Les lipides sont en grande partie composés de carbone et d’hydrogène et, par conséquent, fournissent une énergie spécifique plus grande que les autres macromolécules organiques dans la mer. Étant riches en carbone et en hydrogène, ils sont également hydrophobes et peuvent agir comme un solvant et un vecteur d’absorption pour les contaminants organiques et peuvent donc être des moteurs de la bioaccumulation des polluants dans les écosystèmes marins. Leur nature hydrophobe facilite leur isolement de l’eau de mer ou des spécimens biologiques : l’analyse des lipides marins commence par l’échantillonnage puis l’extraction dans des solvants organiques non polaires, fournissant une méthode pratique pour leur séparation des autres substances dans une matrice aquatique.
Si de l’eau de mer a été échantillonnée, la première étape consiste généralement à la séparation en factions « dissoutes » et « particulaires » définies opérationnellement par filtration. Les échantillons sont prélevés et les lipides isolés de la matrice de l’échantillon généralement avec du chloroforme pour la matière vraiment dissoute et les colloïdes, et avec des mélanges de chloroforme et de méthanol pour les solides et les échantillons biologiques. Ces extraits peuvent contenir plusieurs classes provenant de sources biogéniques et anthropiques. À ce stade, les lipides totaux et les classes de lipides peuvent être déterminés. Les lipides totaux peuvent être mesurés en additionnant les classes de lipides déterminées individuellement qui ont généralement été séparées chromatographiquement. La chromatographie sur couche mince (TLC) avec détection par ionisation de flamme (FID) est régulièrement utilisée pour l’analyse quantitative des lipides provenant d’échantillons marins. TLC-FID fournit des informations synoptiques sur les classes lipidiques et, en additionnant les classes, une mesure totale des lipides.
Les informations sur la classe des lipides sont particulièrement utiles lorsqu’elles sont combinées avec des mesures de composants individuels, par exemple des acides gras et / ou des stérols, après leur libération à partir d’extraits lipidiques. La grande variété de structures et de fonctions lipidiques signifie qu’elles sont largement utilisées dans la recherche écologique et biogéochimique évaluant la santé des écosystèmes et le degré d’influence des impacts anthropiques. Ils ont été utilisés pour mesurer les substances ayant une valeur alimentaire pour la faune marine (p. ex., les aliments aquatiques et/ou les proies) et comme indicateur de la qualité de l’eau (p. ex., hydrocarbures).