Genome-wide Arni dépistage pour identifier les facteurs de l’hôte qui modulent les Virus ONCOLYTIQUE thérapie

Kristina J. Allan; Douglas J. Mahoney; Stephen D. Baird; Charles A. Lefebvre; David F. Stojdl

doi:10.3791/56913

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Article de méthode

Genome-wide Arni dépistage pour identifier les facteurs de l’hôte qui modulent les Virus ONCOLYTIQUE thérapie

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DOI :

10.3791/56913

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3 avril 2018

Kristina J. Allan¹^,² , Douglas J. Mahoney¹^,⁴ , Stephen D. Baird¹ , Charles A. Lefebvre¹ , David F. Stojdl¹^,²^,³

¹Children's Hospital of Eastern Ontario (CHEO) Research Institute, ²Department of Biology, Microbiology and Immunology, University of Ottawa, ³Department of Pediatrics, University of Ottawa, ⁴Department of Microbiology, Immunology and Infectious Diseases, Cumming School of Medicine, University of Calgary

Dans cet article

Résumé

Nous décrivons ici un protocole pour l’emploi des Arni criblage à haut débit pour découvrir des cibles de l’hôte qui peuvent être manipulés pour améliorer virales oncolytiques, traitement de virus rhabodvirus et Vaccine spécifiquement, mais il peut être facilement adaptée aux autres oncolytiques plates-formes de virus ou pour découvrir les gènes hôtes qui modulent la réplication du virus en général.

Résumé

Haut débit pangénomique Arni (interférence ARN) dépistage technologie a été largement utilisée pour découvrir les facteurs de l’hôte qui ont une incidence de réplication du virus. Nous présentons ici l’application de cette technologie à découvrir sur hôte cibles qui modulent spécifiquement la réplication du virus de Maraba, un rhabdovirus oncolytiques et virus de la Vaccine dans le but d’améliorer la thérapie. Alors que le protocole a été testé pour une utilisation avec oncolytiques vaccinia virus et Maraba oncolytiques, cette approche est applicable à d’autres virus oncolytiques et peut également être utilisée pour identifier des cibles d’hôte qui modulent la réplication virale dans les cellules de mammifère en général. Ce protocole décrit le développement et la validation d’un test de criblage à haut débit Arni dans les cellules de mammifères, les considérations clés et des étapes de préparation importantes pour la réalisation d’un écran de RNAi haut débit primaire et un guide étape par étape pour réalisation d’un écran de RNAi haut débit primaire ; en outre, il décrit globalement les méthodes pour effectuer la validation de l’écran secondaire et les études de validation tertiaire. L’avantage de l’ARNi haut-débit, présélection, c’est qu’il permet de répertorier, de manière approfondie et impartiale, facteurs de l’hôte qui modulent n’importe quel aspect de la réplication du virus pour lesquels on peut se développer un test in vitro , tels que l’infectiosité, éclatement de taille, et la cytotoxicité. Il a le pouvoir de découvrir imprévues biothérapeutiques cibles basées sur les connaissances actuelles.

Introduction

Criblage à haut débit pangénomique Arni s’est avéré pour être un outil précieux pour révéler des connaissances biologiques dans divers domaines d’études dont la biologie du virus. Au cours de la dernière décennie, plusieurs groupes ont entrepris sur les cellules à grande échelle Arni dépistage pour identifier les gènes hôtes qui modulent la réplication du virus (révision¹^,²^,³^,⁴ largement ^, ⁵ ^, ⁶ ^, ⁷). il est intéressant, un grand nombre d....