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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Le but du présent protocole est de fournir un guide étape par étape pour réaliser des expériences 3D « foie-on-a-chip » infection par le virus de l’hépatite B.
Malgré l’infectivité exceptionnelle du virus de l’hépatite B (VHB) in vivo, où seulement trois génomes viraux peuvent entraîner une chronicité des chimpanzés infectés expérimentalement, plus les modèles in vitro nécessitent plusieurs centaines de milliers de génomes viraux par cellule chez afin d’initier une infection transitoire. En outre, les cultures d’hépatocytes humains primaires (PHH) 2D statiques permettent uniquement les études à court terme en raison de leur rapide dédifférenciation. Nous décrivons ici 3D cultures de foie-on-a-chip de PHH, soit en monocultures cocultures avec d’autres cellules de foie-résident parenchymateuses. Ceux-ci offrent une amélioration significative à l’étude des infections à HBV à long terme avec les réponses des cellules hôtes physiologiques. En plus de faciliter les études de l’efficacité des médicaments, analyses toxicologiques et enquêtes sur la pathogenèse, ces systèmes microfluidiques permettent l’évaluation des thérapies curatives visant à éliminer par covalence fermé, infection par le VHB circulaire (ccc) ADN. Ceci présente méthode décrit la mise en place de PHH monocultures et les cultures de cellules co PHH/Kupffer, leur infection par le VHB purifiée et l’analyse des réponses de l’hôte. Cette méthode s’applique à l’évaluation des effets à long terme de l’infection à VHB, combinaisons de traitements et pathogenèse.
L’étude du VHB a été compliquée par la mauvaise sensibilité des systèmes de culture, obligeant plusieurs centaines de milliers de copies de génome du VHB par cellule pour lancer l' infection1. En outre, des hépatocytes humains primaires sont généralement extrêmement fragiles et dédifférencient rapidement au cours des cultures classiques2. Ceci est principalement dû au fait que les surfaces en plastique plats et durs ne pas imiter les milieux extracellulaires naturels que se trouves dans le foie de l’absence générale d’oxygénation des cultures en l’absence de circulation de la microfluidique. Rapidement, des cultures d’hépatocytes statiques classiques sur des plaques recouvertes de collagène dédifférencient et perdent leur susceptibilité à l' infection de HBV3. Nous décrivons ici la mise en place et l’infection de PHH en cultures de foie-on-a-chip 3D, qui sont très avantageuses sur les cultures PHH statiques 2D classiques sur des plaques recouvertes de collagène en raison de leur compétence étendue de métabolique et fonctionnel, facilitant cultures à long terme d’au moins 40 jours4. Dans ce système, PHH sont ensemencées sur des échafauds enduit de collagène, qui sont continuellement perfusés avec milieu de culture pour fournir l’oxygène et des nutriments vers les cellules. Même si les systèmes de culture alternative pour PHH basée sur cocultures complexes de fibroblastes murins ou croissance 3D en sphéroïdes ont été validées et sont sensibles à l’infection par le VHB à l’aide des multiplicités d’infection de 500 génomes (GE) du VHB par cellule, 3D foie-on-a-chip cultures restent le système unique modèle in vitro sensible à 0,05 GE du VHB par cellule4. C’est en outre étayé par la nécessité d’utiliser des concentrations élevées de diméthylsulfoxyde (DMSO) et le polyéthylène glycol (PEG) pour établir l’infection par le VHB dans ces cultures, qui est dispensable pour l’infection des systèmes de culture de foie-on-a-chip 3D 4. parmi les principales caractéristiques du VHB, l’infection est la piscine cccDNA, constituant ainsi le modèle transcriptional pour tous de novo–produit des virions,5,6. Même si cccDNA peut être détectée dans les hépatocytes classiques cultures7,8, on ne sait pas quant à savoir si la réglementation de cccDNA et toute approche thérapeutique visant à éliminer est récapitulées dans partiellement ou hépatocytes complètement dédifférenciées. Nous avons montré que cccDNA est formé sur le plan fonctionnel dans les cultures de foie-on-a-chip 3D, répond à des stimuli physiologiques et peut être ciblé en interférant avec l’accessibilité de la machinerie transcriptionnelle au génome cccDNA4.
Réactions de l’hôte à l’infection par le VHB dans 3D imitateur de foie-on-a-chip ceux observés chez les patients infectés par le VHB, permettant l’identification de biomarqueurs de l’infection, mais aussi le succès thérapeutique. Parmi les caractéristiques uniques du foie-on-a-chip cultures est la possibilité d’évaluer à long terme h6te entre PHH et autres cellules parenchymateuses dans le foie, y compris les cellules4Kupffer, cellules étoilées9et foie sinusoïdal les cellules endothéliales10,11. Cela offre l’occasion unique pour évaluer les interactions cellule/cellule dans un micro-environnement 3D complexe.
En outre, la période de culture prolongée de cette plate-forme facilite l’évaluation des traitements médicamenteux séquentiel et leur impact sur la persistance du VHB, qui ne sont pas possibles à l’aide de systèmes de culture conventionnels hépatocyte.
Ce protocole décrit comment 3D foie-on-a-chip cultures sont générés, soit pour les monocultures de PHH cocultures de PHH avec des cellules de Kupffer. En outre, nous décrivons la production du VHB purifié pour les études de la basse-multiplicité de l’infection, ainsi que l’analyse subséquente de l’hôte et réponses virales.
1. montage et équilibrage des plaques
2. dégel et l’ensemencement des hépatocytes de Monocultures
3. dégel et ensemencement des cellules de Kupffer et les hépatocytes des co-cultures
4. production d’un Virus de l’hépatite infectieuse B pour les études d’Infection
5. infection des Cultures 3D par le VHB
6. quantification de l’ADN du VHB extracellulaire
7. quantification des intracellulaire VHB Prégénomique (pg) RNA
8. immunofluorescence souillant d’antigène Viral
9. humain albumine ELISA
10. interleukine (IL) 6 et facteurs de nécrose tumorale (TNF) α la Production en 3D co-cultures
Nous décrivons une plateforme simple et versatile pour la culture à long terme de leur infection par le VHB et/ou les hépatocytes et les cellules de Kupffer humaines primaires. Des cellules humaines primaires sont ensemencées sur des échafaudages en polystyrène enduit de collagène au sein d’un assemblage de plaque de microfluidique, qui alimente en continu les cellules avec le milieu de croissance (Figure 1 a).
PHH, qui sont habituellement seulement stable pour un temps limité dans les systèmes de culture conventionnels, peut être maintenue sur le plan fonctionnel pendant de longues périodes de temps. L’albumine humaine, qui est sécrétée par les hépatocytes fonctionnels et est considéré comme le meilleur marqueur pour l’évaluation du métabolisme hépatique, est stable et hautement exprimé par cultures 3D jusqu’au jour 40 après ensemencement (Figure 2). Pour les cocultures, viabilité et fonctionnalités de cellules de Kupffer peuvent être évaluées par la sécrétion de cytokines spécifiques (p. ex., IL6 et TNFα). Pour mesurer la production de cytokines, l’utilisation de moyens de détection basée sur les captures par LPS-stimulation des cocultures est recommandée (Figure 3).
Les cellules forment microtissues hépatique, habituellement dans les 3 jours des semis de PHH, démontrant les canalicules biliaires fonctionnels et polarisation cellulaire complet (Figure 2). En plus de retenir leur métabolisme cellulaire physiologique, ces cultures deviennent exceptionnellement sensibles à l’infection par le VHB. L’ADN du VHB et autres marqueurs viraux, contrairement aux autres systèmes de culture deviennent facilement détectables post-d’infection jour 2 (Figure 4). En plus sécrétées marqueurs d’infection virale, hépatocytes contenant les échafaudages peuvent être provient de cultures et utilisés pour la détection par immunofluorescence des antigènes viraux (par exemple, AgHBs, AgHBc) (Figure 4). Où les cultures d’hépatocytes conventionnels exigent l’inoculation avec au moins 500 GE de VHB par cellule et par l’ajout de 2 % DMSO et 4 % PEG, aussi peu que 0,05 VHB GE sont capables de déclencher l’infection dans les cultures 3D sans avoir besoin de DMSO ou PEG (Figure 4).

Figure 1 : mise en place de cultures de foie-on-a-chip 3-d. (un) c’est une présentation schématique pour le montage de la plaque de culture afin d’assurer la mise en place de la circulation de la microfluidique. (b) ce panneau montre une vue rapprochée des puits de culture, y compris le papier filtre, échafaudage et bague de retenue. (c) ce panneau montre le processus d’équilibration de la plaque avant le semis des cultures. Les deux panneaux montrent le processus d’ensemencement des monocultures d’hépatocytes (d) et (e) hépatocytes/Kupffer cell cocultures. (f) ce panneau montre les étapes de lavage moyen changements apportés. (g) ce panneau montre le montage infection VHB, y compris la suppression de l’inoculum. S.M. = moyen de semis, M.M. = entretien moyen. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : viabilité de formation et des hépatocytes hépatique micro-culture. (un) ce panneau montre des images de fond clair longitudinale de monocultures d’hépatocytes 3D démontrant micro-culture formation après l’ensemencement. (b) ce panneau montre l’imagerie immunofluorescence des cultures pour les noyaux (bleu) et l’albumine humaine (vert). (c) ce panneau montre albumine total longitudinale, ainsi que par cellule ajusté production d’albumine, pendant 40 jours de monocultures d’hépatocytes, tel que déterminé par ELISA. Les données présentées sont moyenne ± SD Ce chiffre est une adaptation d’Ortega-Prieto et al.,4. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

Figure 3 : fonctionnalités de cellules de Kupffer dans cocultures 3-d. Ces panneaux montrent la sécrétion de (un) IL6 et (b) TNFα dans les monocultures d’hépatocytes et cellules hépatocytes/Kupffer cocultures 11 jours après l’ensemencement en réponse au LPS exogène au jour 9 post semis, tel que déterminé à l’aide humaine magnétique Luminex dosage. Ce chiffre est une adaptation d’Ortega-Prieto et al.,4. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

Figure 4 : infection par le VHB dans les cultures de foie-on-a-chip. (a) ce panneau montre la détection de microscopie d’immunofluorescence AgHBc (rouge), Ag HBs (vert) et noyaux (bleu) 10 jours après l’infection des cultures par le VHB. (b) ce panneau montre la sensibilité des cultures à l’infection par le VHB à l’aide des multiplicités différentes d’infection, tel que déterminé par une quantification de l’ADN du VHB dans les surnageants de culture. (c) ce panneau montre la quantification de l’accumulation longitudinale de Pan-RPGAA VHB par rapport à la gène de ménage RPS11. Les données présentées sont moyenne ± SD Ce chiffre est une adaptation d’Ortega-Prieto et al.,4. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Le but du présent protocole est de fournir un guide étape par étape pour réaliser des expériences 3D « foie-on-a-chip » infection par le virus de l’hépatite B.
Ce travail a été financé par une subvention de démarrage de l’European Research Council (637304), un Wellcome Trust Investigator Award (104771/Z/14/Z) et par CN Bio Innovations.
| William’s E Medium, sans rouge de phénol | GIBCO | A12176-01 | |
| Décongélation des hépatocytes Medium | GIBCO | CM7500 | |
| Suppléments de décongélation et de placage des hépatocytes primaires | GIBCO | CM3000 | |
| Suppléments d’entretien des hépatocytes primaires | GIBCO | CM4000 | |
| DMEM/F-12 | GIBCO | 11320-033 | |
| Advanced DMEM | GIBCO | 12491023 | |
| DPBS, sans calcium, sans magnésium | GIBCO | 14190-144 | |
| MEM Acides aminés non essentiels (NEAA) 100x | GIBCO | 11140050 | |
| Pénicilline-Streptomycine (10 000 U/mL) | GIBCO | 15140-122 | |
| Sérum fœtal de bovin, origine USA, Inactivé thermiquement, filtré stérilement, adapté à la culture cellulaire | SIGMA | 12106C | |
| Hydrocortisone | SIGMA | H0888 | |
| Bleu trypan | Merck | T8154 | |
| Collagène de peau de veau | Merck | C9791 | |
| G418 | SIGMA | G418-RO | |
| Tétracycline | SIGMA | T3258 | |
| Polyéthylène glycol 8000 | SIGMA | P2139 | |
| Saccharose | SIGMA | SO389 | |
| Carbonate de sodium anhydre | SIGMA | 451614-25G | |
| Bicarbonate de sodium | SIGMA | S5761 | |
| Azoture de sodium | SIGMA | S2002-5G | |
| Acide sulfurique, 99.999 % | SIGMA | 339741 | |
| 4 % Paraformaldéhyde | SIGMA | 252549 | |
| Triton-X 100 | SIGMA | X100 | |
| Tween 20 | SIGMA | P1379 | |
| DAPI | SIGMA | D9564 | |
| Albumine (humaine) | SIGMA | A9731 | |
| Fisher BioReagent  ; Albumine sérique bovine, fraction V, traitée par choc thermique | Fisher Scientific | BP9701-100 | |
| ProLong Gold Antifade Mountant | Invitrogen | P36930 | |
| TaqMan Universal Master Mix II, sans UNG | Applied Biosystems | 4440040 | |
| SYBR Select Master Mix | Applied Biosystems | 4472903 | |
| Lipopolysaccharide de Escherichia coli K12 | InvivoGen | tlrl-eklps | |
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Comments |
| Kits/Consommables | |||
| Membrane stérile | CN Bio innovations | LC-SC | |
| LiverChip Plaque de culture cellulaire de perfusion | CN Bio innovations | LC12 | |
| Couvercle de plaque de culture | LiverChip CN Bio innovations | LC-SC | |
| Papier filtre rond stérile | CN Bio innovations | LC-SC | |
| Échafaudage de fixation de cellule | CN Bio innovations | LC-SC | |
| Anneau de retenue | CN Bio innovations | LC-SC | |
| Piston stérile | CN Bio innovations | LC-ST | |
| Dneasy blood & tissue kit | Qiagen | 69506 | |
| Rneasy mini kit | Qiagen | 74106 | |
| Human Magnetic Luminex assay | R& D Systems | ||
| 1-Step Ultra TMB-ELISA Substrate Solution | ThermoFisher Scientific | 34028 | |
| Kit de transcription inverse d’ADNc haute capacité | ThermoFisher Scientific | 4368814 | |
| QIAamp Viral RNA Mini Set | Hardware Qiagen | 1048147 | contenant un porteur d’ARN |
| Millicell HY Fiole de culture cellulaire à 5 couches, T-1000, | stérile Millipore (Merck) | PFHYS1008 | |
| Plaque de réaction optique 384 puits MicroAmp avec technologies de vie de code-barres | 4309849 | ||
| de pellicule adhésive optique MicroAmp | Technologiesde vie | 4311971 | |
| Plaques immuno-non stériles transparentes à fond plat à 96 puits | ThermoFisher Scientific | 442404 | |
| Ruban d’étanchéité pour plaques à 96 puits | ThermoFisher Scientific | 15036 | |
| Nalgene Filtres stériles jetables à débit rapide avec membrane PES | ThermoFisher Scientific | 295-3345 | |
| Fisherbrand  ; Lames microscopiques avec bords rectifiés, Tube | FB58628 | Twin Frost Fisher Scientific | |
| , paroi mince, ultra-transparent, 38,5 ml, 25 x 89 mm | Beckman Coulter | 344058 | |
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Comments |
| >Cellules primaires / Lignées cellulaires | hépatocytes plaquables strong>|||
| human, transporteur qualifiés | Thermo Fisher Scientific | HMCPTS | |
| Cellules de Kupffer humaines cryopréservées | Lignée cellulaire Thermo Fisher Scientific | HUKCCS | |
| HepDE19 | Haitao Guo (Indiana University, IN, USA) | ||
| Name | Company | Numéro de catalogue | Comments |
| >Primers/Sondes/Standards | |||
| HBV DNA | forward primer Invitrogen | 5'-GTGTCTGCGGCGTTTTATCA-3'HBV | |
| DNA | reverse primer Invitrogen | 5'-GACAAACGGGCAACATACCTT-3'HBV | |
| DNA sonde | Invitrogen | 5'FAM-CCTCTKCATCCTGCTGCTATGCCTCATC-3'TAMRA | |
| pgRNA amorce directe | Invitrogen | 5'-GAGTGTGGATTCGCACTCC-3'pgRNA | |
| amorce inverse | Invitrogen | 5'-GAGGCGAGGGAGTTCTTCT-3'RPS11 | |
| amorce directe | Invitrogen | 5'-GCCGAGACTATCTGCACTAC-3'RPS11 | |
| amorce inverse | Invitrogen | 5'-ATGTCCAGCCTCAGAACTTC-3'pCMV-HBV | |
| Professeur Christoph Seeger (Fox Chase Cancer Centre, PA, USA) | |||
| Name | Company | Numéro de catalogue | Comments |
| >Antibodies | |||
| Fraction IgG de l’antigène central anti-virus de l’hépatite B (polyclonale) | DAKO | discontinué | Lot 10102505 Anticorps d’albumine |
| humaine, A80-129A | Bethyl Laboratories. inc | A80-129A | |
| Anticorps adsorbé croisé d’albumine humaine, A80-229P | Bethyl Laboratories. inc | A80-229P | |
| Anticorps secondaire anti-Rabbit IgG (H+L) de chèvre, Alexa Fluor 594 | ThermoFisher Scientific | #  ; A-11072 | Lot 1431810 |
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Comments |
| Equipment | |||
| LiverChip Pompe à vide | CN Bio innovations | LC-PN | |
| LiverChip Branchement pneumatique | CN Bio innovations | LC-PN | |
| Plateforme LiverChip | CN Bio innovations | LC-PN | |
| Quai de lavage de plaques LiverChip CN | Bio innovations | ||
| Pince métallique autoclavable | VWR | 232-0106 | |
| Vortex Genie 2 | Industries scientifiques | SKU : SI-0236 | |
| Optima XPN-80 Ultracentrifugeuse | Beckman Coulter | A95765 | |
| Heraeus Multifuge X3R Centrifugeuse | Thermo Scientific | 75004500 | |
| SAM-12 Aspiration médicale Vide Puissant Débit MGE | dans le monde entier |   ; SAM12/01010101 | |
| NUAIRE 5800 SERIES incubateur | NUAIRE | NU-5841 | |
| Couple de précision automatisé | CN Bio innovations | ||
| Couple manuel | CN Bio innovations | ||
| LiverChip compresseur | CN Bio innovations | ||
| Luminex LX-200 Instrument avec xPONENT 3.1 | Luminex | ||
| Bloc séparateur magnétique portatif Millipore | ThermoFisher Scientific | Millipore&trade ; 40-285 | |
| FluoStar Optima Lecteur de plaques | BMG Labtech | ||
| KOLVER Tournevis électriques de précision | VTECH ltd | FAB10RE/FR | |
| KOLVER Alimentation | VTECH ltd | EDU1FR | |
| BAMBI VTS75D | Air Equipment | Discontinué | |
| Integra Vacuboy | INTEGRA | ||
| ViiA 7 Système de PCR en temps réel avec bloc de 384 puits | ThermoFisher Scientific | 4453536 |