Les cholangiocytes, les cellules épithéliales qui alignent les canaux biliaires dans le foie, surveillent la formation et la modification de la bile. Au cours des vingt dernières années, dans le contexte des maladies du foie, des modèles tridimensionnels (3D) basés sur des cholangiocytes ont vu le jour comme des kystes, des sphéroïdes ou des structures tubulaires pour imiter la topologie tissulaire pour l’organogenèse, la modélisation des maladies et les études de dépistage des médicaments. Ces structures ont été principalement obtenues en intégrant des cholangiocytes dans un hydrogel. L’objectif principal était d’étudier l’auto-organisation en abordant la polarité épithéliale, les propriétés fonctionnelles et morphologiques. Cependant, très peu d’études se concentrent sur l’efficacité de formation de kyste. Lorsque c’est le cas, l’efficacité est souvent quantifiée à partir d’images d’un seul plan. Des analyses fonctionnelles et structurales sont exécutées sans représenter l’hétérogénéité potentielle de la distribution de kyste résultant des hétérogénéités et des effets secondaires de polymérisation d’hydrogel. Par conséquent, l’analyse quantitative, lorsqu’elle est effectuée, ne peut pas être utilisée à des fins de comparaison d’un article à l’autre. De plus, cette méthodologie ne permet pas de comparer le potentiel de croissance 3D de différents types de matrices et de cellules. En outre, il n’y a aucune mention du dépannage expérimental pour les kystes immunostaining. Dans cet article, nous fournissons une méthode fiable et universelle pour montrer que la distribution initiale de cellules est liée à la distribution verticale hétérogène de la formation de kyste. Les cellules cholangiocytes intégrées dans l’hydrogel sont suivies d’une analyse des piles Z le long de la profondeur de l’hydrogel pendant 10 jours. Avec cette méthode, une cinétique robuste de l’efficacité et de la croissance de formation de kyste est obtenue. Nous présentons également des méthodes pour évaluer la polarité de kyste et la fonction sécrétaire. Enfin, des conseils supplémentaires pour optimiser les protocoles d’immunostaining sont fournis afin de limiter l’effondrement du kyste pour l’imagerie. Cette approche peut être appliquée à d’autres études de culture cellulaire 3D, ouvrant ainsi la possibilité de comparer un système à un autre.