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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Nous présentons ici deux protocoles pour transformer les plantes de pomme de terre. La transformation par Agrobacterium tumefaciens mène à une plante transgénique complète tandis que l' Agrobacterium rhizogenes produit transgéniques racines velues lors d’un shooting de type sauvage pouvant être autonome propagés. Ensuite, nous détectons activité du promoteur par GUS coloration dans les racines transformées.
Agrobacterium SP est l’une des méthodes plus largement utilisées pour obtenir des plantes transgéniques, car il a la capacité de transférer et d’intégrer son propre ADN-T dans le génome de la plante. Nous présentons ici les deux systèmes de transformation pour modifier génétiquement les plantes de pomme de terre (Solanum tuberosum). Dans la transformation d’a. tumefaciens , feuilles sont infectées, les cellules transformées sont sélectionnés et une nouvelle usine de transformation complète est régénérée en utilisant les phytohormones à 18 semaines. Dans la transformation d’a. rhizogenes , tiges sont infectés par la bactérie l’injection avec une aiguille, nouvelles racines velues transformés son apparition sont détectés à l’aide d’un marqueur fluorescent rouge et les racines non transformées sont supprimés. 5-6 semaines, la plante qui en résulte est un composite d’un tournage de type sauvage avec racines velues transformés entièrement développées. Pour augmenter la biomasse, les racines velues transformés peuvent être excisés et se propage. Nous avons appliqué les deux méthodes de transformation Agrobactérie -médié afin d’obtenir des racines exprimant le gène rapporteur GUS pilotée par un promoteur du gène biosynthétique de subérine. La procédure de marquage de GUS est fournie et permet la localisation cellulaire de l’induction du promoteur. Dans les deux méthodes, les racines de pommes de terre transformées ont montré GUS coloration dans l’endoderme subérifiée et l’exoderme et en outre, dans les racines de a. rhizogenes transformé l’activité GUS a aussi été détecté dans l’émergence des racines latérales. Ces résultats suggèrent qu’a. rhizogenes peut être un outil rapide alternatif pour étudier les gènes qui sont exprimés dans les racines.
En dehors de l’intérêt économique, la génération de plantes transgéniques a sa propre pertinence dans la recherche pour démontrer la fonction ultime de gènes et de mieux comprendre la physiologie des plantes et le développement. Le plus largement utilisé la méthode pour plante insertion de l’ADN est Agrobacterium-mediated transformation. Agrobacterium tumefaciens est capable de générer des Galles de couronne dans les tissus infectés de nombreuses espèces végétales par l’action de son plasmide (Ti) inducteurs de tumeurs. Le plasmide contient une région de l’ADN-T avec un ensemble de gènes qui seront intégrés dans le génome de la plante et induisent des tissus dédifférenciation1,2. L’échange de ces gènes dans l’ADN-T par le transgène a permis à la génération des modifications de végétaux spécifiques en évitant les effets phénotypiques3. Pour faciliter le transgène clonage dans l’ADN-T, la région de l’ADN-T a été excisée dans un plasmide indépendant appelé un plasmide binaire, tandis que le reste des gènes du plasmide Ti (les gènes de virulence qui permettent les mécanismes de transfert et d’insertion d’ADN-T) ont été placé dans un plasmide d’assistance. Pour la recherche en biotechnologie végétale, transformation par a. tumefaciens a plusieurs avantages : il n’a pas besoin des dispositifs coûteux, est capable de générer la transformation des plantes stables et transitoires et faibles effectifs du gène copies sont intégrés dans le chromosome4. Cependant, pour la plupart des plantes, mais pas de, d’Arabidopsis, la génération des transformants stables nécessite régénération des plantes d’un seul ou quelques cellules en utilisant les phytohormones exogènes, rendant ce processus laborieux et fastidieux. A. rhizogenes est également en mesure de modifier le génome de la plante, produisant des racines velues ou racines adventives sur les sites d’infection due à l’expression des gènes rol (racine locus) encodé en induisant la racine (Ri) plasmide5. Bien que moins étudiées qu’a. tumefaciens, a. rhizogenes est également utilisé pour l’obtention de racines transgéniques. Dans ce cas, la a. rhizogenes contient original l’ADN-T dans le plasmide Ri et un plasmide binaire avec un ADN-T deuxième transportant le transgène. Lorsque le site de l’infection est dans les tiges ou les hypocotyles, une usine de composite peut être obtenue, avec les nouvelles racines transgéniques poilues qui sortent d’un type sauvage pousses. Alternativement, poilus racines transformées peuvent croître autonome in vitro dans les médias avec apports de sources de carbone. L’utilisation de a. rhizogenes , au lieu de a. tumefaciens pour produire des tissus transgéniques gagne en pertinence lorsque la racine est l’organe cible, parce que la régénération des plantes n’est pas nécessaire et il est donc plus rapide et moins coûteuse. Des études antérieures ont démontré cette méthodologie a ouvert pour la caractérisation phénotypique de la racine des gènes spécifiques6,7,8,9.
La pomme de terre (Solanum tuberosum) est la quatrième plus importante récolte dans le monde selon l’alimentation et l’Agriculture Organization (FAO) de l’ONU, étant donné que le tubercule a pertinence nutritionnelle pour la consommation humaine pour être une bonne source de vitamines et des minéraux. Pour cette raison, la pomme de terre a été mis à l’honneur de la biotechnologie agricole et aussi est considéré comme un bon modèle biologique pour la génétique et le développement d’études de10,11. Transformation de la pomme de terre a grandement contribué à la compréhension des mécanismes moléculaires des tissus sous-jacents subérifiées grâce à la caractérisation des gènes impliqués dans la subérine et cire biosynthèse12,13,14 ,15,16,17, subérine monomère transport18 et transcription règlement19. Le gène de subérine féruloyl transférase, ESF, est l’un de ces gènes de biosynthèse caractérisées ; la diminution de l’expression donne lieu à une forte altération de la protection périderme, qui est corrélée à une forte diminution des esters férulate de subérine et cires de tubercules de pommes de terre14. En même temps, dans les racines et les graines de l’Arabidopsis, la partie détachable de son putatif orthologue (ASFT/RWP1) a également démontré son rôle dans la production de ferulates d’alkyle en subérine20,21. En pomme de terre, la ligne de transcriptional journaliste FHT et l’anticorps FHT ont montré respectivement que l’activité du promoteur et les protéines sont trouvent dans l’exoderme, l’endoderme, les phellogène-dérivés et tissus blessés15.
Dans ce travail, nous détaillons un protocole à l’aide d’a. rhizogenes pour produire des racines velues transgéniques qui sont conservés dans un tournage de type sauvage, centrales de composite de pommes de terre ou excisées pour se développer de manière autonome in vitro. Nous fournissons également le protocole à l’aide d’a. tumefaciens afin d’obtenir des plantes de pomme de terre transgénique complet. Une étude de cas, a. rhizogenes et a. tumefaciens transformée avec le même vecteur binaire servent à obtenir des racines avec le promoteur FHT conduite d’expression du gène rapporteur GUS . Les résultats sont publiés et comparés.
Le protocole de transformation a. rhizogenes a été adapté et modifié du Horn et coll.7 et le génotype testé était S. tuberosum ssp. tuberosum (cultivar Désirée). Le protocole de transformation a. tumefaciens a été adapté et modifié du Banerjee et coll.22 et les génotypes testés étaient S. tuberosum ssp. tuberosum (cultivar Désirée) et S. tuberosum SSP andigena. Les principales étapes des deux procédures sont résumées dans Figure 1 et Figure 2, respectivement.
Remarque : Dans toutes les étapes de la procédure d’exécution en vitro transferts, faites-le rapidement et lorsque cela est possible, conserver les plaques ou les pots fermés, minimisant ainsi l’exposition de la plante pour éviter le flétrissement et la contamination de l’air. Indication contraire, tous les incubations d’usine ont été effectuées dans les armoires, dans les conditions des 12 h de h de lumière/12 24 ° C de 20 ° C sombre et 67 µmol m-1 s-1. Contraire, effectuer toutes les bactéries manipulation et in vitro végétales transferts dans des conditions aseptiques dans une hotte à flux laminaire. Toutes les recettes de médias pour les cultures de plantes Agrobacterium et in vitro sont fournis au Tableau S1.
Mise en garde : Déposer toutes les bactéries génétiquement modifiées et les plantes à la poubelle appropriée.
1. cultures de Agrobacterium utilisés pour la transformation
Remarque : La souche utilisée pour la transformation d’a. rhizogenes était le C58C1:Pri15837 (aimablement fourni par le Dr. Inge Broer) et que pour le a. tumefaciens était le GV2260 (aimablement fourni par le Dr Salomé Prat). A. rhizogenes a été transformée avec le vecteur binaire PK7GWIWG2_II-amarante (VIB-département de biologie des systèmes végétaux à l’Universiteit Gent ; http://gateway.psb.ugent.be) qui contient un ADN-T transportant un marqueur de transformation pour surveiller les racines chevelues formation. Pour comparer les racines transformées générés par a. rhizogenes et a. tumefaciens, tous deux ont été transformées avec les pKGWFS7 de vecteur binaire qui contient un ADN-T transportant le promoteur FHT conduite le gène rapporteur β-glucuronidase (GUS) et le gène de résistance de kanamycine comme un marqueur de sélection15.
2. matériel pour la transformation des végétaux
3. usine de transformation à l’aide de a. rhizogenes (Figure 1)
Remarque : Cette procédure permet l’obtention de racines velues transformées. Afin d’évaluer l’expression du transgène, un contrôle négatif est nécessaire. Pour préparer le contrôle négatif, suivez la procédure à l’aide d’une souche d’a. rhizogenes , non transformé ou transformée avec le vecteur vide contenant le gène marqueur de transformation.

Figure 1 : Chronologie d’obtenir des pommes de terre transgéniques racines velues à l’aide d’a. rhizogenes. Les semaines cumulées pour atteindre chaque étape du processus de transformation et les étapes ultérieures de croître les racines velues sont indiqués. Des images représentatives des différents stades sont représentés : l’initiation du processus à l’aide de 3 semaines in vitro de plantes (A), puis l’infection des plantes par injection a. rhizogenes (B), la formation de la prolifération tissus (C, flèches) avec de nouvelles racines velues (D) et les racines velues développés exprimant le marqueur rouge fluorescent transformation DsRed (E). S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
4. usine de transformation à l’aide de a. tumefaciens (Figure 2)
Remarque : Cette procédure permet l’obtention de plantes transformées. Pour évaluer l’effet du transgène, un contrôle négatif est nécessaire. Une option consiste à suivre la procédure à l’aide d’un a. tumefaciens transformée avec le vecteur vide. Par ailleurs, les plantes de type sauvage peuvent être utilisés.

Figure 2 : Chronologie d’obtenir des pommes de terre transformées plantes à l’aide d’a. tumefaciens. Les semaines cumulées pour atteindre chaque étape du processus de transformation et les étapes ultérieures à cultiver les plantes apparaissent. Des images représentatives des différents stades sont représentés : l’initiation du processus à l’aide laisse partir 3 - semaine vieux in vitro de plantes (A), le transfert des blessés et infectées laisse aux médias CIM (B), les feuilles lorsque transféré à Médias SIM (C), la visualisation du Cal autour des zones blessés après 2-3 semaines dans les médias (D), la formation de la tige après 9-11 semaines dans les médias (E) de la carte SIM et les pousses après avoir été transféré aux médias MG (F) SIM. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
5. hydroponique
6. test de gène GUS journaliste histochimiques
Remarque : Dans notre cas le GUS analyse a été réalisée avec des racines de 2 à 3 semaines, cultivés en culture hydroponique ou in vitro.

Tableau 1 : Recette de la solution coloration GUS.
Agrobacterium rhizogenes -médiée par la transformation de la pomme de terre
Dans ce manuscrit, la procédure étape par étape, mises en place pour obtenir des racines transformées avec a. rhizogenes est présentée. La figure 1 présente une vue d’ensemble de la procédure, qui prend au total environ 5-6 semaines (de l’injection d’a. rhizogenes à l’obtention de racines velues entièrement développées). Ensuite, la plante peut être étudiée comme un composite (type sauvage pousse, racine transgénique) ou les racines chevelues transgéniques clones peuvent être excisés et cultivés autonome en milieu solide de Gamborg B5 additionné de 2 % de sucrose. Alternativement, les racines poilues peuvent être massivement propagées à partir du support liquid de Gamborg B5. La procédure présentée a été réalisée avec le S. tuberosum SPP. tuberosum (cultivar Désirée).
La méthode à suivre la procédure et d’obtenir des pommes de terre transgéniques racines velues a été validée à l’aide d’un vecteur binaire avec la DsRed comme un marqueur de transformation (PK7GWIWG2_II-amarante du VIB-département de biologie des systèmes végétaux à l’Universiteit Gent). Ceci a permis la distinction des racines velues transgéniques de non transgéniques par la fluorescence rouge. Selon qui, à la Figure 3 les racines velues transformés exposé fluorescence rouge éclairée avec feu vert. Le contrôle négatif à l’aide de transformée Agrobacterium ont montré aucune fluorescence rouge (Figure 3), global indiquant la pertinence du marqueur de transformation DsRed pour identifier les racines velues transgéniques (Figure 3D). Autres marqueurs de transformation telles que la résistance aux antibiotique peuvent être utilisés tel que décrit par les autres auteurs23,24; Toutefois, les antibiotiques dans les médias peuvent produire un retard de croissance chez les racines transgéniques contenant le marqueur.

Figure 3 : Fluorescent transgéniques racines velues de pomme de terre (cultivar Désirée) transformés par a. rhizogenes. Les racines poilues ont été obtenus en utilisant un non transformées a. rhizogenes (souche C58C1 : pRI1583) (A et C) et avec a. rhizogenes (souche C58C1:pRI1583) transformée avec le vecteur vide pK7GWIWG2_II-rouge-Root transportant un Marqueurs de transformation DsRed (B et D). Les racines velues sont formés dans les deux infections (A, B) mais une fluorescence rouge est seules observée dans racines velues transformées avec le a. rhizogenes contenant le vecteur binaire. Les images ont été prises avec un stéréomicroscope équipé d’une lampe et un filtre spécifique pour visualiser la fluorescence rouge. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
Agrobacterium tumefaciens -médiée par la transformation de la pomme de terre
Le deuxième protocole décrit dans ce manuscrit est mis en place afin d’obtenir, étape par étape, une usine complète de pommes de terre transformée avec a. tumefaciens. La figure 2 présente un aperçu de la procédure, qui prend au total entre 15 à 18 semaines (à partir de feuilles infectionà a. tumefaciens à l’obtention de plantes complètement régénérées). La plus longue partie de la procédure est la régénération des plantes de l’organogenèse. Cette étape particulière rend cette méthode plus laborieux qu’avec a. rhizogenes. La procédure a été effectuée avec S. tuberosum SPP. tuberosum (cultivar Désirée) et S. tuberosum SSP andigena, le premier étant moins dépendant des conditions de jours courts pour induire la tubérisation.
Dans le a. tumefaciens-médiation transformation, contrairement à l' a. rhizogenes -mediated transformation, plantes régénérées sont des organismes transgéniques complètement. Toutefois, bien que les plantes transgéniques sont régénérés dans un milieux sélectifs kanamycine, pas toutes les lignes expriment efficacement le transgène. Par conséquent, la validation de l’expression du transgène est nécessaire.
Comparaison de l’activité de promoteur FHT dans les racines obtenues à l’aide A. tumefaciens et a. rhizogenes
Les procédures susmentionnées ont été appliquées pour produire des racines exprimant le gène GUS sous le promoteur du gène FHT . Le complet transformé plantes avec a. tumefaciens ont été rapportées antérieurement15, à l’aide de la pKGWFS7 de vecteur binaire contenant le promoteur FHT . Maintenant, ce vecteur binaire a été utilisé pour produire de nouvelles racines velues transformés afin de comparer les tissus où le promoteur est actif et donc de tester le système racinaire poilu comme un outil pour étudier l’activation du promoteur.
La figure 4 montre GUS coloration dans les racines des plantes transgéniques obtenues par a. tumefaciens (Figure 4 aB) et des racines velues transgéniques obtenues par a. rhizogenes (Figure 4D, E, F), respectivement. Comme peut être vu, racines transforment avec a. tumefaciens et cultivés in vitro montrent une coloration bleue dans l’endoderme (Figure 4 a), une couche de cellules entre le cortex et la stèle. En plus développé des racines, l’étiquetage bleu est irrégulière dans la couche externe correspondant à l’exoderme (Figure 4 b). En racines velues transformées cultivées en hydroponie, le marqueur de GUS a été spécifiquement situé dans l’endoderme (Figure 4E), dans l’émergence des racines latérales (Figure 4E), dans les zones blessés (Figure 4E ) et dans l’exoderme (Figure 4F). Les racines ont montré aucune tache de GUS dans les témoins négatifs qui ont été soit racines velues sans les racines de cassette ou de type sauvage de l’ADN-T PromFHT:GUS .

Figure 4 : Observation histochimique des racines de pommes de terre transgéniques exprimant le gène rapporteur GUS pilotée par le promoteur de FHT. Les racines de plantes transgéniques complets, obtenus par a. tumefaciens (S. tuberosum SSP andigena) transformation (A-B) voir la coloration au bleu de l’endoderme (A) et l’exoderme (B). Les racines velues transgéniques obtenues par a. rhizogenes (S. tuberosum SSP. tuberosum cultivar Désirée) transformation (C-F) afficher GUS coloration dans l’endoderme (C et E), à la racine latérale émergence (D et E), dans la zone de cicatrisation (E) et dans l’exoderme (F). Endoderme (fr) ; Exoderme (EX) ; Xylème (XL) ; Primordiums d’une racine latérale (LR). La flèche rouge indique la zone blessée. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.
Tableau S1 : Recettes de médias utilisés pour la croissance de bactéries et de in vitro plantes. S’il vous plaît cliquez ici pour télécharger ce tableau
Tableau S2 : Solution de Hoagland force la moitié pour la culture de plantes de pomme de terre en culture hydroponique. S’il vous plaît cliquez ici pour télécharger ce tableau
Les auteurs n’ont aucun conflit d’intérêt à divulguer.
Nous présentons ici deux protocoles pour transformer les plantes de pomme de terre. La transformation par Agrobacterium tumefaciens mène à une plante transgénique complète tandis que l' Agrobacterium rhizogenes produit transgéniques racines velues lors d’un shooting de type sauvage pouvant être autonome propagés. Ensuite, nous détectons activité du promoteur par GUS coloration dans les racines transformées.
Ce travail a été soutenu par le Ministerio de Innovación y Ciencia (AGL2009-13745, bourse de FPI à PB), le Ministerio de Economía y Competitividad et FEDER fonds (AGL2012-36725, AGL2015-67495-C2-1-R) et l’Université de Girona (Ph.d concession de SF et subvention SING11/1). Les auteurs sont reconnaissants envers le Dr Inge Broer (Institut d’aménagement, Université de Rostock, Rostock, Allemagne) et m. Salomé Prat (Centro Nacional de Biotecnología, Madrid, Espagne) pour fournir le a. rhizogenes et la souche d’a. tumefaciens , respectivement et Dr Marçal Soler et Dr Anna Plasencia pour l’aide et le soutien reçu en initiant les expériences de transformation a. rhizogenes (Université Toulouse III Paul Sabatier, CNRS, laboratoire de recherche plante (LRSV), Castanet Tolosan, France). Les auteurs remercient Sara Gómez (Departament de Biologia, UdG, Girona) pour son aide précieuse dans la réalisation des travaux de laboratoire et de prendre soin des plantes et de Ferran Fontdecaba et de Carla Sánchez, qui a assisté avec quelques-unes des expériences alors qu’ils faisaient leurs projets de diplôme final.
| acétone | Panreac | 1.310.071.21 | |
| acétosyringone | Acros | 115540050 | |
| Pompe d’aquarium | Prodac | MP350 | |
| Autoclave | Ragpa Strelimatic | ||
| Gélose bactériologique | Lab Conda | 1800 | |
| BAP | Duchefa | B0904 | |
| Extrait de bœuf | Lab Conda < | p>1700 | |
| Armoire de culture des plantes | Nuaire | ||
| Carbenicilline | Duchefa | C0109 | |
| céfotaxime sodique | Duchefa | C0111 | |
| DMSO | Merck | 1029310161 | |
| Ecotron infors | HT | 29378 | |
| éthanol | Merck | 1 009 831 011 | |
| Falcon tube | Control tecnica | CFT011500 | |
| Ferricyanate | Sigma | 101001081 < | |
| >Ferrocyanate | Sigma | 100979088 | |
| Flacon (8,06 cm de diamètre et 11,3 cm de hauteur) et couvercle en plastique pour culture in vitro | Apiglass | ref16 | |
| GA3 | Sigma | G7645 < | |
| p>Gamborg B5 media | Duchefa | G0210 | |
| Gelrite | Duchefa | < p>G1101 | |
| Glucosa | Sigma | G5767 | |
| Kanamycin | Sigma | K1377 | |
| Leukopor tape | BSN Leukopor | BDF47467 | |
| Lupe | Wild-Heerbrugg | M420 | |
| Agitateur magnétique | Agimatic | 7000243 | |
| hydrate de MES | Sigma | M2933-25G | |
MgSO4 | Panreac | 131404 | |
| Microscope | Olympus | ||
| Minufugue centrifuge 5415R | Eppendorf | < | |
| p>Murashige et Skoog media | Duchefa | M0254.0050 | |
Na2HPO4 < | p>Panreac | 131679 | |
| NAA | Duchefa | N0903 | |
| NaCl | Panreac | 131659 | |
NaH2PO4 | Sigma | >58282 | <|
| p>NightSea Stereo | SFA Moonting Adapter | ||
| Parafilm < | p>Anorsa | PRFL-001-001 | |
| Peptone | Lab Conda | 1616 | |
| Boîtes de Pétri (90 x 14) | Anorsa < | p >200200 | |
| pHmetre | Crison < | p> | |
| Phytotron | Inkoa | RFTI-R5485 | |
| Gélose végétale | Duchefa | P1001 | |
| Refrigeratot | Liebherr Medline | ||
| rifampicine< | > Duchefa | R0146 | |
| Spectinomycine | Sigma | 59007 | |
| Spectrophotomètre | Shimadzu | ||
| Plaques carrées (120 x 120) | Deltalab < | p>200204 | |
| Streptomycine | Sigma | S6501 | |
| Saccharose | Panréac | 131621 | |
| Lames chirurgicales | Swann-Morton | 201 | |
| Aiguille chirurgicale | NIPRO | 015/0204 | |
| Triptone | Lab Conda | 1612 | |
| Triton | Serva | 37240 | |
| Unimax 1010 shaker | Heidolph | ||
| vide | Dinko < | p> < | |
| p>x-GlcA (acide 5-Bromo-4-chloro-3-indoxyl-bêta-D-glucuronique, sel de sodium anhydre) | Biosynth < | p>B-7398 | |
| Extrait de levure | Lab Conda | 1702.00 | |
| zéatine riboside | Sigma | 1001042850 |