose mégabase cétifiée Bio-Rad | | 1613108 | |
| balance analytique | Mettler Toledo | AB54-S | |
| balance | Mettler Toledo | PB1502-S | |
| sérum bovin albumine (BSA) | Sigma Aldrich | B4287-25G | |
| Cylindres de broyage en céramique, 3/8 po x 7/8 po | SPEX SamplePrep | 2183 | |
| Blocs cryogéniques compatibles avec l’homogénéisateur de tissus pour contenir des tubes de 50 mL | SPEX SamplePrep | 2664 | |
| DNaseI | Sigma | DN25 | |
| éthanol, absolu | Decon Laboratories | 2716 | |
| Acide éthylènediamine tétraacétique (EDTA), solution 0,5 M, pH 8,0 | Fisher | BP2482-500 | |
| | | d’imagerie sur gel |
| colorant | | | tel que GelRed ou bromure d’éthidium |
| pilon de broyage, pointe large pour tubes | | | |
| Guanidine-HCl, solution 8 M | ThermoFisher | 24115 | |
| LightCycler 480 SYBR Green I Master | Roche | 4707516001 | |
| azote | | | |
| Enzymes de lyse de Trichoderma harzianum | Sigma | L1412 | |
| Chlorure de magnésium | G Bioscience | 24115 | |
| Rack magnétique | ThermoFisher | A13346 | |
| Tubes de microcentrifugation, LoBind 1,5 mL ; | de | Eppendorf | |
| , standard sans nucléases 1,5 mL | Eppendorf | | |
| , réfrigérée | Sorvall ; | Legend X1R | Ou un produit équivalent, doit être capable d’atteindre au moins 18 000 x g avec des rotors pour tubes de 50 ml, des tubes Oak Ridge et des tubes de 1,5 mL |
| microcentrifugeuse, à température ambiante | Eppendorf | 5424 | Ou un produit équivalent, doit être capable d’atteindre au moins 18 000 x g avec un rotor pour des tubes de microcentrifugeuse de 1,5 ml et 2 ml |
| Unités de filtre centrifuge à débit rapide Microcon DNA | EMD Millipore | MRCFOR100 | |
| Miracloth, 1 carré par échantillon coupé pour s’adapter à l’entonnoir | EMD Millipore | 475855 | |
| NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit | New England Biolabs | E2612L | |
| parafilm | Parafilm | M PM992 | |
| pots et plateaux | | | |
| polyvinylpyrrolidone (PVP) | Fisher | BP431-100 | |
| Proteinase K | Qiagen | 19131 | |
| Appareil d’électrophorèse en champ pulsé sur gel (par exemple CHEF DR III) | de purification 1703697 | | Bio-Rad |
| , perles Agencourt AMpureXP | Beckman Coulter | A63881 | |
| QIAamp DNA Mini Kit | Qiagen | 51304 | |
| Qiagen 20/g Genomic Tip Kit d’extraction d’ADN | Qiagen | 10223 | |
| Qiagen Buffer EB (tampon d’élution) | Qiagen | 19086 | |
| Qiagen Kit de tampons d’extraction d’ADN | Qiagen | 19060 | |
| QiaRack | Qiagen | 19015 | |
| machine qPCR (par ex. Roche Light Cycler 480) | Roche | | |
| qPCR plaque film d’étanchéité | Roche | 4729757001 | |
| plaque qPCR, plaque 96 puits | Roche | 4729692001 | |
| Qubit ; Tubes d’essai | Life Technologies | Q32856 | |
| Kit d’essai à large spectre Qubit | Life Technologies | Q32850 | |
| Kit d’essai à haute sensibilité Qubit | Life Technologies | Q32851 | |
| RNaseA | Qiagen | 19101 | |
| Pipettes sérologiques (20 mL) et aide à la pipette | Fisher | 13-678-11 | |
| Petits entonnoirs, 1 par échantillon | | | |
| Chlorure de sodium | Ambion | AM9759 | |
| Pinceau doux, 2 par échantillon | | | |
| SPEX SamplePrep 2010 Geno/Grinder ou un autre type d’homogénéisateur de tissus | SPEX SamplePrep | | Ou un autre homogénéisateur de tissus comparable. Si vous n’avez pas accès à un homogénéisateur de tissus, le broyage dans un mortier et un pilon pré-refroidis suffira (voir le protocole pour plus de détails). Cependant, un homogénéisateur donnera des résultats plus cohérents et le temps total d’homogénéisation est réduit. |
| Sucrose | Omnipure | 8550 | |
| TBE | | | |
| thermomélangeur | | | |
| Tris | Sigma | T2819-100ml | |
| Triton X-100 | Promega | H5142 | |
| rotatifs | | | |
| , 50 mL conique polypropylène | Corning | 352070 | |
| tubes, 50 mL polypropylène haute vitesse ; | ThermoScientific/Nalgene | 3119-0050 | par exemple tubes Nalgene Oakridge ou eau de |
| bain-marie | | | |
| vermiculite | | | |
| équivalente, stériles et certifiés sans nucléases. | Fisher | 1481 | |
| eau, stérile milliQ | | | |